genome.fa.s8364.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008364.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5892847

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714702--2714868	54	3.0	56	82	13	211	44	13	8	33	1.73
2714860--2714975	57	2.0	57	96	0	214	37	12	10	39	1.77
2715107--2715231	45	2.8	45	85	7	164	38	13	8	39	1.76
2716033--2716672	320	2.0	320	98	0	1244	36	15	16	31	1.90
2716613--2716776	82	2.0	81	92	1	274	32	5	18	43	1.73
2719377--2719486	40	2.8	40	97	0	202	22	17	28	31	1.96
2719591--2719761	47	3.8	45	91	4	247	39	7	21	32	1.81
2720847--2720900	23	2.3	23	96	0	99	24	25	7	42	1.80
2721129--2721230	27	4.0	26	71	17	81	47	0	0	51	1.07
2721199--2721267	22	3.1	22	70	13	61	44	0	1	53	1.09
2721273--2721327	27	2.0	27	83	16	69	45	0	5	49	1.25
2723289--2723334	24	1.9	24	82	8	58	2	45	17	34	1.61
2728403--2728459	19	2.8	20	78	7	62	29	5	3	61	1.35
2732044--2732068	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2733488--2733532	20	2.2	20	84	0	54	60	2	0	37	1.09
2734238--2734280	19	2.3	19	100	0	86	44	0	9	46	1.35
2749758--2749814	19	2.9	19	85	10	71	38	28	17	15	1.91
2749760--2749914	20	7.8	20	77	12	108	41	21	18	18	1.91
2749782--2749913	40	3.3	39	76	10	133	41	21	18	18	1.90
2749782--2749914	60	2.2	60	80	5	144	41	21	18	18	1.91
2749942--2750017	20	3.8	21	77	8	68	36	21	14	27	1.92
2749940--2750029	40	2.2	41	78	5	103	36	21	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750961--2751014	24	2.2	24	90	0	81	22	18	20	38	1.93
2753457--2753562	20	5.3	20	86	0	149	44	22	18	14	1.86
2753456--2753564	40	2.7	40	92	0	182	43	22	19	15	1.88
2753858--2753966	13	8.4	13	65	18	57	55	16	1	26	1.52
2755319--2755415	21	4.7	20	83	5	113	22	22	35	19	1.96
2755319--2755415	42	2.3	42	85	7	126	22	22	35	19	1.96
2757518--2757576	20	3.0	20	82	0	64	16	11	20	50	1.76
2758099--2758146	20	2.4	20	86	6	62	22	20	18	37	1.94
2758140--2758187	20	2.4	20	100	0	96	25	14	27	33	1.94
2759605--2759657	26	2.1	25	82	3	61	35	5	5	52	1.49
2760036--2760090	25	2.2	25	90	3	85	50	9	3	36	1.51
2760107--2760204	29	3.4	29	70	9	85	43	10	4	41	1.57
2760125--2760207	27	3.0	26	77	7	76	46	9	4	38	1.58
2761247--2761297	20	2.5	20	81	6	59	15	7	3	72	1.23
2764857--2765355	232	2.2	230	95	2	912	45	7	7	39	1.62
2765634--2765680	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
2765422--2765894	181	2.6	182	88	1	680	42	14	16	26	1.87
2765815--2765861	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2765824--2765866	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2768083--2768147	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2768181--2768246	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2770012--2770060	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770153--2771328	200	5.9	200	96	0	2129	37	14	17	31	1.89
2772792--2772873	18	4.6	18	81	3	94	37	8	32	20	1.83
2772809--2772886	3	26.0	3	81	0	84	35	6	33	24	1.81
2772792--2772885	12	7.8	12	82	0	98	37	7	32	22	1.82
2776669--2776733	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
2777076--2777148	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2777562--2777634	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
2776733--2777788	486	2.2	482	96	1	1925	39	7	12	40	1.71
2777992--2778064	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
2777354--2779149	430	4.0	430	73	14	1777	40	7	11	39	1.71
2778481--2778553	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
2776868--2779385	919	2.7	920	98	0	4825	41	7	11	39	1.71
2777784--2778719	489	1.9	490	96	0	1741	40	7	11	39	1.70
2778911--2778983	23	3.2	23	90	0	110	34	5	20	39	1.76
2786475--2786532	24	2.5	22	83	5	71	27	27	18	25	1.98
2793594--2793975	191	2.0	191	100	0	764	28	31	18	21	1.97
2797196--2797240	21	2.1	21	83	0	54	33	15	4	46	1.66
2799739--2799782	22	2.0	21	82	8	52	50	4	2	43	1.35
2800499--2800545	4	11.8	4	100	0	94	25	0	0	74	0.82
2805112--2805186	38	2.0	37	82	10	91	48	4	0	48	1.20
2808511--2809100	55	10.7	55	90	3	852	28	24	15	30	1.96
2810099--2810162	7	8.9	8	77	22	63	14	9	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810099--2810160	20	3.0	21	75	13	67	14	9	0	75	1.03
2810122--2810162	7	5.7	7	91	2	64	14	4	0	80	0.87
2810099--2810162	28	2.2	29	83	10	87	14	9	0	76	1.01
2810103--2810162	14	4.3	14	82	4	77	13	8	0	78	0.96
2813671--2813698	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
2824196--2824220	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2824261--2824304	21	2.1	21	82	0	52	45	4	2	47	1.35
2825690--2825762	31	2.4	31	90	0	119	52	12	12	23	1.72
2825897--2825973	31	2.5	31	79	12	86	53	14	9	23	1.69
2829148--2829181	17	2.1	17	88	5	52	20	2	11	64	1.39
2830930--2830981	26	2.0	27	88	3	79	57	3	15	23	1.54
2835148--2835173	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2835365--2835402	17	2.3	17	86	4	51	52	26	2	18	1.58
2837282--2837333	23	2.3	23	90	6	79	23	21	34	21	1.97
2837282--2837344	23	2.7	23	85	4	74	22	23	30	23	1.99
2843460--2843527	23	3.0	23	86	0	82	20	26	25	27	1.99
2850183--2850297	45	2.5	45	94	2	194	37	31	14	16	1.89
2854731--2854765	19	1.9	18	88	11	54	22	0	2	74	0.95
2854561--2854931	179	2.0	186	94	4	657	33	8	8	49	1.63
2856394--2856919	41	12.8	41	73	10	190	30	17	17	34	1.93
2856395--2856921	83	6.4	82	77	7	383	30	17	17	34	1.93
2856661--2856757	42	2.3	42	87	3	133	31	19	16	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856395--2856812	124	3.4	120	78	6	362	29	16	17	35	1.93
2861186--2861398	43	5.0	43	83	6	215	25	18	21	33	1.96
2861189--2861385	85	2.3	85	83	6	247	25	18	21	33	1.97
2862675--2862704	10	3.0	10	95	0	51	23	30	26	20	1.98
2863286--2863314	14	2.1	14	100	0	58	65	13	0	20	1.26
2863298--2863370	11	6.7	11	90	3	112	60	19	2	17	1.48
2865142--2865190	11	4.5	11	84	5	73	61	20	2	16	1.44
2865134--2865190	21	2.7	22	83	5	73	61	22	1	14	1.42
2867163--2867210	25	2.0	25	87	4	71	37	18	2	41	1.63
2869171--2869258	36	2.5	36	85	5	108	32	9	15	42	1.79
2878560--2878662	52	2.0	52	98	0	197	41	13	23	21	1.88
2883159--2883261	52	2.0	52	98	0	197	41	13	23	21	1.88
2883524--2883563	2	19.0	2	90	10	62	47	5	0	47	1.24
2889281--2889379	49	2.0	49	98	0	189	29	13	22	35	1.92
2894366--2894439	21	3.5	21	96	0	130	28	28	18	24	1.98
2895068--2895098	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
2895187--2895281	42	2.3	42	94	0	163	35	23	20	21	1.96
2895184--2895281	21	4.7	19	75	16	88	34	22	20	22	1.97
2904574--2904646	31	2.4	31	90	4	112	21	12	13	52	1.74
2915956--2916410	182	2.5	181	91	0	748	27	16	12	43	1.84
2916281--2916742	112	4.1	112	89	2	678	27	14	12	45	1.81
2917405--2917429	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2931276--2931794	259	2.0	258	96	1	959	35	8	8	46	1.66
2932947--2933049	48	2.1	48	85	3	136	49	7	4	37	1.53
2933316--2933357	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
2939270--2939313	23	1.9	24	86	9	65	45	9	22	22	1.80
2944292--2944342	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2945407--2945472	23	2.9	23	81	0	78	18	28	22	30	1.97
2946156--2946189	15	2.3	15	94	0	59	32	32	20	14	1.93
2946274--2946354	29	2.8	29	92	3	137	17	24	14	43	1.87
2946745--2946901	64	2.5	63	78	6	165	26	18	19	35	1.95
2949795--2949834	12	3.3	12	82	10	55	67	7	15	10	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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