genome.fa.s8397.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111166_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2560905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266444--2266532	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
2266441--2266532	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
2270818--2270882	25	2.6	25	77	0	76	36	9	12	41	1.75
2271228--2271300	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2271658--2271730	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2271026--2272078	430	2.5	430	97	0	1970	41	7	12	39	1.71
2276756--2276820	32	2.0	32	84	0	85	32	18	15	33	1.92
2277162--2277245	37	2.2	38	79	8	91	59	2	0	38	1.10
2277207--2277240	17	2.1	17	88	5	52	73	2	0	23	0.97
2277202--2277240	17	2.4	16	83	8	51	71	2	0	25	0.98
2291838--2291872	18	1.9	18	88	0	52	20	31	31	17	1.95
2295651--2295686	18	2.0	18	94	0	63	36	19	22	22	1.95
2295380--2296319	289	3.3	286	87	3	1248	31	21	15	31	1.94
2295380--2296319	286	3.3	281	86	5	1213	31	21	15	31	1.94
2296226--2296261	18	2.0	18	94	0	63	36	19	22	22	1.95
2302423--2302479	30	1.9	30	88	0	87	7	45	8	38	1.62
2303326--2303421	39	2.5	39	77	1	104	40	13	0	45	1.43
2303459--2303507	13	3.6	13	80	17	55	24	2	2	71	1.07
2307212--2307240	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
2308430--2308795	181	2.0	183	95	1	664	28	11	18	42	1.84
2318912--2318957	20	2.3	20	84	0	65	39	10	23	26	1.88
2320820--2321163	2	177.0	2	64	20	99	47	2	4	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320942--2321108	89	1.9	89	93	0	289	47	2	4	44	1.39
2320976--2321108	29	4.5	29	69	17	85	45	1	5	47	1.34
2320942--2321135	89	2.2	89	87	1	273	47	3	5	43	1.42
2321011--2321193	66	2.8	62	72	19	158	48	3	6	42	1.44
2321444--2321476	5	7.0	5	96	3	52	42	0	15	42	1.46
2321661--2321772	20	5.5	21	77	18	105	41	7	8	42	1.63
2321686--2321733	18	2.8	18	84	12	66	43	6	8	41	1.60
2321661--2321765	22	5.1	21	74	19	69	40	7	8	42	1.64
2321812--2321864	21	2.5	21	84	0	70	39	7	3	49	1.49
2321791--2321893	22	4.8	22	74	13	88	36	5	7	49	1.56
2321876--2322060	31	5.8	30	75	20	153	41	3	4	49	1.42
2321882--2322136	65	3.9	65	78	14	233	44	3	3	48	1.37
2322013--2322162	31	4.8	33	72	20	110	46	1	3	48	1.27
2322100--2322155	15	3.9	15	81	13	73	48	0	0	51	1.00
2322100--2322157	28	2.1	27	90	9	91	50	0	0	50	1.00
2322100--2322178	28	2.9	28	81	12	76	51	0	2	45	1.14
2322428--2322472	23	2.0	21	83	8	54	17	26	8	46	1.78
2322884--2322947	6	10.8	6	80	9	60	39	45	1	14	1.54
2322849--2322964	17	6.6	17	71	11	65	40	43	3	12	1.60
2322952--2322986	18	1.9	18	88	0	52	37	28	17	17	1.92
2323002--2323041	19	2.0	20	85	4	55	50	32	0	17	1.47
2323280--2323515	102	2.3	102	93	0	400	22	8	18	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326281--2326595	31	10.2	31	96	0	585	33	15	11	38	1.84
2327105--2327325	64	3.4	65	82	6	227	28	18	20	32	1.96
2329105--2329151	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
2329103--2329152	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
2329399--2329437	16	2.4	16	86	0	51	46	10	20	23	1.81
2329401--2329468	32	2.1	32	88	0	100	44	10	25	20	1.83
2329409--2329468	16	3.8	16	93	0	102	43	10	25	21	1.83
2331400--2331477	38	2.0	39	95	2	140	11	10	37	41	1.75
2332042--2332157	17	6.7	17	87	3	142	29	26	8	35	1.86
2332042--2332157	35	3.3	35	85	2	162	29	26	8	35	1.86
2333126--2333150	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2333459--2333526	2	35.5	2	78	19	74	48	4	0	47	1.22
2335903--2335946	16	2.5	17	82	17	54	29	4	40	25	1.75
2336282--2336415	66	2.0	66	100	0	268	46	19	13	20	1.83
2338570--2338598	14	2.0	15	93	6	51	13	31	6	48	1.69
2339298--2339372	3	24.7	3	91	2	105	61	0	0	38	0.96
2339631--2339661	16	1.9	16	93	0	53	19	19	12	48	1.81
2339595--2340145	113	4.9	113	89	4	775	31	18	15	34	1.92
2340983--2341211	82	2.8	82	95	0	404	37	23	12	26	1.90
2353754--2353800	14	3.4	14	77	11	60	57	0	6	36	1.24
2354378--2354407	14	2.1	15	93	6	53	13	33	6	46	1.69
2355109--2355183	3	24.7	3	86	2	78	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356542--2357553	105	9.6	105	95	0	1747	32	25	18	23	1.97
2359410--2359442	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2360070--2360095	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2361402--2361546	60	2.5	58	87	4	202	42	2	20	34	1.67
2361401--2361497	29	3.3	29	66	16	81	40	2	23	34	1.67
2361849--2361909	20	3.0	20	82	0	77	37	34	9	18	1.83
2362968--2363095	63	2.0	63	100	0	256	28	10	22	37	1.88
2365564--2365641	36	2.2	36	100	0	156	19	33	10	37	1.85
2366453--2366576	54	2.3	54	90	2	196	9	16	36	37	1.81
2369117--2369158	22	1.9	22	85	9	59	45	0	33	21	1.52
2378456--2378484	5	5.8	5	100	0	58	58	41	0	0	0.98
2384829--2384921	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2384829--2384921	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2384848--2384982	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
2384907--2384957	20	2.5	20	77	3	57	45	19	15	19	1.86
2384907--2384998	41	2.2	41	86	0	121	41	21	15	21	1.90
2385172--2385215	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
2386804--2386848	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2387316--2387382	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2387371--2387428	14	3.9	14	81	16	71	50	22	17	10	1.76
2387355--2387445	32	2.8	33	93	3	157	48	20	18	12	1.80
2387462--2387519	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387457--2387535	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2387476--2387593	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
2387547--2387735	95	2.0	95	98	1	371	20	14	20	44	1.86
2389495--2389562	19	3.8	19	83	14	92	45	17	22	14	1.85
2389582--2389637	20	2.8	20	94	0	94	16	23	23	37	1.93
2390681--2390726	24	2.0	23	86	4	65	23	17	21	36	1.94
2390895--2390919	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2393195--2393320	33	3.8	33	87	5	193	42	19	23	15	1.89
2393195--2393325	19	7.8	18	66	23	88	41	19	22	15	1.89
2393196--2393326	66	2.0	65	95	1	235	41	19	22	16	1.90
2393502--2393538	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2396990--2397049	20	3.0	20	80	0	66	48	18	20	13	1.81
2397014--2397112	33	3.0	33	89	1	144	40	26	22	11	1.87
2396989--2397173	19	10.1	19	75	14	156	44	21	21	12	1.84
2397084--2397173	39	2.3	38	90	1	144	46	21	20	12	1.82
2397169--2397235	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2397751--2397803	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2397834--2397889	21	2.7	21	97	0	103	16	26	17	39	1.91
2401484--2401537	23	2.3	23	80	0	72	22	25	18	33	1.97
2402949--2402992	23	1.9	23	90	0	70	27	25	27	20	1.99
2403318--2403379	25	2.5	24	82	10	70	43	9	11	35	1.73
2409679--2409735	23	2.5	23	88	0	78	28	24	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412820--2412854	18	1.9	18	94	0	61	31	22	14	31	1.94
2418588--2419371	391	2.0	391	92	1	1293	37	17	21	22	1.94
2422685--2422968	141	2.0	141	88	4	421	23	19	17	39	1.92
2426092--2426145	18	3.3	17	80	15	60	31	0	0	68	0.90
2426092--2426145	3	18.7	3	74	14	51	31	0	0	68	0.90
2426092--2426144	13	3.9	14	79	16	58	32	0	0	67	0.91
2430618--2430821	110	1.9	106	94	4	363	33	23	17	25	1.96
2431090--2431561	124	3.8	122	72	10	398	32	23	17	25	1.97
2431023--2431496	253	1.9	253	87	3	695	33	22	17	26	1.96
2431346--2431586	124	1.9	124	89	1	376	31	25	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13