genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  1  of  14  ( 1657 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20005--20151	77	1.9	79	83	8	194	45	6	8	40	1.59
21378--21480	43	2.4	43	85	3	127	33	23	12	31	1.92
21499--21586	43	2.0	44	82	2	106	32	14	20	31	1.93
21554--21781	119	1.9	119	87	1	332	25	21	14	38	1.92
21698--22059	139	2.6	139	88	1	510	25	20	16	37	1.93
23191--23225	13	2.6	13	90	4	52	5	11	0	82	0.82
31116--31697	54	10.8	54	87	0	790	33	21	17	27	1.96
37745--37859	48	2.6	43	84	6	131	31	15	26	26	1.96
37787--38241	115	4.0	115	85	5	563	31	16	22	28	1.96
37787--38241	114	4.0	113	84	6	532	31	16	22	28	1.96
39116--39184	12	5.9	12	74	19	65	2	14	0	82	0.78
39120--39184	8	8.2	8	81	11	64	3	13	0	83	0.77
54065--54727	54	12.4	54	82	5	614	32	19	18	30	1.95
54097--54727	108	5.9	107	83	4	760	32	19	18	29	1.96
57300--57350	22	2.3	23	80	10	61	47	1	21	29	1.62
65997--66053	28	2.0	28	100	0	114	33	35	7	24	1.82
70642--70745	23	4.4	24	73	9	88	33	24	20	22	1.97
70642--70737	46	2.0	47	82	4	113	33	25	18	22	1.97
76485--76540	25	2.2	25	100	0	112	23	16	42	17	1.88
81440--81473	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
84959--84992	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
87119--87160	3	13.3	3	85	9	57	61	0	2	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87121--87159	10	4.0	10	90	3	62	58	0	2	38	1.12
87348--87656	135	2.3	134	84	7	382	25	18	29	27	1.98
88595--88625	11	2.8	11	90	0	53	6	3	6	83	0.88
100286--100319	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
100493--100556	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
102488--102530	3	13.7	3	85	9	59	62	0	2	34	1.08
102490--102528	10	4.0	10	90	3	62	58	0	2	38	1.12
102488--102530	13	3.4	12	84	9	59	62	0	2	34	1.08
103201--103296	3	32.3	3	91	6	160	33	1	1	64	1.07
104873--104917	22	2.0	22	100	0	90	35	4	4	55	1.40
105410--105463	28	2.0	27	88	3	81	35	5	0	59	1.21
105459--105488	15	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
109023--109047	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
114547--114604	22	2.6	22	91	0	89	32	15	12	39	1.84
115265--115803	73	7.4	73	92	0	898	27	19	20	32	1.97
115265--115803	220	2.5	219	93	1	920	27	19	20	32	1.97
115960--116025	3	22.3	3	83	9	82	34	1	1	62	1.14
120915--120957	21	2.1	21	86	4	61	13	16	30	39	1.87
121807--121858	23	2.4	22	83	6	61	32	26	15	25	1.95
134071--134116	21	2.2	21	96	0	83	28	23	26	21	1.99
136886--136944	29	2.0	29	96	0	109	27	11	11	49	1.74
151726--151878	77	2.0	79	82	7	188	44	5	12	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152763--152825	30	2.1	30	87	0	90	31	23	31	12	1.92
158902--158958	23	2.5	24	80	8	66	19	3	26	50	1.63
159527--160418	240	3.8	231	87	2	1128	34	17	16	30	1.93
160068--160174	42	2.6	41	80	5	126	31	20	19	28	1.97
160477--160761	53	5.1	57	74	12	234	43	18	8	29	1.80
162714--162789	22	3.6	21	72	24	63	1	17	6	75	1.09
166708--166773	28	2.4	28	84	0	87	56	4	13	25	1.57
168663--168753	46	2.0	46	93	2	157	27	26	19	26	1.99
170711--170750	21	1.9	21	90	10	64	52	0	10	37	1.35
174584--174629	24	1.9	24	81	0	56	21	17	21	39	1.93
176931--176970	19	2.0	20	85	9	55	37	0	37	25	1.56
177305--177343	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
177365--177452	45	2.0	45	86	4	124	30	26	17	26	1.97
178563--178649	41	2.1	42	82	2	104	35	20	14	28	1.93
178461--178944	239	2.0	240	88	3	717	35	18	15	30	1.92
179822--179891	30	2.3	30	95	0	122	51	1	7	40	1.38
191437--191475	19	2.0	21	85	10	55	38	30	15	15	1.88
194234--194268	15	2.3	15	90	0	52	42	40	2	14	1.60
195109--195161	14	3.5	14	72	18	52	56	3	0	39	1.17
195108--195170	32	2.0	32	100	0	126	53	6	0	39	1.26
195300--195353	14	3.6	14	72	18	54	59	1	0	38	1.08
195278--195364	32	2.7	31	89	7	129	54	6	0	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195342--195406	22	3.0	22	93	4	105	47	9	3	40	1.51
195344--195414	22	3.2	22	88	6	72	50	9	2	36	1.50
195198--195878	108	6.2	108	75	14	489	51	11	0	35	1.44
195261--195920	54	12.1	54	71	15	439	52	11	0	36	1.42
195385--195733	32	12.7	30	70	26	171	51	12	0	35	1.43
195310--195455	76	1.9	76	91	2	240	50	8	2	39	1.44
195418--195460	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
195420--195468	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
195418--195756	76	4.3	78	83	13	394	52	12	0	35	1.39
195578--195635	18	3.4	18	72	18	61	56	12	0	31	1.35
195181--195920	296	2.5	299	87	6	1031	52	11	0	35	1.43
195714--195756	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
195736--195813	40	2.0	40	84	0	102	52	12	1	33	1.48
195490--195876	80	4.7	80	77	16	450	52	13	0	34	1.43
195638--195698	22	2.8	22	100	0	122	50	13	0	36	1.41
195778--195852	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
195624--195897	142	2.0	137	92	3	458	51	12	0	35	1.43
195856--195955	22	4.5	22	68	9	76	51	9	0	40	1.34
195854--195897	21	2.1	21	91	0	70	50	11	0	38	1.39
195807--195920	53	2.1	54	96	1	212	52	11	0	35	1.38
195900--196017	15	7.5	15	79	13	130	50	2	0	45	1.21
195769--195987	53	4.4	49	76	14	159	50	10	0	38	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195846--196002	67	2.3	67	86	8	214	50	5	0	43	1.30
196759--196828	21	3.5	21	72	20	69	51	1	4	42	1.30
196837--196891	22	2.6	21	80	5	65	32	5	3	58	1.38
197076--197121	24	1.9	24	86	8	67	50	2	13	34	1.53
197425--197464	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
197647--197691	23	1.9	24	86	13	67	53	0	11	35	1.37
198121--198158	20	1.9	20	84	10	51	52	2	13	31	1.54
198155--198224	27	2.4	30	76	23	78	51	4	5	38	1.45
198198--198484	22	13.0	22	71	20	137	51	2	7	37	1.45
198187--198450	8	35.1	8	71	23	127	50	2	8	38	1.46
198232--198460	30	7.7	30	73	18	137	51	1	8	38	1.42
198324--198436	2	57.0	2	68	23	62	52	2	5	39	1.38
198515--198602	43	2.0	46	82	10	112	37	6	2	53	1.40
198500--199080	22	25.9	23	69	19	211	37	7	2	52	1.42
198536--199145	14	42.9	14	66	22	135	37	7	2	53	1.42
198774--199189	2	213.5	2	64	21	102	37	5	1	54	1.35
198788--198950	13	13.1	13	68	26	70	38	6	1	54	1.33
198514--199086	112	5.1	110	70	19	273	37	7	2	52	1.42
198820--198916	7	13.6	7	73	16	58	35	8	1	55	1.37
199035--199080	9	5.3	9	76	10	51	34	6	2	56	1.37
204013--204049	18	2.1	18	100	0	74	16	37	18	27	1.92
204018--204060	18	2.4	18	88	0	59	20	44	13	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205322--205409	36	2.5	35	92	1	140	25	32	22	19	1.97
205322--205410	18	5.0	18	88	2	126	24	32	23	19	1.97
213379--213435	30	1.9	29	82	10	71	24	1	19	54	1.54
214892--214928	14	2.6	14	95	0	65	35	5	21	37	1.77
215033--215186	80	1.9	80	86	2	220	35	16	3	44	1.66
218835--218889	16	3.4	16	69	18	51	25	1	10	61	1.39
220228--220274	2	25.5	2	79	16	57	42	0	2	55	1.12
220212--220276	26	2.5	25	87	9	94	38	1	1	58	1.17
220307--220361	18	3.1	18	76	2	58	25	9	0	65	1.22
220306--220346	21	2.0	21	85	0	55	24	7	0	68	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14