genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810789--810830	22	1.9	22	95	0	75	26	21	19	33	1.97
811026--811052	14	1.9	14	100	0	54	51	29	11	7	1.64
812023--812327	152	2.0	150	98	1	592	33	12	20	34	1.89
813227--813264	14	2.7	14	100	0	76	7	26	23	42	1.81
815149--815270	19	6.6	19	77	11	137	47	20	21	10	1.80
815149--815270	39	3.3	38	83	10	137	47	20	21	10	1.80
815164--815267	33	2.9	35	85	8	122	49	19	21	10	1.78
815149--815270	52	2.2	53	88	8	174	47	20	21	10	1.80
815276--815391	20	5.9	20	83	3	121	7	17	24	50	1.71
815283--815397	58	2.0	59	84	5	153	8	17	22	51	1.72
815267--815397	39	3.4	38	84	4	154	9	17	22	49	1.76
815485--815691	93	2.2	93	93	2	353	48	19	11	20	1.79
815601--815753	78	1.9	79	90	5	245	43	18	13	24	1.85
817428--817491	20	3.2	20	82	4	83	45	17	25	12	1.83
817476--817531	14	3.6	14	74	21	58	44	21	25	8	1.81
817426--817548	33	3.5	33	84	8	147	46	18	24	10	1.81
817573--817611	20	2.0	20	89	0	60	12	28	17	41	1.87
817598--817646	19	2.5	19	86	3	62	14	12	22	51	1.75
818099--818146	20	2.5	20	83	6	64	20	22	25	31	1.98
818775--818799	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
818787--818826	20	1.9	22	85	10	57	42	5	0	52	1.23
818795--818850	23	2.4	24	82	8	71	33	5	3	57	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818922--818962	21	2.0	21	85	0	55	53	2	2	41	1.27
818995--819026	16	2.1	15	94	5	55	37	6	0	56	1.25
821086--821129	19	2.3	19	88	7	63	75	0	4	20	0.98
824011--824041	16	2.0	15	93	6	53	61	0	0	38	0.96
824069--824117	18	2.6	19	83	6	64	73	2	4	20	1.10
832879--832928	21	2.4	21	80	6	57	66	0	2	32	1.03
832879--832926	15	3.4	14	78	16	55	64	0	2	33	1.05
834801--834903	43	2.4	43	88	0	152	29	16	27	27	1.97
838009--838061	23	2.3	23	93	0	97	33	26	37	1	1.68
838255--838342	41	2.1	41	85	4	115	26	26	21	26	2.00
838418--838786	42	8.8	42	89	0	533	26	23	16	33	1.96
838428--838786	125	2.9	125	89	2	542	27	23	15	33	1.95
840211--840455	82	3.0	82	79	8	221	31	22	14	31	1.94
840243--840372	41	3.1	42	78	7	149	28	22	16	33	1.95
843074--843138	30	2.2	30	83	10	80	46	9	13	30	1.75
843657--843702	19	2.5	18	83	13	58	23	8	26	41	1.83
865216--865364	45	3.3	44	84	6	181	34	7	16	41	1.76
865556--865836	58	4.9	57	78	8	214	38	7	10	44	1.66
865901--865977	39	2.0	39	86	0	109	37	9	11	41	1.73
865992--866070	39	2.0	39	85	4	106	31	10	15	43	1.80
866096--866189	39	2.4	39	82	3	109	41	5	11	41	1.64
866096--866202	39	2.8	39	81	4	101	38	4	11	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873504--873564	23	2.6	24	84	5	81	18	19	9	52	1.72
874894--874958	16	4.1	16	89	0	103	58	21	10	9	1.59
874890--874964	10	7.7	10	71	21	61	58	20	10	10	1.60
876067--876097	14	2.2	14	100	0	62	51	29	12	6	1.65
876050--876083	10	3.4	10	91	0	50	52	23	14	8	1.69
876946--877027	30	2.9	27	77	17	69	41	2	2	53	1.27
879685--879717	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
885358--885413	21	2.6	22	80	5	69	21	26	17	33	1.96
885402--885458	20	2.8	20	83	0	78	40	12	19	28	1.87
885450--885569	20	6.0	20	99	0	231	25	29	20	25	1.99
890317--890351	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
890420--890457	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
893604--893664	18	3.4	17	80	8	59	31	6	34	27	1.83
903235--903273	21	1.9	20	89	5	60	64	23	5	7	1.40
911555--911662	45	2.4	46	81	7	123	31	18	17	32	1.94
919651--919714	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
920183--920343	65	2.5	63	87	8	227	31	22	18	27	1.97
921967--921997	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
928565--928597	12	2.9	11	91	8	57	24	0	0	75	0.80
935296--935354	20	3.0	20	97	0	109	45	20	13	20	1.84
935369--935627	20	13.2	20	68	16	134	39	22	15	22	1.91
935288--935627	40	8.6	40	68	18	173	39	22	15	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935331--935646	154	2.1	154	94	0	560	38	22	15	23	1.92
935760--935802	22	2.0	22	90	0	68	25	44	9	20	1.81
937038--937079	17	2.5	17	100	0	84	42	9	4	42	1.58
939644--939683	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
940027--940113	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
940417--940455	6	6.5	6	84	0	51	53	12	2	30	1.52
940421--940463	12	3.6	12	77	0	50	46	18	2	32	1.62
940413--940463	24	2.1	24	92	0	84	47	15	3	33	1.64
940842--940891	25	2.0	25	92	0	82	46	22	6	26	1.74
940982--941023	20	2.1	20	100	0	84	33	26	21	19	1.97
943639--943690	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
943802--943835	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
944573--944636	19	3.4	19	89	4	85	31	12	21	34	1.91
945136--945225	29	3.2	28	69	17	69	35	18	5	40	1.75
945448--945491	20	2.2	20	100	0	88	4	18	45	31	1.69
948670--948737	21	3.2	21	78	12	66	32	7	4	55	1.47
948782--948837	26	2.2	25	79	17	62	50	0	1	48	1.11
949814--949858	19	2.4	19	92	3	74	22	0	28	48	1.50
952424--952472	13	3.6	13	82	17	64	59	14	2	24	1.46
952998--953039	21	2.0	21	85	0	57	28	14	26	30	1.95
961233--961273	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
989379--989773	199	2.0	195	87	6	566	41	14	12	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1002667--1002731	31	2.1	31	88	5	96	23	20	21	35	1.96
1002681--1002765	30	2.8	30	83	1	98	21	21	25	31	1.98
1002717--1002788	29	2.4	30	88	2	101	16	20	30	31	1.95
1004527--1004667	31	4.5	31	96	0	255	39	21	19	19	1.92
1008711--1008864	31	5.1	31	90	4	235	38	22	18	20	1.93
1009286--1009323	20	1.9	20	100	0	76	26	36	26	10	1.89
1012773--1012928	31	5.0	31	93	1	251	39	23	17	19	1.93
1017006--1017161	31	5.0	31	93	1	251	39	23	17	19	1.93
1021040--1021091	23	2.3	23	89	0	77	48	0	0	51	1.00
1021049--1021126	11	7.0	11	69	16	54	50	0	1	48	1.09
1021105--1021176	27	2.7	26	75	12	74	50	1	1	47	1.18
1021182--1021207	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1021165--1021283	51	2.5	44	79	15	114	49	0	2	47	1.21
1021318--1021363	24	2.0	23	86	4	65	43	0	2	54	1.12
1026325--1026350	5	5.2	5	100	0	52	19	0	80	0	0.71
1027343--1027380	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1028772--1029156	149	2.7	142	83	7	464	37	7	8	47	1.62
1028897--1029190	149	2.0	149	83	5	375	38	6	7	46	1.59
1038537--1038617	23	3.8	22	78	15	80	23	29	25	20	1.99
1038537--1038598	23	2.7	23	87	2	90	22	30	25	20	1.98
1047465--1047519	20	2.7	20	94	5	92	34	14	14	36	1.87
1048269--1048391	37	3.4	37	71	2	122	31	20	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1048228--1048421	36	5.3	37	68	2	133	30	20	12	36	1.90
1048288--1048403	37	3.2	37	72	2	135	34	18	10	36	1.85
1048222--1048436	73	2.9	73	93	1	351	31	19	12	36	1.89
1048460--1049030	122	4.7	121	88	4	798	40	15	17	26	1.89
1048460--1049030	239	2.4	242	88	4	823	40	15	17	26	1.89
1049827--1049921	2	47.5	2	100	0	190	50	0	0	49	1.00
1053341--1053417	8	9.8	8	73	8	59	33	0	2	63	1.08
1055567--1055643	33	2.3	33	80	8	93	36	6	45	11	1.67
1055719--1056259	83	6.5	83	82	2	564	28	18	18	34	1.95
1055733--1056263	250	2.1	249	80	2	600	28	18	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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