genome.fa.s8685.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111708_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3669133

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
580435--580477	20	2.1	20	86	4	59	74	4	9	11	1.20
590340--590383	18	2.4	18	88	0	61	15	6	36	40	1.74
596746--596789	18	2.4	18	88	0	61	15	6	36	40	1.74
602270--602341	36	2.0	36	97	0	135	22	13	34	29	1.93
602816--602905	43	2.1	43	89	0	135	32	5	24	37	1.79
604271--604350	41	2.0	41	82	9	101	36	6	30	27	1.81
605229--605265	14	2.4	16	86	8	51	45	2	0	51	1.15
610692--610759	33	2.1	33	97	0	127	38	16	26	19	1.92
611983--612034	21	2.5	21	81	6	61	32	17	25	25	1.97
612847--613009	21	7.9	21	72	9	129	22	16	24	36	1.94
614113--614191	21	3.8	21	75	0	77	20	26	31	21	1.98
614775--614812	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
615754--615798	18	2.6	17	79	6	54	66	4	2	26	1.22
616963--617005	14	2.9	15	82	10	52	39	0	0	60	0.97
616955--617043	34	2.7	31	84	6	106	41	0	0	58	0.98
616949--617043	19	5.5	19	65	23	57	40	0	0	60	0.97
617191--617279	17	5.4	17	81	12	105	33	0	0	66	0.92
617204--617279	33	2.3	33	100	0	152	31	0	0	68	0.90
617181--617278	17	5.8	16	79	14	83	34	0	0	65	0.93
621006--621068	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
624840--624879	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
628350--628397	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628401--628473	21	3.5	21	88	7	112	19	34	26	20	1.96
628772--628809	15	2.5	15	100	0	76	39	34	13	13	1.83
629009--629115	34	3.1	34	89	0	160	57	3	1	36	1.27
629511--629989	128	3.7	128	97	0	886	32	21	24	20	1.97
630070--630110	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
639601--639898	150	2.0	151	88	4	453	47	7	9	35	1.63
639991--640210	115	1.9	113	82	7	239	50	5	15	28	1.67
640481--640560	39	2.1	39	97	0	151	40	17	25	17	1.91
667313--667362	20	2.5	20	83	0	64	30	24	20	26	1.98
667971--668169	95	2.1	95	99	0	389	27	19	4	49	1.66
680743--680790	21	2.5	18	75	15	51	39	18	27	14	1.90
681556--681586	10	3.1	10	100	0	62	29	32	19	19	1.96
684465--684505	21	1.9	22	85	5	57	4	17	0	78	0.93
685319--685363	21	2.1	21	91	0	72	37	20	15	26	1.92
685327--685375	21	2.3	21	96	0	89	34	24	12	28	1.91
687658--687692	18	1.9	18	88	11	54	11	14	11	62	1.54
688592--688681	45	2.0	45	86	4	128	28	21	23	26	1.99
688701--688738	20	1.9	20	100	0	76	21	15	31	31	1.94
695260--695310	21	2.4	21	80	3	57	25	15	7	50	1.71
695254--695303	22	2.3	22	79	3	57	24	12	8	56	1.62
695343--695382	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
697308--697354	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697367--697457	45	2.0	46	86	2	130	27	17	25	29	1.97
700880--700917	20	1.9	20	89	10	60	60	23	0	15	1.35
703960--704039	30	2.7	30	94	1	135	36	7	16	40	1.77
704110--704154	19	2.4	19	92	0	72	44	8	8	37	1.67
704120--704170	19	2.7	19	87	0	66	43	9	11	35	1.75
704277--704318	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
704603--704672	34	2.1	32	84	5	86	32	14	30	22	1.94
712490--712567	38	2.1	38	97	0	147	41	15	15	28	1.87
713164--713514	12	29.4	12	94	3	548	24	39	0	35	1.56
713534--713568	4	8.8	4	87	0	52	31	0	0	68	0.90
713534--713646	12	9.0	12	74	12	84	30	4	7	58	1.44
713496--713650	77	2.0	77	100	0	310	28	6	10	54	1.58
713611--713645	4	8.8	4	87	0	52	31	0	0	68	0.90
723339--723379	17	2.4	17	100	0	82	4	7	26	60	1.43
727014--727060	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
727825--727896	30	2.4	30	90	0	108	30	23	20	25	1.99
727883--728007	31	4.0	31	76	11	103	33	19	19	28	1.96
729123--729279	64	2.5	64	76	12	153	26	17	20	35	1.95
732418--732489	30	2.4	30	92	0	117	30	22	20	26	1.98
732480--732600	31	3.8	32	78	9	115	32	19	19	28	1.97
737414--737490	40	1.9	40	84	5	102	27	14	12	45	1.81
738401--738467	18	3.6	18	70	18	64	32	10	13	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738410--738484	39	1.9	39	88	0	114	30	14	10	44	1.79
746417--746448	13	2.3	15	89	10	50	28	3	6	62	1.34
747286--747345	30	2.0	31	83	3	77	30	8	5	56	1.50
754509--754556	19	2.5	19	80	10	53	54	8	22	14	1.67
756584--756628	19	2.4	19	96	0	81	64	8	17	8	1.47
758499--758886	184	2.1	184	90	2	620	42	3	8	45	1.49
760570--760603	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
760948--760973	11	2.4	11	100	0	52	26	15	26	30	1.96
762306--762410	51	2.1	51	100	0	210	51	5	18	24	1.67
768943--768987	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
775608--775763	67	2.3	67	82	0	204	27	21	11	39	1.88
775749--775798	16	3.4	16	68	21	54	12	32	18	38	1.87
775743--775812	28	2.5	28	97	0	131	10	30	18	41	1.83
780535--780600	22	3.0	22	84	6	80	28	0	3	68	1.05
780539--780599	19	3.1	19	86	9	79	29	0	1	68	0.99
780545--780600	3	19.0	3	81	17	64	32	0	1	66	1.03
781083--781145	19	3.6	18	71	14	60	63	7	28	0	1.22
781198--781236	19	2.1	18	85	9	51	28	35	15	20	1.93
781938--781996	3	20.3	3	75	13	52	27	3	1	67	1.16
781938--781996	29	2.1	28	87	9	86	27	3	1	67	1.16
782156--782190	17	2.2	17	90	10	56	31	14	0	54	1.40
782797--782854	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784465--784530	20	3.2	20	76	6	62	19	12	10	57	1.63
787344--787439	7	12.3	7	73	22	68	76	3	17	3	1.06
787333--787386	26	2.0	27	92	3	92	70	9	14	5	1.31
787370--787439	17	4.6	16	75	19	62	78	0	18	2	0.87
787372--787421	17	2.9	17	80	11	66	76	0	20	4	0.95
787408--787438	12	2.5	12	94	5	53	83	0	16	0	0.64
789603--789827	113	2.0	114	90	0	353	33	16	19	31	1.93
790906--791140	73	3.2	72	86	6	292	34	17	19	28	1.94
791955--792058	54	1.9	54	94	0	181	36	16	25	21	1.94
792427--792481	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
792928--792975	24	2.0	24	84	11	64	56	6	22	14	1.61
792917--794004	113	9.7	112	89	2	1463	37	14	20	28	1.92
794349--794411	22	2.8	22	85	2	81	28	0	3	68	1.05
794363--794431	19	3.6	19	80	3	68	37	0	1	60	1.06
794356--794411	3	20.0	3	82	14	66	32	0	1	66	1.03
795521--795555	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
795795--795849	15	3.7	16	79	13	55	25	3	1	69	1.15
799124--799220	10	9.9	10	73	7	65	18	26	23	30	1.98
799155--799246	19	4.8	19	77	7	96	16	26	29	28	1.97
799124--799225	29	3.5	29	87	5	143	18	27	24	29	1.98
799259--799289	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
800154--800228	30	2.4	30	82	4	87	14	24	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800183--800277	32	3.0	31	73	13	88	16	26	28	28	1.97
806404--806453	19	2.7	18	90	9	82	12	30	32	26	1.92
806404--806453	9	5.3	9	83	7	64	12	30	32	26	1.92
806449--806488	18	2.3	18	86	4	55	17	40	25	17	1.91
807344--807466	62	2.0	63	81	10	146	17	27	28	26	1.97
808932--808983	23	2.3	21	78	21	52	65	1	1	30	1.14
809769--809821	21	2.5	21	84	6	72	20	24	18	35	1.95
809811--809941	41	3.2	40	84	5	156	38	17	22	21	1.93
809811--809941	21	6.4	21	87	6	171	38	17	22	21	1.93
809811--809941	61	2.1	62	91	1	210	38	17	22	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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