genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626600--626645	22	2.1	22	84	4	58	76	2	10	10	1.12
626590--626646	22	2.5	22	72	13	53	77	1	8	12	1.07
631246--631291	23	2.0	24	86	4	67	39	0	4	56	1.19
632267--632305	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
632522--632551	13	2.2	13	94	5	51	30	0	0	70	0.88
632512--632563	23	2.3	22	83	12	61	32	0	0	67	0.91
632518--632567	17	2.9	16	82	14	55	30	0	0	70	0.88
632648--632694	22	2.0	24	84	8	62	21	12	0	65	1.25
635785--635832	13	3.5	14	83	11	64	79	8	10	2	1.02
635791--635832	14	2.9	15	75	13	52	78	9	9	2	1.05
635767--635836	26	2.7	24	74	22	61	77	7	12	2	1.09
635785--635836	21	2.5	22	78	12	65	78	7	11	1	1.02
636465--636519	22	2.5	22	93	0	92	40	27	10	21	1.87
637206--638571	106	12.9	106	88	0	1946	34	23	17	23	1.96
638750--639046	83	3.6	83	83	3	373	31	22	19	25	1.98
638978--639123	78	1.9	77	85	4	204	32	20	19	26	1.97
639562--639659	34	2.8	36	84	4	110	42	14	13	29	1.83
640352--640408	19	3.4	17	77	20	57	26	3	3	66	1.24
640324--640392	29	2.3	31	76	16	74	27	4	4	63	1.32
645945--646014	34	2.1	34	86	5	99	24	28	14	32	1.94
654436--654847	55	7.5	55	88	1	567	34	17	11	36	1.85
655209--655384	94	1.9	95	84	3	239	23	22	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660981--661022	20	2.1	20	90	0	66	35	21	9	33	1.86
672052--672077	7	3.7	7	100	0	52	46	0	26	26	1.53
683560--683997	55	7.9	55	86	1	599	35	18	9	36	1.84
683581--683997	221	1.9	220	88	1	638	35	17	9	37	1.83
690036--690353	55	5.8	55	87	5	430	35	17	11	35	1.86
690036--690353	165	1.9	164	89	0	492	35	17	11	35	1.86
690783--690832	20	2.4	22	80	16	61	26	28	12	34	1.92
690709--690884	94	1.9	95	83	8	234	23	23	13	38	1.91
701237--701516	41	6.8	40	76	8	206	33	20	15	30	1.94
701229--701516	82	3.5	82	78	4	267	32	21	14	30	1.94
703232--703269	20	1.9	20	88	0	58	78	10	10	0	0.95
707371--707773	209	1.9	210	96	0	745	24	22	11	41	1.87
708060--708158	49	2.0	49	96	0	180	23	11	13	52	1.71
711028--711244	43	5.2	42	76	10	187	24	20	19	34	1.96
711665--711724	31	1.9	31	83	6	77	55	1	3	40	1.27
715370--715408	19	2.1	19	90	9	62	25	25	0	48	1.51
716060--716105	14	3.1	16	75	15	53	36	6	13	43	1.69
716105--716166	2	31.5	2	91	3	99	53	0	1	45	1.10
716152--716293	39	3.7	37	80	11	162	42	4	6	45	1.51
716150--716332	40	4.7	38	77	13	151	43	5	6	44	1.53
716401--716445	5	9.0	5	100	0	90	40	0	0	60	0.97
716401--716470	10	7.1	9	85	7	68	34	0	1	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717680--717757	27	2.9	26	79	9	68	23	2	5	69	1.21
720584--720636	19	2.8	19	97	0	97	30	35	16	16	1.92
720723--720766	19	2.4	19	85	7	56	22	27	22	27	1.99
720624--720772	64	2.3	63	77	7	158	28	22	22	26	1.99
729210--729272	29	2.1	30	97	2	119	39	14	14	31	1.86
729253--729438	65	2.9	63	82	5	230	30	24	19	25	1.98
729384--729432	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
734636--734703	22	3.1	22	68	8	66	17	16	5	60	1.55
739762--739883	62	2.0	64	85	11	173	43	4	8	44	1.53
739819--739917	40	2.4	42	83	8	123	47	5	7	40	1.53
739819--739917	41	2.4	41	80	11	114	47	5	7	40	1.53
740908--741027	61	2.0	61	93	0	204	25	26	16	30	1.97
747856--748040	63	2.9	63	85	0	253	14	31	8	46	1.73
751876--751927	21	2.5	21	93	0	86	40	5	21	32	1.77
752934--753157	67	3.2	69	79	12	235	42	3	9	43	1.55
752934--753099	24	7.1	26	75	18	102	42	3	10	43	1.56
752938--753156	22	9.5	22	70	18	135	42	3	10	43	1.55
753126--753181	29	2.0	27	86	6	76	44	0	5	50	1.25
757339--757376	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
762552--762604	27	2.0	26	96	3	97	18	26	28	26	1.98
763192--763272	21	3.9	21	73	14	78	37	18	14	29	1.91
764786--764871	35	2.4	35	86	5	111	26	13	25	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766944--767394	73	6.2	73	94	0	787	27	21	20	31	1.98
767552--767604	3	17.3	3	88	7	72	37	0	0	62	0.96
767552--767605	23	2.3	24	87	9	85	38	0	0	61	0.96
769066--769128	29	2.2	27	81	15	74	33	6	3	57	1.40
769222--769283	11	5.5	11	78	14	72	30	3	0	66	1.08
769222--769285	23	2.8	24	84	13	89	31	3	0	65	1.08
769223--769286	12	5.5	12	78	14	71	29	3	0	67	1.06
771739--771792	28	1.9	28	92	0	90	35	16	20	27	1.94
777542--777583	12	3.5	12	87	9	59	85	7	0	7	0.73
783863--783912	4	13.5	4	79	12	54	26	0	0	74	0.83
783863--783912	15	3.4	15	94	2	84	26	0	0	74	0.83
796353--796393	20	2.0	22	90	9	68	21	19	7	51	1.71
806774--806848	30	2.5	29	79	10	80	45	13	5	36	1.66
812787--812823	14	2.5	15	84	16	51	51	10	24	13	1.73
814567--814618	20	2.5	20	75	3	59	82	9	7	0	0.84
814570--814620	15	3.5	15	71	12	52	84	7	7	0	0.78
820159--820185	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
821490--821546	30	1.9	29	89	3	87	45	14	5	35	1.67
823054--823275	117	1.9	117	83	1	284	31	23	25	19	1.98
823063--823287	78	2.9	78	79	4	247	31	23	25	19	1.98
823054--823288	39	6.0	39	79	4	215	30	23	26	19	1.98
825411--825475	29	2.2	30	84	10	82	38	7	16	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829077--829121	20	2.2	20	88	0	63	37	2	20	40	1.65
832651--832886	116	2.0	116	96	0	436	30	23	21	24	1.99
840040--840231	95	2.0	95	92	0	321	36	8	9	45	1.68
841664--841701	20	1.9	20	94	0	67	15	18	23	42	1.89
843286--843327	19	2.3	19	83	4	59	45	4	9	40	1.58
843955--844064	31	3.5	31	82	7	143	16	26	31	25	1.96
850280--850910	55	11.6	54	76	8	467	30	20	18	30	1.96
850878--850944	34	2.0	34	90	0	107	26	26	14	31	1.95
850908--851141	55	4.2	56	82	5	280	29	20	18	32	1.96
850822--850999	89	2.0	89	81	4	207	29	20	18	31	1.97
850793--851054	144	1.8	144	81	4	332	27	21	17	32	1.96
850713--851092	199	1.9	199	83	6	502	30	19	18	31	1.96
850682--851141	254	1.8	254	85	2	656	29	20	18	31	1.96
856797--856900	26	4.1	26	92	2	176	37	18	11	32	1.87
860662--860938	42	6.5	42	92	1	423	33	25	24	16	1.96
863375--863500	31	4.1	31	90	6	186	34	24	20	20	1.97
863375--863500	61	2.0	62	88	7	186	34	24	20	20	1.97
864076--864133	20	2.6	22	86	10	75	25	22	22	29	1.99
864121--864261	64	2.2	63	82	7	169	25	24	17	32	1.97
867233--867336	31	3.4	30	95	2	181	33	26	19	20	1.96
867233--867359	62	2.0	62	90	3	202	34	25	19	20	1.96
867233--867359	31	4.1	31	87	6	177	34	25	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867980--868119	64	2.2	63	82	6	158	26	24	17	32	1.97
872171--872460	42	6.8	42	93	1	447	32	24	25	18	1.97
875242--875271	13	2.3	13	94	0	51	16	20	46	16	1.84
879908--879980	32	2.3	32	82	0	101	15	31	30	23	1.95
882736--882810	30	2.5	31	76	20	79	40	8	21	30	1.82
882759--882823	30	2.2	30	83	8	80	38	9	20	32	1.84
884004--884041	20	1.9	20	89	10	60	31	0	21	47	1.51
884606--884634	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
885079--885238	63	2.5	64	80	13	188	46	1	5	46	1.37
885097--885177	2	40.5	2	75	18	53	45	0	4	49	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14