genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1464369--1464412	18	2.4	19	88	3	63	9	15	27	47	1.76
1464964--1465017	20	2.7	20	88	0	72	29	20	24	25	1.99
1465026--1465079	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
1465310--1465446	33	4.0	33	87	7	166	41	22	24	10	1.86
1465265--1465468	19	11.1	19	79	12	203	43	20	24	12	1.86
1465464--1465507	18	2.4	19	88	3	63	9	15	27	47	1.76
1466058--1466096	19	2.0	20	90	5	62	38	17	23	20	1.93
1466079--1466172	20	4.7	20	79	7	100	24	18	22	35	1.96
1466079--1466193	61	1.9	61	81	3	142	22	20	21	35	1.96
1468241--1468305	22	2.9	22	86	2	85	29	20	21	29	1.98
1472704--1472749	3	15.7	3	82	13	60	65	0	2	32	1.05
1474095--1474697	36	16.9	34	75	15	357	45	6	3	44	1.46
1474123--1474467	108	3.2	109	86	5	452	45	6	3	44	1.46
1474452--1474491	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
1474379--1474565	96	2.0	96	80	10	215	44	5	2	46	1.41
1474471--1474612	39	3.7	38	80	13	141	44	7	2	46	1.42
1474500--1474686	38	4.9	36	74	14	119	42	9	2	45	1.49
1474500--1474686	39	4.9	37	76	14	118	42	9	2	45	1.49
1475323--1475559	86	2.8	85	82	0	294	24	17	20	37	1.93
1487038--1487079	16	2.6	16	78	10	50	19	0	23	57	1.41
1487041--1487086	23	1.9	25	82	8	60	19	0	26	54	1.44
1490685--1490798	9	12.3	9	68	18	56	77	1	3	17	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1490670--1490741	11	6.7	11	73	13	53	75	0	5	19	1.00
1490686--1490792	22	4.9	22	73	14	78	76	1	3	17	1.02
1490686--1490805	53	2.2	56	73	10	133	77	1	3	17	0.99
1490899--1490959	3	19.7	3	77	12	61	70	1	1	26	1.06
1490912--1490976	17	3.8	16	84	13	69	69	0	1	29	0.98
1490965--1491011	24	2.0	24	87	4	69	53	6	0	40	1.27
1490954--1491326	73	5.1	70	82	9	297	45	6	4	44	1.48
1490983--1491325	36	9.5	35	85	7	372	44	6	4	44	1.49
1491104--1491162	12	4.9	12	68	15	50	40	8	6	44	1.61
1491294--1491394	50	2.1	47	92	5	166	49	6	2	40	1.45
1491360--1491388	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1491302--1491425	50	2.5	48	82	12	146	47	8	2	41	1.48
1491368--1491464	40	2.4	41	87	5	144	46	9	2	42	1.47
1491370--1491473	39	2.7	38	85	10	138	47	8	1	42	1.45
1491370--1491515	39	4.0	37	80	14	128	45	8	1	44	1.43
1494451--1494514	16	3.8	17	83	10	69	26	17	20	35	1.94
1494532--1494729	99	2.0	99	100	0	396	31	20	11	37	1.87
1498049--1498089	14	2.9	14	92	0	64	29	34	14	21	1.93
1504588--1504635	17	2.8	17	81	12	62	64	4	12	18	1.43
1522885--1523072	94	2.0	94	98	0	367	33	21	8	36	1.84
1530326--1530432	23	4.7	23	77	8	94	25	29	26	18	1.98
1530338--1530421	23	3.7	22	84	6	105	25	28	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1548996--1549037	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1550088--1550129	18	2.5	17	84	7	59	52	28	4	14	1.62
1550288--1550325	17	2.2	17	95	0	67	21	13	15	50	1.78
1552235--1552259	11	2.3	11	100	0	50	36	20	16	28	1.93
1554199--1554233	15	2.2	16	90	5	54	51	0	14	34	1.42
1561781--1561862	23	3.7	23	75	4	78	23	29	26	20	1.99
1563432--1563470	18	2.2	18	85	0	51	35	30	25	7	1.84
1564039--1564146	49	2.2	49	95	3	193	38	1	35	24	1.66
1564464--1564626	76	2.2	76	86	3	222	25	26	25	22	2.00
1566027--1566371	50	6.9	50	81	5	340	37	17	17	27	1.92
1571216--1571255	21	1.9	21	84	0	53	57	12	15	15	1.66
1573471--1573513	23	2.0	21	86	9	59	20	4	20	53	1.63
1577431--1577485	19	2.9	19	80	0	74	25	21	20	32	1.97
1577467--1577555	29	3.1	29	81	12	110	20	20	19	40	1.92
1581801--1581967	86	1.9	86	90	2	264	34	13	17	35	1.88
1584317--1584655	169	2.0	170	98	0	662	33	17	14	35	1.90
1590500--1590602	54	1.9	54	91	0	170	26	33	12	28	1.93
1595453--1597181	182	9.3	182	85	3	2030	25	15	26	32	1.95
1595453--1597181	363	4.7	364	84	4	2070	25	15	26	32	1.95
1595453--1597181	545	3.1	548	84	4	2198	25	15	26	32	1.95
1597698--1598431	170	4.4	167	83	5	688	25	17	21	35	1.95
1597698--1598427	83	8.7	83	79	7	647	25	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1598724--1598842	32	3.7	32	83	0	148	32	21	14	31	1.93
1603366--1603399	10	3.3	10	87	4	50	70	0	11	17	1.16
1618547--1618598	24	2.2	23	89	3	77	21	21	19	38	1.94
1619077--1619107	16	1.9	16	93	0	53	41	6	16	35	1.74
1624890--1624940	22	2.4	21	81	9	59	60	3	15	19	1.50
1625094--1625120	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
1625306--1625522	102	2.1	103	82	4	260	41	16	18	23	1.89
1625538--1625604	29	2.3	29	89	0	98	50	2	16	29	1.60
1626770--1627259	136	3.7	135	86	2	659	24	20	19	35	1.95
1628182--1628268	41	2.1	42	82	6	106	31	19	20	28	1.97
1628377--1628573	52	3.8	53	81	6	233	41	18	10	29	1.84
1628703--1628818	36	3.1	36	65	9	97	39	13	17	29	1.88
1628629--1628886	76	3.5	75	90	3	371	37	13	16	32	1.87
1628853--1629078	64	3.5	64	82	8	233	39	10	17	32	1.84
1629046--1629146	37	2.7	37	90	0	148	41	6	21	29	1.79
1629490--1629548	18	3.2	18	71	20	59	47	8	18	25	1.77
1629472--1629743	37	7.7	36	69	20	155	41	8	18	32	1.79
1629401--1629743	104	3.3	103	91	3	539	40	8	18	32	1.80
1629613--1629734	65	1.9	65	84	6	167	42	5	18	32	1.74
1629677--1629752	38	2.0	38	82	10	93	38	11	21	28	1.89
1629902--1629937	14	2.6	14	90	0	54	11	27	11	50	1.72
1631176--1631211	4	8.8	4	87	6	54	52	19	0	27	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631209--1631234	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1634900--1634931	14	2.2	15	94	5	57	78	0	3	18	0.89
1636739--1636778	20	2.0	20	95	0	71	45	15	17	22	1.85
1637363--1637401	16	2.5	16	88	12	55	30	0	20	48	1.50
1637490--1637592	23	4.4	23	72	9	75	19	22	22	35	1.96
1637583--1637641	24	2.5	24	88	2	93	16	23	25	33	1.96
1638195--1638225	16	1.9	16	100	0	62	41	6	19	32	1.77
1646504--1646536	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
1666400--1666424	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1671845--1672208	134	2.8	130	84	7	413	48	13	14	23	1.79
1672193--1672256	29	2.2	29	88	5	94	53	3	14	29	1.56
1675242--1675325	33	2.5	33	81	7	107	27	21	14	36	1.92
1678206--1678247	15	2.8	15	81	0	57	26	0	0	73	0.83
1678195--1678247	21	2.6	19	82	11	52	26	1	0	71	0.96
1679766--1679806	21	1.9	22	90	5	66	39	19	17	24	1.92
1688210--1688317	54	2.0	54	100	0	216	20	20	12	46	1.83
1695533--1695564	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1697178--1697219	3	14.0	3	85	9	59	30	0	4	64	1.14
1699530--1699606	3	26.7	3	74	12	72	63	2	1	32	1.16
1699530--1699595	11	6.3	11	70	16	59	65	0	1	33	1.02
1699532--1699593	31	2.0	32	87	3	90	64	0	1	33	1.03
1700089--1700533	113	4.0	113	91	1	702	29	17	13	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1701682--1701750	19	3.5	19	82	11	70	52	5	10	31	1.59
1702082--1702148	8	7.8	8	75	20	55	4	10	0	85	0.74
1702089--1702135	11	4.5	11	82	15	64	0	12	0	87	0.55
1702084--1702135	19	2.6	19	93	6	86	1	11	0	86	0.65
1702084--1702149	19	3.4	19	87	8	62	4	10	0	84	0.75
1702082--1702133	1	52.0	1	76	0	50	1	9	0	88	0.59
1713681--1713712	3	10.7	3	93	0	55	62	3	0	34	1.11
1715066--1715139	3	25.7	3	78	13	84	64	1	1	32	1.10
1715070--1715159	9	10.8	8	76	15	60	67	1	2	28	1.09
1718801--1718872	34	2.1	34	84	0	90	52	6	8	31	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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