genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10290--10324	16	2.2	16	90	10	54	77	0	14	8	0.99
10281--10323	16	2.9	14	80	16	50	76	0	16	6	0.99
11278--11548	141	1.9	141	88	3	411	27	29	18	24	1.98
11792--11828	3	12.0	3	94	5	65	35	0	0	64	0.94
25756--25793	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26127--26176	16	3.1	16	75	11	57	42	22	16	20	1.89
26127--26197	32	2.2	32	84	0	88	43	22	14	19	1.87
26742--26802	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
28670--28714	3	14.3	3	95	4	72	37	0	0	62	0.96
36184--36298	6	18.7	6	70	18	67	79	0	18	1	0.88
36184--36298	17	6.9	17	75	16	91	79	0	18	1	0.88
36188--36282	37	2.6	36	83	8	120	82	1	14	2	0.83
36192--36281	22	3.9	22	78	18	78	82	1	14	2	0.83
36184--36246	5	12.6	5	80	18	53	84	1	14	0	0.71
36184--36297	26	4.7	24	73	16	83	79	0	17	1	0.86
36184--36297	36	3.3	34	79	9	97	79	0	17	1	0.86
38420--38758	114	3.0	113	91	3	554	32	15	20	30	1.94
40876--40955	40	2.0	40	95	0	142	35	15	20	30	1.93
40822--41001	90	2.0	91	83	5	229	35	15	21	27	1.94
40923--41059	53	2.6	53	80	6	147	33	15	24	26	1.95
41812--42590	113	7.0	113	88	5	1039	38	14	18	27	1.91
41818--42590	228	3.5	225	86	6	1081	38	14	19	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42634--42692	17	3.4	17	70	25	59	49	11	23	15	1.77
42931--42982	3	17.0	3	92	4	86	36	0	0	63	0.95
43626--44060	220	2.0	216	98	1	834	26	24	29	19	1.98
46229--46263	18	1.9	18	94	0	61	40	5	17	37	1.73
47238--47306	2	35.5	2	94	5	124	49	0	0	50	1.00
49870--49909	6	6.7	6	88	0	62	35	2	12	50	1.54
51376--51438	20	3.2	20	84	8	76	41	9	26	22	1.84
52619--52670	19	2.7	20	80	11	63	71	0	9	19	1.13
52746--52785	2	19.5	2	84	5	53	55	0	2	42	1.13
52737--52784	21	2.3	21	85	0	60	56	0	6	37	1.25
54025--54869	106	8.0	106	86	3	1120	23	18	24	34	1.96
56326--56410	28	3.2	26	79	14	84	1	11	4	82	0.88
56326--56410	19	4.6	18	78	15	68	1	11	4	82	0.88
56340--56413	24	3.1	24	78	14	82	0	13	4	82	0.81
56326--56410	9	9.2	9	72	17	68	1	11	4	82	0.88
56724--56756	14	2.4	14	94	0	57	33	6	18	42	1.75
61030--61081	19	2.7	20	80	11	63	71	0	9	19	1.13
61158--61204	2	23.5	2	95	0	85	53	0	0	46	1.00
63236--63279	19	2.3	19	96	0	79	18	18	18	45	1.86
63968--64033	19	3.3	19	70	12	60	40	21	18	19	1.91
63983--64054	22	3.4	22	69	11	78	37	25	18	19	1.94
63961--64054	41	2.3	41	96	0	170	39	23	17	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64066--64119	21	2.6	21	93	0	90	33	27	12	25	1.93
68663--68772	23	4.9	23	82	2	125	15	25	27	31	1.96
68720--68792	21	3.3	21	83	9	58	15	26	26	32	1.95
69522--69589	28	2.4	29	75	20	72	26	8	16	48	1.75
75485--75523	20	2.0	20	89	0	60	20	35	25	17	1.95
80255--80365	18	5.9	18	77	8	105	27	27	20	24	1.99
80255--80365	38	3.0	38	80	5	120	27	27	20	24	1.99
80945--80996	19	2.7	20	80	11	63	71	0	9	19	1.13
81067--81112	8	5.6	8	92	2	56	56	0	0	43	0.99
81069--81109	2	20.5	2	94	0	73	53	0	0	46	1.00
83136--83179	19	2.3	19	96	0	79	18	18	18	45	1.86
83869--83934	19	3.3	19	70	12	60	40	21	18	19	1.91
83884--83955	22	3.4	22	69	11	78	37	25	18	19	1.94
83862--83955	41	2.3	41	96	0	170	39	23	17	20	1.92
83967--84020	21	2.6	21	93	0	90	33	27	12	25	1.93
88562--88679	23	5.3	23	81	4	118	16	24	25	33	1.95
88618--88690	21	3.3	21	83	9	58	15	26	26	32	1.95
89418--89485	28	2.4	29	75	20	72	26	8	16	48	1.75
91408--91470	33	1.9	33	83	6	83	46	7	17	28	1.76
95005--95043	20	2.0	20	89	0	60	20	35	25	17	1.95
99664--99769	18	5.8	18	77	9	74	27	26	21	24	1.99
99684--99771	38	2.4	37	80	5	97	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105327--105377	23	2.2	23	86	6	68	39	9	17	33	1.83
105336--105384	23	2.1	23	100	0	98	34	8	22	34	1.84
105414--105463	23	2.2	23	85	0	64	38	8	18	36	1.80
105308--105548	87	2.8	87	88	1	331	43	8	13	34	1.74
105423--105470	23	2.1	23	88	0	69	39	6	18	35	1.76
105501--105557	23	2.4	23	82	2	69	40	7	12	40	1.70
105561--106230	199	3.4	199	86	3	895	31	14	13	40	1.85
106321--106381	14	4.0	16	72	20	51	55	0	0	44	0.99
106450--106518	24	2.9	25	79	18	76	43	1	2	52	1.25
106527--106602	24	2.8	28	71	21	79	32	2	5	59	1.34
106600--106632	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
107151--107225	28	2.7	28	75	8	73	49	1	1	48	1.18
107255--107306	24	2.2	24	80	16	65	38	0	5	55	1.24
107539--107856	87	3.7	87	93	0	510	33	13	10	42	1.79
107719--107769	23	2.2	23	85	0	66	33	17	7	41	1.79
107815--107867	23	2.3	23	93	0	88	37	18	7	35	1.80
111098--111135	14	2.8	14	81	18	53	44	7	0	47	1.32
118848--118897	27	2.0	25	85	14	68	40	8	2	50	1.43
136922--137062	69	2.0	69	100	0	282	26	14	11	47	1.78
144553--144600	16	3.1	16	75	19	57	56	0	0	43	0.99
144534--144607	21	3.6	21	77	13	66	55	1	0	43	1.08
147170--147259	22	4.0	23	75	8	69	27	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148458--148515	30	1.9	30	82	6	73	56	12	10	20	1.64
148558--148582	8	3.1	8	100	0	50	16	24	24	36	1.94
149365--149426	30	2.1	30	90	0	97	11	32	24	32	1.90
153130--153473	27	12.7	27	94	0	553	17	40	22	18	1.91
156148--156198	18	2.9	18	72	19	54	37	0	0	62	0.95
158020--158071	21	2.5	21	90	0	86	25	25	17	32	1.97
158333--158368	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
159868--160303	224	1.9	225	97	0	829	35	18	15	30	1.92
162632--162696	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
163698--164157	226	2.0	225	84	3	595	40	11	14	33	1.82
164043--164301	108	2.4	108	83	1	313	37	13	11	36	1.82
164491--164526	17	2.1	17	94	0	63	36	5	8	50	1.56
164787--164835	23	2.1	23	88	0	71	30	12	18	38	1.87
164809--164975	74	2.2	75	82	3	212	36	12	10	40	1.78
165276--165435	65	2.5	63	85	8	198	31	23	18	27	1.97
166143--166305	75	2.2	75	82	2	193	33	12	11	43	1.77
167650--167745	42	2.3	42	98	1	183	12	10	39	37	1.77
170179--170212	18	1.9	17	88	5	50	55	8	5	29	1.54
176636--176671	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
180038--180089	20	2.5	20	84	6	68	30	5	28	34	1.81
182223--182248	12	2.2	12	100	0	52	15	7	7	69	1.35
183538--183615	31	2.6	31	87	4	115	52	7	19	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192483--192525	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
197548--197619	23	3.2	21	86	11	67	16	26	30	26	1.97
197559--197619	23	2.7	23	97	0	113	19	24	32	22	1.97
197559--197641	23	3.8	21	88	4	87	18	25	31	25	1.97
201363--201402	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
206453--206504	20	2.6	20	96	0	95	36	17	21	25	1.94
206780--206862	20	4.1	20	79	13	89	34	25	19	20	1.96
206779--206856	41	1.9	41	86	5	113	33	26	17	21	1.96
206911--206949	21	1.9	21	89	5	62	35	23	12	28	1.91
213468--213521	20	2.6	20	88	5	72	31	3	27	37	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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