genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770866--770914	22	2.2	22	100	0	98	42	12	6	38	1.67
771757--771838	42	2.0	42	87	0	119	24	21	20	32	1.98
771444--772178	242	3.0	243	89	4	1111	31	16	18	33	1.93
771999--772080	42	2.0	42	90	0	128	21	19	23	35	1.96
772212--772401	47	4.0	47	88	2	292	28	21	20	29	1.98
772212--772389	95	1.9	94	95	1	320	28	21	20	28	1.98
773844--773900	22	2.5	23	78	16	57	26	0	3	70	1.03
775350--775402	27	2.0	27	92	0	88	35	15	22	26	1.93
777076--777118	18	2.4	17	77	11	50	58	0	23	18	1.40
778070--778171	39	2.7	37	84	4	98	19	24	19	36	1.95
778083--778171	39	2.3	39	90	0	133	19	23	19	38	1.93
781066--781105	20	2.0	20	90	0	62	32	15	20	32	1.93
781151--781217	20	3.4	20	97	2	127	35	19	7	37	1.80
783915--783965	20	2.5	20	90	0	75	31	21	11	35	1.90
791229--791271	21	2.0	21	95	0	77	48	4	20	25	1.69
794456--794484	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
796342--796437	47	2.0	47	93	0	165	27	17	23	31	1.97
807603--807641	18	2.2	18	100	0	78	38	10	17	33	1.84
810500--810590	44	2.1	44	100	0	182	34	15	10	39	1.82
811098--811158	26	2.3	26	82	0	77	39	8	11	40	1.71
811313--811403	39	2.3	39	92	0	146	18	28	20	31	1.97
814284--814359	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814756--815001	130	1.9	128	93	1	420	36	15	13	35	1.86
815466--815497	16	2.0	17	88	11	50	65	6	3	25	1.31
815527--815562	16	2.2	16	90	0	54	52	8	0	38	1.32
818381--818409	15	1.9	15	100	0	58	55	6	0	37	1.27
818379--818422	15	2.9	15	86	0	52	59	6	2	31	1.36
820830--820868	10	3.8	10	93	3	60	2	10	5	82	0.93
820838--820890	27	2.0	27	81	7	63	5	9	3	81	0.98
820949--820988	19	2.0	20	85	4	55	27	0	0	72	0.85
821655--821715	31	2.0	31	87	6	88	37	13	8	40	1.74
825596--825628	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
827698--827836	30	4.7	30	80	8	115	53	7	17	20	1.68
827699--827814	60	2.0	58	82	3	142	53	7	18	20	1.69
829321--829350	3	10.3	3	92	7	53	33	0	0	66	0.92
829324--829350	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
829637--829871	130	1.8	131	83	2	312	23	19	31	25	1.98
829964--830056	35	2.7	35	94	3	161	33	12	21	32	1.91
831370--831434	14	5.0	13	75	20	57	3	15	7	73	1.18
831429--831476	15	3.0	15	87	9	60	0	12	10	77	1.00
831374--831476	18	5.6	18	76	18	88	1	14	8	74	1.14
832872--832922	24	2.2	23	86	6	68	60	0	1	37	1.08
832872--832928	17	3.3	17	75	7	53	59	0	1	38	1.08
833633--833678	21	2.2	21	84	7	58	23	13	26	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836737--836856	62	2.0	61	94	1	213	31	29	12	26	1.93
836874--836922	23	2.1	23	96	0	89	53	0	6	40	1.26
836878--836930	23	2.3	23	87	6	72	56	0	9	33	1.32
837640--837727	32	2.8	30	80	12	106	60	5	2	31	1.33
841033--841145	3	38.7	3	74	15	103	67	0	0	31	0.97
841514--842036	118	4.3	120	84	7	607	26	18	16	38	1.92
841585--842036	237	1.9	238	85	7	621	27	18	15	38	1.92
842238--842289	22	2.4	22	90	0	77	40	11	13	34	1.81
842632--842679	20	2.4	20	92	0	78	25	25	14	35	1.94
843259--843298	21	2.0	19	90	9	62	15	10	0	75	1.05
853035--853091	28	2.1	26	87	6	78	61	0	5	33	1.18
853613--853915	134	2.2	134	81	8	351	45	7	6	40	1.57
855380--855497	3	39.7	3	72	11	91	64	0	1	33	1.04
855396--855506	26	4.1	28	73	15	90	65	0	1	31	1.09
855383--855482	23	4.8	21	74	16	84	64	0	2	34	1.05
855573--855626	25	2.1	26	83	13	67	11	11	5	72	1.28
857705--857732	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
862536--862615	42	1.9	42	84	5	108	35	16	13	35	1.88
872290--872633	131	2.6	131	79	3	343	32	10	15	40	1.82
878643--879097	112	4.1	112	82	4	555	33	24	13	28	1.94
881451--885493	112	36.1	111	84	2	4572	31	23	15	29	1.95
881451--885494	784	5.2	784	97	0	7644	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888473--889381	112	8.2	112	85	3	1097	31	24	15	28	1.96
888474--889381	334	2.7	333	87	2	1279	31	24	15	28	1.96
888473--889381	446	2.0	446	86	2	1263	31	24	15	28	1.96
891232--891256	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
891633--891921	131	2.2	131	83	3	368	33	9	13	42	1.77
892708--892735	13	2.2	13	100	0	56	60	7	0	32	1.24
896005--896069	18	3.0	23	63	23	59	44	3	12	40	1.57
896111--896144	16	2.1	17	94	5	61	52	0	0	47	1.00
896105--896147	17	2.4	18	85	14	63	51	0	0	48	1.00
903414--903476	27	2.4	27	86	7	85	39	4	0	55	1.21
908821--908896	37	2.1	37	100	0	152	42	18	18	21	1.90
909370--909396	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
926558--926648	32	2.8	33	87	9	127	51	4	15	28	1.62
927822--927982	85	1.9	82	92	3	268	21	19	32	26	1.97
929928--929964	17	2.2	17	100	0	74	35	16	16	32	1.91
936152--936185	17	2.0	17	94	0	59	17	0	26	55	1.42
942357--942449	34	2.8	34	82	10	106	55	3	15	25	1.54
942362--942485	32	3.8	32	79	10	110	52	2	16	28	1.57
944558--944594	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
944587--944667	11	7.5	11	66	13	51	53	2	2	41	1.27
944571--944690	31	3.8	31	78	11	127	54	2	2	40	1.27
944622--944662	21	1.9	21	85	5	55	56	4	2	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944705--944751	22	2.2	21	81	11	51	42	4	2	51	1.33
949851--949929	30	2.8	29	85	11	103	21	11	6	60	1.52
952064--952102	15	2.6	15	100	0	78	25	7	12	53	1.65
953377--953431	21	2.6	21	81	18	69	78	9	12	0	0.97
953395--953446	16	3.2	16	86	10	70	80	7	11	0	0.89
954480--954542	32	2.0	32	90	0	99	30	15	23	30	1.96
954823--955044	65	3.4	64	78	7	223	24	21	14	39	1.91
955051--955429	130	2.9	130	84	2	458	27	30	18	24	1.98
955369--955517	43	3.5	42	72	14	128	26	32	18	22	1.97
955352--955512	83	2.0	82	85	6	218	27	34	16	21	1.95
955505--955619	51	2.3	51	98	0	221	21	26	21	29	1.99
955859--955894	3	11.7	3	88	5	54	33	2	0	63	1.08
957243--957385	30	4.7	30	80	7	148	19	10	9	60	1.55
959733--959859	11	10.6	12	72	18	63	11	7	2	77	1.06
959738--959797	12	5.2	12	78	11	54	8	8	3	80	1.02
959735--959913	10	18.6	9	69	18	76	15	6	2	76	1.08
959805--959845	17	2.4	17	87	0	55	7	9	2	80	0.99
959850--959912	21	3.0	21	78	21	69	22	1	1	74	0.99
962494--962756	95	2.7	96	88	4	379	32	17	17	32	1.93
963862--965002	84	13.7	84	80	3	1142	32	24	19	24	1.98
963863--965005	167	6.8	168	87	2	1423	32	24	18	24	1.97
964973--965035	30	2.1	30	90	0	99	31	17	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964725--965285	278	2.0	279	86	4	785	31	22	19	26	1.98
964900--965119	114	1.9	115	87	3	320	31	21	19	27	1.97
965003--965850	83	10.1	83	85	2	1088	34	22	18	24	1.96
965004--965870	167	5.2	166	88	1	1065	34	22	18	24	1.96
966495--966547	20	2.7	21	72	21	51	35	1	9	52	1.45
967663--967704	17	2.5	17	88	0	57	9	4	4	80	0.99
967678--967791	5	22.0	5	72	22	60	15	2	3	78	1.01
967677--967753	6	12.5	6	77	20	79	14	1	2	81	0.86
967677--967759	20	4.3	20	79	13	86	15	1	2	80	0.87
967673--967756	29	2.9	28	77	19	84	14	1	3	80	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14