genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1992422--1992628	110	1.9	110	88	0	315	21	18	23	36	1.95
1993419--1993626	36	5.9	36	76	14	184	43	12	17	26	1.85
1993419--1993510	37	2.5	36	91	1	139	44	15	19	20	1.86
1993441--1993713	101	2.7	101	83	2	305	40	12	18	28	1.88
1993648--1993719	37	1.9	37	85	0	99	38	15	20	25	1.92
1995196--1995253	13	4.4	13	81	14	66	5	13	3	77	1.07
1995196--1995253	26	2.2	27	90	9	93	5	13	3	77	1.07
1995195--1995254	27	2.2	26	86	13	86	5	13	3	78	1.04
1999764--1999794	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
1999970--2000079	25	4.3	26	71	16	79	69	0	6	23	1.17
2000000--2000109	31	3.4	30	78	15	89	69	0	4	25	1.14
2007448--2007483	18	2.0	18	94	0	63	44	8	0	47	1.33
2008467--2008521	18	3.1	18	97	0	101	40	14	0	45	1.45
2010068--2010109	16	2.7	16	88	3	59	54	2	0	42	1.13
2010189--2010292	44	2.4	44	82	6	131	46	10	7	35	1.67
2024846--2024910	27	2.4	27	87	5	87	30	3	7	58	1.42
2025095--2025231	72	1.9	71	82	7	170	32	8	5	54	1.51
2033179--2033204	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2033563--2033605	21	2.0	21	82	8	52	41	13	0	44	1.44
2038941--2039135	102	1.9	102	82	6	243	25	20	24	29	1.99
2039941--2039969	13	2.1	14	93	6	51	44	0	24	31	1.54
2041978--2042024	23	2.1	21	84	7	58	76	0	6	17	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042066--2042116	18	2.8	18	83	13	61	64	3	1	29	1.22
2042326--2042365	19	2.0	21	85	9	57	65	0	0	35	0.93
2042318--2042395	22	3.5	22	73	16	70	66	2	2	28	1.18
2042375--2042423	23	2.1	24	81	11	57	57	0	8	34	1.29
2042889--2042996	37	2.9	37	84	0	144	32	13	14	38	1.86
2043697--2045385	106	16.0	106	90	1	2486	23	17	24	34	1.96
2043696--2045385	317	5.3	318	91	1	2677	23	17	24	34	1.96
2046189--2046265	22	3.5	22	92	0	127	20	14	25	38	1.91
2046641--2046987	172	2.0	173	92	3	574	25	17	20	36	1.94
2047020--2047092	7	9.7	7	70	24	51	2	12	6	78	1.06
2047065--2047098	16	2.1	16	89	10	52	0	14	8	76	1.01
2050513--2050550	20	1.9	20	89	10	60	65	0	26	7	1.19
2051620--2051690	12	5.8	12	69	14	56	73	0	8	18	1.08
2051615--2051663	12	3.8	13	75	20	50	77	0	6	16	0.96
2051620--2051687	24	2.8	25	84	2	75	75	0	7	17	1.03
2051728--2051781	21	2.8	18	84	15	65	64	3	1	29	1.21
2051728--2051782	18	2.8	20	83	8	69	65	3	1	29	1.20
2051773--2051823	21	2.4	21	78	18	61	72	11	0	15	1.12
2051976--2052024	19	2.5	19	80	9	55	63	0	4	32	1.13
2052558--2052657	37	2.7	37	80	0	119	33	12	15	40	1.83
2056504--2056558	26	2.1	26	86	6	76	72	0	0	27	0.85
2056510--2056583	20	3.8	20	77	16	68	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056499--2056601	29	3.6	27	69	28	70	65	0	3	31	1.11
2056585--2056652	28	2.5	28	75	13	70	61	4	4	29	1.35
2064121--2064626	255	2.0	257	98	1	982	31	16	23	28	1.96
2065722--2065763	14	3.1	14	76	13	52	57	0	0	42	0.99
2066290--2066325	19	1.9	18	88	5	54	63	2	0	33	1.08
2068364--2068416	28	2.0	26	85	7	70	43	1	0	54	1.11
2068456--2068526	29	2.4	30	81	9	76	45	0	4	50	1.21
2068659--2068726	27	2.5	28	78	9	77	50	1	2	45	1.26
2072049--2072110	26	2.4	26	91	0	97	25	19	33	20	1.96
2074508--2074566	26	2.3	26	80	13	68	33	10	3	52	1.52
2075313--2075353	19	2.2	19	100	0	82	34	14	31	19	1.92
2084672--2084743	36	2.0	36	100	0	144	52	2	0	44	1.15
2084721--2084784	28	2.4	27	78	16	71	46	3	0	50	1.17
2085306--2085387	2	42.0	2	95	4	150	50	0	0	50	1.00
2085947--2085994	11	4.5	10	80	19	53	2	10	4	83	0.87
2085947--2085994	16	3.0	16	87	0	69	2	10	4	83	0.87
2086599--2087006	76	5.4	76	93	2	673	36	20	20	23	1.95
2086599--2087006	151	2.7	151	91	3	671	36	20	20	23	1.95
2087384--2087993	113	5.7	111	85	9	718	29	18	13	38	1.89
2087384--2088027	107	6.0	111	84	8	739	29	18	14	37	1.90
2087834--2087878	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2088430--2088471	21	2.0	21	95	0	75	40	14	11	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096544--2096977	218	2.0	216	97	2	818	27	19	21	31	1.97
2098822--2098854	16	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
2098941--2098985	25	1.9	24	82	13	58	55	0	0	44	0.99
2099917--2099965	16	3.0	16	84	3	62	2	10	6	81	0.94
2100416--2100456	3	14.0	3	80	14	50	63	0	0	36	0.95
2104130--2104164	11	3.2	11	91	0	61	48	22	8	20	1.76
2129778--2129847	24	2.8	24	70	8	61	45	0	1	52	1.09
2129941--2130019	35	2.3	34	79	12	83	58	0	1	40	1.06
2131739--2131768	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
2135507--2135588	36	2.3	36	91	0	128	18	41	9	30	1.82
2136478--2136548	16	4.4	16	85	0	97	38	15	23	22	1.93
2136637--2136719	32	2.6	31	85	7	105	56	10	13	19	1.66
2136800--2136842	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2138259--2138290	13	2.5	13	95	5	57	37	0	0	62	0.95
2145571--2145605	18	1.9	18	88	0	52	54	8	22	14	1.67
2150893--2150969	25	3.1	25	96	0	136	25	45	11	16	1.82
2153214--2153271	29	2.0	29	96	0	107	62	15	5	17	1.50
2154933--2154965	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2154979--2155023	12	3.7	12	85	8	56	11	15	48	24	1.77
2155079--2155109	6	5.2	6	92	0	53	0	61	16	22	1.34
2162917--2162957	21	2.0	21	90	0	64	34	24	24	17	1.96
2165917--2165973	18	3.0	18	76	14	60	31	7	10	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165933--2165972	21	2.0	20	85	5	53	32	5	10	52	1.56
2166259--2166308	15	3.0	16	76	23	50	20	40	24	16	1.91
2166683--2166752	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
2179474--2179517	23	1.9	23	90	0	70	25	25	25	25	2.00
2179482--2179526	23	2.0	23	86	0	63	24	24	24	26	2.00
2180049--2180094	2	23.5	2	86	4	67	50	0	0	50	1.00
2180066--2180111	23	2.0	23	82	0	56	47	2	2	47	1.26
2180383--2180425	21	2.0	21	82	8	52	67	4	0	27	1.10
2180393--2180426	14	2.5	13	85	4	50	64	2	0	32	1.08
2181740--2181836	3	33.0	3	78	12	103	64	1	0	34	1.00
2182209--2182529	122	2.6	122	89	2	484	27	19	13	40	1.88
2182206--2182591	122	3.2	119	84	7	414	27	17	13	40	1.88
2182980--2183052	22	3.3	22	90	0	101	35	12	13	38	1.83
2183426--2183561	53	2.6	53	95	2	238	21	25	13	39	1.90
2184031--2184068	18	2.1	18	95	0	67	50	7	10	31	1.66
2195113--2195144	14	2.3	14	94	0	55	68	0	9	21	1.17
2195689--2195721	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
2195890--2195916	11	2.5	11	100	0	54	81	7	0	11	0.87
2197419--2197519	3	34.0	3	73	13	84	64	0	3	30	1.18
2197420--2197506	19	4.7	20	78	15	89	66	0	4	28	1.11
2197419--2197545	22	5.9	22	72	12	93	66	1	4	27	1.21
2210155--2210200	23	2.0	23	86	0	65	19	21	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210168--2210212	23	2.0	23	90	0	72	20	15	31	33	1.93
2213274--2213327	26	2.1	25	82	6	63	42	0	7	50	1.30
2215750--2216035	117	2.5	115	90	2	446	17	14	34	33	1.90
2216947--2217315	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2217989--2218035	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2218210--2218234	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2220541--2220847	19	17.4	19	79	16	358	47	18	19	14	1.83
2220569--2220847	52	5.2	53	90	5	358	47	17	20	15	1.83
2220608--2220847	71	3.4	71	83	11	355	47	17	19	15	1.83
2220541--2220879	142	2.4	137	89	6	497	46	18	19	15	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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