genome.fa.s8364.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008364.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5892847

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695313--695357	23	2.0	23	100	0	90	48	20	8	22	1.76
699008--699060	24	2.2	24	79	0	61	11	11	18	58	1.62
699032--699074	14	3.1	14	75	0	50	9	6	18	65	1.44
702453--702498	23	2.0	23	87	4	67	58	13	13	15	1.63
704432--705057	309	2.0	312	98	1	1206	31	29	15	23	1.95
712689--712721	17	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
712813--712878	22	2.9	22	70	18	55	28	0	7	63	1.21
712844--712904	31	1.9	33	83	6	81	27	0	6	65	1.17
719664--719769	48	2.2	48	96	0	203	28	9	20	41	1.83
720290--720326	18	2.1	18	100	0	74	43	18	0	37	1.51
722755--722790	18	2.0	18	88	0	54	25	0	25	50	1.50
724171--724215	23	2.0	23	95	0	81	22	8	17	51	1.73
724440--724499	30	2.0	30	83	0	75	38	8	16	36	1.79
725261--725652	187	2.1	185	90	1	615	43	3	7	45	1.49
733887--733931	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
746936--746969	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
747614--747690	37	2.0	37	85	5	100	36	22	14	27	1.92
748253--748295	22	2.0	22	85	0	59	58	2	0	39	1.11
748942--748989	25	1.9	25	87	8	71	60	2	0	37	1.09
751935--751978	23	2.0	23	86	4	63	56	4	0	38	1.20
753739--753795	28	2.0	28	100	0	114	43	10	24	21	1.83
758451--758671	56	3.9	56	96	0	415	39	18	12	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759873--759926	21	2.6	21	70	18	51	38	1	1	57	1.20
759874--759953	41	2.1	39	82	13	96	40	1	3	55	1.26
759924--760000	20	3.5	21	70	17	59	41	2	11	44	1.55
759920--760008	45	2.0	46	88	2	135	40	3	12	43	1.59
767225--767287	32	2.0	32	100	0	126	31	17	12	38	1.87
773171--773219	26	1.9	25	91	4	80	44	6	4	44	1.47
775168--775305	48	2.8	48	88	6	186	18	13	47	21	1.82
775168--775321	54	3.0	54	83	5	167	17	12	47	22	1.81
775171--775328	48	3.2	48	81	10	172	18	13	45	22	1.84
775423--775547	36	3.5	36	98	0	241	22	11	39	27	1.88
775576--775823	72	3.4	72	90	0	370	17	10	45	26	1.80
785096--785187	45	2.1	44	95	4	168	33	6	8	51	1.59
793387--793427	21	2.0	21	86	9	59	36	2	7	53	1.42
797033--797098	19	3.6	18	72	24	66	40	0	3	56	1.15
797378--797449	21	3.5	19	75	24	67	41	0	2	55	1.14
796922--797601	351	2.0	343	97	2	1270	30	13	21	34	1.91
801323--801352	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
802521--802549	15	1.9	15	100	0	58	34	6	3	55	1.44
802730--803247	259	2.0	259	96	1	968	33	15	19	31	1.93
808060--808380	103	3.1	103	94	0	570	27	12	22	37	1.91
808396--808456	23	2.7	23	84	0	86	19	22	27	29	1.98
810423--810697	135	2.0	135	97	0	514	23	14	27	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812042--812075	17	2.0	17	88	0	50	26	8	2	61	1.40
814854--814961	54	2.0	54	96	3	200	37	15	18	27	1.91
817317--817343	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
820783--820826	22	1.9	23	90	9	72	38	13	4	43	1.65
820793--820840	22	2.1	22	84	7	60	39	12	2	45	1.54
824960--824992	17	2.0	16	94	5	57	48	15	6	30	1.69
826292--826389	50	1.9	51	95	2	180	33	5	13	47	1.64
833334--833432	21	4.7	21	82	3	110	26	21	30	22	1.99
833572--833617	4	11.5	4	80	0	56	67	4	2	26	1.21
835474--835558	20	4.2	20	86	4	109	49	23	15	11	1.77
835463--835558	40	2.4	41	85	3	124	50	21	14	13	1.78
835463--835558	20	4.8	19	80	11	102	50	21	14	13	1.78
835554--835596	20	2.2	20	95	0	77	11	20	18	48	1.79
835919--835960	22	1.9	22	95	0	75	19	16	42	21	1.89
836086--836134	20	2.5	20	93	3	82	18	10	22	48	1.77
836132--836196	21	3.1	21	76	8	71	23	16	16	43	1.88
836125--836195	20	3.5	20	77	7	72	23	16	18	40	1.90
838809--838869	31	1.9	32	84	15	83	34	8	6	50	1.58
839270--839317	16	3.0	16	87	0	69	22	18	20	37	1.94
839834--839888	26	2.1	26	86	6	76	34	27	1	36	1.68
844206--844251	23	2.0	24	82	4	58	47	15	19	17	1.82
846530--846577	22	2.2	22	88	7	71	52	0	12	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847295--847346	22	2.4	22	90	6	79	40	9	0	50	1.35
848259--848293	17	2.0	18	88	5	54	65	0	2	31	1.07
851983--852011	13	2.3	13	94	5	51	24	13	6	55	1.63
851984--852039	27	2.0	28	82	3	69	19	12	7	60	1.55
854459--854518	15	4.3	14	77	12	61	83	5	10	1	0.87
854468--854518	14	3.7	14	74	12	52	82	5	9	1	0.91
854456--854518	20	3.1	21	82	15	87	84	4	9	1	0.84
859452--859508	22	2.6	22	97	0	105	33	15	14	36	1.88
860058--860339	113	2.5	113	94	1	494	38	14	19	26	1.91
861134--861193	13	4.2	13	73	19	57	16	45	21	16	1.86
861112--861188	18	4.6	18	78	15	101	16	49	20	12	1.79
861116--861193	31	2.5	31	91	0	138	16	46	21	15	1.84
861170--861216	15	3.3	14	80	11	51	17	36	23	23	1.95
862506--862540	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
864931--865639	113	6.3	113	87	2	962	37	15	18	29	1.91
865555--865865	121	2.6	124	79	10	331	41	15	17	25	1.89
865802--865943	39	3.6	39	88	3	207	48	9	21	20	1.78
867438--867729	143	2.0	140	78	12	292	40	7	7	45	1.59
867499--867757	143	1.8	142	85	8	364	38	6	7	46	1.59
876628--876653	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
878031--878087	25	2.3	25	84	3	80	73	0	21	5	1.02
880542--880587	18	2.6	17	89	6	65	73	2	17	6	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881502--881555	22	2.6	20	78	16	65	22	7	11	59	1.56
886673--886725	21	2.5	22	93	3	90	18	43	22	15	1.87
889099--889154	19	2.8	20	78	5	69	39	23	16	21	1.92
889058--889157	20	5.0	20	71	11	89	35	22	16	27	1.94
890067--890120	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
892700--892737	20	1.9	20	100	0	76	15	23	21	39	1.92
892798--892847	25	2.0	25	92	0	82	28	8	22	42	1.81
893227--893263	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
893219--893271	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
897727--897766	20	2.0	20	90	4	64	10	17	25	47	1.78
898023--898070	22	2.2	22	84	0	60	33	14	31	20	1.93
898202--898305	20	5.3	19	77	8	91	22	15	23	39	1.91
900240--900278	9	4.2	9	83	6	51	12	28	33	25	1.93
900313--900399	29	3.0	28	81	5	102	33	5	22	37	1.78
900331--900426	29	3.3	29	85	1	120	30	4	21	43	1.71
901111--901204	31	3.0	31	76	14	95	36	24	19	20	1.95
904263--904305	2	21.5	2	83	9	52	51	4	0	44	1.22
904261--904303	22	2.0	22	90	9	70	51	6	0	41	1.29
905087--905180	31	3.0	31	92	3	145	37	23	19	20	1.94
908764--910259	746	2.0	748	97	2	2848	28	23	5	42	1.77
912713--912806	31	3.0	31	89	3	136	37	24	19	19	1.94
916378--917889	758	2.0	754	99	0	2988	28	23	5	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919517--919554	20	1.9	20	89	10	60	50	7	0	42	1.31
920353--920446	31	3.0	31	89	3	136	37	24	19	19	1.94
924331--924423	31	3.0	31	80	10	111	37	23	19	19	1.94
924343--924423	31	2.7	30	88	3	126	38	23	19	18	1.93
928278--928371	31	3.0	31	87	3	127	38	24	18	19	1.93
929897--929957	24	2.5	24	78	0	68	29	13	16	40	1.86
930938--931004	34	1.9	34	82	14	84	20	11	19	47	1.81
934345--934386	14	3.0	14	89	0	57	16	2	11	69	1.29
948065--948331	37	7.2	36	81	7	261	46	3	5	43	1.45
948154--948178	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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