genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444293--2444356	1	64.0	1	74	0	56	1	7	3	87	0.71
2444293--2444348	9	6.2	9	82	13	71	0	8	3	87	0.65
2444394--2444430	15	2.5	15	86	0	56	0	10	0	89	0.49
2444325--2444466	75	1.9	76	85	4	198	10	19	10	59	1.58
2444394--2444430	16	2.3	17	90	9	60	0	10	0	89	0.49
2455797--2455884	27	3.3	27	71	17	67	76	2	6	14	1.10
2455791--2455891	41	2.5	41	77	20	113	76	1	5	15	1.07
2455833--2455878	17	2.6	17	86	10	58	76	2	6	15	1.09
2455815--2455897	13	5.6	14	71	18	62	77	2	6	14	1.07
2456218--2456259	22	1.9	22	85	9	59	71	2	0	26	0.98
2458554--2458588	18	1.9	18	94	0	61	25	31	22	20	1.98
2459386--2459431	19	2.4	19	100	0	92	30	32	4	32	1.77
2465456--2465495	18	2.2	18	91	8	64	22	32	17	27	1.96
2465935--2465986	23	2.3	23	100	0	104	38	17	0	44	1.49
2473890--2473942	20	2.5	22	78	9	65	69	5	0	24	1.09
2474366--2474423	29	2.0	30	83	6	75	34	1	15	48	1.55
2474461--2474508	21	2.2	22	82	10	55	68	4	2	25	1.18
2474633--2474668	15	2.3	16	90	4	56	41	5	5	47	1.50
2479925--2480099	84	2.0	88	92	5	295	33	17	28	21	1.96
2481752--2481802	20	2.6	21	81	9	63	41	1	1	54	1.22
2481738--2481805	31	2.2	31	84	12	86	42	1	2	52	1.25
2491408--2491814	55	7.6	55	81	6	449	28	24	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491404--2491820	106	3.9	106	85	1	521	28	24	17	29	1.97
2491408--2491820	211	1.9	212	83	1	533	28	24	17	29	1.97
2491825--2492008	73	2.5	72	87	7	257	21	19	19	39	1.93
2491825--2492008	37	5.1	37	89	5	252	21	19	19	39	1.93
2493285--2493571	7	36.1	8	72	21	100	10	15	0	73	1.12
2493417--2493512	41	2.3	41	84	8	115	10	14	1	73	1.14
2493417--2493521	11	10.3	10	73	18	58	10	14	0	74	1.12
2493424--2493502	33	2.4	33	79	12	92	8	15	1	74	1.12
2493453--2493571	51	2.5	49	79	17	126	10	14	0	75	1.04
2493453--2493563	10	11.1	10	72	21	56	9	14	0	75	1.04
2493466--2493557	20	4.4	20	72	21	66	9	13	0	77	1.00
2507846--2507882	19	1.9	19	94	0	65	37	16	18	27	1.92
2508603--2508646	23	1.9	23	90	0	70	15	25	29	29	1.96
2510443--2510515	23	3.2	23	84	0	101	35	5	19	39	1.75
2510934--2511006	23	3.2	23	92	0	119	35	6	20	36	1.80
2510021--2511882	491	3.8	490	92	2	3035	41	7	10	40	1.67
2511424--2511473	23	2.2	23	92	0	82	38	8	16	38	1.78
2510021--2511882	958	1.9	966	91	3	3097	41	7	10	40	1.67
2511827--2511872	23	2.1	22	84	8	58	41	6	10	41	1.66
2519144--2519169	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2519803--2520230	214	2.0	214	97	0	811	36	14	14	33	1.87
2520301--2520334	11	3.1	11	82	0	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523709--2523753	21	2.1	21	91	0	72	26	24	22	26	2.00
2524434--2524589	31	5.0	31	92	1	233	37	23	18	20	1.94
2525293--2525427	64	2.1	65	84	4	175	29	22	18	29	1.97
2538218--2538261	21	2.1	21	95	0	79	22	25	25	27	2.00
2538958--2539098	31	4.5	31	83	5	169	41	18	17	22	1.90
2540378--2540471	31	3.1	31	98	1	181	38	3	25	32	1.72
2540713--2540798	23	3.7	23	71	20	79	19	26	25	27	1.99
2545341--2545395	29	1.9	28	85	3	74	50	9	1	38	1.45
2548498--2548565	30	2.3	31	89	7	113	33	16	11	38	1.85
2552064--2552417	178	2.0	179	98	1	685	23	19	13	44	1.86
2553174--2553343	91	1.9	89	85	7	238	24	18	15	41	1.89
2553261--2553609	136	2.6	136	91	0	547	24	21	17	35	1.95
2554491--2554572	7	11.7	7	72	21	57	8	12	1	78	1.03
2554490--2554574	16	5.4	16	80	12	79	8	11	1	78	1.01
2554476--2554578	34	3.0	35	85	5	147	7	12	0	78	1.00
2567470--2567826	179	2.0	179	100	0	714	22	19	13	44	1.85
2575777--2575846	23	3.0	23	75	8	70	14	14	15	55	1.69
2576357--2576414	26	2.3	26	81	3	64	55	1	5	37	1.33
2576432--2576466	18	1.9	18	94	0	61	62	11	5	20	1.48
2577796--2577823	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2587747--2587802	20	2.8	20	86	0	76	30	28	8	32	1.88
2588668--2588810	40	3.6	40	97	1	261	53	1	2	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595616--2595705	23	3.9	23	83	2	108	25	13	18	42	1.87
2595680--2595778	34	3.0	34	82	5	123	22	13	20	44	1.85
2598099--2598709	99	6.1	100	74	13	365	30	20	20	29	1.97
2598130--2598857	47	14.8	47	71	16	406	29	20	20	29	1.98
2598289--2598515	53	4.4	54	72	17	171	30	20	18	29	1.97
2598235--2598857	149	4.2	149	87	6	847	29	21	20	29	1.98
2598240--2598857	296	2.1	291	86	6	832	29	21	20	29	1.98
2598687--2598911	101	2.2	102	92	2	373	28	21	19	30	1.97
2599129--2599172	2	23.0	2	90	9	74	50	0	0	50	1.00
2603665--2603722	27	2.1	27	90	6	91	50	17	3	29	1.62
2604912--2604947	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
2611656--2611691	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
2614471--2614830	53	6.8	53	81	5	395	23	24	21	31	1.98
2615333--2615457	42	3.0	41	91	4	189	29	23	20	26	1.99
2615357--2615428	20	3.5	20	73	14	74	29	25	23	22	1.99
2615208--2615539	164	2.0	163	90	2	524	30	22	18	28	1.98
2615527--2615551	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
2615753--2615859	42	2.6	41	83	2	142	28	23	21	26	1.99
2629621--2629650	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2631295--2631440	3	48.0	3	87	8	206	66	2	0	31	1.03
2631639--2631974	133	2.5	133	88	1	478	25	17	30	26	1.97
2631887--2631977	40	2.2	40	81	13	96	23	17	37	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2632003--2632106	28	3.6	28	82	8	102	45	14	17	23	1.85
2632093--2632268	64	2.8	62	76	10	162	37	13	21	27	1.91
2632981--2633018	15	2.5	15	91	0	67	50	18	5	26	1.68
2633546--2633632	36	2.3	39	84	7	108	39	9	17	34	1.81
2635347--2635427	27	3.0	28	79	13	73	3	13	3	79	1.01
2635330--2635413	13	6.6	12	75	17	64	3	10	5	79	1.02
2635330--2635415	12	6.7	13	75	14	63	3	11	5	79	1.04
2639686--2639755	3	23.0	3	79	13	72	62	2	0	34	1.10
2639723--2639767	18	2.5	18	85	0	54	57	2	2	37	1.23
2644301--2644479	45	4.0	44	80	11	152	21	21	11	45	1.83
2649453--2649499	14	3.4	14	85	2	60	36	29	0	34	1.58
2649648--2649718	18	3.9	18	90	0	106	22	33	23	19	1.97
2650034--2650074	14	2.9	14	96	0	73	29	21	9	39	1.86
2650793--2650852	18	3.0	20	83	14	79	35	18	21	25	1.96
2651568--2651737	45	3.8	45	91	1	261	22	21	11	44	1.85
2652285--2652339	21	2.6	21	91	0	92	34	18	14	32	1.91
2658378--2658745	45	8.2	45	87	3	474	22	21	10	45	1.82
2658378--2658745	89	4.1	90	88	1	524	22	21	10	45	1.82
2658378--2658745	134	2.7	135	90	2	562	22	21	10	45	1.82
2659161--2659216	20	2.7	21	80	8	69	26	16	14	42	1.86
2659296--2659369	21	3.5	21	94	0	130	39	17	10	32	1.84
2669712--2669750	14	2.8	14	92	0	60	28	7	15	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670486--2670594	47	2.3	46	80	9	121	33	17	13	34	1.89
2671317--2671346	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2671330--2671604	37	7.2	37	80	12	274	45	4	6	44	1.48
2671330--2671696	73	4.9	73	75	15	281	44	3	6	44	1.46
2671497--2671521	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2679944--2680015	16	4.3	16	75	15	65	12	4	4	79	1.02
2679944--2680010	25	2.7	24	77	6	71	11	4	4	79	1.03
2680072--2680110	20	2.0	19	90	5	60	10	7	0	82	0.86
2682862--2683116	94	2.7	95	88	5	363	31	16	20	32	1.94
2682862--2683128	95	2.8	92	85	10	313	31	16	20	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14