genome.fa.s8364.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008364.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5892847

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411255--2411294	10	4.0	10	86	0	53	27	32	0	40	1.57
2412207--2412362	31	5.0	31	95	1	260	39	23	17	19	1.92
2412777--2412808	16	2.0	16	100	0	64	31	31	6	31	1.82
2416248--2416403	31	5.0	31	90	1	242	38	23	18	19	1.93
2429703--2429751	24	2.0	24	100	0	98	36	14	20	28	1.92
2429707--2429759	24	2.2	24	93	0	88	41	15	18	24	1.89
2432088--2432122	6	5.8	6	93	0	61	82	0	2	14	0.77
2440356--2440403	22	2.3	20	82	10	60	70	2	0	27	0.98
2453977--2454021	21	2.1	21	84	8	56	44	4	0	51	1.21
2458244--2458297	18	3.1	18	79	20	69	57	0	0	42	0.98
2458497--2458592	48	2.0	48	100	0	192	39	8	16	35	1.79
2462887--2462930	20	2.1	21	87	4	63	31	29	22	15	1.95
2464587--2464653	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
2467785--2467829	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2468845--2468926	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
2469572--2469638	22	3.0	22	91	2	107	19	25	28	26	1.99
2470646--2470707	2	34.0	2	78	18	64	45	0	0	54	0.99
2471755--2471779	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2473428--2473500	30	2.4	32	75	13	82	36	2	12	47	1.55
2480100--2480124	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
2481249--2481310	29	2.1	29	82	14	74	53	1	3	41	1.27
2481905--2481959	23	2.3	24	90	3	94	50	1	16	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482383--2482429	18	2.7	18	81	12	53	10	6	4	78	1.06
2483210--2483274	29	2.2	29	100	0	130	32	3	24	40	1.71
2483486--2483530	10	4.4	10	80	5	54	13	8	13	64	1.49
2493325--2493356	14	2.2	15	94	5	57	0	43	0	56	0.99
2501051--2501080	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2505782--2505838	2	28.5	2	92	0	96	50	3	0	45	1.18
2506497--2506603	31	3.5	30	81	7	108	25	18	20	35	1.95
2506559--2506647	30	3.0	30	81	1	99	17	19	25	37	1.94
2510453--2510511	2	29.5	2	96	0	109	50	1	0	47	1.11
2511169--2511276	31	3.5	31	78	3	94	25	17	22	35	1.95
2511222--2511297	30	2.5	30	82	2	89	19	19	26	34	1.96
2524554--2525044	136	3.6	135	91	1	779	24	22	18	34	1.96
2524954--2525162	113	1.8	118	86	5	311	24	24	14	35	1.93
2526013--2526051	10	3.7	10	93	6	60	0	12	0	87	0.55
2526013--2526072	26	2.4	26	88	5	88	3	13	0	83	0.77
2526012--2526068	20	2.9	19	75	14	62	5	10	0	84	0.77
2526006--2526073	13	5.5	13	76	16	65	5	14	0	79	0.91
2539881--2539919	14	2.7	14	88	11	53	38	2	0	58	1.12
2546421--2546454	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
2548157--2548200	16	2.8	16	82	0	52	20	22	15	40	1.90
2556802--2556826	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
2556980--2557453	182	2.6	181	86	3	664	42	13	16	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557383--2557425	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2559561--2559593	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
2559676--2559716	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
2559753--2559818	33	2.0	33	90	0	105	30	0	45	24	1.53
2561258--2561283	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2563429--2563777	184	1.9	184	95	1	637	36	14	16	32	1.89
2566476--2567497	182	5.6	182	93	1	1696	42	12	16	28	1.85
2567633--2567694	23	2.7	23	100	0	124	35	22	9	32	1.87
2567643--2567818	87	2.0	87	93	0	298	33	14	10	42	1.79
2572445--2572469	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2580510--2580547	20	1.9	20	88	0	58	23	31	0	44	1.54
2580592--2580643	9	6.1	9	80	13	65	36	0	1	61	1.07
2580585--2580635	16	3.1	16	88	5	75	33	0	3	62	1.13
2580591--2580640	17	3.0	17	94	2	84	38	0	4	58	1.17
2580592--2580641	16	3.1	16	94	2	82	38	0	2	60	1.09
2584272--2584303	16	2.0	16	93	0	55	25	9	18	46	1.79
2590757--2590895	3	46.7	3	91	1	217	36	1	0	61	1.05
2591304--2591333	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
2592919--2592969	18	2.9	17	72	18	50	25	0	1	72	0.95
2592960--2592996	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
2597649--2597684	17	2.1	17	100	0	72	30	22	22	25	1.99
2602645--2603085	222	2.0	220	96	2	823	36	21	18	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603502--2603535	11	3.2	10	91	8	50	85	2	11	0	0.71
2603512--2603543	14	2.2	15	94	5	57	84	3	12	0	0.74
2603884--2603920	19	1.9	19	94	0	65	29	5	13	51	1.63
2604779--2605503	52	13.9	52	96	1	1337	24	15	23	36	1.93
2606142--2606901	114	6.8	114	90	3	1188	38	13	19	29	1.89
2606390--2606901	113	4.5	113	95	0	862	38	12	19	28	1.89
2607159--2607298	3	46.7	3	92	0	235	35	1	0	62	1.04
2607703--2607732	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
2611502--2611542	20	2.0	20	95	0	73	21	4	34	39	1.75
2612125--2612161	17	2.2	17	100	0	74	21	5	24	48	1.71
2613730--2613771	20	2.0	21	86	4	59	28	2	2	66	1.16
2615042--2615152	50	2.2	50	80	3	125	15	32	27	24	1.95
2615420--2615744	111	3.0	111	93	3	540	36	8	10	44	1.69
2617612--2617664	3	17.7	3	84	0	61	32	24	35	7	1.84
2617612--2617667	9	6.2	9	85	0	76	32	23	35	8	1.86
2620335--2620477	51	2.8	52	78	8	150	23	27	30	18	1.97
2626893--2626961	31	2.3	30	85	9	104	37	10	13	39	1.78
2627048--2627149	31	3.5	28	80	9	105	37	10	12	39	1.79
2631070--2631192	61	2.0	61	92	3	203	29	18	21	30	1.97
2631229--2631268	21	2.0	21	85	5	55	30	2	0	67	1.04
2638343--2638380	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2648095--2648141	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649719--2649875	70	2.3	68	75	13	153	43	6	5	45	1.51
2650367--2650393	11	2.5	11	100	0	54	25	40	22	11	1.87
2651371--2651419	5	9.8	5	93	0	71	4	40	36	18	1.70
2651417--2651465	6	8.2	6	95	0	71	6	16	48	28	1.69
2651740--2651794	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2657340--2657388	5	9.8	5	93	0	62	6	40	36	16	1.73
2657386--2657440	6	9.2	6	95	0	83	5	16	49	29	1.68
2657714--2657768	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2661676--2661711	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2664480--2664523	14	3.1	15	84	12	58	38	0	0	61	0.96
2664794--2664831	14	2.7	14	91	0	67	13	10	15	60	1.59
2666430--2666473	23	1.9	23	86	9	63	45	2	2	50	1.27
2666498--2666722	105	2.2	103	79	13	239	48	2	1	47	1.24
2668401--2668435	15	2.3	15	95	0	61	31	34	20	14	1.92
2674011--2674794	400	2.0	400	99	0	1541	26	27	17	29	1.97
2675645--2675679	15	2.3	15	95	0	61	28	34	20	17	1.95
2679665--2679743	37	2.2	37	82	11	92	64	2	3	29	1.24
2689339--2689387	21	2.3	21	96	0	89	24	36	8	30	1.85
2691332--2691494	84	1.9	84	96	0	299	38	20	14	26	1.91
2700477--2700525	16	3.3	16	72	18	52	53	2	4	40	1.32
2700466--2700525	29	2.1	29	87	3	86	48	3	6	41	1.46
2705361--2705421	31	2.0	31	81	12	72	40	8	14	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705567--2705625	21	2.7	21	81	7	55	64	0	5	30	1.15
2705749--2705789	16	2.5	17	80	15	50	26	2	4	65	1.25
2705926--2705991	22	2.9	23	77	11	64	24	3	1	71	1.09
2708136--2708260	57	2.2	57	94	0	214	48	10	21	20	1.79
2709228--2709293	25	2.6	25	80	0	87	16	25	12	45	1.82
2710512--2710542	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2714228--2714264	19	1.9	19	94	0	65	21	18	0	59	1.38
2714135--2714346	116	1.8	116	83	8	279	41	16	5	36	1.71
2714289--2714364	39	2.0	38	82	10	93	39	14	7	38	1.75
2714253--2714491	95	2.5	97	80	5	261	40	12	6	39	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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