genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220872--2220967	44	2.2	44	87	5	133	48	6	2	42	1.40
2220817--2220969	80	2.0	75	86	8	209	48	5	3	42	1.43
2221081--2221105	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2221763--2222936	86	13.8	86	84	3	1374	24	17	21	36	1.95
2221790--2222936	171	6.7	171	84	2	1414	24	17	21	36	1.95
2224181--2224364	96	1.9	96	92	2	307	29	20	18	31	1.96
2227053--2227112	26	2.3	27	80	13	72	68	3	6	21	1.28
2227081--2227128	22	2.2	22	85	7	62	64	4	6	25	1.35
2228358--2228414	22	2.6	22	83	8	64	73	1	1	22	1.02
2228408--2228598	36	5.2	37	81	9	205	47	4	3	44	1.39
2228701--2228747	2	24.5	2	91	8	80	53	0	0	46	1.00
2230927--2231007	34	2.4	30	76	23	81	51	2	3	41	1.32
2231021--2231051	16	1.9	16	93	0	53	54	3	3	38	1.32
2232459--2232508	26	2.0	26	92	4	84	14	18	34	34	1.90
2232545--2232601	3	19.0	3	85	7	80	64	0	0	35	0.93
2232545--2232608	21	3.0	21	86	2	83	65	1	0	32	1.02
2232560--2232627	12	5.8	11	76	13	57	72	1	1	25	1.02
2237483--2237536	2	27.5	2	96	3	101	51	0	0	48	1.00
2237528--2237761	37	6.6	36	84	8	286	43	2	8	46	1.45
2237531--2237806	35	7.8	35	80	12	221	43	2	7	46	1.46
2237528--2237784	106	2.4	106	83	8	317	44	2	7	45	1.44
2237547--2237813	34	7.6	35	78	8	175	44	2	7	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239169--2239202	8	4.5	8	85	14	54	29	0	0	70	0.87
2239176--2239209	13	2.5	14	95	4	61	29	0	0	70	0.87
2239157--2239234	7	11.0	7	73	12	52	24	1	1	73	0.99
2239140--2239244	14	7.2	14	74	19	58	24	1	0	72	1.01
2241995--2242028	12	2.7	13	90	9	61	41	5	5	47	1.52
2244999--2245143	64	2.3	64	84	4	177	30	17	22	29	1.97
2251912--2252874	321	3.0	320	94	0	1638	37	20	13	28	1.91
2257233--2257636	85	4.7	85	89	2	578	34	22	17	25	1.96
2257233--2257635	171	2.4	170	88	1	592	34	22	17	25	1.96
2258259--2258580	36	8.8	35	79	12	226	45	2	7	44	1.44
2258258--2258585	37	8.9	36	82	7	308	46	2	7	44	1.43
2258352--2258456	12	8.5	13	68	17	55	45	0	7	45	1.38
2258600--2258643	15	3.1	15	78	15	58	29	0	0	70	0.88
2258589--2258643	27	2.1	25	90	6	83	27	0	0	72	0.85
2263530--2263660	59	2.2	59	79	5	131	35	12	16	34	1.87
2272941--2273635	351	2.0	355	86	3	992	28	11	15	44	1.81
2275465--2275498	17	1.9	17	88	5	50	17	8	0	73	1.08
2276276--2276320	20	2.2	20	96	0	81	26	24	6	42	1.79
2280603--2280798	88	2.2	89	80	5	218	36	23	18	21	1.95
2280860--2281066	44	4.7	44	74	2	173	33	22	20	23	1.97
2280865--2281031	88	1.9	88	86	4	239	32	23	19	25	1.97
2280860--2281055	88	2.2	88	82	8	238	34	21	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288312--2288386	30	2.5	30	82	2	89	28	26	12	33	1.92
2290066--2290098	16	2.0	17	94	5	59	54	6	12	27	1.60
2291141--2291176	14	2.6	13	87	12	54	83	0	2	13	0.76
2291149--2291176	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2292697--2292750	25	2.2	24	83	3	63	55	0	1	42	1.10
2292696--2292729	12	2.8	12	90	4	50	61	0	2	35	1.11
2294116--2294170	3	18.7	3	88	3	76	65	3	0	30	1.10
2294501--2294556	17	3.2	17	69	18	51	19	21	8	50	1.75
2294566--2295096	115	4.6	113	79	9	559	30	18	14	37	1.90
2294486--2295096	228	2.6	228	85	9	772	30	18	14	37	1.90
2295081--2295113	17	1.9	17	100	0	66	24	18	6	51	1.68
2295009--2295194	90	2.1	90	88	4	277	33	17	12	36	1.87
2295098--2295581	113	4.2	114	78	10	493	27	20	13	39	1.89
2295519--2295619	39	2.6	39	95	3	177	17	22	8	50	1.74
2295408--2295728	152	2.1	153	86	7	451	25	20	12	40	1.88
2295557--2295990	224	1.9	223	88	4	660	27	18	14	39	1.89
2295557--2295990	113	3.9	113	87	4	589	27	18	14	39	1.89
2296390--2296466	22	3.5	22	89	0	118	36	14	15	33	1.88
2296854--2296929	40	1.9	40	91	0	125	31	23	11	32	1.91
2299012--2299324	114	2.7	114	95	0	554	31	21	15	31	1.95
2304918--2304966	8	6.6	8	83	9	52	59	4	12	24	1.50
2304890--2304975	14	6.0	14	66	15	50	56	10	12	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306441--2306486	17	2.7	18	80	16	53	71	0	2	26	0.97
2307133--2307191	27	2.2	28	81	9	77	57	0	0	42	0.98
2308583--2308637	3	18.7	3	88	3	85	67	1	0	30	1.01
2310202--2310272	28	2.5	28	83	0	97	28	14	9	47	1.75
2320926--2320956	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2322704--2322816	52	2.1	54	83	3	140	33	11	16	38	1.85
2322801--2323019	104	2.1	107	87	6	311	32	6	16	43	1.74
2322774--2323019	54	4.6	55	85	6	308	32	7	17	42	1.77
2323049--2323188	60	2.4	58	89	3	199	28	10	17	43	1.81
2323049--2323216	58	2.8	57	83	9	144	32	10	16	41	1.81
2323626--2323693	3	22.7	3	100	0	136	66	0	0	33	0.92
2338665--2338733	36	1.9	36	84	0	93	31	13	23	31	1.92
2340543--2340587	12	3.7	12	94	5	81	46	11	17	24	1.81
2340530--2340591	25	2.5	25	91	0	106	45	16	17	20	1.86
2340530--2340590	6	9.8	6	78	7	68	45	14	18	21	1.84
2343245--2343320	36	2.1	36	82	0	89	32	19	21	26	1.97
2349425--2349516	7	12.6	7	81	15	71	84	1	13	1	0.73
2349425--2349528	30	3.7	28	81	18	103	83	0	12	2	0.80
2349425--2349516	14	6.3	14	79	13	87	84	1	13	1	0.73
2349429--2349528	21	4.9	21	78	14	93	84	1	12	3	0.80
2349454--2349515	1	62.0	1	83	0	79	91	0	8	0	0.40
2350604--2350794	52	3.7	52	87	2	276	37	17	21	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351243--2351351	54	2.0	54	92	0	182	36	11	24	26	1.90
2352504--2352628	42	3.0	42	81	5	155	24	19	20	35	1.96
2352789--2353310	117	4.7	106	83	8	398	38	16	20	24	1.93
2352906--2353344	117	3.9	117	88	4	607	36	15	22	25	1.93
2359765--2359812	16	3.0	16	90	0	78	27	27	4	41	1.74
2363330--2363404	23	3.3	23	81	3	73	29	28	14	28	1.95
2370379--2370461	23	3.7	23	85	6	91	30	25	18	26	1.98
2373104--2373151	23	2.0	24	96	4	89	33	12	12	41	1.80
2380111--2380159	24	2.0	24	96	0	89	32	10	12	44	1.75
2400785--2400840	3	18.7	3	81	7	69	60	0	5	33	1.19
2401035--2401187	40	3.7	40	68	15	105	26	15	32	25	1.96
2401083--2401465	131	2.9	129	79	7	405	26	15	31	26	1.96
2401467--2401592	66	1.9	66	83	3	164	40	15	16	26	1.89
2401642--2401759	39	3.1	37	75	7	121	36	10	21	32	1.87
2402909--2402964	16	3.5	16	82	4	69	5	14	3	76	1.09
2402909--2402984	16	4.8	16	75	15	61	6	13	6	73	1.23
2405774--2405856	23	3.5	23	85	5	103	51	2	3	42	1.32
2408299--2408357	3	19.7	3	82	6	75	61	0	5	33	1.18
2409748--2409802	20	2.8	20	88	2	76	40	7	20	32	1.80
2409915--2410279	193	1.9	193	82	4	468	40	13	14	31	1.85
2412351--2412386	12	3.0	12	91	0	63	58	0	36	5	1.22
2415455--2415490	12	3.0	12	87	0	54	33	25	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416392--2416467	39	1.9	40	91	2	127	30	28	21	19	1.97
2416851--2416885	16	2.2	16	94	0	61	48	14	5	31	1.67
2419538--2419574	16	2.2	18	85	9	51	18	18	0	62	1.34
2420345--2420369	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
2421386--2421455	18	3.7	18	80	14	77	20	17	32	30	1.95
2426193--2426298	48	2.2	49	84	3	135	36	2	6	53	1.42
2428101--2428471	185	2.0	186	97	0	699	39	21	10	28	1.86
2430571--2430678	51	2.1	51	85	0	144	37	4	9	49	1.56
2434167--2434368	35	5.7	35	82	8	223	46	1	7	44	1.44
2434167--2434369	71	2.8	71	85	8	245	46	1	7	43	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14