genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  1  of  18  ( 2144 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11263--11302	21	2.0	20	85	9	55	77	0	10	12	0.99
12257--12485	41	5.5	41	68	18	159	26	29	20	24	1.99
12256--12529	85	3.3	85	89	9	411	25	28	20	25	1.99
12860--12901	17	2.6	16	77	7	57	26	4	4	64	1.33
12860--12907	17	2.9	17	75	3	53	25	4	4	66	1.27
12875--12931	29	2.0	29	83	13	73	28	3	3	64	1.26
21730--21795	29	2.2	29	86	7	89	28	9	18	43	1.80
21743--21806	29	2.2	29	91	5	103	29	7	17	45	1.76
23539--23572	15	2.1	17	89	10	54	52	17	0	29	1.45
24158--24218	29	2.1	30	81	9	72	49	8	8	34	1.62
27270--27315	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
27276--27316	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
29644--29738	33	2.9	33	93	1	156	32	7	15	44	1.75
29724--29778	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
29974--30030	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
30194--30247	15	3.4	15	76	14	63	33	7	11	48	1.67
32646--32683	20	2.0	19	90	10	60	28	15	10	44	1.80
32672--32770	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
32756--32810	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
33006--33062	21	2.7	21	83	0	78	15	28	26	29	1.96
33246--33279	18	1.9	18	88	5	52	41	11	8	38	1.73
33373--33404	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35014--35166	76	2.0	76	98	0	297	48	16	1	32	1.58
36901--36996	44	2.2	44	94	0	165	58	12	15	13	1.64
40837--40887	26	1.9	27	84	4	68	9	7	33	49	1.65
41269--41331	3	20.3	3	78	18	67	63	0	1	34	1.04
41748--41888	32	4.5	32	77	7	128	39	14	17	27	1.89
42349--42462	36	3.2	35	83	5	140	37	11	21	28	1.89
42506--42603	37	2.6	37	75	12	92	40	13	16	29	1.86
44043--44067	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
50886--50968	23	3.8	22	82	6	87	25	32	24	18	1.97
52546--52585	18	2.2	18	91	8	64	45	22	32	0	1.53
58068--58145	32	2.4	32	87	4	113	56	7	15	20	1.63
59196--59231	18	2.1	18	89	5	56	27	16	22	33	1.95
59197--59406	65	3.2	65	78	13	211	27	17	24	30	1.97
59770--59822	24	2.2	25	86	10	74	22	30	0	47	1.52
59749--59811	31	2.0	31	100	0	126	28	28	0	42	1.56
59749--59800	16	3.3	16	67	5	52	28	30	0	40	1.57
60455--60506	21	2.5	21	100	0	104	30	17	38	13	1.88
62077--62132	22	2.7	21	81	13	71	25	16	28	30	1.96
67912--68014	45	2.3	45	83	5	118	31	21	18	29	1.97
71645--71702	23	2.5	23	83	5	73	60	0	3	36	1.14
85519--85553	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
86412--86456	18	2.5	17	82	7	54	42	6	0	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87550--87592	22	2.0	22	100	0	86	39	9	23	27	1.85
93245--93297	23	2.5	20	75	16	61	41	18	5	33	1.74
93484--93550	23	2.9	23	90	0	98	38	8	16	35	1.80
93507--93730	87	2.6	87	89	1	351	42	11	12	32	1.79
93402--93637	110	2.1	110	89	1	366	41	11	13	32	1.81
93665--93724	23	2.6	23	78	0	57	40	8	16	35	1.79
93969--94037	24	2.9	24	79	18	81	53	2	0	43	1.15
94019--94138	14	8.6	14	69	12	61	48	0	1	49	1.17
94052--94141	28	3.3	28	72	7	78	50	1	1	47	1.15
94081--94149	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
94854--94922	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
95025--95692	200	3.4	197	85	3	858	39	13	14	32	1.85
95696--95752	23	2.4	23	76	2	69	36	17	10	35	1.84
95705--95941	87	2.7	87	93	0	402	33	15	9	42	1.78
95780--95826	23	2.0	23	87	0	67	36	19	6	38	1.77
95789--95833	23	2.0	23	86	0	63	40	17	6	35	1.76
95867--95917	23	2.2	23	89	0	75	37	19	3	39	1.70
95867--95926	23	2.6	23	76	10	68	35	16	5	43	1.70
101010--101045	16	2.2	16	90	0	54	55	25	8	11	1.62
101053--101121	32	2.1	33	84	7	88	39	26	15	18	1.91
107221--107301	23	3.7	23	81	6	96	23	32	25	18	1.97
114214--114271	21	2.8	21	89	0	89	31	27	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126302--126347	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
138884--138909	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
146741--146835	24	4.0	24	80	2	93	49	16	12	21	1.79
146743--146812	12	5.8	12	71	6	52	51	18	12	17	1.76
150597--150649	23	2.3	23	87	6	72	37	9	0	52	1.34
161455--161495	13	3.2	13	82	0	55	21	21	19	36	1.95
165435--165490	29	2.0	30	86	10	82	46	1	7	44	1.41
168470--168521	20	2.6	20	96	0	95	34	19	13	32	1.90
169850--169901	17	3.2	16	76	13	52	55	0	0	44	0.99
170289--170346	25	2.3	25	93	0	98	22	12	29	36	1.90
171399--171434	12	2.9	12	95	4	63	33	0	16	50	1.46
172253--172324	37	1.9	37	91	0	117	47	18	6	27	1.74
176762--176862	46	2.3	44	81	8	116	51	6	3	37	1.48
181058--181085	8	3.5	8	100	0	56	35	0	50	14	1.43
184085--184131	20	2.2	23	85	11	64	38	2	2	57	1.23
184373--184428	29	1.9	29	82	7	69	46	3	0	50	1.19
191465--191500	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
192155--192191	17	2.2	17	86	13	51	43	5	0	51	1.24
193233--193283	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
199910--199974	4	16.5	4	87	9	98	27	0	0	72	0.85
199911--199991	16	5.2	16	82	11	73	29	1	0	69	0.97
204143--204183	17	2.4	17	91	0	64	36	31	2	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210234--210279	23	2.0	23	91	0	74	28	10	23	36	1.89
211095--211134	17	2.4	16	83	4	53	17	17	5	60	1.54
219643--219687	21	2.1	21	87	0	63	22	24	17	35	1.95
219677--219749	20	3.7	20	88	0	101	36	20	20	21	1.95
219673--219749	40	1.9	40	89	0	118	37	19	19	23	1.94
219696--219827	60	2.2	62	77	13	141	31	23	20	24	1.98
219719--219838	40	3.0	40	85	2	116	30	25	20	25	1.99
219736--219838	20	5.2	20	92	0	161	28	26	19	26	1.99
220682--220737	24	2.3	24	93	0	94	25	16	19	39	1.91
223171--223219	20	2.5	20	86	0	71	40	26	16	16	1.89
223191--223286	33	2.9	34	85	3	131	46	20	19	12	1.82
223321--223357	14	2.6	14	91	0	56	13	29	18	37	1.90
223483--223519	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
224922--225014	42	2.2	42	80	3	107	22	16	39	21	1.92
225494--225562	20	3.5	20	85	0	93	37	23	18	20	1.94
225607--225743	20	7.5	20	72	21	95	16	17	21	44	1.86
225569--225743	53	3.3	52	72	16	137	16	18	21	44	1.87
225575--225740	87	1.9	87	92	0	278	15	18	21	45	1.85
225627--225708	33	2.5	33	77	2	83	14	17	20	47	1.82
227650--227699	20	2.5	20	83	0	64	42	26	16	16	1.88
228060--228114	22	2.5	22	90	0	83	23	10	41	23	1.86
228314--228366	20	2.7	20	96	0	97	18	20	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228363--228408	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
233604--233648	23	2.0	23	95	0	81	44	6	6	42	1.57
233911--233964	19	2.9	17	75	17	54	61	1	3	33	1.25
236648--236778	44	3.0	44	87	4	176	35	21	20	22	1.96
236603--236778	88	2.0	90	81	6	207	34	22	22	20	1.97
238495--238600	37	2.8	37	86	1	149	46	6	3	43	1.47
238717--238887	37	4.6	37	76	10	168	45	5	5	43	1.49
238713--238887	75	2.3	75	80	8	189	45	5	5	43	1.49
250689--250751	33	1.9	32	87	3	90	49	3	1	46	1.27
250689--250788	34	3.0	32	81	10	103	45	7	2	46	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18