genome.fa.s8558.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008558.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111463_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2950132

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213400--2213424	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2214845--2215158	123	2.6	123	91	3	503	26	16	16	40	1.90
2215115--2215295	39	4.8	39	83	9	234	20	24	11	43	1.85
2215327--2215616	73	4.0	73	94	0	481	41	12	14	32	1.83
2215329--2215785	146	3.3	140	86	6	644	40	12	14	32	1.84
2215555--2215676	60	2.0	60	93	0	208	42	16	15	25	1.87
2215482--2215785	133	2.2	135	90	2	468	40	13	14	31	1.85
2216854--2216958	53	2.0	53	86	3	149	31	20	13	35	1.91
2217334--2217496	77	2.2	74	83	6	195	31	23	12	32	1.92
2218583--2218636	23	2.4	23	87	3	74	5	16	1	75	1.07
2218581--2218684	15	7.1	14	84	7	109	2	13	0	82	0.83
2218623--2218678	1	56.0	1	81	0	67	0	8	0	91	0.43
2218581--2218684	22	4.8	21	84	5	109	2	13	0	82	0.83
2218581--2218684	7	14.1	7	83	7	109	2	13	0	82	0.83
2218581--2218684	9	12.0	9	79	13	78	2	13	0	82	0.83
2221577--2221617	6	6.0	7	83	16	59	58	9	17	14	1.62
2221577--2221617	13	3.0	14	86	13	59	58	9	17	14	1.62
2221693--2221773	42	1.9	42	90	5	128	37	19	8	34	1.83
2222239--2222310	36	2.0	36	94	0	126	27	13	16	41	1.87
2231460--2231539	24	3.5	23	78	11	76	18	20	21	40	1.92
2232092--2232125	17	2.1	17	88	5	52	44	8	17	29	1.79
2233139--2233172	18	1.9	18	88	5	52	38	2	5	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233293--2233319	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2233261--2233581	92	3.5	92	76	12	266	41	7	6	44	1.59
2233441--2233596	48	3.3	48	65	15	110	41	7	7	43	1.60
2233628--2233754	40	3.2	39	71	14	105	44	5	3	47	1.42
2233611--2233729	41	2.9	40	69	17	100	44	4	2	48	1.35
2245204--2245236	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
2247023--2247067	20	2.3	20	84	3	56	37	20	2	40	1.65
2254113--2254159	9	5.1	9	78	14	51	53	0	0	46	1.00
2254330--2254401	35	2.0	36	97	2	137	16	19	19	44	1.87
2254411--2254532	45	2.7	46	92	2	210	28	15	20	35	1.93
2260736--2260771	17	2.1	17	94	0	63	13	30	11	44	1.79
2266579--2266614	18	1.9	19	94	5	65	2	11	25	61	1.43
2267180--2267220	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2268583--2268635	27	2.0	27	88	0	79	26	15	18	39	1.90
2274821--2274849	9	3.3	9	95	4	51	48	24	0	27	1.51
2284192--2284229	19	2.0	19	94	0	67	23	15	18	42	1.89
2284575--2284606	15	2.1	15	94	0	55	53	0	3	43	1.16
2291225--2291277	7	8.3	7	80	14	53	26	0	0	73	0.83
2291225--2291272	18	2.5	19	83	6	62	27	0	0	72	0.84
2291213--2291277	21	3.2	19	82	12	76	26	1	0	72	0.94
2291226--2291277	13	3.8	13	80	14	61	25	0	0	75	0.81
2291229--2291274	15	3.2	15	87	6	60	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297844--2297881	19	2.0	19	94	0	67	34	0	13	52	1.40
2297818--2298032	77	2.8	75	86	5	254	28	1	11	58	1.42
2301013--2301101	31	2.9	30	83	6	115	20	26	26	25	1.99
2307149--2307406	95	2.7	94	88	6	378	40	19	13	26	1.89
2309615--2309778	45	3.6	45	90	0	256	21	20	12	45	1.83
2310099--2310280	95	1.9	94	80	4	206	28	21	10	40	1.86
2314790--2314819	13	2.4	13	94	5	53	30	0	3	66	1.07
2315466--2315504	15	2.6	16	84	12	55	28	0	0	71	0.86
2326086--2326161	7	10.6	7	78	13	66	80	0	17	2	0.83
2326091--2326173	5	16.6	5	75	16	66	79	0	18	2	0.84
2326086--2326173	27	3.2	27	79	14	92	79	0	18	2	0.83
2326086--2326173	32	2.8	32	83	13	110	79	0	18	2	0.83
2327294--2327803	82	6.2	82	93	1	817	29	13	21	35	1.92
2328360--2328983	113	5.5	113	91	0	991	38	13	19	28	1.90
2328336--2328985	339	1.9	339	95	1	1171	38	13	19	28	1.90
2329235--2329323	3	29.7	3	88	0	133	34	3	0	61	1.12
2329238--2329334	12	8.0	12	82	13	110	36	3	0	60	1.12
2330797--2330826	13	2.4	13	94	5	53	30	0	3	66	1.07
2332903--2332966	9	7.4	9	78	7	62	79	14	6	0	0.91
2333233--2333270	12	3.0	13	76	7	51	57	15	15	10	1.64
2333989--2334067	39	2.0	39	97	0	149	45	24	7	22	1.78
2339849--2339967	45	2.6	45	94	0	202	18	23	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340491--2340541	19	2.7	18	88	8	75	50	9	15	23	1.73
2340780--2340817	19	2.0	19	94	0	67	50	10	13	26	1.73
2340511--2341011	270	1.8	273	82	3	650	37	18	15	29	1.91
2346556--2346635	3	26.7	3	94	0	142	30	0	0	70	0.88
2354021--2354050	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2354262--2354334	28	2.7	28	93	4	123	31	9	4	54	1.51
2367560--2367584	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2368194--2368627	134	3.3	130	78	9	425	32	18	18	29	1.95
2369302--2369390	45	2.0	45	82	4	108	44	15	16	22	1.86
2369396--2370111	38	18.0	38	79	6	547	39	16	18	24	1.92
2369396--2370111	156	4.5	157	79	7	628	39	16	18	24	1.92
2369865--2370024	45	3.6	45	90	1	232	39	13	19	28	1.89
2370819--2370950	43	3.0	43	82	6	151	29	21	10	37	1.87
2381075--2381131	20	2.9	21	75	17	59	38	0	0	61	0.96
2382438--2382487	21	2.3	21	80	10	57	20	16	28	36	1.93
2383423--2383481	22	2.8	21	75	15	59	59	5	1	33	1.29
2383413--2383484	7	10.0	7	77	18	51	58	4	1	36	1.26
2386463--2386495	7	4.7	7	96	0	57	51	0	0	48	1.00
2389012--2389085	3	24.7	3	100	0	148	66	0	0	33	0.92
2389633--2389827	66	3.0	66	87	0	273	40	13	21	25	1.89
2395957--2396015	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
2396109--2396148	21	2.0	20	85	5	53	30	22	10	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404444--2404663	41	5.5	41	75	12	174	37	17	14	30	1.90
2404685--2404900	82	2.6	83	82	1	265	34	18	15	31	1.92
2405533--2405642	41	2.6	42	77	7	109	29	20	20	29	1.98
2408062--2408264	100	2.0	100	96	0	370	26	21	24	27	1.99
2409041--2409073	14	2.3	15	94	5	59	27	36	0	36	1.57
2421305--2421391	43	2.0	43	82	8	106	65	0	5	28	1.15
2421377--2421432	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2421873--2421923	18	2.8	17	85	8	66	66	1	3	27	1.20
2421819--2421918	45	2.3	43	80	14	100	59	2	6	33	1.33
2422263--2422367	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
2422909--2423538	105	6.0	105	89	2	887	21	17	26	34	1.96
2423738--2423813	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
2423713--2424032	106	3.1	105	90	3	497	37	12	20	30	1.89
2423935--2424009	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91
2424168--2424277	36	3.1	36	69	5	89	44	10	15	30	1.79
2424116--2424277	72	2.2	75	82	8	190	40	12	17	28	1.87
2425399--2425935	183	2.9	183	94	0	932	31	20	20	27	1.98
2430868--2430919	26	2.1	25	82	13	63	75	0	3	21	0.97
2431124--2431174	18	2.8	17	85	8	66	66	1	3	27	1.20
2431120--2431174	19	2.8	20	76	23	64	65	1	3	29	1.20
2434133--2434173	11	3.9	11	81	12	50	12	2	0	85	0.70
2434133--2434171	15	2.7	15	88	4	53	10	2	0	87	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434138--2434197	18	3.2	19	81	9	61	16	3	3	76	1.05
2434138--2434185	20	2.4	20	86	6	62	14	4	2	79	0.98
2436212--2436263	25	2.0	26	85	3	70	32	9	7	50	1.64
2435374--2436323	491	1.9	491	96	0	1758	32	14	16	36	1.88
2440798--2440849	21	2.3	23	75	15	56	71	3	11	13	1.28
2440851--2440967	9	12.8	9	68	17	55	72	4	9	13	1.24
2440871--2440920	17	2.9	17	82	11	66	78	2	6	14	1.03
2440880--2440954	13	5.5	13	74	14	55	74	2	8	14	1.15
2441030--2441128	38	2.7	38	78	10	91	67	3	5	24	1.25
2443251--2443370	43	2.9	42	83	3	161	25	17	25	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14