genome.fa.s8397.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111166_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2560905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635404--635472	30	2.3	30	87	0	93	39	2	21	36	1.69
635684--635751	23	3.0	23	91	0	100	20	27	26	25	1.99
636407--636487	40	2.0	40	92	0	135	48	12	6	33	1.66
637499--637549	19	2.7	19	96	0	93	21	41	15	21	1.90
638191--638225	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
638619--638669	22	2.3	22	100	0	102	23	0	23	52	1.47
640479--640516	16	2.3	16	83	16	51	39	0	5	55	1.23
654117--654279	79	2.1	79	96	2	301	26	11	16	46	1.80
674712--674746	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
675064--675112	14	3.4	14	75	10	53	42	0	0	57	0.99
675463--675498	18	1.9	19	88	5	56	75	0	5	19	1.00
676300--676330	14	2.2	14	94	0	53	58	25	12	3	1.50
676625--676654	10	3.0	10	95	0	51	60	10	13	16	1.59
676616--676671	24	2.3	24	87	0	85	58	14	12	14	1.63
676616--676668	14	4.1	14	76	18	51	58	15	13	13	1.64
680586--680610	11	2.3	11	100	0	50	48	16	0	36	1.46
680673--680711	17	2.4	17	91	4	62	43	2	5	48	1.38
681867--681910	15	2.9	15	86	10	54	47	2	2	47	1.27
682984--683029	23	2.0	23	83	12	58	47	0	2	50	1.13
683884--683918	13	2.8	13	95	4	63	31	17	37	14	1.89
683912--683945	11	3.1	11	95	0	59	38	23	17	20	1.93
683945--684024	22	3.4	22	73	18	79	33	18	38	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683973--684138	28	5.6	28	78	13	188	33	19	35	10	1.87
683947--684172	61	4.1	51	76	21	213	34	19	35	10	1.86
683967--684157	61	3.1	61	96	0	346	34	20	34	10	1.87
684171--684279	29	3.8	29	95	2	184	14	31	32	22	1.94
684329--684402	37	2.0	37	97	2	141	16	45	13	24	1.83
684407--684441	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
684531--684575	22	2.0	23	95	4	83	48	4	37	8	1.55
684585--684617	13	2.6	13	85	4	50	60	0	39	0	0.97
684584--684634	20	2.5	21	90	3	77	62	0	35	1	1.06
684832--684922	46	1.9	48	86	8	134	41	0	12	46	1.41
686316--686360	21	2.1	21	84	8	56	42	2	2	53	1.25
687331--687592	12	19.3	13	70	22	102	43	10	2	43	1.51
687406--687595	25	7.7	26	76	17	147	42	10	2	44	1.52
687325--687570	97	2.5	97	94	3	435	44	10	2	43	1.49
690462--690520	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
690795--690840	17	2.6	19	80	13	53	47	13	0	39	1.42
691319--691378	28	2.2	28	93	3	104	56	11	0	31	1.35
691356--691403	21	2.3	20	85	7	69	52	16	0	31	1.45
691888--691945	25	2.3	25	79	5	64	24	43	15	17	1.87
692003--692082	29	2.8	29	96	0	142	17	30	32	20	1.95
701688--701744	28	2.0	28	83	6	71	33	17	21	28	1.96
708743--708797	14	4.2	12	80	11	56	52	1	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715302--715769	233	2.0	233	100	0	936	29	15	23	31	1.95
725261--725333	31	2.3	32	83	2	94	39	6	9	43	1.64
725261--725372	32	3.6	32	75	3	95	42	9	6	41	1.63
729738--729786	22	2.3	22	79	13	57	22	0	6	71	1.08
732380--732482	36	2.9	36	97	0	188	25	15	16	42	1.87
734143--734194	22	2.2	25	86	10	74	34	0	0	65	0.93
736007--736116	29	3.8	29	90	2	177	45	15	21	17	1.85
736020--736068	17	3.2	17	67	27	54	42	18	24	14	1.87
742308--742351	21	2.1	21	100	0	88	29	18	18	34	1.94
742917--743026	29	3.8	29	92	2	186	45	15	20	18	1.85
752466--752510	2	23.5	2	91	8	76	51	0	0	48	1.00
752758--752784	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
755771--755824	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
762502--762545	22	2.0	22	82	4	54	45	18	4	31	1.69
780886--780946	14	4.6	14	73	17	51	47	14	0	37	1.45
781779--781816	19	2.0	19	100	0	76	26	15	10	47	1.78
781781--781824	19	2.3	19	92	0	70	27	15	15	40	1.88
784706--784774	23	3.0	23	78	0	75	28	24	24	21	1.99
786028--786065	11	3.5	11	96	0	67	63	0	34	2	1.09
787052--787109	2	30.0	2	93	6	102	50	0	0	50	1.00
788091--788148	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
794777--794824	22	2.2	22	85	3	62	56	14	18	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797519--797667	37	4.0	37	96	0	271	43	12	12	31	1.79
798615--798675	26	2.4	25	75	8	59	36	4	4	54	1.44
798922--798968	21	2.2	21	85	7	60	17	12	0	70	1.17
799915--800067	83	1.8	83	88	0	234	24	28	19	28	1.99
800410--800471	28	2.1	30	94	5	110	29	0	14	56	1.39
800433--800535	45	2.1	48	81	10	122	41	0	8	48	1.40
800942--801003	17	3.5	17	72	12	61	40	0	11	48	1.39
804357--804471	49	2.3	49	90	0	185	43	0	9	46	1.36
804460--804518	22	2.5	24	84	10	70	38	0	10	50	1.36
804357--804493	49	2.8	46	84	9	159	42	0	9	48	1.35
804468--804556	11	7.5	11	72	19	54	43	1	6	48	1.36
804587--804689	25	4.2	26	79	14	128	47	3	5	42	1.45
804458--804875	12	35.9	11	69	18	137	44	2	8	44	1.48
804484--804818	156	2.1	156	91	1	537	44	3	8	43	1.50
804599--804711	48	2.4	47	92	3	181	49	5	4	40	1.45
804657--804876	97	2.3	98	84	5	286	44	2	9	43	1.51
804805--804838	8	4.2	8	88	11	52	38	0	8	52	1.33
805465--805750	143	2.0	143	97	0	545	35	6	11	46	1.66
810485--810529	23	2.0	23	90	0	72	35	2	2	60	1.22
811805--811944	48	3.1	48	61	31	119	44	10	7	37	1.67
811779--811905	37	3.1	37	63	25	85	41	13	9	35	1.77
811778--811947	85	2.0	85	100	0	340	42	11	9	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814967--815302	162	2.1	162	90	0	528	41	15	16	27	1.88
819736--820095	51	7.0	51	97	1	639	28	27	15	29	1.96
820008--820089	27	3.1	27	60	16	64	30	24	14	30	1.95
821407--821554	54	2.8	53	75	17	137	8	14	0	77	0.98
821420--821547	7	17.7	7	72	22	54	8	14	0	77	0.99
821407--821554	15	9.7	15	72	19	103	8	14	0	77	0.98
821416--821561	8	17.5	8	72	16	84	8	14	0	77	0.98
835156--835203	18	2.7	18	83	0	60	25	6	50	18	1.70
836883--836940	24	2.4	24	85	11	82	34	3	12	50	1.57
836902--836938	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
836894--836946	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
838471--839427	199	4.8	199	91	2	1480	38	14	14	31	1.87
838471--839427	397	2.4	395	91	1	1549	38	14	14	31	1.87
843500--843525	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
843755--843783	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
845785--845840	26	2.2	26	83	0	67	33	1	0	64	1.04
847332--847394	21	3.1	21	77	9	67	34	4	15	44	1.68
847300--847403	40	2.6	40	78	11	115	36	3	13	46	1.62
847547--847615	7	10.0	7	73	3	59	46	34	0	18	1.50
847732--847758	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
847850--847909	21	2.9	22	78	9	72	53	25	0	21	1.46
848250--848302	20	2.5	20	72	6	52	47	7	7	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848281--848375	48	2.0	49	87	2	138	50	7	7	34	1.58
848286--848389	48	2.1	49	84	7	131	50	9	6	32	1.61
848372--848430	28	2.1	28	83	0	73	52	25	0	22	1.47
848815--848844	13	2.3	13	100	0	60	53	6	0	40	1.27
848784--848834	20	2.4	21	74	9	59	45	5	7	41	1.57
848919--848989	14	5.1	14	77	3	63	49	26	0	23	1.51
847808--850691	546	5.3	546	93	2	4826	43	12	8	35	1.74
849330--849382	20	2.5	20	72	6	52	47	5	9	37	1.60
849452--849522	14	5.1	14	74	3	54	49	26	0	23	1.51
849452--849528	41	1.9	40	89	2	118	49	24	0	25	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13