genome.fa.s8750.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008750.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111841_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3719443

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  11  of  18  ( 2144 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158953--2159053	36	2.8	36	83	0	103	15	23	38	21	1.92
2163597--2163641	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2168137--2168244	41	2.8	37	71	14	92	45	1	3	49	1.30
2168001--2168200	69	2.9	69	76	7	192	43	4	7	45	1.49
2169735--2169821	20	4.3	20	81	8	113	28	29	18	22	1.97
2170640--2170693	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2170883--2170919	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
2173283--2173491	20	11.4	20	71	17	168	35	21	19	23	1.95
2173311--2173482	34	4.9	34	81	10	202	36	22	19	21	1.96
2173311--2173487	74	2.5	71	85	8	227	36	22	19	22	1.95
2173291--2173491	54	3.7	54	72	7	176	35	22	19	22	1.96
2173283--2173482	108	1.9	108	88	2	303	36	22	19	23	1.95
2175065--2175187	42	2.9	42	80	7	151	23	18	36	21	1.95
2175065--2175179	21	5.5	21	72	12	83	22	19	36	21	1.95
2175078--2175181	21	5.0	21	74	8	95	24	19	36	20	1.95
2175661--2175704	20	2.2	20	87	0	61	52	20	11	15	1.74
2175699--2175737	20	2.0	20	84	0	51	35	17	20	25	1.95
2175744--2175806	19	3.3	19	86	4	83	46	25	15	12	1.82
2175802--2175840	20	2.0	20	94	0	69	12	20	17	48	1.80
2175806--2175881	33	2.3	34	86	2	109	14	18	19	47	1.83
2175873--2175941	20	3.5	20	86	7	95	17	20	26	36	1.94
2177835--2177921	20	4.4	20	82	1	77	44	22	16	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178315--2178361	22	2.1	22	84	0	58	29	8	36	25	1.86
2178536--2178659	20	6.2	20	84	3	151	28	19	25	27	1.99
2178685--2178721	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
2179255--2179366	34	3.3	33	74	17	104	46	6	3	43	1.46
2179254--2179416	67	2.4	65	84	9	195	46	7	3	42	1.49
2180627--2180679	3	19.0	3	83	11	60	35	0	0	64	0.94
2186120--2186151	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2193495--2193524	15	1.9	16	93	6	53	83	0	16	0	0.65
2193492--2193526	17	2.1	17	89	10	54	80	0	20	0	0.72
2195759--2196321	113	5.0	113	91	0	840	36	14	18	30	1.91
2196229--2196528	120	2.5	124	78	9	323	40	14	20	25	1.89
2196666--2196723	3	20.0	3	81	13	68	32	0	0	67	0.91
2197849--2197912	29	2.2	29	81	15	71	35	3	6	54	1.41
2199014--2199048	18	1.9	18	88	0	52	34	11	34	20	1.88
2199785--2199833	22	2.2	22	100	0	98	30	12	30	26	1.92
2200988--2201818	183	4.6	180	83	5	982	44	12	15	27	1.83
2200988--2201952	358	2.7	356	85	5	1247	44	12	15	27	1.83
2201653--2201976	163	2.0	162	92	1	542	44	11	16	26	1.83
2202417--2202478	19	3.3	19	93	0	106	48	0	16	35	1.46
2204462--2204500	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
2205972--2206019	19	2.5	19	93	0	78	31	2	10	56	1.45
2206393--2207809	199	7.1	199	93	0	2266	42	15	13	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206394--2207809	397	3.6	395	91	2	2230	42	15	13	27	1.85
2206393--2207811	596	2.4	596	92	0	2367	42	15	13	27	1.85
2211328--2211848	198	2.6	199	93	0	891	41	15	16	27	1.88
2212157--2212245	46	2.0	46	86	2	126	26	26	19	26	1.99
2215386--2215906	198	2.6	199	93	0	891	41	15	16	27	1.88
2216215--2216303	46	2.0	46	86	2	126	26	26	19	26	1.99
2217232--2217267	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
2221628--2223044	199	7.1	199	90	1	2202	43	15	13	27	1.85
2221628--2223044	397	3.6	396	91	1	2246	43	15	13	27	1.85
2221628--2223044	596	2.4	595	92	0	2352	43	15	13	27	1.85
2223347--2223437	46	2.0	46	93	2	157	28	26	17	27	1.98
2224198--2224699	199	2.5	199	85	3	659	41	15	14	28	1.87
2225032--2225075	15	2.9	15	79	0	61	20	47	6	25	1.74
2226233--2226266	6	5.7	6	89	0	50	44	2	32	20	1.67
2226357--2227349	496	2.0	496	96	0	1815	32	15	14	37	1.88
2228119--2228171	24	2.2	24	89	0	79	37	1	13	47	1.54
2228344--2229305	200	4.8	200	88	2	1285	41	16	14	28	1.87
2229140--2229632	201	2.5	201	84	4	618	35	16	14	34	1.89
2229599--2229664	32	2.1	32	100	0	132	46	21	6	25	1.74
2233270--2233314	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
2233186--2233348	87	1.9	87	96	0	299	31	14	13	40	1.85
2233842--2233886	21	2.2	21	88	4	65	33	13	2	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241847--2241912	21	3.0	21	91	6	96	37	0	1	60	1.06
2241860--2241926	27	2.3	28	82	15	82	41	0	1	56	1.08
2241853--2241926	21	3.0	25	86	13	93	40	0	1	58	1.07
2241879--2241926	14	3.5	14	81	13	64	43	0	2	54	1.12
2241853--2241915	3	21.0	3	79	12	67	38	0	1	60	1.07
2243160--2243220	12	5.3	11	75	11	52	29	1	1	67	1.10
2243175--2243258	35	2.4	33	79	13	89	36	2	1	59	1.18
2244058--2244109	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
2251106--2251322	114	1.9	113	91	0	353	32	15	21	30	1.94
2253975--2254029	22	2.5	22	81	0	65	34	10	14	40	1.81
2254708--2255018	79	4.0	78	94	2	554	24	21	20	33	1.97
2254708--2255018	155	2.0	156	97	1	588	24	21	20	33	1.97
2254964--2255047	31	2.8	31	94	3	145	21	19	23	35	1.96
2254885--2255123	107	2.2	108	93	3	403	23	20	21	34	1.96
2254995--2255201	76	2.7	76	94	1	369	22	20	22	34	1.96
2255147--2255230	31	2.8	31	94	3	145	21	19	23	35	1.96
2255071--2255266	107	1.8	107	95	0	356	22	19	21	35	1.96
2254809--2255266	183	2.5	184	97	1	846	22	20	21	35	1.96
2255397--2255456	3	20.0	3	78	13	61	38	0	1	60	1.07
2255397--2255456	19	3.3	18	75	6	59	38	0	1	60	1.07
2255397--2255467	27	2.8	25	91	8	108	40	0	1	57	1.07
2255409--2255456	3	16.0	3	85	8	62	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256708--2256767	22	2.7	23	74	7	61	30	1	1	66	1.11
2256708--2256767	12	5.3	11	75	15	52	30	1	1	66	1.11
2256722--2256805	35	2.4	33	79	13	89	36	2	1	59	1.18
2260391--2260449	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2261477--2261568	8	11.9	8	72	15	50	71	0	9	18	1.12
2261473--2261569	16	6.2	16	72	17	62	72	0	10	17	1.12
2261501--2261548	22	2.3	20	85	7	60	75	0	8	16	1.04
2261538--2261571	4	8.2	4	93	6	59	73	0	2	23	0.97
2261575--2261605	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2261826--2261851	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2262449--2262550	37	2.8	37	87	0	132	31	13	14	40	1.85
2263286--2264234	106	9.0	106	87	2	1281	23	18	23	34	1.96
2265060--2265115	22	2.5	22	91	0	94	26	12	23	37	1.90
2265726--2265834	1	109.0	1	74	0	83	0	12	0	86	0.63
2265722--2265834	17	6.6	16	80	15	120	0	13	0	85	0.64
2265726--2265839	8	12.9	9	88	9	132	0	13	0	85	0.70
2265713--2265839	58	2.2	57	86	11	168	0	13	1	84	0.75
2265700--2265826	8	15.6	8	83	8	150	1	12	1	84	0.77
2270303--2270368	8	7.7	9	79	16	52	74	0	6	19	1.03
2270335--2270368	4	8.2	4	93	6	59	73	0	2	23	0.97
2270272--2270353	30	2.7	31	80	10	89	74	0	8	17	1.06
2270366--2270394	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272366--2272407	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2275088--2275264	60	3.0	60	81	2	178	40	5	20	33	1.76
2277171--2277297	54	2.2	57	81	13	138	34	18	4	41	1.72
2277752--2277799	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2286521--2286631	39	2.8	39	78	10	127	35	19	0	44	1.57
2287695--2288149	182	2.5	182	89	1	680	27	16	13	41	1.86
2288021--2288480	111	4.1	111	93	0	742	25	15	14	44	1.84
2288920--2289012	18	4.9	18	69	13	53	73	0	9	17	1.09
2288937--2288997	25	2.5	24	84	10	70	75	0	9	14	1.04
2289318--2289358	22	1.9	21	85	14	57	68	4	2	24	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18