genome.fa.s8397.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111166_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2560905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015860--2015912	21	2.5	21	93	0	88	30	28	15	26	1.96
2015864--2015921	17	3.2	17	82	9	62	32	27	13	25	1.94
2016636--2016674	17	2.3	17	95	0	69	38	38	2	20	1.66
2017738--2017806	23	3.0	23	84	0	93	33	23	24	18	1.97
2018688--2018718	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2019418--2019539	64	1.9	63	84	1	163	25	18	20	36	1.95
2025927--2025952	12	2.2	12	100	0	52	30	7	7	53	1.57
2026551--2026595	23	2.0	23	86	0	63	24	17	20	37	1.93
2026552--2026602	23	2.2	23	82	0	57	29	19	15	35	1.93
2035363--2035588	21	10.6	21	74	13	169	20	20	25	33	1.97
2035409--2035478	19	3.5	19	74	12	68	20	20	21	38	1.94
2035435--2035533	49	2.0	49	92	0	162	24	21	19	35	1.96
2035484--2035616	42	3.2	41	74	16	139	23	18	23	34	1.96
2041313--2041337	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2042690--2042760	2	37.0	2	79	8	58	56	1	2	39	1.23
2042689--2042799	51	2.1	52	80	8	127	56	0	7	35	1.33
2044274--2044708	43	9.4	43	63	22	150	23	17	24	34	1.96
2044266--2045240	105	9.8	95	92	4	1219	24	17	24	33	1.96
2045995--2046037	21	2.1	20	83	12	52	0	20	2	76	0.89
2046077--2046143	14	5.0	14	75	21	63	0	17	1	80	0.79
2046080--2046132	18	3.1	18	75	20	60	0	16	1	81	0.79
2046080--2046139	7	8.6	7	76	12	61	0	16	1	81	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046080--2046142	21	3.2	19	79	16	74	0	15	1	82	0.74
2054157--2054250	31	3.0	31	92	3	145	37	23	19	20	1.94
2059228--2059261	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
2064207--2064252	23	2.0	24	86	4	67	39	2	0	58	1.10
2064208--2064258	23	2.2	24	82	3	59	37	3	1	56	1.29
2067935--2067999	33	2.0	33	93	0	112	33	7	12	46	1.70
2073849--2074004	65	2.4	65	89	4	224	34	10	12	42	1.77
2078894--2078929	18	2.0	18	88	0	54	16	19	30	33	1.94
2079616--2079686	19	3.7	19	90	0	115	28	32	19	19	1.97
2079703--2079751	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2081203--2081246	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
2081790--2081816	14	1.9	14	100	0	54	11	7	22	59	1.56
2084110--2084150	15	2.7	15	84	0	55	31	9	39	19	1.84
2086066--2086119	27	2.0	27	100	0	108	25	25	18	29	1.98
2088197--2088300	21	4.8	22	70	14	56	27	26	22	23	1.99
2092717--2092774	19	2.8	23	73	24	56	68	5	18	6	1.31
2092738--2092782	18	2.4	20	85	10	60	71	4	15	8	1.28
2112821--2112906	37	2.3	37	78	11	86	50	2	2	45	1.27
2118131--2118163	16	2.1	16	94	0	57	33	27	6	33	1.81
2124588--2124631	19	2.4	18	88	3	61	20	6	0	72	1.07
2124656--2124722	30	2.2	30	79	10	73	26	4	0	68	1.08
2124682--2124734	28	1.9	27	84	3	70	24	5	0	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128705--2128744	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2130386--2130493	50	2.1	52	84	6	150	35	14	12	37	1.85
2131006--2131240	120	2.0	120	93	0	398	27	37	19	15	1.92
2132096--2132287	95	2.0	96	95	1	350	28	10	16	43	1.82
2132532--2132606	38	2.0	38	84	5	98	46	1	4	48	1.29
2132746--2132786	20	2.2	19	91	8	66	24	21	9	43	1.83
2138225--2138309	29	2.9	29	74	8	73	36	17	4	41	1.71
2142364--2142407	20	2.2	21	80	15	58	38	15	4	40	1.68
2143796--2143828	15	2.1	16	88	5	50	54	3	0	42	1.15
2143825--2143888	29	2.2	30	82	2	76	29	20	7	42	1.80
2146304--2146342	2	19.5	2	94	0	69	0	2	48	48	1.15
2146336--2146790	151	3.0	151	96	1	828	30	14	15	39	1.88
2148795--2148913	62	1.9	63	86	5	170	36	23	19	20	1.95
2153351--2153409	25	2.4	25	97	0	109	22	15	22	40	1.90
2154598--2154651	19	2.8	19	97	0	99	22	31	22	24	1.98
2158936--2159414	48	9.9	48	82	4	570	27	22	16	33	1.95
2158949--2159414	147	3.2	146	91	1	713	28	22	16	33	1.95
2159817--2159857	3	13.7	3	89	0	55	36	2	0	60	1.10
2161438--2161483	21	2.2	21	77	11	51	41	6	8	43	1.61
2164857--2164914	25	2.3	27	79	11	68	44	0	3	51	1.18
2165507--2165550	22	2.0	22	83	16	56	22	13	0	63	1.29
2170811--2170853	23	1.9	22	90	4	68	23	0	4	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180540--2180622	43	1.9	43	85	0	112	30	19	18	32	1.95
2180628--2180783	44	3.6	43	84	5	197	33	12	22	31	1.92
2180613--2180814	86	2.3	86	76	10	214	31	13	20	34	1.92
2181817--2182003	31	6.0	31	91	2	277	22	18	21	37	1.94
2181817--2181999	93	2.0	93	92	2	305	22	18	21	37	1.94
2183970--2184067	42	2.3	43	82	3	110	27	17	18	36	1.93
2192669--2192714	22	2.1	22	100	0	92	54	19	4	21	1.61
2194314--2194354	15	2.7	15	85	14	57	36	4	21	36	1.75
2195424--2195524	23	4.4	23	80	0	112	36	24	22	15	1.94
2195630--2195708	14	5.5	13	71	21	52	41	20	2	35	1.66
2195627--2195739	45	2.6	44	82	12	142	40	17	4	37	1.70
2195600--2195739	43	3.2	43	81	8	140	40	17	5	36	1.72
2208896--2209098	100	2.0	100	100	0	406	32	10	11	46	1.73
2209904--2209934	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
2212625--2212697	29	2.4	31	84	4	87	45	10	10	32	1.74
2215227--2215706	182	2.6	183	88	2	682	43	13	15	27	1.85
2217469--2217524	24	2.5	23	77	11	62	44	0	5	50	1.25
2217901--2217965	21	3.1	21	95	0	112	43	10	32	13	1.79
2218014--2218079	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
2218262--2218300	18	2.2	18	90	0	60	58	0	38	2	1.12
2219874--2219922	19	2.6	19	90	0	80	30	0	6	63	1.19
2221809--2222075	127	2.1	128	84	5	362	42	11	13	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222054--2222095	21	2.0	20	86	4	57	28	11	11	47	1.76
2221934--2222693	200	3.8	200	92	0	1207	37	12	16	34	1.86
2224281--2224314	17	2.0	17	88	0	50	29	0	23	47	1.52
2226962--2227016	21	2.6	21	97	0	101	41	10	12	34	1.78
2226797--2227200	221	1.8	221	87	2	596	41	12	15	30	1.84
2227530--2227649	64	1.9	64	94	0	213	30	10	14	44	1.79
2232012--2232145	64	2.1	65	88	8	202	41	15	9	33	1.80
2234266--2234740	182	2.6	183	88	1	693	43	13	16	26	1.85
2236849--2236881	15	2.2	15	100	0	66	18	6	63	12	1.48
2236964--2237004	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
2237041--2237105	33	2.0	33	90	0	103	30	0	46	23	1.53
2238891--2238939	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2239175--2239615	200	2.2	200	97	0	828	35	15	19	29	1.92
2239486--2239723	132	1.8	132	97	0	449	35	13	19	31	1.90
2241388--2241439	6	8.7	6	78	0	50	40	7	30	21	1.81
2241388--2241439	12	4.3	12	85	0	68	40	7	30	21	1.81
2242703--2243047	184	1.9	184	95	1	620	36	13	15	34	1.87
2245746--2246585	182	4.6	182	94	1	1445	42	12	16	27	1.85
2246721--2246768	23	2.1	23	84	0	60	41	18	4	35	1.70
2246721--2246887	87	1.9	86	90	3	264	35	14	8	41	1.77
2253977--2254001	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2258925--2259373	229	2.0	227	95	0	799	44	7	7	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259606--2259652	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2259615--2259657	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2261886--2261938	21	2.5	21	81	0	70	39	13	32	15	1.85
2261984--2262049	33	2.0	33	84	0	87	28	0	45	25	1.54
2263841--2263889	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2264008--2264979	199	4.9	199	96	0	1779	36	15	16	31	1.90
2266441--2266502	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
2266441--2266532	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
2266456--2266536	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
2266444--2266520	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13