genome.fa.s8364.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008364.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5892847

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186--251	31	2.2	29	89	5	96	34	6	7	51	1.55
660--746	27	3.4	25	75	13	72	43	3	1	51	1.26
2843--2896	24	2.3	23	84	9	65	46	0	1	51	1.11
2922--2972	14	3.7	14	82	12	70	43	1	0	54	1.11
5554--5587	16	2.2	15	94	5	59	35	23	29	11	1.90
5562--5639	31	2.8	28	78	16	81	34	21	24	19	1.96
5573--5680	31	3.8	29	73	16	91	35	21	20	23	1.96
13626--13691	23	2.9	23	86	0	87	34	12	22	30	1.91
15674--15719	24	1.9	24	82	8	58	65	4	0	30	1.12
16472--16540	28	2.5	28	83	9	79	69	2	0	27	1.02
16499--16547	21	2.4	20	83	10	55	69	2	0	28	1.00
16519--16551	17	2.0	16	94	5	57	66	0	0	33	0.92
21236--21278	13	3.3	13	80	9	52	67	0	0	32	0.91
23554--23665	2	56.0	2	100	0	224	50	0	0	50	1.00
23810--23920	2	56.0	2	98	1	215	49	0	0	50	1.00
25881--25917	19	2.0	20	84	10	51	40	2	0	56	1.13
29393--29434	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
29446--29902	37	12.1	37	77	11	385	43	3	7	46	1.48
29620--29645	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
29447--29902	76	6.0	77	79	12	394	42	3	7	46	1.48
31231--31260	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
32493--32541	24	2.1	24	88	3	73	48	2	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36578--36603	7	3.7	7	100	0	52	46	0	53	0	1.00
59044--59917	292	3.0	292	98	0	1669	30	16	18	35	1.93
61270--61331	21	2.8	22	85	9	90	51	3	40	4	1.39
61269--61348	24	3.5	23	80	14	94	52	3	38	5	1.41
61271--61350	21	3.3	25	80	16	73	51	3	40	5	1.42
61358--61902	30	18.1	30	78	13	403	64	2	30	2	1.21
61369--61663	87	3.3	88	70	15	149	63	3	31	2	1.22
61335--61899	180	3.1	179	89	7	783	63	3	30	2	1.22
61408--61899	48	10.8	46	74	17	320	64	3	30	2	1.21
61387--61898	60	8.7	59	79	11	484	64	3	30	2	1.22
65001--65044	21	2.1	21	91	4	72	52	0	0	47	1.00
65018--65117	31	3.2	31	77	9	96	37	3	2	58	1.25
65035--65117	30	2.6	31	81	10	98	34	3	2	59	1.28
65100--65150	22	2.3	22	86	0	66	41	3	0	54	1.19
76422--76582	60	2.7	60	87	1	234	35	14	16	33	1.89
79544--79664	52	2.3	53	83	5	140	39	3	7	49	1.47
85730--85779	24	2.1	24	96	0	91	32	4	26	38	1.75
87318--87346	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
89106--89283	6	30.0	6	90	2	171	15	6	35	42	1.74
95106--95186	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
95120--95182	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
96112--96146	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96732--96776	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
99907--99987	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
99921--99983	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
100917--100951	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
101506--101550	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
117697--117732	18	2.1	18	94	5	65	44	5	0	50	1.25
117716--117825	13	7.8	13	71	18	60	46	4	4	44	1.44
117698--117743	18	2.5	17	83	13	56	47	4	0	47	1.21
117716--117839	28	4.3	30	74	11	102	46	4	4	45	1.40
117921--117990	19	3.6	19	76	17	72	44	0	24	31	1.54
118176--118310	2	69.0	2	67	20	72	46	2	5	45	1.40
118175--118247	25	2.9	25	78	10	76	46	4	4	45	1.41
118176--118310	57	2.4	55	79	13	148	46	2	5	45	1.40
118550--118610	7	8.7	7	75	0	50	49	31	0	19	1.49
118547--118610	21	3.1	20	73	6	65	51	29	0	18	1.47
118901--118966	31	2.2	31	91	2	107	43	6	3	46	1.43
119651--119705	9	6.6	9	83	12	64	52	5	1	40	1.35
119724--119789	14	4.7	14	81	3	71	54	24	0	21	1.45
119969--120006	20	1.9	19	89	5	58	52	18	5	23	1.65
120104--120130	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
120154--120216	2	30.0	2	81	9	72	49	1	4	44	1.33
120306--120353	21	2.3	21	85	0	69	52	29	0	18	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120782--120851	16	4.4	16	89	3	106	41	12	24	21	1.88
121284--121324	22	1.9	22	85	5	57	51	4	14	29	1.63
121863--121915	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
121905--122018	21	5.5	21	73	7	74	40	17	20	21	1.91
121922--122100	62	2.9	62	89	2	254	37	21	18	22	1.94
121986--122079	41	2.3	42	79	5	111	36	23	19	21	1.95
122007--122160	20	7.7	20	83	5	150	30	25	18	24	1.98
122004--122081	41	1.9	41	89	0	120	38	24	16	20	1.93
122052--122160	39	2.7	39	87	2	146	26	26	20	26	1.99
122901--122954	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
123129--123153	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
125447--125490	20	2.2	20	88	4	63	36	20	22	20	1.95
125474--125587	33	3.5	33	90	2	167	47	17	21	14	1.82
125454--125565	19	6.4	19	66	20	73	45	18	21	14	1.85
125581--125642	19	3.2	19	76	2	52	24	16	19	40	1.91
125797--125833	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
127182--127248	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
127182--127290	42	2.6	41	81	5	103	22	20	33	23	1.97
127693--127923	94	2.5	94	94	0	401	47	19	11	21	1.80
127833--127985	78	1.9	79	92	5	254	43	18	13	24	1.86
129678--129781	20	5.6	19	70	15	83	48	17	21	13	1.81
129797--129877	33	2.5	33	93	0	135	14	20	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129818--129883	19	3.7	19	75	19	79	13	19	18	48	1.81
130409--130520	20	5.6	20	79	10	77	21	21	19	37	1.94
130427--130520	41	2.3	40	88	1	134	21	21	18	39	1.93
130401--130658	41	6.3	41	69	12	129	28	18	19	32	1.96
130517--130572	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
130592--130639	20	2.3	21	78	3	53	22	22	12	41	1.88
130633--130685	21	2.5	22	78	6	65	35	18	24	20	1.95
154666--154695	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
154965--155234	43	6.3	41	70	18	122	29	20	21	28	1.98
155008--155234	86	2.6	86	76	13	207	27	20	22	29	1.98
155591--155659	21	3.3	21	72	0	66	4	37	14	43	1.65
159160--159230	35	2.0	35	100	0	142	30	21	8	39	1.83
160160--160200	16	2.6	16	100	0	82	7	19	19	53	1.68
162828--162917	41	2.2	41	82	9	103	34	21	14	30	1.93
163250--163370	41	3.0	42	89	3	185	33	18	15	33	1.92
163592--164049	229	2.0	229	99	0	907	34	17	14	34	1.90
165791--165835	22	2.0	22	86	0	63	35	2	2	60	1.22
171253--171294	16	2.5	17	81	14	52	30	0	0	69	0.89
171242--171292	18	2.8	18	82	5	59	33	0	1	64	1.05
171253--171298	17	2.9	15	84	12	56	34	0	0	65	0.93
173218--173276	30	2.0	30	93	0	100	20	23	10	45	1.81
174237--174276	21	2.0	20	85	5	53	62	2	2	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175499--175705	36	5.7	35	76	14	143	44	6	4	44	1.49
175500--175776	37	7.6	37	74	12	198	45	6	3	44	1.45
175693--175782	44	2.1	44	83	8	114	48	6	1	43	1.36
177730--177817	37	2.4	37	90	1	140	14	11	36	37	1.83
178662--178707	18	2.6	18	86	3	67	28	28	8	34	1.87
179010--179102	30	3.1	30	79	1	105	38	6	12	41	1.69
184225--184259	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
184734--184774	18	2.2	20	86	8	59	39	0	0	60	0.96
194757--194818	31	2.0	31	84	6	81	33	12	6	46	1.68
194757--194829	31	2.4	31	81	9	78	31	15	8	45	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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