genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655574--2655602	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2663167--2663193	10	2.7	10	100	0	54	22	0	33	44	1.53
2665575--2665608	16	2.1	16	100	0	68	11	23	14	50	1.76
2665575--2665615	16	2.6	16	92	0	55	14	21	12	51	1.75
2668274--2668303	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2682020--2682095	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
2682492--2682739	130	1.9	130	93	0	424	36	15	12	35	1.84
2682506--2682770	130	2.0	129	81	4	309	40	13	12	33	1.82
2683200--2683236	15	2.4	16	86	13	51	59	5	2	32	1.34
2690088--2690126	6	6.3	6	96	3	69	46	0	53	0	1.00
2710622--2710748	55	2.3	55	88	0	182	31	21	14	32	1.94
2710720--2711333	51	11.5	52	79	7	621	25	24	17	33	1.96
2710747--2711319	54	10.8	54	81	4	614	23	24	17	33	1.96
2710721--2711333	164	3.8	158	85	4	766	25	24	17	33	1.96
2710720--2711329	105	5.7	105	81	7	658	24	24	17	33	1.96
2711238--2711417	51	3.5	51	80	7	134	27	26	13	32	1.94
2720728--2720767	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2741160--2741200	20	2.0	20	95	0	73	24	12	29	34	1.91
2743013--2743038	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2748762--2748819	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
2754655--2754687	17	1.9	17	88	11	50	51	0	6	42	1.26
2756882--2756973	18	4.9	18	82	10	103	25	30	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758695--2759176	43	11.2	43	78	8	322	51	6	15	26	1.67
2758742--2758863	44	2.8	43	85	6	156	47	9	17	26	1.77
2759103--2759162	21	2.8	21	80	12	61	60	1	6	31	1.33
2762599--2762624	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2771456--2771482	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2771464--2771528	14	4.3	15	74	16	62	38	1	7	52	1.40
2771455--2771528	14	5.0	14	72	18	51	40	1	9	48	1.44
2774002--2774044	22	2.0	22	85	0	59	55	18	6	18	1.64
2788170--2788222	23	2.3	22	84	12	63	58	1	0	39	1.09
2788522--2788656	42	3.2	42	92	0	234	20	19	23	36	1.95
2788627--2788803	42	4.2	42	87	3	227	21	19	20	38	1.94
2788503--2788761	105	2.5	105	91	3	407	21	18	22	37	1.95
2788503--2788782	84	3.3	83	82	10	322	21	19	23	36	1.95
2788648--2788810	42	3.9	42	90	0	272	22	19	20	36	1.95
2788896--2788937	6	7.0	6	100	0	84	33	50	16	0	1.46
2789535--2789667	21	6.4	21	79	10	166	38	19	19	22	1.94
2789556--2789707	63	2.4	61	88	6	232	35	23	19	21	1.96
2789528--2789707	42	4.3	40	82	9	211	35	21	20	22	1.96
2789659--2789713	21	2.6	21	94	0	92	30	29	21	18	1.97
2791486--2791534	18	2.6	19	83	9	64	42	0	0	57	0.99
2795332--2795458	65	2.0	65	91	0	209	41	11	25	21	1.86
2796269--2796323	4	13.8	4	96	0	83	25	5	0	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803895--2803946	20	3.1	16	76	17	52	25	26	11	36	1.90
2803915--2803952	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2804437--2804490	20	2.7	20	85	2	72	27	14	25	31	1.95
2804511--2804587	21	3.7	21	89	1	102	22	18	25	33	1.96
2805034--2805101	25	2.6	25	76	6	64	51	10	8	29	1.66
2806518--2806561	21	2.0	21	82	8	52	34	13	25	27	1.93
2806746--2806785	21	1.9	21	84	0	53	22	17	32	27	1.96
2809298--2809357	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2809475--2809503	15	1.9	15	100	0	58	27	34	24	13	1.93
2809453--2809524	36	2.0	36	88	0	108	25	33	26	15	1.95
2809447--2809524	21	4.0	21	71	19	78	24	34	26	14	1.93
2809559--2809604	22	2.1	22	100	0	92	13	47	26	13	1.78
2809640--2809682	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
2809710--2809749	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2809964--2810033	34	2.1	32	89	5	104	32	15	30	21	1.94
2811681--2811784	33	3.2	33	95	1	183	30	7	17	44	1.77
2812825--2812856	16	2.0	16	93	0	55	59	3	0	37	1.13
2813102--2813133	16	2.0	16	93	0	55	50	28	12	9	1.71
2813871--2813972	32	3.2	31	73	14	91	38	27	10	23	1.88
2813977--2814041	32	2.0	32	88	5	96	38	16	13	30	1.88
2815007--2815085	29	2.7	29	88	0	104	16	37	29	16	1.91
2815156--2815243	29	3.0	30	65	18	85	22	40	15	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815244--2815339	29	3.3	29	89	2	95	7	27	34	31	1.84
2820449--2820481	16	2.0	17	88	5	50	9	15	6	69	1.34
2832345--2832382	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2836271--2836295	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2836364--2836409	2	24.5	2	82	12	62	50	0	0	50	1.00
2838592--2838629	20	1.9	20	88	0	58	28	13	13	44	1.81
2851610--2851662	20	2.6	21	76	8	65	28	32	15	24	1.95
2851694--2851738	20	2.2	20	88	0	72	40	24	15	20	1.91
2852269--2852331	20	3.1	21	82	8	69	15	15	14	53	1.72
2854274--2854349	21	3.6	21	76	13	84	22	38	19	19	1.94
2854268--2854349	42	2.0	42	87	4	121	23	37	18	20	1.94
2855786--2855839	28	1.9	28	84	0	72	33	0	18	48	1.49
2855786--2855822	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
2856314--2856349	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2858415--2858439	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2858618--2858664	24	2.0	24	95	0	85	36	21	21	21	1.96
2858618--2858678	24	2.5	24	83	0	59	34	21	19	24	1.96
2858790--2858823	12	2.8	12	90	0	50	14	2	26	55	1.53
2859375--2859412	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2859551--2859622	19	3.7	19	92	3	108	29	12	22	36	1.91
2859589--2859656	20	3.3	20	89	2	91	17	14	26	41	1.88
2864178--2864231	23	2.2	26	77	19	69	40	3	0	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2864184--2864233	24	2.1	24	92	3	84	44	4	0	52	1.20
2864219--2864282	27	2.4	28	79	12	71	37	4	1	56	1.30
2866167--2866206	21	1.9	21	85	10	55	67	10	5	17	1.37
2866259--2866283	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
2869643--2869719	36	2.1	36	97	0	145	54	0	1	44	1.08
2871868--2871921	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2872275--2872384	55	2.0	57	89	10	176	37	8	22	31	1.84
2872657--2872695	20	1.9	19	85	10	51	15	5	10	69	1.34
2875007--2875043	19	1.9	19	94	0	65	35	0	24	40	1.55
2875141--2875185	13	3.4	13	80	17	56	44	8	0	46	1.34
2878115--2878514	176	2.3	177	88	5	585	27	17	13	42	1.86
2881728--2881765	18	2.1	18	85	14	51	34	0	0	65	0.93
2881728--2881783	8	6.1	9	78	15	53	28	1	0	69	0.98
2881793--2881834	12	3.7	11	79	14	50	40	0	0	59	0.97
2881973--2882015	22	2.0	22	86	9	61	30	2	2	65	1.18
2882004--2882058	21	2.6	22	80	13	62	30	3	0	65	1.10
2882005--2882078	22	3.3	22	81	11	71	29	4	0	66	1.10
2882166--2882211	19	2.4	19	80	16	51	23	10	0	65	1.24
2886382--2886452	19	3.6	19	73	7	54	77	7	12	2	1.08
2887046--2887099	21	2.5	21	96	3	99	37	27	11	24	1.89
2887498--2887533	18	2.0	18	88	0	54	22	5	30	41	1.76
2887674--2888961	313	4.1	315	91	3	2051	33	24	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887674--2888961	623	2.1	623	91	3	2114	33	24	18	22	1.97
2887674--2888969	104	12.5	106	90	3	2002	33	24	18	22	1.97
2889022--2889171	77	1.9	78	97	2	286	28	30	22	20	1.98
2889781--2889878	37	2.6	38	85	1	135	39	16	13	30	1.87
2890426--2890647	64	3.5	64	83	7	254	33	20	18	27	1.96
2891548--2891636	30	3.0	30	88	1	126	21	20	26	31	1.98
2896698--2896814	57	2.0	58	95	4	211	21	17	24	35	1.95
2908539--2908619	33	2.5	33	89	2	119	32	18	20	28	1.97
2908690--2908905	62	3.4	64	85	9	275	28	13	15	42	1.85
2908881--2908975	36	2.7	34	82	9	102	32	17	13	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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