genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1924469--1924526	8	6.9	8	86	9	80	75	0	22	1	0.89
1924469--1924526	17	3.4	16	88	7	80	75	0	22	1	0.89
1924465--1924526	16	3.7	17	87	8	92	75	0	22	1	0.88
1926415--1926800	53	7.1	52	74	12	294	31	8	20	39	1.83
1926433--1926802	111	3.4	109	81	5	376	31	8	20	39	1.83
1927174--1927317	59	2.4	59	87	3	200	27	25	11	34	1.91
1926946--1927529	287	2.0	287	83	5	734	27	23	16	32	1.96
1933981--1934030	20	2.5	20	87	9	68	24	14	34	28	1.93
1937757--1937822	31	2.1	31	94	0	114	33	1	15	50	1.53
1940487--1940516	13	2.2	14	94	5	53	0	16	3	80	0.85
1945122--1945212	10	8.5	10	73	15	58	83	3	8	4	0.89
1945103--1945205	43	2.3	42	85	11	127	80	3	9	5	1.00
1945103--1945223	8	13.4	9	70	15	81	80	3	10	5	1.00
1945122--1945229	43	2.5	43	83	8	130	81	2	9	6	0.96
1947178--1947489	110	2.8	111	87	4	422	29	11	17	41	1.84
1947172--1947549	58	6.7	59	73	14	273	31	10	17	41	1.83
1947741--1947855	38	3.0	38	87	0	176	33	19	17	30	1.95
1947902--1948001	42	2.4	42	85	5	132	26	23	22	29	1.99
1947504--1948201	343	2.0	344	89	1	1078	29	18	18	33	1.95
1948095--1948299	40	5.2	40	87	5	285	32	16	15	36	1.90
1948085--1948299	78	2.7	79	87	5	301	31	16	15	36	1.90
1948403--1948604	91	2.2	90	82	3	235	31	25	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954839--1955103	2	135.0	2	67	25	124	50	6	1	40	1.40
1954823--1955098	45	6.1	43	73	19	138	50	7	2	40	1.42
1954921--1955084	70	2.4	70	78	14	182	50	7	0	41	1.36
1955002--1955103	49	2.1	48	82	15	122	53	5	0	40	1.25
1954843--1955101	11	21.8	12	68	25	76	50	6	1	40	1.40
1955340--1955434	27	3.6	25	74	20	79	52	6	2	38	1.39
1957847--1957910	31	2.0	32	84	3	85	28	26	28	17	1.97
1981144--1981220	31	2.5	31	78	2	82	28	31	25	14	1.95
1985470--1985541	31	2.3	32	85	2	92	25	31	27	15	1.95
1993689--1993808	31	3.9	31	75	7	93	27	25	27	20	1.99
1993731--1993808	31	2.5	32	82	2	95	28	25	26	19	1.99
1997714--1997743	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1998378--1998416	16	2.4	16	87	8	53	43	2	0	53	1.14
2001364--2001462	35	2.8	35	96	1	180	45	19	6	29	1.74
2001396--2001456	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2006014--2006074	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2005976--2006080	35	3.0	35	95	2	185	45	19	5	29	1.73
2006894--2006988	21	4.5	21	84	6	104	32	28	17	21	1.96
2023148--2023318	85	2.0	85	100	0	342	40	8	11	39	1.72
2024070--2024097	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2024991--2025138	62	2.4	62	82	0	170	30	12	24	33	1.92
2025045--2025136	20	4.5	19	71	15	60	29	11	23	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030726--2030839	57	2.0	57	98	0	219	27	19	26	27	1.99
2031677--2031717	22	1.9	21	85	14	57	21	24	29	24	1.99
2032751--2032783	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
2041239--2041309	23	3.2	23	82	9	85	14	19	23	42	1.88
2049326--2049359	17	1.9	18	88	5	52	35	5	20	38	1.77
2051325--2051397	30	2.4	30	78	13	78	39	9	17	32	1.82
2051193--2051629	218	2.0	218	96	0	813	40	8	16	35	1.78
2051543--2051615	30	2.5	31	80	13	82	39	6	19	34	1.78
2053561--2053597	12	3.1	12	88	0	56	29	13	21	35	1.92
2054345--2054888	134	4.1	134	86	1	698	29	25	17	27	1.97
2055036--2055111	3	25.3	3	100	0	152	32	0	0	67	0.91
2055110--2055156	3	15.7	3	95	0	85	0	0	29	70	0.88
2058622--2058702	35	2.3	35	100	0	162	24	25	4	44	1.74
2067569--2067611	18	2.4	18	88	7	61	4	30	2	62	1.28
2074278--2074308	13	2.4	13	100	0	62	41	22	0	35	1.54
2074299--2074356	31	1.9	29	89	6	89	17	17	8	56	1.64
2076954--2077287	74	4.5	75	83	5	374	30	16	12	39	1.86
2077262--2077746	39	12.5	39	88	1	688	29	18	16	35	1.93
2077795--2078042	97	2.6	95	75	5	243	30	25	16	27	1.97
2080114--2080150	9	4.2	9	93	3	58	21	0	5	72	1.04
2092751--2092952	101	2.0	101	100	0	404	34	21	17	25	1.96
2093766--2093813	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094231--2094303	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2094671--2094733	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2095101--2095163	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
2093880--2095788	430	4.4	430	97	0	3611	38	12	7	41	1.72
2093880--2095796	861	2.2	860	97	0	3620	38	12	7	41	1.72
2095522--2095594	23	3.2	23	80	7	85	39	20	4	35	1.72
2095612--2095656	22	2.0	22	83	8	56	40	13	8	37	1.76
2096015--2096101	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
2096372--2096408	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2096370--2096427	24	2.4	25	82	11	75	48	13	3	34	1.60
2096795--2096844	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2097128--2097190	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2097536--2097601	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
2100071--2100565	183	2.7	182	95	1	875	33	17	14	34	1.90
2100953--2101015	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2102602--2102681	9	8.6	9	72	8	61	22	33	6	37	1.79
2102605--2102693	12	7.4	12	87	0	97	21	33	7	37	1.82
2102601--2102681	6	13.5	6	82	0	81	23	33	6	37	1.80
2102617--2102693	36	2.1	36	92	0	127	20	33	9	36	1.85
2102605--2102696	6	15.3	6	81	0	76	20	33	7	38	1.81
2104162--2105130	198	4.9	198	97	0	1821	30	18	15	36	1.91
2104162--2105130	397	2.4	396	97	0	1821	30	18	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105249--2105297	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2107097--2107162	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2107196--2107239	21	2.1	21	86	0	61	18	31	9	40	1.81
2109641--2109687	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
2109736--2110453	227	3.1	229	96	1	1318	39	8	7	44	1.63
2121097--2121285	97	1.9	97	82	0	234	42	13	5	38	1.68
2121252--2121352	53	1.9	53	89	4	159	48	8	6	35	1.61
2121296--2121435	39	3.5	39	82	1	163	45	12	7	35	1.70
2121850--2121924	38	1.9	39	89	2	116	44	8	8	40	1.63
2121944--2122063	39	3.1	39	80	7	145	44	8	6	40	1.61
2122026--2122161	58	2.3	58	79	7	143	44	10	4	40	1.58
2126436--2126697	45	5.8	44	71	7	161	41	11	7	39	1.69
2126436--2126658	90	2.5	89	81	5	241	40	11	7	40	1.70
2126436--2126688	90	2.8	88	77	8	233	41	11	7	39	1.69
2128548--2128596	13	3.8	13	81	7	57	59	0	0	40	0.98
2129094--2129465	98	3.7	98	78	7	415	19	20	24	35	1.96
2129192--2129465	105	2.7	106	81	5	298	19	20	24	35	1.96
2129093--2129465	203	1.8	204	92	1	642	19	20	24	35	1.96
2129476--2129687	109	1.9	109	88	0	316	25	19	23	32	1.98
2139853--2139896	10	4.4	10	80	11	54	75	2	4	18	1.09
2142162--2142322	45	3.6	45	79	5	191	40	10	6	41	1.66
2144253--2144319	31	2.2	30	81	7	82	43	14	5	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146360--2146393	18	1.9	17	88	5	50	29	29	23	17	1.97
2148322--2148366	21	2.1	21	100	0	90	17	20	8	53	1.70
2153764--2153832	31	2.3	30	82	5	77	34	27	7	30	1.84
2153777--2153848	31	2.3	31	92	0	117	30	23	12	33	1.92
2155164--2155200	13	2.8	13	91	4	56	64	2	0	32	1.07
2158953--2159042	12	7.5	12	82	5	101	15	24	37	22	1.93
2158872--2159035	24	6.8	24	84	2	141	12	20	40	26	1.88
2158953--2159042	36	2.5	36	87	3	128	15	24	37	22	1.93
2158905--2159057	48	3.2	48	82	1	155	14	20	39	26	1.90
2158953--2159057	24	4.4	24	85	0	120	16	22	39	21	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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