genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666741--2666805	26	2.5	25	85	12	87	55	0	3	41	1.15
2677942--2678338	203	2.0	203	86	4	523	29	20	18	30	1.96
2679823--2679876	24	2.2	24	96	0	99	29	33	11	25	1.91
2685816--2685873	3	19.0	3	92	3	98	63	0	1	34	1.04
2690429--2690492	3	21.7	3	90	9	105	1	32	0	65	1.02
2690429--2690492	27	2.4	26	94	5	119	1	32	0	65	1.02
2690377--2690604	116	2.0	116	95	3	415	18	22	9	49	1.77
2690542--2690772	3	77.3	3	89	9	366	0	32	0	66	0.95
2692369--2692408	20	2.0	20	90	0	62	35	12	17	35	1.88
2699438--2699486	25	2.0	25	100	0	98	32	4	34	28	1.76
2699438--2699479	13	3.3	13	75	18	52	33	4	35	26	1.77
2699441--2699494	25	2.2	25	93	0	90	35	5	35	24	1.79
2709091--2709170	34	2.3	35	79	10	94	23	21	8	46	1.79
2711627--2711732	41	2.6	41	76	5	108	25	13	23	37	1.91
2712038--2712066	15	2.0	15	93	6	51	20	24	13	41	1.89
2712225--2712431	44	4.7	44	84	3	245	29	23	17	29	1.97
2712225--2712431	88	2.3	89	86	3	283	29	23	17	29	1.97
2713317--2713372	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
2713320--2713370	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
2713538--2713594	21	2.7	21	97	0	105	24	26	28	21	1.99
2713790--2713844	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2713830--2713928	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713923--2713962	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2719515--2719557	21	2.0	21	81	0	50	53	0	9	37	1.33
2721111--2721136	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
2721752--2721779	11	2.5	11	100	0	56	7	21	7	64	1.43
2723997--2724052	23	2.7	20	71	18	51	53	1	21	23	1.55
2726911--2726980	34	2.1	33	84	5	88	25	27	15	31	1.96
2729669--2729738	34	2.1	33	86	5	97	24	28	15	31	1.96
2730086--2730162	20	3.8	20	76	11	86	12	25	38	22	1.90
2730086--2730161	19	3.8	19	74	6	71	13	25	39	22	1.90
2730086--2730166	39	2.0	40	90	2	128	12	25	39	22	1.89
2730086--2730166	21	4.0	21	76	12	89	12	25	39	22	1.89
2732179--2732233	20	2.8	20	88	0	65	29	18	29	23	1.98
2733061--2733126	32	2.0	33	94	2	116	33	4	34	27	1.77
2736040--2736523	42	11.9	41	73	9	328	29	20	17	32	1.96
2736023--2736421	40	9.8	40	73	10	222	30	20	17	32	1.96
2736023--2736518	162	3.0	164	86	3	716	30	20	17	31	1.95
2737947--2738013	31	2.3	29	85	10	84	46	8	16	28	1.77
2741723--2742075	43	8.2	43	91	1	539	24	27	20	27	1.99
2742588--2742625	20	1.9	20	89	10	60	23	21	28	26	1.99
2748913--2748948	18	1.9	19	88	5	56	19	5	16	58	1.58
2750411--2750445	17	2.1	17	100	0	70	34	25	11	28	1.91
2750744--2750800	12	5.2	12	74	23	54	0	40	14	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750745--2750802	21	2.8	21	91	0	98	0	41	12	46	1.41
2751989--2752048	23	2.6	23	74	10	59	58	1	5	35	1.30
2752370--2752558	64	3.1	64	62	20	170	53	7	9	29	1.60
2752357--2752589	116	2.0	116	100	0	466	51	8	11	28	1.66
2753383--2753452	3	24.0	3	77	11	74	58	0	0	41	0.98
2753371--2753452	18	4.4	18	82	14	96	57	0	0	42	0.98
2754925--2754960	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
2755979--2756179	42	4.8	42	67	17	141	38	18	13	28	1.89
2755938--2756181	84	2.9	83	88	2	346	36	19	14	29	1.91
2755931--2756204	83	3.3	83	87	2	352	37	18	13	29	1.90
2756226--2756255	14	2.1	14	100	0	60	30	13	26	30	1.94
2756425--2756490	30	2.2	30	86	2	89	24	13	22	39	1.90
2756497--2756542	22	2.1	22	91	0	74	28	13	19	39	1.89
2767121--2767248	45	2.8	45	96	0	238	35	10	18	35	1.85
2768860--2768899	21	1.9	21	94	0	71	30	35	20	15	1.93
2768896--2768928	6	5.5	6	100	0	66	33	48	18	0	1.48
2769039--2769138	39	2.6	39	100	0	200	28	22	20	30	1.98
2769586--2769616	5	6.4	5	96	3	55	0	41	22	35	1.54
2769667--2769747	21	4.0	21	80	3	85	32	23	22	22	1.98
2771841--2771887	12	3.9	12	82	0	58	19	19	17	44	1.87
2771841--2771887	24	2.0	24	91	0	76	19	19	17	44	1.87
2772091--2772165	33	2.3	34	86	6	109	54	21	9	14	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772091--2772166	11	6.9	11	75	8	66	55	21	9	14	1.67
2772175--2772224	25	2.1	23	85	7	64	48	20	12	20	1.80
2772157--2772290	71	1.9	70	89	1	205	42	18	13	25	1.87
2772264--2772308	23	2.0	23	86	0	63	40	20	17	22	1.92
2772269--2772314	23	2.0	23	82	0	56	43	17	17	21	1.88
2774991--2775126	66	2.1	66	94	0	236	34	22	12	30	1.91
2782601--2782709	57	1.9	57	96	0	200	33	28	21	16	1.95
2784410--2784482	36	2.0	36	91	0	119	28	24	8	38	1.84
2786931--2786975	23	1.9	24	86	4	65	40	11	22	26	1.87
2789607--2789648	17	2.4	18	84	4	59	19	9	2	69	1.28
2789905--2789933	12	2.3	13	94	5	51	31	6	0	62	1.22
2790803--2790846	16	2.8	16	96	0	79	22	6	38	31	1.81
2793811--2794048	93	2.7	92	85	5	312	31	18	20	29	1.96
2795162--2795485	86	3.8	85	83	1	371	35	19	17	27	1.94
2801483--2801564	22	3.7	22	79	9	85	23	30	25	20	1.99
2801477--2801554	23	3.5	22	81	8	77	24	26	28	20	1.99
2803143--2803181	18	2.2	18	90	0	60	46	23	30	0	1.53
2805231--2805267	19	1.9	19	94	0	65	24	18	16	40	1.90
2805232--2805274	19	2.3	19	87	0	59	23	20	18	37	1.94
2806808--2806876	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
2807054--2807134	35	2.3	35	84	0	99	12	18	3	65	1.40
2813350--2813418	28	2.8	23	76	19	75	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2813357--2813419	28	2.2	28	100	0	126	46	0	0	53	1.00
2813541--2813632	34	2.7	35	75	16	86	41	5	5	47	1.49
2816345--2816404	30	2.0	30	93	0	102	20	6	28	45	1.76
2818524--2818753	41	5.5	42	81	3	259	34	13	18	33	1.90
2818521--2818753	83	2.8	83	87	3	317	34	14	18	33	1.90
2821728--2821795	25	2.7	25	88	0	109	11	27	0	60	1.32
2823097--2823271	90	2.0	89	89	3	271	45	6	12	36	1.68
2829966--2830130	89	1.9	89	93	2	287	46	6	12	35	1.66
2841809--2841845	18	2.1	18	89	0	56	27	18	0	54	1.44
2843872--2843914	15	2.9	15	83	12	54	23	2	4	69	1.18
2843852--2843925	4	19.0	4	71	20	59	22	2	2	71	1.11
2843852--2843925	7	9.5	8	77	15	59	22	2	2	71	1.11
2848127--2849095	106	9.4	105	89	5	1400	33	24	18	22	1.97
2848127--2849095	311	3.2	311	89	5	1435	33	24	18	22	1.97
2850684--2850734	16	2.8	19	72	24	56	19	1	3	74	1.07
2850700--2850731	16	1.9	17	93	6	57	25	0	6	68	1.12
2851787--2851838	24	2.2	24	89	6	79	3	5	23	67	1.29
2855984--2856204	65	3.4	64	76	15	215	40	4	8	47	1.54
2858566--2858630	32	2.0	32	100	0	130	53	18	18	9	1.70
2858999--2859030	15	2.0	17	88	11	50	15	18	15	50	1.79
2870119--2870158	14	2.8	14	92	3	62	25	22	42	10	1.84
2875838--2875896	29	2.0	29	93	0	100	49	13	13	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877223--2877268	18	2.6	18	85	0	65	23	26	13	36	1.91
2880266--2880321	29	1.9	29	100	0	112	41	0	7	51	1.29
2880859--2880894	17	2.1	17	100	0	72	44	11	27	16	1.82
2881846--2881929	3	27.0	3	76	11	80	36	3	1	58	1.23
2881859--2881939	29	2.8	29	81	9	94	40	2	1	55	1.21
2890606--2890687	42	2.0	42	92	0	137	21	19	21	36	1.95
2890903--2891002	3	31.0	3	76	15	60	39	3	2	56	1.26
2890923--2891002	26	3.0	27	77	15	69	40	2	1	56	1.21
2890904--2891002	20	4.9	19	73	20	69	39	3	2	55	1.27
2892784--2892839	3	19.0	3	96	3	105	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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