genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3174--3221	13	3.6	13	76	15	53	0	22	2	75	0.91
3177--3231	24	2.3	24	78	12	60	0	21	1	76	0.88
3179--3230	21	2.5	20	80	17	61	0	21	1	76	0.87
8594--8628	14	2.5	14	90	9	54	0	17	2	80	0.84
11450--11494	23	2.0	23	82	8	56	42	26	11	20	1.85
27874--27925	23	2.2	25	80	13	65	32	0	38	28	1.57
28302--28344	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
30883--30944	33	1.9	32	84	12	83	56	0	30	12	1.37
37080--37119	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
41348--41387	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
41598--41633	15	2.4	15	90	0	54	50	5	0	44	1.25
44503--44673	86	2.0	85	93	3	290	28	21	14	35	1.93
50233--50301	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
50287--50383	13	8.0	12	72	22	62	28	3	37	30	1.73
50272--50384	36	3.2	36	92	1	174	27	3	36	32	1.74
54253--54328	36	2.1	36	87	2	109	34	36	2	26	1.71
54299--54367	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
58618--58693	36	2.1	36	87	2	109	34	36	2	26	1.71
58664--58732	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
60207--60248	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
61344--61415	2	36.5	2	97	2	137	51	0	0	48	1.00
72646--72749	45	2.3	45	94	0	181	29	22	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72659--72729	22	3.2	22	61	11	54	29	19	11	39	1.87
72655--72768	45	2.5	45	88	1	129	30	21	10	37	1.87
73238--73339	34	2.9	35	85	4	152	34	3	35	26	1.75
73682--73724	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
77123--77238	35	3.3	35	87	1	178	34	2	37	25	1.70
87930--87972	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
95060--95117	13	4.5	13	82	10	66	0	10	12	77	0.99
95072--95133	13	4.5	13	70	21	54	0	6	9	83	0.79
95072--95132	10	5.8	10	76	16	61	0	6	9	83	0.80
95952--95994	22	2.0	22	86	9	61	48	13	4	32	1.63
96770--96802	15	2.2	15	94	0	57	21	21	24	33	1.97
105055--105097	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
108269--108310	19	2.2	19	95	0	75	35	14	4	45	1.66
112107--112210	45	2.3	45	91	0	163	29	23	8	38	1.84
115140--115178	12	3.2	12	96	0	69	76	10	12	0	1.01
115130--115178	23	2.1	23	84	0	62	77	12	10	0	0.99
123235--123338	45	2.3	45	93	0	172	29	22	8	39	1.84
123832--123946	34	3.3	35	82	10	155	35	4	33	26	1.76
124289--124331	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
127750--127865	35	3.3	35	86	1	169	34	2	37	25	1.70
134496--134599	45	2.3	45	89	0	154	28	23	9	38	1.86
137887--137944	20	2.5	22	73	21	57	32	12	8	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137967--138026	30	2.0	31	87	9	88	30	11	6	51	1.64
138928--138965	20	2.1	18	85	14	51	47	7	7	36	1.62
139380--139438	5	11.4	5	89	3	82	23	16	0	59	1.37
139380--139457	27	3.0	27	80	10	74	23	16	0	60	1.36
142375--142403	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
150495--150551	30	1.9	30	85	7	80	5	12	5	77	1.11
152340--152367	14	2.0	14	100	0	56	21	28	0	50	1.49
152371--152459	44	2.0	44	84	6	115	31	22	7	38	1.83
152564--152683	40	3.0	40	89	4	190	35	25	15	24	1.94
157653--157741	44	2.0	44	100	0	178	37	17	8	35	1.82
159305--159431	44	2.8	47	83	9	147	30	22	7	39	1.81
159536--159656	39	3.0	40	95	2	217	34	28	14	22	1.94
190830--190869	19	2.2	19	86	4	55	0	20	2	77	0.88
193230--193288	29	2.0	31	86	6	86	30	8	10	50	1.66
195805--195831	14	1.9	14	100	0	54	22	37	0	40	1.54
195978--196011	15	2.3	15	90	5	52	26	23	0	50	1.50
196275--196319	22	2.0	23	91	4	74	77	2	15	4	1.02
199356--199401	19	2.4	19	82	13	51	41	10	6	41	1.66
199740--199776	14	2.6	14	91	0	56	27	43	0	29	1.55
199918--199967	21	2.3	21	80	10	57	24	24	0	52	1.48
205132--205167	17	2.1	18	89	5	56	50	8	5	36	1.56
205496--205532	14	2.6	14	91	0	56	27	43	0	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208180--208218	20	1.9	21	84	5	53	25	20	5	48	1.70
208908--208956	19	2.6	19	90	3	73	32	16	6	44	1.72
209281--209313	14	2.4	14	95	5	59	24	45	0	30	1.53
212127--212173	22	2.0	23	92	8	78	31	36	12	19	1.89
212411--212459	19	2.6	19	90	3	73	32	16	6	44	1.72
212794--212829	13	2.6	14	91	4	56	27	41	0	30	1.56
212973--213003	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
213276--213317	14	3.0	14	82	10	50	80	2	14	2	0.90
215434--215492	24	2.5	24	91	0	100	30	35	11	22	1.90
215605--215646	17	2.5	17	100	0	84	28	23	19	28	1.98
215797--215845	18	2.6	19	90	3	73	32	16	6	44	1.72
216180--216211	14	2.4	14	94	5	57	25	43	0	31	1.55
218823--218856	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
225093--225135	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
225092--225141	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
228980--229082	33	3.1	33	82	10	95	31	36	1	30	1.69
228980--229082	35	3.1	34	81	13	99	31	36	1	30	1.69
232993--233096	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
236729--236762	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
239711--239741	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
240015--240053	11	3.5	11	80	13	53	82	0	15	2	0.79
240010--240063	22	2.4	23	81	6	74	75	0	20	3	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242798--242856	24	2.5	24	94	0	100	30	35	11	22	1.90
243147--243196	19	2.6	19	87	0	64	32	18	8	42	1.79
243535--243572	13	2.8	14	96	4	69	23	44	0	31	1.54
243917--243957	6	6.7	6	83	5	55	80	4	14	0	0.87
243984--244027	23	1.9	23	90	0	70	75	2	15	6	1.12
247165--247215	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
247288--247528	122	2.0	122	95	0	437	30	15	14	39	1.87
247679--247714	13	2.6	14	91	4	56	25	41	0	33	1.55
247859--247889	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
248101--248158	18	3.2	18	95	4	100	79	5	15	0	0.90
248101--248158	24	2.4	24	78	15	66	79	5	15	0	0.90
248101--248158	6	9.7	6	75	14	57	79	5	15	0	0.90
257554--257592	19	2.1	19	90	4	62	58	15	15	10	1.62
258786--258828	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
263135--263379	122	2.0	122	96	0	454	31	16	13	38	1.88
263526--263561	13	2.6	14	91	4	56	27	44	0	27	1.55
267358--267393	13	2.6	14	95	4	65	25	44	0	30	1.54
267856--267892	15	2.5	15	90	0	56	83	0	13	2	0.74
270963--271012	19	2.6	19	93	0	82	34	14	8	44	1.74
271085--271328	122	2.0	122	95	0	445	30	15	15	38	1.89
271475--271510	13	2.6	14	91	4	56	27	41	0	30	1.56
271666--271696	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271979--272020	14	3.0	14	82	10	50	80	2	14	2	0.90
275135--275180	20	2.3	20	85	3	58	39	13	6	41	1.70
275960--275999	18	2.2	19	86	8	57	77	7	15	0	0.98
279575--279610	13	2.6	14	95	4	65	25	44	0	30	1.54
279766--279796	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
280313--280356	19	2.5	16	82	17	52	34	29	0	36	1.58
280313--280358	17	2.5	20	86	13	64	32	30	0	36	1.58
282011--282045	13	2.6	14	90	4	54	28	42	0	28	1.56
282202--282232	15	2.1	15	93	0	53	22	29	0	48	1.51
282444--282483	18	2.2	19	86	8	57	77	7	15	0	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14