genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021587--2021667	16	4.8	16	86	7	90	49	3	0	46	1.19
2022280--2022494	116	1.8	118	90	3	353	33	24	9	33	1.87
2022815--2022894	14	5.6	13	71	20	54	12	1	8	77	1.05
2022842--2022899	25	2.3	24	85	2	71	12	1	6	79	1.00
2023516--2023563	25	1.9	25	83	8	62	16	4	2	77	1.03
2023745--2023824	27	3.2	25	81	10	65	13	5	5	76	1.12
2023780--2023937	7	22.9	7	67	16	64	15	3	4	76	1.07
2023780--2023937	13	12.1	12	66	17	57	15	3	4	76	1.07
2023769--2023832	27	2.3	28	89	5	103	15	3	3	78	1.01
2023769--2023848	25	3.1	26	82	7	83	15	3	2	78	0.99
2023808--2023842	18	1.9	18	100	0	70	14	5	0	80	0.89
2023771--2023937	32	5.4	32	70	17	104	16	2	4	76	1.09
2023731--2023854	11	10.7	11	68	19	58	13	4	5	76	1.11
2023738--2023853	18	6.6	18	72	14	66	13	4	5	76	1.10
2023773--2023934	43	3.7	44	75	17	124	16	3	4	75	1.11
2023889--2023935	25	1.9	25	83	12	62	17	0	4	78	0.90
2023962--2024018	22	2.6	23	89	10	84	7	3	7	82	0.94
2023967--2024022	23	2.4	24	85	14	82	8	1	7	82	0.92
2024068--2024142	18	4.1	17	77	11	69	14	4	5	76	1.12
2024086--2024162	38	2.0	38	85	9	104	14	3	3	77	1.05
2024083--2024152	18	3.7	19	76	16	65	12	4	4	78	1.04
2024119--2024183	26	2.6	25	80	7	78	15	3	3	78	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024071--2024202	19	7.2	18	70	17	69	14	3	6	76	1.10
2027310--2027346	19	1.9	19	94	0	65	51	2	5	40	1.39
2033517--2033576	31	2.0	31	93	3	104	38	5	13	43	1.66
2033829--2033889	31	2.0	31	96	3	115	32	6	18	42	1.76
2034067--2034119	20	2.7	20	90	0	79	18	28	22	30	1.98
2037045--2037128	31	2.7	30	78	12	98	29	9	9	51	1.66
2038193--2038229	17	2.1	18	90	5	58	37	0	0	62	0.96
2038923--2038982	21	2.9	22	90	5	72	35	5	3	56	1.37
2038938--2038982	21	2.1	21	100	0	90	35	4	4	55	1.40
2039615--2039667	20	2.7	19	80	8	61	33	13	18	33	1.90
2039937--2040264	151	2.2	152	96	1	606	34	17	10	37	1.84
2042400--2042454	19	2.8	19	81	10	67	40	12	18	29	1.87
2043104--2043155	22	2.3	22	86	3	68	51	0	0	48	1.00
2043124--2043170	14	3.4	14	77	17	53	55	0	0	44	0.99
2043587--2043749	59	2.7	59	79	8	179	32	23	6	37	1.80
2045688--2045812	60	2.1	60	80	5	137	43	7	16	32	1.76
2047949--2047981	15	2.1	16	88	5	50	75	0	9	15	1.03
2050115--2051237	559	2.0	559	99	0	2228	40	15	11	32	1.83
2059171--2059221	21	2.4	21	90	0	84	27	17	29	25	1.98
2060605--2060655	3	17.0	3	91	0	84	35	1	0	62	1.06
2065986--2066017	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
2073330--2073414	1	85.0	1	71	0	53	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073330--2073415	13	6.8	12	81	10	93	83	0	16	0	0.64
2073330--2073415	6	13.8	6	77	19	70	83	0	16	0	0.64
2073330--2073414	24	3.4	25	80	6	84	84	0	15	0	0.62
2074672--2075206	92	5.8	92	97	0	982	28	15	21	34	1.94
2075897--2077027	113	10.0	113	93	1	1696	37	14	17	31	1.90
2076059--2076103	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
2076172--2076216	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
2076285--2076329	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
2077259--2077309	3	17.0	3	95	0	93	35	0	0	64	0.94
2081021--2081074	27	2.0	27	82	13	67	31	1	9	57	1.41
2082145--2082255	49	2.3	49	96	0	204	25	21	31	21	1.98
2085749--2085797	17	2.8	18	81	6	64	63	18	2	16	1.41
2085756--2085832	26	2.9	26	78	3	82	67	12	1	18	1.29
2086597--2086757	77	2.1	77	98	0	313	36	26	13	23	1.92
2087027--2087077	2	25.0	2	96	4	93	49	1	0	49	1.12
2090416--2090575	65	2.5	65	89	5	236	34	21	14	29	1.93
2100138--2100207	15	4.7	15	81	0	77	28	12	20	38	1.89
2100778--2100822	11	3.6	12	83	16	56	57	0	33	8	1.30
2103177--2103491	161	2.0	161	85	5	431	28	17	6	47	1.73
2103792--2103817	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2104706--2104763	16	3.3	18	68	24	52	39	17	3	39	1.66
2104708--2104769	33	2.0	31	84	9	81	40	14	3	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104997--2105027	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2114386--2114454	15	4.4	17	75	23	62	46	0	0	53	1.00
2117423--2117454	16	2.0	16	100	0	64	18	25	31	25	1.98
2118409--2118450	22	1.9	22	95	0	75	21	23	26	28	1.99
2120127--2120321	97	2.0	97	86	5	270	27	12	17	42	1.85
2120869--2120900	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2131880--2131988	31	3.5	31	88	1	146	29	14	22	33	1.94
2141558--2141672	23	5.2	22	73	14	94	24	18	26	30	1.98
2142153--2142195	20	2.2	20	100	0	86	27	6	9	55	1.57
2147098--2147136	21	1.9	20	89	5	60	48	0	12	38	1.42
2148993--2149358	41	9.0	41	73	9	216	33	11	17	36	1.86
2148859--2149124	82	3.2	82	81	6	279	36	11	15	37	1.83
2148873--2149352	41	11.8	39	70	10	169	35	11	16	36	1.85
2148996--2149358	201	1.8	201	85	2	514	33	11	17	36	1.86
2149024--2149304	119	2.3	119	83	2	355	34	11	17	36	1.86
2149091--2149370	82	3.5	81	75	9	266	34	11	17	35	1.87
2154795--2154844	23	2.1	24	85	3	66	18	20	24	38	1.93
2155710--2156080	41	9.1	41	70	3	219	35	11	16	35	1.86
2155717--2156034	82	3.9	82	83	2	347	36	12	16	34	1.87
2158717--2158817	23	4.4	23	79	2	105	21	19	22	35	1.96
2158717--2158813	46	2.1	46	86	0	131	22	20	21	35	1.96
2158983--2159010	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163088--2163144	26	2.2	26	93	0	96	33	24	17	24	1.96
2168843--2168941	49	2.0	51	96	4	184	38	10	8	43	1.68
2168909--2169011	2	52.5	2	74	18	83	41	4	1	51	1.34
2170300--2170336	18	1.9	19	89	10	58	51	0	0	48	1.00
2173326--2173372	20	2.3	21	82	13	55	27	14	27	29	1.96
2177140--2177182	2	22.0	2	85	4	61	46	0	4	48	1.22
2180605--2180647	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
2181240--2181454	76	2.9	76	89	4	312	58	12	0	28	1.40
2183118--2183147	15	2.0	15	93	0	51	10	20	10	60	1.57
2183308--2183350	5	8.6	5	80	10	52	74	0	4	20	1.00
2183308--2183350	15	2.9	14	89	6	59	74	0	4	20	1.00
2183308--2183350	20	2.2	20	87	8	61	74	0	4	20	1.00
2183360--2183391	17	1.9	17	93	6	57	81	0	6	12	0.87
2188833--2188875	18	2.4	18	92	7	70	74	0	4	20	1.00
2189467--2189680	76	2.9	74	87	4	288	57	13	0	28	1.42
2191737--2191779	14	3.1	14	82	0	59	18	20	23	37	1.94
2192568--2192719	78	1.9	78	85	7	211	16	26	26	30	1.97
2192542--2192743	39	5.2	39	77	10	189	17	24	25	32	1.97
2193927--2193958	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2194390--2194606	39	5.6	39	83	7	237	18	28	22	30	1.97
2194390--2194606	78	2.8	78	86	4	280	18	28	22	30	1.97
2195649--2195820	39	4.4	38	78	7	143	16	28	21	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196889--2197087	39	5.1	39	87	3	258	18	28	24	29	1.98
2196876--2197087	78	2.7	78	86	2	284	18	27	23	30	1.98
2198029--2198085	25	2.3	25	78	6	62	29	24	15	29	1.96
2198846--2199062	39	5.6	38	83	4	222	17	27	21	33	1.96
2198846--2199061	78	2.8	77	83	4	256	18	27	21	32	1.96
2199949--2200012	14	4.9	14	74	14	64	64	1	1	32	1.13
2200376--2200420	3	15.0	3	90	9	74	33	0	2	64	1.06
2202048--2202091	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
2202768--2202798	15	2.0	16	93	6	55	38	0	3	58	1.15
2210098--2210140	18	2.4	18	88	0	59	44	2	2	51	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14