genome.fa.s8755.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030620

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434251--2434343	11	7.8	11	69	19	62	44	1	9	45	1.44
2434342--2434384	23	2.0	21	90	9	68	46	0	6	46	1.30
2434343--2434393	22	2.3	22	80	16	61	45	0	7	47	1.32
2434512--2434554	20	2.2	20	87	8	61	20	2	0	76	0.89
2435752--2435805	5	11.0	5	74	18	51	18	3	0	77	0.91
2436855--2437115	141	1.9	141	90	0	425	26	9	18	45	1.80
2441133--2441199	31	2.2	31	89	2	100	23	14	29	31	1.95
2444434--2444485	20	2.6	20	96	0	95	25	28	17	28	1.97
2444473--2444631	50	3.1	50	68	18	137	23	13	18	44	1.86
2444451--2444720	103	2.6	103	89	1	398	25	15	16	42	1.88
2446508--2446574	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
2451003--2451028	11	2.4	11	100	0	52	7	19	57	15	1.62
2452379--2452445	26	2.6	26	97	0	125	25	8	16	49	1.74
2452595--2452628	10	3.4	10	87	0	50	5	14	11	67	1.39
2453052--2453143	30	3.1	30	91	0	139	23	22	30	22	1.99
2453226--2453288	29	2.2	29	88	2	92	19	25	23	31	1.98
2453235--2453310	29	2.6	29	85	0	89	19	25	22	32	1.97
2453271--2453354	37	2.3	37	97	0	159	21	26	25	27	1.99
2453654--2453805	46	3.3	43	86	9	198	36	2	9	50	1.50
2453860--2454053	33	5.6	32	76	15	172	42	2	10	44	1.50
2453906--2454088	39	4.9	39	74	18	151	42	1	10	44	1.49
2453908--2454088	75	2.5	73	81	7	215	43	1	11	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453869--2454088	108	2.0	110	84	7	286	42	1	10	44	1.50
2456267--2456311	21	2.1	22	83	4	56	40	6	33	20	1.78
2456938--2456978	16	2.5	17	88	8	66	68	0	2	29	1.03
2458418--2458455	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
2459041--2459075	18	1.9	18	88	11	54	20	20	34	25	1.96
2463058--2463125	29	2.3	29	82	5	75	30	29	23	16	1.96
2463178--2463239	30	2.1	30	90	0	97	17	29	29	24	1.97
2463760--2463838	31	2.5	31	80	11	90	37	11	10	40	1.75
2464037--2464107	20	3.8	19	75	12	60	63	5	2	28	1.31
2465472--2465499	8	3.5	8	100	0	56	21	14	42	21	1.88
2467079--2467200	65	1.9	65	91	3	201	32	18	19	29	1.95
2469608--2469687	23	3.6	22	76	6	90	26	22	25	26	2.00
2469591--2469706	44	2.7	43	81	2	142	26	20	26	25	1.99
2475715--2475787	3	24.7	3	89	8	114	64	1	0	34	1.02
2476113--2476869	113	6.8	113	91	3	1126	28	20	14	36	1.91
2480309--2480533	114	2.0	114	93	0	387	32	19	13	34	1.91
2484594--2484621	12	2.3	12	100	0	56	53	7	14	25	1.66
2484562--2484620	26	2.3	26	81	0	82	59	6	11	22	1.56
2484680--2484721	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
2488578--2488636	3	19.7	3	93	6	102	64	0	0	35	0.94
2489451--2489485	11	3.3	11	84	8	54	82	5	0	11	0.82
2489591--2489632	16	2.7	15	85	10	50	80	0	7	11	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492938--2493048	44	2.5	45	82	5	127	34	19	11	34	1.88
2493023--2493116	34	2.8	34	95	0	170	28	23	11	36	1.90
2493169--2493265	46	2.1	46	96	0	176	34	17	6	42	1.74
2493588--2493788	95	2.1	96	82	6	239	27	20	16	34	1.94
2496030--2496066	17	2.1	18	95	5	67	75	5	13	5	1.15
2497935--2497981	13	3.4	14	82	11	53	38	4	27	29	1.76
2503851--2503909	28	2.1	28	81	6	66	72	5	8	13	1.24
2503967--2503994	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2504015--2504054	18	2.3	18	86	4	55	72	0	7	20	1.08
2504580--2505247	5	135.0	5	88	11	990	60	0	0	39	0.97
2505290--2505438	36	4.2	36	74	13	107	45	8	4	42	1.52
2505420--2505469	23	2.1	25	89	10	79	38	10	6	46	1.62
2505375--2505505	54	2.2	59	80	15	157	43	8	4	43	1.55
2505410--2505470	23	2.8	21	81	16	70	39	9	4	45	1.59
2505435--2505587	37	3.9	36	76	15	153	39	9	4	46	1.56
2505425--2505580	77	2.0	78	86	7	219	39	8	5	46	1.57
2505502--2505602	23	4.6	23	71	19	74	35	9	4	49	1.58
2505561--2505602	21	2.0	22	90	4	68	38	9	4	47	1.57
2505547--2505603	21	2.5	24	77	16	66	40	8	3	47	1.52
2508704--2508743	18	2.2	18	86	0	53	15	2	42	40	1.60
2509211--2509235	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
2509229--2509261	3	11.3	3	87	6	50	60	0	3	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509449--2509524	40	1.9	39	84	7	100	19	17	34	28	1.94
2509754--2510096	67	5.2	67	83	7	411	39	13	20	26	1.89
2509754--2510096	132	2.6	133	87	2	498	39	13	20	26	1.89
2510543--2510606	32	2.0	32	96	0	119	31	28	14	26	1.95
2517170--2517194	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
2517188--2517217	11	2.8	11	95	5	53	70	0	0	30	0.88
2518367--2518434	22	3.1	22	81	10	77	69	0	5	25	1.11
2531825--2531859	4	8.8	4	100	0	70	0	22	0	77	0.78
2538398--2538472	34	2.2	32	80	15	80	64	9	8	18	1.47
2540072--2540552	67	6.9	68	82	8	583	38	14	16	30	1.89
2540134--2540540	37	11.5	37	63	16	148	38	15	16	29	1.90
2540072--2540550	139	3.4	138	87	6	646	38	14	16	30	1.89
2540072--2540573	212	2.4	209	85	5	633	38	14	16	30	1.89
2540452--2540690	105	2.3	101	78	7	225	37	10	15	36	1.82
2540554--2540733	99	1.8	100	87	3	274	36	8	16	38	1.78
2540640--2540817	67	2.7	67	84	6	202	37	10	16	35	1.82
2543354--2543380	14	1.9	14	100	0	54	44	14	25	14	1.84
2545636--2545660	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2548306--2548527	33	6.8	33	72	18	114	47	3	3	45	1.36
2548291--2548438	2	76.5	2	67	20	66	46	2	3	47	1.33
2548352--2548498	61	2.4	64	80	6	169	46	4	3	45	1.41
2548453--2548519	31	2.2	29	89	5	98	52	2	0	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548476--2548556	9	8.3	9	77	17	74	51	1	1	45	1.16
2548288--2548547	11	24.6	11	70	17	92	48	3	3	45	1.33
2548341--2548538	20	10.2	20	73	12	119	47	4	2	45	1.35
2548493--2548581	31	2.8	30	84	5	97	48	2	2	47	1.26
2548636--2548700	3	21.7	3	81	12	80	30	1	0	67	1.00
2552122--2552183	32	1.9	32	83	6	81	17	11	11	59	1.60
2555853--2555925	2	36.5	2	100	0	146	50	49	0	0	1.00
2556623--2556760	36	3.8	36	84	3	172	32	18	13	35	1.89
2556881--2557043	33	5.6	29	79	12	138	28	14	14	42	1.85
2556932--2557049	29	4.2	28	81	10	118	25	11	16	46	1.80
2557074--2557130	30	1.9	30	89	3	89	29	12	12	45	1.78
2556986--2557203	91	2.4	90	81	12	261	28	12	15	43	1.83
2557425--2557501	40	1.9	39	81	2	91	22	28	18	31	1.97
2557414--2557841	135	3.2	133	84	5	494	26	29	18	25	1.98
2558061--2558120	3	20.7	3	86	6	88	31	1	0	66	1.01
2558061--2558120	17	3.5	17	86	9	86	31	1	0	66	1.01
2560672--2560741	33	2.1	33	84	5	88	47	4	4	44	1.42
2560841--2560904	29	2.3	27	83	5	83	42	12	6	39	1.68
2560901--2561043	77	1.9	76	84	5	191	41	7	9	41	1.67
2560961--2561000	20	2.1	19	86	9	55	40	5	10	45	1.60
2561027--2561074	20	2.4	19	76	10	51	47	8	4	39	1.53
2561067--2561223	2	75.0	2	66	25	51	45	5	3	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561095--2561218	9	13.9	9	67	25	50	45	7	2	44	1.44
2561059--2561174	40	2.9	39	80	10	110	46	5	4	43	1.45
2561095--2561228	20	6.8	20	66	18	68	44	6	3	44	1.48
2561137--2561228	27	3.3	27	76	10	96	42	5	4	47	1.46
2561178--2561277	38	2.7	36	80	9	114	48	9	3	40	1.50
2561314--2561342	15	1.9	15	100	0	58	41	6	0	51	1.28
2561392--2561525	2	63.5	2	69	20	69	46	3	6	43	1.48
2561392--2561525	9	15.9	8	68	20	69	46	3	6	43	1.48
2561392--2561508	11	10.8	11	66	24	54	45	4	7	42	1.52
2561397--2561472	13	5.8	13	75	14	59	44	5	5	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14