genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684282--2684452	84	2.0	84	86	4	238	32	25	19	22	1.97
2688154--2688905	84	9.0	84	84	2	806	34	24	18	22	1.96
2689469--2689513	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2689503--2689811	35	9.2	33	71	24	179	44	4	7	43	1.51
2689502--2689811	36	9.2	32	75	16	190	44	4	7	43	1.51
2689497--2689667	71	2.4	70	81	10	213	46	4	7	41	1.51
2689497--2689670	37	4.9	36	80	12	189	45	4	6	42	1.51
2689631--2689687	27	2.1	28	84	9	75	42	1	7	49	1.40
2689643--2689699	27	2.0	27	86	6	78	42	3	5	49	1.42
2689826--2689908	18	4.4	18	79	14	73	15	2	3	78	1.00
2689826--2689887	11	5.9	11	83	5	67	17	0	3	79	0.87
2691107--2691164	21	2.8	20	84	12	73	12	13	0	74	1.08
2691105--2691182	19	3.9	20	82	12	81	12	14	0	73	1.11
2691147--2691211	28	2.3	29	79	15	73	20	4	1	73	1.08
2691147--2691202	23	2.5	23	80	11	64	17	5	0	76	0.96
2691248--2691303	14	4.0	14	88	4	78	10	12	0	76	1.01
2692366--2692493	41	3.2	40	63	6	96	34	5	10	50	1.59
2692714--2692752	20	2.0	20	84	0	51	58	5	0	35	1.20
2692749--2692808	25	2.4	25	83	8	68	61	6	0	31	1.22
2699594--2699623	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
2701881--2702040	61	2.6	61	87	0	230	28	27	18	25	1.98
2706375--2706432	22	2.6	22	83	2	71	20	31	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2707261--2707318	19	3.1	19	84	0	71	17	20	12	50	1.78
2708326--2708399	20	3.7	20	82	10	87	28	21	27	22	1.99
2708317--2708399	41	2.0	41	86	4	114	26	24	26	22	2.00
2708344--2708399	21	2.8	20	91	2	85	28	25	25	21	1.99
2711866--2711939	20	3.7	20	80	3	85	31	22	27	18	1.98
2711858--2711939	41	2.0	41	85	4	112	29	24	26	19	1.98
2711961--2712058	21	4.7	21	80	13	112	23	20	33	22	1.97
2711960--2712058	42	2.4	42	84	3	128	23	20	34	22	1.97
2712130--2712190	30	2.0	31	90	6	99	40	16	8	34	1.78
2712832--2712863	13	2.5	13	94	0	55	65	0	0	34	0.93
2712910--2712945	17	2.1	17	100	0	72	50	5	22	22	1.70
2712968--2713003	18	2.0	18	94	0	63	69	11	5	13	1.34
2713005--2713056	14	4.0	13	85	14	63	84	3	1	9	0.82
2713031--2713127	16	6.2	15	73	18	56	71	6	5	17	1.26
2713755--2713813	3	19.3	3	77	19	52	67	0	0	32	0.91
2713755--2713813	23	2.5	25	86	10	88	67	0	0	32	0.91
2713756--2713806	13	3.6	16	75	20	51	66	0	0	33	0.92
2714141--2714504	84	4.4	83	82	3	376	25	19	24	31	1.98
2714183--2714507	167	1.9	168	85	0	445	24	19	23	31	1.98
2714496--2714619	33	3.8	33	82	5	153	29	8	19	42	1.81
2714496--2714619	65	1.9	66	85	8	173	29	8	19	42	1.81
2714572--2714720	65	2.2	65	84	8	183	36	12	20	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714669--2714994	36	9.2	35	81	9	351	40	14	18	26	1.89
2714605--2714994	138	2.8	139	76	13	390	40	14	18	27	1.89
2714614--2714994	174	2.2	174	90	3	588	40	14	18	26	1.89
2714741--2714989	101	2.4	102	82	7	295	41	14	17	26	1.88
2715348--2715578	64	3.6	64	86	1	327	31	14	19	34	1.92
2716377--2716567	96	2.0	96	86	2	267	33	17	16	31	1.93
2720227--2720257	13	2.4	13	94	0	53	67	0	0	32	0.91
2720351--2720386	18	2.0	18	100	0	72	72	11	0	16	1.12
2720391--2720426	18	1.9	18	88	5	54	75	0	5	19	1.00
2720454--2720514	15	4.0	15	79	14	54	70	3	8	18	1.26
2721137--2721207	8	8.6	8	77	20	67	70	0	0	29	0.88
2721139--2721204	3	22.7	3	80	20	70	69	0	0	30	0.88
2721139--2721207	25	2.7	27	79	18	85	69	0	0	30	0.89
2728742--2728819	40	2.0	40	82	5	95	37	17	10	34	1.84
2734333--2734387	24	2.2	24	84	9	67	43	3	1	50	1.30
2736401--2736642	133	1.8	133	92	1	414	46	16	5	30	1.71
2746347--2746381	18	1.9	18	88	0	52	54	0	22	22	1.45
2747987--2748031	21	2.1	21	91	0	72	24	22	26	26	2.00
2755470--2755770	46	6.6	46	85	3	394	22	21	12	42	1.87
2755770--2756658	81	11.0	81	89	0	1278	31	20	12	35	1.89
2759218--2759276	21	2.9	21	92	2	102	42	13	18	25	1.87
2759307--2759358	20	2.6	20	90	6	79	30	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772643--2772681	19	1.9	19	85	10	51	38	0	17	43	1.50
2778698--2778774	23	3.3	23	76	5	66	49	14	20	15	1.79
2778994--2779038	23	2.0	23	90	0	72	44	24	17	13	1.85
2778764--2779193	221	1.9	224	81	5	523	53	13	16	17	1.74
2779498--2779558	25	2.5	25	86	7	81	27	1	4	65	1.22
2786142--2786183	22	1.9	22	85	9	59	7	11	11	69	1.37
2790009--2790096	10	8.2	10	85	10	88	84	0	13	2	0.73
2790030--2790096	1	67.0	1	72	0	53	86	0	13	0	0.57
2790020--2790096	18	4.2	18	88	5	93	84	0	14	1	0.69
2790032--2790096	6	10.7	6	88	9	96	86	0	13	0	0.58
2790009--2790096	13	7.0	12	85	10	95	84	0	13	2	0.73
2790624--2790695	25	2.9	25	85	2	101	37	12	1	48	1.50
2791529--2791703	90	1.9	90	87	2	253	32	23	14	29	1.94
2791402--2791792	212	1.8	212	83	2	525	33	21	15	29	1.94
2791616--2791803	61	3.1	60	71	6	171	34	23	14	27	1.94
2791644--2791831	61	3.1	61	71	11	186	36	21	14	27	1.93
2791611--2791831	122	1.8	122	88	0	343	35	21	15	27	1.94
2791854--2792175	125	2.6	124	81	5	339	34	19	21	24	1.97
2792792--2792880	46	1.9	46	93	0	151	26	16	11	44	1.82
2795430--2795470	6	6.8	6	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2795492--2795520	14	2.0	15	93	6	51	0	55	0	44	0.99
2796471--2796541	37	1.9	37	100	0	142	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799265--2799301	17	2.2	16	90	4	56	56	0	0	43	0.99
2799509--2799567	29	2.0	30	83	9	77	37	18	8	35	1.81
2802350--2802397	18	2.8	18	75	12	57	39	0	0	60	0.97
2810876--2810907	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
2811015--2811051	16	2.3	16	95	0	65	27	35	29	8	1.85
2812888--2812957	27	2.7	26	82	8	72	51	5	1	41	1.34
2812966--2813007	18	2.3	19	84	12	52	52	4	0	42	1.22
2814295--2814380	5	17.4	5	69	23	58	58	0	1	40	1.06
2814296--2814392	8	11.8	8	77	21	94	58	0	2	39	1.10
2814299--2814404	16	7.1	15	77	20	100	58	0	1	38	1.15
2814295--2814404	13	8.2	14	73	16	83	58	0	1	39	1.15
2814296--2814403	11	10.3	11	74	16	88	59	0	1	37	1.15
2814296--2814404	50	2.1	49	83	12	132	58	0	1	38	1.15
2814296--2814395	3	35.0	3	73	16	88	59	0	2	39	1.09
2814546--2814599	20	2.7	20	85	0	63	27	24	24	24	2.00
2814665--2814719	20	2.8	20	85	0	65	34	20	20	25	1.96
2814536--2814897	119	3.0	119	90	0	571	34	18	13	32	1.90
2815487--2815560	22	3.4	22	96	0	139	43	10	13	32	1.79
2815636--2815805	57	3.0	56	87	3	261	31	22	7	38	1.82
2818905--2818971	21	3.2	21	95	2	118	17	32	8	40	1.81
2821957--2822023	26	2.7	26	80	17	79	49	4	0	46	1.22
2822003--2822056	18	3.0	18	70	24	51	48	5	1	44	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823356--2823445	8	10.6	8	76	18	69	55	0	4	40	1.20
2823356--2823457	13	6.9	15	75	19	90	55	0	3	39	1.25
2823356--2823457	22	4.7	21	73	20	93	55	0	3	39	1.25
2823356--2823448	3	31.7	3	69	16	61	55	0	4	39	1.19
2824220--2824329	57	1.9	58	88	1	168	49	33	1	15	1.55
2825160--2825247	42	2.1	42	84	0	113	28	19	25	27	1.99
2825262--2825376	43	2.7	42	79	6	124	33	15	20	30	1.93
2825298--2825402	43	2.5	42	80	6	113	36	14	20	28	1.92
2840869--2840902	16	2.1	17	88	5	52	41	17	2	38	1.65
2841266--2841296	12	2.6	12	89	0	53	25	12	0	61	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14