genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7516420--7516465	22	2.0	22	84	12	58	21	6	0	71	1.08
7516430--7516542	54	2.1	53	81	14	133	26	7	0	65	1.24
7530568--7531001	81	5.4	81	91	0	663	30	22	12	34	1.91
7533265--7533304	20	2.0	20	95	0	71	25	27	17	30	1.97
7536348--7536388	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
7536709--7536762	20	3.0	18	79	15	58	33	24	16	25	1.96
7536747--7536786	20	2.0	20	95	0	71	27	27	20	25	1.99
7539529--7539618	46	2.0	46	90	0	144	23	20	12	44	1.84
7539592--7539965	81	4.6	81	84	1	469	29	22	12	35	1.91
7543559--7543653	48	2.0	48	89	0	145	23	10	16	49	1.77
7543661--7543825	54	3.1	54	80	0	179	32	16	15	34	1.91
7543682--7543840	53	3.0	53	75	8	153	32	15	16	35	1.90
7550470--7550650	54	3.4	54	76	3	161	30	17	17	33	1.94
7551541--7551576	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7551693--7551722	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7576745--7576787	20	2.2	20	87	4	61	23	2	4	69	1.18
7578808--7578856	20	2.5	20	89	0	71	46	10	12	30	1.74
7580772--7580828	28	2.0	28	86	0	78	33	21	17	28	1.96
7585662--7585920	143	1.8	139	84	6	351	31	16	11	40	1.84
7595679--7595818	71	2.0	72	82	2	176	27	17	25	30	1.97
7601397--7601429	15	2.1	16	88	5	50	12	0	48	39	1.40
7602640--7602697	28	2.1	28	96	0	107	32	24	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7604052--7604180	59	2.2	59	84	0	159	28	17	24	28	1.98
7606172--7606421	29	8.6	29	72	11	143	22	25	16	35	1.95
7606172--7606419	58	4.3	58	81	4	207	22	25	16	35	1.95
7606953--7607365	206	2.0	206	100	0	826	35	11	15	38	1.83
7619625--7619679	19	2.7	20	76	18	60	30	14	23	30	1.94
7620027--7620599	59	9.7	59	88	0	808	33	10	20	35	1.86
7626714--7626767	22	2.6	21	80	8	65	25	14	29	29	1.95
7627077--7627212	51	2.6	51	82	13	147	32	9	18	39	1.83
7627120--7627219	51	2.0	49	88	11	150	29	9	21	41	1.83
7627351--7627392	21	2.0	22	95	4	77	45	9	14	30	1.77
7627296--7627444	80	1.9	79	83	12	198	38	8	17	34	1.81
7627371--7627926	59	9.4	59	87	3	717	33	10	19	36	1.86
7627371--7627926	237	2.4	236	85	2	776	33	10	19	36	1.86
7642096--7642143	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7651936--7652020	31	2.7	31	77	1	89	16	28	28	27	1.97
7653610--7653651	18	2.3	18	84	8	50	57	9	14	19	1.64
7653990--7654036	20	2.3	21	96	3	87	65	17	4	12	1.40
7661212--7661286	20	3.7	20	82	7	80	33	21	25	20	1.97
7661321--7661363	22	1.9	23	90	4	70	20	20	32	25	1.97
7661307--7661424	21	5.8	20	82	14	134	21	19	36	22	1.95
7661503--7661562	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
7662700--7662746	19	2.4	20	89	3	69	29	12	4	53	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7664028--7664102	20	3.7	20	80	3	96	33	21	25	20	1.97
7670801--7671018	109	2.0	109	100	0	436	26	14	15	43	1.86
7673901--7673931	11	2.9	11	95	4	55	83	6	0	9	0.79
7674191--7674234	18	2.3	20	81	14	58	54	13	0	31	1.39
7675501--7675535	3	12.0	3	87	6	54	71	0	0	28	0.86
7675501--7675543	20	2.2	20	86	0	59	67	0	0	32	0.91
7675744--7675839	40	2.4	40	98	0	183	21	14	34	29	1.93
7676078--7676170	46	2.0	47	87	2	134	43	10	22	23	1.85
7676124--7676251	66	2.0	65	88	1	193	44	10	17	27	1.82
7687640--7687668	14	2.1	14	100	0	58	37	41	0	20	1.53
7692302--7692345	18	2.3	20	81	14	58	54	13	0	31	1.39
7692658--7692800	62	2.3	64	79	8	152	36	16	19	27	1.93
7693839--7693877	20	2.0	20	85	9	55	15	2	28	53	1.55
7699676--7699715	3	14.0	3	84	10	57	70	0	0	30	0.88
7699679--7699723	11	4.1	11	83	11	56	66	0	0	33	0.92
7699671--7699724	25	2.2	25	86	0	72	62	0	0	37	0.95
7704405--7704478	28	2.6	29	82	4	80	52	5	2	39	1.38
7705734--7705766	17	1.9	17	93	0	57	45	6	9	39	1.61
7716368--7716407	18	2.2	18	86	8	55	75	5	10	10	1.19
7716404--7716445	11	3.9	11	84	6	59	66	0	9	23	1.21
7716405--7716445	21	2.0	21	90	0	64	65	0	9	24	1.22
7716472--7716535	28	2.3	27	74	15	67	70	1	9	18	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7716568--7716621	12	4.5	12	86	6	74	64	0	9	25	1.23
7716657--7716699	17	2.3	18	84	11	52	74	2	2	20	1.04
7716657--7716697	22	1.9	21	85	14	57	73	2	2	21	1.07
7718437--7718730	65	4.4	65	71	15	233	40	11	20	27	1.87
7718498--7719016	36	15.1	36	65	16	224	42	11	18	27	1.85
7718281--7718640	165	2.1	167	81	9	423	40	11	19	28	1.86
7718510--7718918	139	3.0	138	86	2	556	42	12	18	26	1.85
7718753--7719016	103	2.6	103	90	1	415	42	12	17	28	1.85
7720297--7720478	95	1.9	95	85	4	251	29	19	18	32	1.96
7724502--7724543	11	3.9	11	84	6	59	66	0	9	23	1.21
7724503--7724543	21	2.0	21	90	0	64	65	0	9	24	1.22
7724677--7724710	15	2.4	14	90	5	50	67	0	5	26	1.13
7724741--7724783	18	2.2	20	84	15	56	76	2	2	18	1.00
7729879--7729912	7	4.9	7	88	0	50	17	17	5	58	1.57
7729878--7729914	14	2.6	14	91	0	56	18	18	5	56	1.60
7733392--7733465	3	25.0	3	86	10	100	29	0	0	70	0.88
7735730--7735789	28	2.1	28	82	11	70	33	5	1	60	1.29
7735784--7735827	6	7.0	6	85	14	54	20	0	0	79	0.73
7735738--7735809	17	4.1	17	72	5	54	29	2	1	66	1.14
7735790--7735835	21	2.2	21	88	7	67	23	2	2	71	1.08
7735779--7735841	26	2.4	27	79	10	69	26	1	1	69	1.06
7737141--7737180	7	5.9	7	86	13	57	15	17	12	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7739705--7739769	8	8.5	8	73	19	50	78	0	18	3	0.88
7739703--7739773	18	4.1	18	76	10	67	77	0	16	5	0.95
7739714--7739768	13	4.2	13	79	13	60	78	0	18	3	0.90
7739722--7739770	15	3.4	14	81	15	55	81	0	16	2	0.78
7739710--7739771	21	2.8	21	76	23	65	79	0	17	3	0.87
7744221--7744370	54	2.8	54	87	2	203	38	16	23	22	1.92
7744747--7744826	22	3.6	22	89	0	124	31	13	15	40	1.86
7745678--7746119	121	3.8	113	83	7	428	39	15	18	26	1.90
7745789--7746119	121	2.7	122	86	3	461	39	14	19	25	1.90
7746461--7746499	3	13.0	3	84	10	53	30	0	0	69	0.89
7747919--7747957	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
7748205--7748246	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
7749780--7749839	28	2.2	26	82	14	68	43	1	8	46	1.43
7752152--7752305	78	2.0	78	93	3	265	19	20	13	46	1.83
7757676--7757758	3	28.7	3	86	9	102	33	0	0	66	0.92
7760965--7761025	32	1.9	32	86	3	88	14	16	11	57	1.65
7763702--7763739	19	2.0	19	100	0	76	36	5	31	26	1.79
7764908--7764940	14	2.3	15	94	5	59	48	15	3	33	1.60
7765223--7765316	36	2.6	36	78	13	102	28	15	12	42	1.84
7765511--7765605	35	2.7	36	82	11	115	29	18	13	37	1.90
7765778--7765859	28	2.9	28	90	0	128	25	12	14	47	1.79
7765928--7766350	134	3.2	133	87	2	564	25	29	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7766559--7766608	3	16.7	3	87	8	75	38	0	0	62	0.96
7766546--7766602	28	2.2	26	79	14	71	36	0	0	63	0.95
7766560--7766597	19	2.0	19	94	0	67	39	0	0	60	0.97
7768965--7769321	2	182.0	2	65	21	125	47	3	3	45	1.38
7768965--7769003	11	3.5	11	82	0	51	53	5	0	41	1.23
7769316--7769366	22	2.3	22	86	6	68	52	1	7	37	1.42
7769344--7769389	9	5.3	9	74	10	51	52	2	8	36	1.45
7769283--7769389	17	6.2	16	73	21	69	53	2	5	38	1.39
7770033--7770275	22	11.2	21	75	18	118	52	1	8	37	1.42
7770026--7770109	12	6.4	13	75	19	68	53	1	5	39	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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