genome.fa.s8364.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008364.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111105_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5892847

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964027--1964105	10	8.8	10	71	23	61	62	0	30	7	1.23
1964032--1964109	25	3.1	25	88	1	111	62	0	29	7	1.23
1965318--1965347	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
1975741--1975797	23	2.5	23	94	5	98	35	17	22	24	1.95
1976143--1976206	32	2.0	32	96	0	119	34	25	17	23	1.96
1989582--1989606	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
1994963--1995026	22	2.9	22	97	0	119	26	32	9	31	1.88
1995887--1995948	33	1.9	33	93	3	108	54	17	19	8	1.67
2002730--2002822	32	2.9	32	91	0	141	34	25	4	35	1.76
2004361--2004456	40	2.4	40	80	1	113	34	21	5	38	1.76
2005089--2005153	25	2.6	25	85	4	87	18	20	33	27	1.96
2024472--2024524	20	2.7	19	74	8	61	33	32	18	15	1.92
2024512--2024809	20	14.8	20	75	8	219	39	24	17	19	1.92
2024512--2024827	81	3.9	81	81	4	289	39	24	16	19	1.91
2024573--2024802	121	1.9	122	90	0	372	39	24	16	19	1.92
2024512--2024827	40	7.8	40	80	4	312	39	24	16	19	1.91
2025683--2025736	24	2.2	24	90	0	81	18	20	20	40	1.91
2026464--2026508	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2028300--2028359	23	2.6	23	89	0	93	20	28	26	25	1.99
2031506--2031550	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2033368--2033425	23	2.5	23	97	0	107	17	29	29	24	1.97
2036613--2036800	33	5.5	33	80	9	205	42	19	22	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036646--2036780	19	7.5	19	74	18	110	43	20	21	14	1.87
2036606--2036798	106	1.8	107	88	1	298	41	19	22	15	1.89
2036803--2036882	33	2.4	33	91	0	124	13	20	18	47	1.82
2036989--2037025	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2038842--2039099	94	2.7	94	95	1	455	45	17	13	23	1.83
2040771--2040844	19	4.1	19	71	18	68	43	20	24	12	1.86
2040851--2040904	20	2.7	20	88	0	72	12	16	22	48	1.80
2040857--2040907	20	2.5	20	90	0	75	13	13	21	50	1.76
2041360--2041395	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2041502--2041577	19	4.3	18	79	16	70	44	25	18	11	1.83
2041532--2041577	19	2.4	19	96	0	83	45	26	15	13	1.82
2041573--2041723	19	8.7	19	63	21	71	14	21	20	43	1.87
2041577--2041703	33	3.9	32	84	8	175	13	22	19	44	1.85
2041570--2041702	66	2.0	66	94	0	230	15	21	19	43	1.87
2042382--2042419	20	1.9	20	100	0	76	55	18	15	10	1.68
2042893--2043030	41	3.4	41	78	2	161	23	15	25	35	1.94
2042913--2043026	20	5.7	20	78	6	104	23	16	27	32	1.96
2042920--2043048	41	3.2	41	79	5	111	24	17	25	32	1.96
2043037--2043089	21	2.5	20	85	8	79	33	16	26	22	1.96
2047681--2047712	15	2.1	15	94	0	55	25	9	9	56	1.61
2049811--2049860	25	2.0	25	96	0	91	40	18	16	26	1.90
2053501--2053736	82	2.8	84	82	4	291	25	16	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053443--2053672	124	1.9	123	80	4	275	25	16	17	39	1.91
2053419--2053723	41	7.4	41	75	5	211	25	15	18	40	1.90
2056569--2056760	43	4.5	42	81	7	217	27	24	17	30	1.97
2056570--2056760	84	2.2	85	82	4	233	27	24	16	30	1.97
2059383--2059428	20	2.5	18	83	13	58	36	2	4	56	1.31
2060098--2060124	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2061912--2061959	22	2.2	22	88	0	69	41	4	0	54	1.20
2061953--2061996	15	2.8	16	83	16	56	45	2	2	50	1.27
2062351--2062388	20	1.9	20	88	0	58	42	15	23	18	1.89
2070020--2070100	42	1.9	42	82	5	101	38	0	2	59	1.11
2070696--2070731	14	2.6	14	90	0	54	8	11	19	61	1.54
2070730--2070767	18	2.2	18	85	4	51	15	10	10	63	1.52
2075503--2075711	43	4.9	43	82	2	179	25	18	25	30	1.98
2079566--2079885	83	3.9	82	85	4	396	33	19	18	27	1.96
2079566--2079860	41	7.2	40	70	10	193	33	20	18	28	1.96
2082229--2082261	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
2087640--2087664	9	2.8	9	100	0	50	8	56	0	36	1.29
2088472--2088546	3	25.7	3	86	10	111	69	0	0	30	0.89
2088476--2088565	25	3.6	25	83	7	78	70	0	4	25	1.06
2088894--2089901	113	9.0	111	88	4	1334	30	19	13	36	1.90
2088894--2089901	225	4.5	222	87	5	1318	30	19	13	36	1.90
2088771--2089901	338	3.3	336	87	5	1466	29	19	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090289--2090343	22	2.5	22	84	0	74	38	12	14	34	1.84
2090715--2090814	50	2.0	50	80	3	112	29	22	12	37	1.90
2093091--2093310	114	1.9	114	90	1	352	30	21	15	33	1.94
2095595--2095627	7	4.9	7	85	7	50	0	15	0	84	0.61
2095588--2095628	15	2.9	14	82	7	55	0	14	0	85	0.60
2098939--2098992	14	3.8	14	80	2	54	48	11	14	25	1.77
2101401--2101442	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
2101434--2101501	20	3.3	20	72	10	50	64	5	2	26	1.30
2102810--2102893	3	27.7	3	83	11	109	65	0	0	34	0.93
2109958--2110011	22	2.5	22	100	0	108	35	11	11	42	1.76
2113142--2113188	23	2.0	24	84	12	62	59	8	2	29	1.39
2114572--2114664	46	2.0	46	97	0	177	26	29	26	17	1.97
2115142--2115213	36	2.0	36	97	0	135	25	9	8	56	1.59
2115841--2115873	16	2.1	16	88	5	50	48	0	12	39	1.40
2116846--2116888	19	2.3	19	84	8	52	27	9	2	60	1.40
2117107--2117165	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
2117154--2117230	20	3.8	20	100	0	154	38	15	20	24	1.92
2117150--2117305	20	7.8	20	89	2	138	33	21	19	24	1.97
2117150--2117245	40	2.4	40	87	6	158	37	18	20	22	1.94
2117471--2117515	22	2.0	22	91	0	72	22	44	15	17	1.86
2117481--2117523	22	2.0	22	90	0	68	25	41	13	18	1.88
2117881--2117950	20	3.5	20	84	1	97	10	15	24	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2119675--2119725	18	2.8	18	100	0	102	33	19	5	41	1.76
2119875--2119919	20	2.2	20	92	0	72	35	26	20	17	1.95
2120500--2120541	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
2120524--2120605	42	2.0	42	83	9	105	24	35	17	23	1.95
2122569--2122632	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
2122652--2122968	103	3.1	103	96	0	589	36	24	13	25	1.92
2129596--2129659	23	2.8	22	80	4	74	26	25	26	21	2.00
2129675--2129995	103	3.1	103	95	0	588	36	24	13	25	1.92
2130473--2130510	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2130538--2130580	21	2.0	21	86	0	59	16	23	30	30	1.96
2131325--2131386	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
2131536--2131780	20	12.9	20	78	10	235	25	18	23	33	1.97
2131556--2131772	54	3.9	54	86	3	272	23	17	24	33	1.96
2131751--2132019	140	1.9	139	96	0	493	43	14	12	29	1.82
2134134--2134170	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
2134372--2134418	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
2135235--2135405	20	8.6	20	85	5	166	25	20	22	32	1.98
2135275--2135405	40	3.3	40	89	2	183	25	19	20	34	1.96
2138900--2138962	23	2.7	23	95	0	117	39	14	19	26	1.90
2138933--2139002	36	1.9	36	97	0	131	37	18	18	25	1.94
2139145--2139175	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2141638--2141685	23	2.1	23	100	0	96	35	8	16	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154772--2154878	37	2.9	37	95	0	196	28	13	29	28	1.94
2156860--2156942	42	2.0	42	82	0	103	36	19	10	33	1.86
2156928--2157003	20	3.8	20	92	0	116	27	25	14	32	1.94
2157273--2157329	20	2.8	20	77	12	62	26	22	14	36	1.92
2157559--2157638	22	3.8	22	75	8	85	32	8	23	35	1.86
2157914--2157950	19	1.9	19	88	0	56	27	5	2	64	1.28
2159968--2160034	30	2.5	24	72	28	64	38	0	7	53	1.29
2165962--2165998	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2167847--2167898	27	1.9	27	84	7	70	23	7	44	25	1.79
2172447--2172498	27	1.9	27	84	7	70	23	7	44	25	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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