genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561453--2561555	18	6.1	17	77	13	72	50	2	3	42	1.35
2561584--2561724	61	2.3	61	86	4	196	46	7	8	36	1.63
2561942--2562124	102	1.8	101	86	3	269	34	27	4	32	1.78
2562334--2562409	18	4.3	18	84	1	91	40	42	6	10	1.65
2562316--2562398	6	13.8	6	77	0	58	42	43	4	9	1.58
2562487--2562529	20	2.1	21	83	12	54	20	4	0	74	1.00
2563654--2563695	5	8.2	5	91	2	66	2	38	38	21	1.67
2563687--2563717	6	5.2	6	96	0	53	0	19	45	35	1.51
2582334--2582383	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
2583692--2583725	17	2.1	17	88	5	52	44	17	2	35	1.64
2584453--2584548	21	4.6	21	72	0	75	40	22	12	23	1.88
2588534--2588563	5	6.0	5	92	0	51	3	36	0	60	1.14
2592808--2592867	13	4.6	13	89	0	75	38	11	16	33	1.85
2593388--2593466	37	2.2	36	79	6	88	32	20	11	35	1.88
2595315--2595349	18	2.0	17	88	5	52	42	0	5	51	1.25
2597876--2597956	20	4.1	20	80	0	90	14	12	17	55	1.69
2598043--2598103	23	2.7	23	87	2	88	31	14	21	32	1.93
2599942--2600195	44	5.8	44	92	0	400	40	12	21	25	1.88
2615708--2615871	44	3.7	44	90	1	249	41	7	21	29	1.80
2616621--2616682	18	3.4	18	84	4	61	58	0	11	30	1.33
2616638--2616683	19	2.5	19	96	3	85	56	0	13	30	1.37
2618186--2618230	13	3.4	13	80	17	56	44	8	0	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618322--2618371	24	2.1	24	82	17	61	54	2	0	44	1.11
2618435--2618465	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2618805--2618847	8	5.4	8	80	0	50	37	53	9	0	1.33
2618777--2618843	14	4.8	14	79	0	71	29	52	17	0	1.45
2618854--2618964	2	56.5	2	80	10	131	47	3	1	46	1.30
2619004--2619070	11	6.1	11	72	16	50	44	11	1	41	1.50
2619079--2619117	16	2.8	13	88	11	51	41	7	2	48	1.45
2619937--2620096	65	2.5	64	80	7	173	28	16	20	34	1.94
2620594--2620631	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2621269--2621345	39	2.0	39	94	2	138	29	23	33	12	1.92
2622876--2622955	22	3.6	22	81	5	90	23	23	26	26	2.00
2622880--2622974	44	2.2	42	85	7	120	24	21	26	28	1.99
2622880--2622974	21	4.4	21	80	9	95	24	21	26	28	1.99
2628625--2628673	21	2.3	21	100	0	98	26	28	24	20	1.99
2628757--2628839	27	3.4	26	64	29	65	31	16	21	30	1.96
2628737--2628842	45	2.4	45	98	0	203	33	16	21	28	1.96
2628784--2628973	65	3.0	63	82	11	217	27	17	23	31	1.97
2628775--2628943	65	2.6	65	86	8	220	29	17	23	30	1.97
2629237--2629261	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2629261--2629338	2	40.0	2	90	10	126	48	1	0	50	1.09
2629475--2629594	53	2.2	52	76	11	118	23	9	6	60	1.50
2632262--2632329	29	2.3	30	94	2	120	51	10	2	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637470--2637599	31	4.2	31	80	5	145	30	9	7	52	1.61
2637599--2638023	231	1.9	224	93	6	730	36	14	9	39	1.79
2638923--2639257	179	1.9	179	90	6	545	46	8	3	41	1.51
2639270--2639338	30	2.3	30	94	0	120	36	10	17	36	1.84
2639270--2639355	30	2.8	30	85	5	84	41	9	17	31	1.81
2639362--2639391	15	2.1	14	93	6	51	16	6	26	50	1.70
2646788--2646841	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2647878--2647921	19	2.3	19	96	0	79	31	13	20	34	1.92
2651414--2651498	24	3.5	24	88	0	134	29	15	18	36	1.92
2651404--2651510	24	4.5	24	85	0	133	29	13	18	38	1.89
2652777--2652821	19	2.4	19	92	0	72	24	8	20	46	1.78
2655524--2655599	20	3.9	19	83	5	91	26	26	17	30	1.97
2655587--2655647	28	2.2	28	82	11	72	29	21	21	27	1.98
2663182--2663240	20	2.9	20	80	9	66	11	25	37	25	1.90
2671002--2671123	21	5.6	21	74	10	86	28	26	21	23	1.99
2671002--2671099	45	2.2	44	89	5	144	28	24	21	25	1.99
2671002--2671105	21	4.7	23	73	13	92	27	25	21	25	1.99
2675466--2675570	24	4.4	24	82	0	111	28	13	19	39	1.89
2676233--2676276	23	1.9	23	95	0	79	36	13	9	40	1.76
2681236--2681318	32	2.6	32	86	5	116	25	13	20	40	1.88
2681271--2681338	32	2.1	32	83	0	82	25	17	16	41	1.89
2681543--2681576	8	4.2	8	96	0	59	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686622--2686674	20	2.7	20	93	0	88	50	15	3	30	1.61
2691891--2691938	22	2.2	22	84	0	60	66	18	0	14	1.25
2704719--2704756	20	1.9	20	88	0	58	23	26	13	36	1.91
2704732--2704773	22	1.9	22	85	0	57	21	28	11	38	1.89
2711474--2711541	31	2.3	29	87	5	91	36	8	22	32	1.85
2718785--2718842	31	1.9	31	85	3	82	31	6	24	37	1.82
2723109--2723153	2	23.5	2	91	8	76	46	0	0	53	1.00
2730873--2730934	27	2.3	27	91	8	101	38	4	17	38	1.71
2731689--2731758	30	2.3	30	92	0	113	32	25	31	10	1.89
2732589--2732633	24	1.9	24	86	4	65	33	35	2	28	1.70
2735319--2735368	24	2.1	24	96	0	91	30	40	2	28	1.68
2742742--2742808	11	6.2	11	75	16	50	83	2	8	4	0.88
2742741--2742782	12	3.6	12	78	15	52	83	4	11	0	0.79
2742715--2742783	23	2.7	25	84	10	79	78	7	11	2	1.06
2742753--2742812	18	3.2	18	83	9	66	83	3	6	6	0.90
2744540--2749721	4	1318.2	4	86	5	7105	45	25	3	25	1.71
2749929--2750185	53	4.9	53	77	11	242	33	9	16	40	1.81
2749917--2750176	104	2.4	107	82	10	302	33	10	15	40	1.81
2750244--2750355	41	2.7	41	77	9	129	25	21	22	30	1.99
2751394--2751753	136	2.7	135	91	4	577	34	17	21	25	1.96
2752519--2752568	21	2.4	21	96	3	93	46	0	42	12	1.41
2758191--2758774	192	3.0	194	81	8	577	37	16	25	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758537--2759039	246	2.0	246	95	0	916	34	18	24	22	1.96
2758964--2759068	54	1.9	54	84	3	140	29	25	16	28	1.97
2764571--2764637	22	3.0	22	86	6	91	23	26	20	28	1.99
2766873--2767264	54	7.2	54	87	2	509	28	18	18	33	1.95
2766882--2767311	162	2.6	162	84	1	459	29	17	18	33	1.94
2772117--2772189	30	2.4	30	86	0	101	16	27	26	30	1.97
2774422--2774479	29	2.0	29	96	0	107	39	1	3	55	1.27
2785629--2785820	56	3.4	56	94	2	325	36	9	16	37	1.82
2791940--2792032	41	2.3	41	81	7	109	34	16	23	25	1.95
2792357--2792473	56	2.1	56	93	0	207	35	11	16	36	1.84
2795674--2795701	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2797218--2797293	23	3.2	23	85	7	98	39	7	19	32	1.81
2797218--2797293	25	3.2	24	87	7	102	39	7	19	32	1.81
2797392--2797441	23	2.2	23	85	0	64	38	14	12	36	1.83
2797248--2797734	158	3.1	158	91	0	760	43	12	10	33	1.77
2797807--2798046	74	3.4	72	89	5	355	39	15	12	31	1.86
2798236--2798274	21	1.9	20	94	5	69	43	10	10	35	1.73
2798126--2798807	113	6.1	114	90	1	995	44	13	11	30	1.79
2798126--2798807	227	3.0	223	89	3	1021	44	13	11	30	1.79
2799422--2799446	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2805153--2805239	29	3.0	29	90	5	124	49	11	11	27	1.73
2818160--2818218	29	2.0	29	93	0	100	50	15	11	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827301--2827328	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2836713--2836753	18	2.2	19	86	4	57	7	34	36	21	1.82
2843238--2843278	21	2.0	21	95	0	73	21	17	21	39	1.93
2850327--2850506	29	6.3	29	84	8	172	30	6	10	52	1.60
2850356--2850547	57	3.4	56	81	7	201	32	6	10	50	1.63
2850344--2850574	28	8.2	29	83	6	206	32	6	9	50	1.62
2852492--2852527	7	5.1	7	86	0	54	13	19	8	58	1.61
2852491--2852527	14	2.6	14	100	0	74	13	21	8	56	1.63
2853183--2853247	27	2.4	27	97	2	121	32	16	18	32	1.94
2856159--2856201	23	1.9	22	85	4	59	58	2	0	39	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14