genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220876--2220977	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2221084--2221120	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2221115--2221187	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
2221101--2221173	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
2223045--2223101	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2223026--2223118	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2222989--2223123	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2223119--2223247	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2223119--2223210	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2223291--2223670	93	4.1	93	99	0	753	46	18	12	22	1.83
2223291--2223670	185	2.0	186	99	0	753	46	18	12	22	1.83
2225377--2225466	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2225369--2225483	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2225376--2225488	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2225500--2225554	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2225675--2225745	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2225926--2225980	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2226126--2226319	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2226126--2226319	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2226312--2226388	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2226374--2226425	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2228337--2228437	3	33.7	3	91	0	166	33	1	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228433--2228473	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
2228680--2228719	18	2.2	18	95	0	71	5	45	27	22	1.73
2241268--2241312	1	45.0	1	81	0	54	91	2	6	0	0.50
2241254--2241312	11	5.8	10	82	13	59	86	1	10	1	0.72
2243347--2243985	113	5.6	112	87	3	906	38	14	19	27	1.90
2244329--2244423	3	31.7	3	91	0	154	33	2	1	63	1.13
2244419--2244459	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
2247140--2247217	37	2.1	36	85	2	102	66	5	5	23	1.32
2247216--2247271	16	3.2	17	72	10	51	71	0	5	23	1.06
2247332--2247381	25	1.9	27	84	8	68	58	0	4	38	1.17
2247400--2247437	14	2.7	15	84	12	53	63	0	0	36	0.95
2247339--2247440	19	5.4	19	69	17	61	61	0	4	33	1.17
2248461--2248648	83	2.2	84	83	5	238	24	19	21	35	1.96
2248870--2249162	100	2.9	102	83	5	385	20	19	24	35	1.95
2249101--2249205	43	2.4	43	91	0	165	20	20	22	36	1.95
2248995--2249285	149	2.0	149	83	1	377	19	18	25	35	1.95
2249958--2250278	65	4.8	65	76	10	238	40	11	19	29	1.86
2250089--2250503	36	12.0	36	71	16	279	37	13	20	29	1.90
2250035--2250294	138	1.9	138	88	1	396	40	13	20	26	1.89
2250330--2250503	37	4.9	37	71	17	145	36	13	21	29	1.91
2250127--2250497	203	1.8	204	83	2	496	37	13	19	29	1.90
2250127--2250503	102	3.7	102	87	2	472	37	12	19	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251954--2252091	69	2.0	69	92	2	233	25	14	22	37	1.92
2252164--2252204	14	3.1	14	93	6	68	0	14	7	78	0.96
2252188--2252221	9	3.6	9	88	11	50	0	17	2	79	0.86
2252187--2252226	11	3.9	10	84	15	55	0	17	5	77	0.94
2259574--2259615	19	2.3	19	87	4	59	21	30	33	14	1.93
2265123--2265170	22	2.2	22	85	7	62	54	2	4	39	1.32
2265693--2265955	131	2.0	131	100	0	526	31	15	17	34	1.92
2268746--2269821	4	269.8	4	92	0	1429	25	6	24	43	1.77
2271772--2271804	14	2.4	14	100	0	66	48	21	15	15	1.81
2279370--2279425	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2279517--2279577	29	2.1	30	84	9	81	39	1	1	57	1.18
2286256--2286315	21	2.9	21	71	0	66	25	36	28	10	1.88
2287952--2288011	29	2.1	29	93	6	104	38	10	25	26	1.87
2288939--2288979	16	2.5	17	84	8	57	46	19	14	19	1.84
2288966--2289009	21	2.1	21	83	8	54	29	18	22	29	1.97
2289195--2289244	26	1.9	26	91	0	82	58	12	6	24	1.56
2292512--2292695	17	11.5	15	67	21	65	74	1	4	19	1.08
2292546--2292695	36	3.9	38	73	17	109	74	2	4	18	1.09
2292565--2292680	22	5.5	20	69	21	76	75	1	4	18	1.05
2292485--2292609	52	2.4	52	78	15	132	72	2	4	20	1.12
2292480--2292699	47	4.6	45	73	17	121	73	2	5	19	1.13
2292513--2292690	14	12.7	13	69	20	69	74	1	4	19	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293888--2293932	18	2.6	18	82	3	56	73	0	4	22	1.01
2293901--2293942	22	1.9	22	85	9	59	71	0	2	26	0.98
2293899--2293955	25	2.2	26	84	9	82	73	0	1	24	0.92
2293988--2294390	36	10.9	36	86	6	522	43	5	2	48	1.37
2293999--2294390	112	3.6	110	87	5	542	44	4	2	48	1.35
2293988--2294390	74	5.5	73	87	5	544	43	5	2	48	1.37
2298409--2298492	44	1.9	44	92	0	141	28	11	22	36	1.90
2299205--2299285	38	2.2	38	95	2	146	39	39	11	9	1.74
2299001--2299498	254	2.0	256	93	1	867	37	27	11	23	1.90
2300395--2300474	35	2.4	34	83	8	101	37	0	1	61	1.04
2300362--2300469	35	3.1	33	80	11	94	34	0	3	62	1.13
2302250--2302343	21	4.5	21	89	5	136	18	32	27	21	1.96
2302865--2302962	34	2.9	34	87	0	142	56	3	3	37	1.31
2304776--2304883	37	2.9	37	95	0	189	40	12	11	35	1.79
2305443--2305540	28	3.5	27	75	18	69	26	2	1	70	1.05
2305572--2305635	26	2.4	27	89	10	105	23	9	0	67	1.20
2308409--2308463	12	4.7	11	80	12	65	80	1	16	1	0.90
2308422--2308473	13	4.1	13	90	2	79	80	1	15	1	0.88
2308409--2308438	10	2.9	10	95	5	51	80	3	16	0	0.85
2308546--2308683	69	2.0	69	92	0	231	39	23	13	23	1.91
2310954--2311070	36	3.2	36	83	9	148	28	18	12	40	1.88
2311133--2311404	83	3.3	83	81	4	282	34	22	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311887--2311998	37	3.0	37	93	0	188	41	13	11	33	1.81
2312493--2312539	19	2.4	19	82	10	60	25	6	2	65	1.27
2312591--2312740	9	16.7	9	67	21	50	20	6	1	72	1.13
2312583--2312650	27	2.6	28	82	11	74	17	4	1	76	1.03
2312575--2312700	53	2.3	52	80	11	128	18	6	1	73	1.12
2312687--2312750	26	2.4	27	80	12	87	20	10	0	68	1.19
2314332--2314364	16	2.1	16	94	0	57	57	0	0	42	0.98
2315150--2315199	24	2.1	23	88	3	73	30	0	8	62	1.24
2315156--2315217	24	2.6	24	84	0	70	33	0	3	62	1.11
2322050--2322135	41	2.1	41	93	0	145	50	9	12	27	1.71
2337933--2337987	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2338495--2338527	9	3.8	9	84	8	50	45	0	0	54	0.99
2341849--2342100	131	1.9	132	90	4	402	45	8	9	36	1.67
2342460--2342499	21	2.0	20	85	5	53	57	2	2	37	1.26
2343638--2343682	3	14.7	3	90	4	72	66	0	0	33	0.92
2343856--2344452	76	7.8	76	96	1	1104	35	22	21	21	1.96
2343856--2344452	154	3.9	152	96	1	1104	35	22	21	21	1.96
2343856--2344452	230	2.6	230	99	0	1176	35	22	21	21	1.96
2345129--2345183	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
2345544--2345770	54	4.3	54	90	1	325	24	20	15	40	1.91
2347645--2348115	83	5.7	83	93	1	793	36	22	13	27	1.91
2347645--2348115	165	2.8	166	94	1	804	36	22	13	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350362--2350398	12	3.1	13	85	14	53	0	10	0	89	0.49
2350362--2350398	11	3.4	11	96	0	65	0	10	0	89	0.49
2350356--2350402	19	2.5	19	86	6	60	0	14	0	85	0.61
2355681--2355743	20	3.0	21	79	13	58	52	3	1	42	1.27
2355593--2355844	131	1.9	132	91	4	411	44	8	9	36	1.68
2356205--2356244	21	2.0	20	85	5	53	57	2	2	37	1.26
2357382--2357426	3	14.7	3	90	4	72	66	0	0	33	0.92
2358113--2358142	15	2.0	15	93	0	51	26	20	3	50	1.64
2365715--2365776	13	5.4	13	64	28	50	32	14	4	48	1.65
2365714--2365787	22	3.4	22	100	0	148	31	13	4	51	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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