genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  13  of  18  ( 2144 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444242--2444311	33	2.1	34	81	7	81	20	8	1	70	1.22
2445569--2445667	33	3.1	32	84	8	121	24	13	23	39	1.90
2445580--2445667	33	2.7	33	89	3	135	23	14	23	37	1.92
2450269--2450367	33	3.1	32	82	5	119	25	11	23	40	1.87
2450280--2450367	33	2.7	33	87	3	126	25	12	23	38	1.90
2453922--2453969	16	2.8	16	76	17	51	47	0	0	52	1.00
2454900--2455019	61	2.0	61	98	0	231	28	13	20	37	1.91
2454959--2455393	224	1.9	223	91	3	705	33	9	20	37	1.85
2456408--2456474	18	3.7	18	100	0	134	23	14	34	26	1.94
2459917--2461216	8	174.8	8	69	21	579	41	3	5	50	1.43
2459905--2461227	303	4.4	304	91	4	1931	41	3	5	49	1.43
2459903--2461227	37	36.1	37	81	13	838	41	3	5	50	1.43
2459891--2461258	14	106.9	13	68	21	640	41	3	5	50	1.43
2461716--2461746	6	5.2	6	96	0	53	19	61	0	19	1.35
2463487--2463819	174	1.9	174	90	2	537	36	18	4	40	1.71
2464421--2464508	34	2.6	34	88	0	131	37	23	22	15	1.93
2469252--2469296	18	2.5	18	92	7	74	42	28	8	20	1.82
2471198--2471302	14	7.1	15	72	14	76	56	5	2	35	1.38
2471205--2471292	29	3.0	29	77	15	90	52	5	3	38	1.42
2474471--2474510	21	2.0	20	85	5	53	57	0	12	30	1.36
2476268--2476311	20	2.2	20	91	0	70	34	18	27	20	1.96
2476441--2476485	20	2.2	20	96	0	81	31	22	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477061--2477185	31	4.0	32	78	13	109	32	17	18	32	1.94
2478014--2478174	63	2.5	64	81	3	182	26	21	20	32	1.97
2489699--2489740	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
2490482--2490516	18	2.0	17	88	5	52	22	20	28	28	1.98
2497210--2497239	15	2.0	15	93	0	51	33	23	20	23	1.97
2497299--2497359	24	2.5	24	91	0	104	29	24	18	27	1.98
2498133--2498172	21	1.9	21	85	10	55	30	17	15	37	1.90
2520830--2521135	127	2.3	127	81	7	339	27	29	17	25	1.98
2521058--2521161	40	2.5	40	78	4	109	25	31	16	26	1.96
2521340--2521377	13	2.9	13	84	7	51	36	2	0	60	1.11
2521342--2521371	10	3.0	10	95	0	51	40	3	0	56	1.16
2526313--2526352	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2526347--2526445	33	3.0	33	92	1	155	33	7	14	45	1.71
2526431--2526485	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2526694--2526733	21	1.9	21	94	0	71	22	20	22	35	1.96
2526906--2526956	17	3.1	17	75	5	52	37	9	11	41	1.75
2526904--2526959	15	3.6	15	74	9	58	33	12	12	41	1.81
2527050--2527081	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
2532611--2532668	3	19.7	3	86	10	84	34	1	0	63	1.04
2532596--2532673	37	2.1	38	85	7	106	35	2	0	61	1.10
2537815--2537864	24	2.1	23	85	3	64	44	14	4	38	1.63
2538478--2538524	24	1.9	24	91	4	76	42	8	0	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538904--2539423	272	1.9	269	81	5	618	35	14	20	28	1.93
2542902--2542965	21	3.1	21	88	4	96	29	18	20	31	1.96
2544397--2544425	14	2.0	15	93	6	51	75	0	17	6	1.01
2544399--2544432	16	2.1	17	88	5	52	79	2	14	2	0.97
2554350--2554382	17	1.9	17	93	0	57	75	0	6	18	1.00
2554348--2554385	6	6.5	6	81	6	51	78	0	5	15	0.91
2554357--2554390	17	2.0	17	88	0	50	79	0	5	14	0.91
2555185--2555235	18	2.5	21	78	21	72	25	11	7	54	1.63
2555194--2555234	18	2.3	18	100	0	82	24	12	9	53	1.68
2557705--2557752	22	2.2	21	77	3	51	60	6	2	31	1.33
2558312--2558343	16	2.0	16	93	0	55	37	21	6	34	1.79
2562206--2562230	12	2.1	12	100	0	50	40	28	8	24	1.83
2566281--2566387	48	2.2	48	77	0	124	47	13	15	23	1.81
2582186--2582442	36	7.2	36	89	2	392	33	23	25	17	1.96
2585594--2586105	255	2.0	255	98	0	979	30	21	14	32	1.94
2602686--2602765	20	3.9	19	78	13	63	26	32	25	16	1.96
2611766--2611938	90	1.9	89	91	1	283	38	10	7	43	1.67
2613183--2613245	32	2.0	32	87	0	90	26	11	30	31	1.91
2613580--2613699	33	3.6	32	69	15	91	30	17	10	42	1.82
2613533--2613791	67	3.8	67	80	6	252	28	16	10	43	1.82
2613906--2613966	33	1.9	31	87	12	88	31	13	13	42	1.82
2613906--2613966	32	1.9	32	87	12	90	31	13	13	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613803--2614027	102	2.3	100	82	6	271	27	20	12	39	1.89
2614644--2614672	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
2614842--2614883	21	2.0	21	100	0	84	23	52	14	9	1.71
2620097--2620162	3	22.3	3	96	3	125	33	0	0	66	0.92
2620860--2620935	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
2623014--2623043	13	2.3	13	94	0	51	50	0	20	30	1.49
2624632--2625412	408	1.9	408	83	4	1009	39	9	7	43	1.66
2626211--2626237	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2626591--2626640	21	2.4	21	86	3	66	46	22	18	14	1.84
2626653--2626806	40	3.8	40	89	3	224	37	25	18	18	1.94
2626653--2626804	20	7.6	20	79	4	180	36	25	19	18	1.94
2626611--2626805	60	3.2	59	74	11	180	37	25	17	18	1.93
2627362--2627412	20	2.5	20	90	0	75	50	21	13	13	1.76
2627384--2627476	33	2.8	33	86	1	123	46	24	18	10	1.81
2627477--2627602	33	3.8	33	86	1	171	12	21	20	45	1.84
2627567--2627617	20	2.5	20	80	0	66	17	21	15	45	1.86
2629318--2629661	94	3.9	83	83	8	357	23	13	17	45	1.84
2629384--2629684	94	3.2	94	92	1	482	21	12	17	47	1.81
2629802--2629855	19	2.8	19	100	0	108	46	31	16	5	1.70
2629899--2629985	20	4.3	20	88	2	106	21	17	20	40	1.92
2630469--2630576	21	5.1	21	75	3	101	21	37	18	23	1.95
2630466--2630573	42	2.6	43	75	11	116	20	37	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2631932--2631967	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2632076--2632151	33	2.3	34	88	2	109	44	17	22	15	1.86
2632160--2632327	19	8.8	19	99	0	327	15	20	16	47	1.83
2632505--2632581	33	2.3	34	86	2	102	40	20	24	14	1.90
2632595--2632690	33	2.9	34	84	3	122	14	23	18	42	1.88
2632662--2632755	20	4.7	20	86	2	127	20	22	22	35	1.96
2635160--2635213	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2635160--2635227	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2636060--2636316	20	12.7	20	79	7	200	19	18	22	39	1.93
2636062--2636316	61	4.2	60	87	3	334	19	18	22	39	1.92
2636059--2636358	81	3.7	81	79	5	297	20	18	22	39	1.93
2639022--2639082	29	2.1	30	87	3	88	52	3	6	37	1.44
2639255--2639311	23	2.6	22	78	8	71	50	8	3	36	1.50
2640585--2640887	151	2.0	151	100	0	606	33	14	16	35	1.89
2642036--2642074	20	2.0	20	85	10	53	20	15	35	28	1.93
2645125--2645237	37	3.1	37	83	6	158	40	15	19	23	1.90
2645233--2645743	55	9.3	55	87	1	639	30	17	23	28	1.97
2653305--2653342	19	2.0	20	85	15	53	68	2	15	13	1.32
2659592--2659695	50	2.1	49	87	8	151	44	2	8	44	1.49
2661880--2662046	38	4.5	38	83	8	236	56	19	14	10	1.66
2661918--2662022	24	4.4	24	82	0	147	58	20	12	9	1.62
2661956--2662098	10	13.8	10	71	19	80	57	18	13	11	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661918--2662047	24	5.4	24	81	0	125	56	19	14	10	1.66
2661917--2662079	72	2.3	72	91	3	258	56	18	14	11	1.66
2662028--2662090	33	1.9	33	93	0	108	57	17	12	12	1.66
2662266--2662341	14	5.4	14	85	0	107	56	19	11	11	1.66
2662266--2662334	28	2.5	28	100	0	138	55	20	13	11	1.68
2666418--2666536	27	4.5	27	75	16	92	41	4	0	53	1.26
2666492--2666674	88	2.1	87	81	7	203	41	3	1	53	1.29
2666546--2666664	56	2.1	56	75	15	122	41	4	1	52	1.30
2666595--2666664	31	2.3	30	82	2	77	38	5	0	55	1.24
2666734--2666805	24	2.9	23	83	10	72	54	1	4	40	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18