genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021126--2021186	22	2.9	19	75	17	59	44	1	0	54	1.10
2025059--2025101	18	2.2	20	92	8	72	37	13	23	25	1.92
2028598--2028642	17	2.6	17	75	0	54	40	0	2	57	1.11
2028678--2028724	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2030884--2031049	90	1.9	89	94	1	296	39	10	5	45	1.61
2031011--2031080	20	3.3	21	70	16	63	50	4	2	42	1.37
2033204--2033244	20	2.0	20	100	0	82	34	0	19	46	1.50
2038534--2038733	80	2.5	83	80	9	209	31	17	17	34	1.93
2040266--2040467	85	2.4	85	83	2	264	38	5	21	35	1.76
2040605--2040634	15	2.1	15	93	6	53	40	13	13	33	1.83
2045974--2046074	37	2.6	38	83	7	107	43	0	8	46	1.41
2046138--2046180	16	2.7	16	96	0	77	53	2	6	37	1.41
2046171--2046236	35	2.0	32	85	8	87	43	9	9	37	1.68
2046320--2046376	2	29.5	2	92	7	100	49	0	0	50	1.00
2046323--2046406	10	8.0	10	84	10	51	39	0	2	58	1.11
2046323--2046405	6	13.5	6	79	14	53	39	0	2	57	1.12
2049784--2049818	16	2.1	17	94	5	63	11	11	11	65	1.47
2052674--2053032	179	2.0	180	99	0	711	28	18	17	34	1.94
2053345--2054232	167	5.3	166	83	2	1036	30	25	19	24	1.98
2053345--2054227	332	2.6	328	81	4	1027	30	25	19	24	1.98
2053328--2054234	416	2.2	414	86	3	1282	29	25	19	24	1.98
2054811--2055019	39	5.5	38	75	12	155	44	2	9	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054852--2055171	37	8.6	37	71	15	191	46	3	6	42	1.48
2054856--2055079	115	2.0	112	82	7	272	47	3	7	42	1.46
2055026--2055108	32	2.5	32	80	7	94	48	9	6	36	1.61
2055119--2055148	15	1.9	16	93	6	53	33	0	10	56	1.32
2055111--2055155	16	2.7	16	82	6	54	42	0	6	51	1.28
2056420--2056958	20	26.8	20	86	6	606	36	25	20	16	1.93
2056420--2056958	40	13.4	40	89	5	670	36	25	20	16	1.93
2057115--2057165	6	8.5	6	100	0	102	33	50	15	0	1.44
2057836--2058136	20	14.9	20	73	12	231	17	18	23	39	1.92
2057835--2058136	60	5.0	60	80	11	330	17	18	24	39	1.92
2057896--2058078	40	4.5	41	93	3	307	18	19	25	36	1.94
2058095--2058137	19	2.3	19	91	0	68	16	13	23	46	1.83
2057857--2058134	80	3.4	82	84	7	293	17	19	24	38	1.93
2060222--2060277	3	19.3	3	79	20	66	30	0	0	69	0.89
2060647--2060705	14	4.0	14	75	18	57	20	6	1	71	1.18
2060746--2060780	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2062117--2062149	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2062211--2062267	16	3.7	16	90	4	91	59	17	10	12	1.60
2062211--2062274	32	2.1	30	85	5	83	59	17	9	14	1.60
2064098--2064245	75	2.0	76	89	1	226	47	6	13	32	1.69
2066661--2066699	20	1.9	21	89	5	62	15	15	2	66	1.36
2067944--2067981	19	2.0	19	89	0	58	42	0	10	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073780--2073815	17	2.2	17	90	5	56	55	5	13	25	1.60
2074023--2074066	22	2.0	23	86	8	65	38	6	0	54	1.27
2074775--2074870	24	4.0	24	83	2	122	23	18	20	36	1.95
2083096--2083222	64	2.0	64	92	3	211	31	9	2	56	1.44
2087539--2087568	13	2.4	13	94	5	53	66	0	0	33	0.92
2088264--2088361	45	2.2	45	85	3	126	24	37	13	24	1.91
2094954--2095165	55	3.9	55	85	4	279	36	13	24	25	1.92
2095539--2095593	22	2.5	22	96	0	101	34	10	14	40	1.81
2096282--2096544	73	3.6	73	89	3	393	31	15	13	39	1.86
2096556--2096844	39	7.5	39	82	9	360	40	12	25	21	1.89
2096549--2096844	78	3.8	78	87	5	440	40	12	25	21	1.88
2097265--2097362	45	2.2	45	90	3	153	21	40	15	22	1.90
2099997--2100045	12	4.2	12	77	15	50	32	0	2	65	1.04
2100094--2100133	20	2.0	20	86	13	57	45	0	0	55	0.99
2100110--2100159	18	2.7	19	76	14	52	36	0	2	62	1.07
2100528--2100588	27	2.3	27	97	2	115	42	3	16	37	1.64
2100642--2100702	31	2.0	31	90	0	95	45	9	4	39	1.59
2102357--2102469	54	2.1	54	96	0	208	23	16	20	38	1.92
2105652--2105703	3	18.0	3	84	7	72	63	0	0	36	0.95
2105649--2105698	12	4.0	12	90	10	82	60	0	0	40	0.97
2108072--2108096	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
2111545--2111895	174	2.0	176	98	1	688	27	13	24	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111917--2111949	12	2.6	13	90	4	50	48	6	9	36	1.60
2112434--2112527	43	2.2	43	82	3	109	30	19	20	29	1.97
2118390--2118427	20	1.9	20	88	0	58	26	21	26	26	1.99
2133711--2133875	82	2.0	82	98	0	321	43	15	8	32	1.76
2138287--2138349	20	2.9	20	77	15	63	23	26	19	30	1.98
2138288--2138356	24	3.0	23	80	14	72	24	26	17	31	1.97
2153772--2153911	56	2.5	57	80	8	153	40	16	7	35	1.76
2153919--2154606	55	12.6	55	84	2	825	42	15	9	32	1.79
2153919--2154606	164	4.2	164	83	3	818	42	15	9	32	1.79
2155882--2155942	28	2.2	28	87	0	86	21	6	32	39	1.79
2158079--2158201	50	2.5	51	84	6	153	18	13	13	53	1.72
2162371--2162433	32	2.0	32	84	6	83	19	26	30	23	1.98
2163446--2163470	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2164879--2164950	19	3.9	18	96	3	126	23	22	31	22	1.98
2164879--2164950	37	1.9	37	97	0	135	23	22	31	22	1.98
2164935--2165094	65	2.5	64	84	7	189	32	18	20	29	1.96
2165660--2165738	20	3.8	20	75	18	72	26	24	18	30	1.98
2172746--2172779	12	2.8	12	81	0	50	17	20	41	20	1.91
2172775--2172812	12	3.2	12	81	7	51	28	26	34	10	1.90
2175252--2175290	12	3.2	12	85	0	51	30	25	33	10	1.89
2179704--2179822	54	2.2	54	82	8	134	40	16	7	35	1.77
2179684--2179825	55	2.6	56	77	10	150	40	17	7	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179833--2180522	53	13.0	54	80	8	679	41	15	9	34	1.79
2182488--2182541	20	2.6	21	81	16	60	1	16	1	79	0.91
2182529--2182572	8	5.6	8	83	5	63	11	2	0	86	0.66
2182529--2182572	15	2.9	15	89	3	61	11	2	0	86	0.66
2182543--2182574	13	2.6	13	90	9	50	9	6	0	84	0.78
2182518--2182574	16	3.5	17	81	13	66	8	8	0	82	0.85
2183974--2184110	51	2.7	51	86	2	186	19	13	13	52	1.74
2184435--2184506	28	2.6	28	76	10	76	33	9	9	47	1.69
2186404--2186466	32	2.0	32	83	0	81	20	28	28	22	1.98
2188855--2189013	63	2.4	64	83	9	180	32	17	20	29	1.95
2191498--2191567	23	3.1	22	72	15	72	30	20	22	27	1.98
2194366--2194396	16	1.9	16	93	0	53	25	12	9	51	1.70
2196599--2196722	66	1.9	66	86	1	178	30	20	19	29	1.97
2196620--2196749	66	2.0	66	86	3	181	30	20	20	29	1.97
2197883--2197916	17	2.1	17	94	5	61	29	0	2	67	1.05
2197900--2197928	11	2.5	12	94	5	51	27	0	3	68	1.05
2197882--2197950	28	2.3	31	90	9	108	30	1	2	65	1.16
2200171--2200260	27	3.3	27	98	0	171	26	22	17	33	1.96
2209003--2209046	20	2.2	20	88	4	63	38	0	0	61	0.96
2209002--2209049	21	2.4	19	82	6	60	39	0	0	60	0.97
2209656--2209702	18	2.7	18	86	3	69	29	8	31	29	1.87
2210095--2210603	263	1.9	263	88	5	770	39	20	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212974--2213011	20	1.9	20	88	0	58	52	2	2	42	1.29
2216806--2216897	35	2.7	35	94	5	161	26	39	10	23	1.88
2219258--2219352	15	6.1	14	71	26	59	75	4	3	16	1.09
2219258--2219368	49	2.2	48	80	13	127	73	4	4	17	1.16
2219887--2219930	16	2.6	17	89	7	63	34	2	50	13	1.55
2219887--2219927	18	2.3	18	95	0	73	36	2	48	12	1.54
2220707--2220821	35	3.2	35	75	7	106	49	4	1	44	1.32
2220700--2220811	36	3.2	35	72	7	102	45	5	2	46	1.40
2220737--2220901	90	1.9	86	82	7	206	47	4	3	44	1.40
2220811--2220969	39	4.1	37	79	11	158	48	5	3	42	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14