genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145318--2145356	10	3.9	10	86	0	51	28	30	0	41	1.57
2145402--2145446	17	2.7	17	89	3	65	33	4	4	57	1.38
2147664--2147716	16	3.2	16	86	7	72	47	0	1	50	1.12
2150463--2150529	15	4.6	15	76	12	59	28	29	19	22	1.98
2150463--2150529	29	2.3	29	82	5	73	28	29	19	22	1.98
2150494--2150529	14	2.5	15	90	4	56	30	25	19	25	1.98
2161110--2161188	21	3.8	21	100	0	158	22	18	29	29	1.98
2162384--2162503	42	2.9	42	97	0	222	16	20	19	44	1.87
2162692--2162737	19	2.4	19	85	10	58	45	0	0	54	0.99
2162692--2162754	20	3.2	21	82	10	71	47	0	0	52	1.00
2162693--2162751	30	2.0	30	83	6	75	45	0	0	54	0.99
2162791--2162857	28	2.4	27	80	14	75	47	1	1	49	1.19
2163025--2163094	20	3.5	20	96	0	131	35	14	10	40	1.79
2163025--2163103	40	2.0	40	89	0	122	35	15	8	40	1.78
2163077--2163143	15	4.5	15	92	3	109	37	19	7	35	1.80
2163460--2163563	33	3.2	32	82	6	113	6	29	25	38	1.81
2163516--2163580	33	2.0	33	93	0	112	6	24	30	38	1.80
2165151--2165201	2	25.5	2	95	0	93	52	0	0	47	1.00
2169396--2169497	23	4.4	23	88	0	141	17	27	23	31	1.97
2177722--2177788	29	2.3	29	92	0	116	35	8	25	29	1.86
2181491--2181566	35	2.2	35	83	9	93	32	26	13	27	1.93
2183802--2183910	51	2.1	53	93	5	186	53	11	11	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188601--2188813	75	2.8	76	74	5	216	29	10	20	39	1.86
2188828--2188909	25	3.2	25	73	14	76	24	12	19	43	1.85
2192640--2192715	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
2193034--2193067	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2210035--2210194	65	2.5	64	83	5	180	26	18	23	31	1.97
2210035--2210236	65	3.1	63	78	12	173	25	17	24	32	1.97
2218778--2218935	65	2.4	63	78	12	160	24	17	24	33	1.96
2227434--2227478	23	2.0	23	86	8	65	53	6	24	15	1.66
2238884--2238954	36	2.0	36	91	8	119	21	35	28	15	1.94
2239068--2239109	21	2.0	21	90	0	66	23	21	26	28	1.99
2239138--2239177	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2244684--2244743	11	5.9	10	83	15	61	55	3	1	40	1.27
2244695--2244767	3	24.0	3	74	18	62	60	2	0	36	1.11
2244674--2244766	6	14.1	7	73	17	76	56	3	2	37	1.27
2244697--2244767	13	5.7	13	78	17	71	60	2	0	36	1.11
2244788--2244927	21	6.4	22	75	12	112	40	10	2	47	1.50
2244787--2244912	44	2.9	43	85	10	157	41	11	2	44	1.54
2244809--2244927	44	2.7	44	87	7	154	38	10	1	48	1.48
2254171--2254223	24	2.2	24	86	0	70	22	33	18	24	1.97
2260944--2260985	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
2260980--2261115	33	4.3	32	81	12	167	32	6	15	45	1.72
2261301--2261357	21	2.7	21	97	0	105	19	28	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264858--2264900	19	2.3	19	100	0	86	20	4	9	65	1.40
2266816--2266858	21	2.0	21	81	0	50	37	6	4	51	1.50
2267710--2267906	30	6.6	29	76	7	180	35	4	1	58	1.28
2267709--2267913	90	2.3	90	81	5	211	34	4	1	59	1.29
2273003--2273154	72	2.1	72	91	2	243	50	9	12	28	1.71
2275276--2275390	35	3.3	35	88	8	171	30	4	19	46	1.69
2279505--2279565	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2279499--2279613	35	3.3	35	90	3	178	29	6	20	44	1.75
2280657--2280777	43	2.8	43	82	9	140	27	18	21	33	1.96
2281393--2281542	71	2.1	72	86	3	205	48	9	14	28	1.74
2283134--2283185	21	2.5	21	70	0	50	32	0	11	55	1.36
2289406--2289456	20	2.5	20	93	0	84	45	9	21	23	1.82
2289406--2289462	20	2.9	18	82	14	69	45	8	22	22	1.80
2289598--2289684	36	2.4	38	77	16	110	52	2	0	44	1.13
2304747--2304807	23	2.7	23	86	0	86	24	27	27	19	1.99
2304823--2305143	103	3.1	103	99	0	624	36	23	13	26	1.91
2309753--2310120	90	4.1	89	83	5	384	31	23	22	22	1.99
2312574--2312611	16	2.3	17	86	4	51	31	23	23	21	1.98
2317337--2317384	20	2.2	22	85	10	64	29	4	27	39	1.75
2318073--2318115	22	2.0	22	81	9	52	55	0	13	30	1.39
2322963--2323054	21	4.4	21	79	2	96	28	19	22	29	1.98
2332470--2332520	16	2.9	18	77	14	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332457--2332520	27	2.3	27	82	15	76	29	0	1	68	0.99
2335312--2335342	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2336194--2336249	20	2.9	19	75	19	62	66	1	8	23	1.30
2336333--2336450	22	5.2	22	73	15	73	65	1	4	28	1.21
2336660--2336713	12	4.4	12	75	13	56	64	1	0	33	1.04
2336644--2336690	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
2337108--2337209	37	2.8	37	86	0	132	33	13	13	39	1.84
2337962--2339233	106	12.0	106	92	1	1953	22	18	25	33	1.96
2340846--2340899	19	2.9	19	73	13	58	0	12	7	79	0.92
2340849--2340897	15	3.2	15	83	13	64	0	12	6	81	0.86
2345318--2345373	20	2.9	19	75	19	62	66	1	8	23	1.30
2345459--2345527	22	3.2	22	81	6	79	72	0	2	24	0.98
2345781--2345827	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
2346246--2346338	37	2.5	37	85	0	114	31	12	12	43	1.81
2348783--2348853	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
2351858--2351897	16	2.4	16	87	8	53	65	0	0	35	0.93
2352437--2352475	18	2.2	17	86	4	51	7	0	41	51	1.31
2353369--2353400	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2356993--2357017	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2357345--2357443	32	3.0	32	72	19	96	48	4	5	42	1.44
2362114--2362139	12	2.2	12	100	0	52	34	15	7	42	1.75
2371054--2371093	20	2.1	19	90	4	62	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378049--2378124	39	1.9	39	84	5	100	32	18	9	39	1.82
2378090--2378183	40	2.3	40	85	0	116	32	19	12	35	1.89
2378171--2378290	40	3.0	40	72	7	109	30	16	13	39	1.87
2379723--2379762	17	2.4	17	86	0	53	35	15	10	40	1.80
2379769--2379827	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
2381347--2381435	46	1.9	46	90	4	144	41	10	4	43	1.58
2382530--2382560	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2383325--2383695	131	2.8	132	80	5	448	40	16	10	32	1.83
2386086--2386120	15	2.3	15	90	9	54	77	0	0	22	0.78
2386356--2387001	139	4.7	139	90	1	965	26	20	17	35	1.95
2386912--2387090	91	2.0	90	92	1	295	25	21	15	37	1.93
2387472--2387979	239	2.1	236	84	7	636	35	15	17	31	1.91
2387871--2387984	42	2.7	41	72	4	111	30	20	21	28	1.98
2388038--2388648	53	11.7	53	80	6	636	40	19	9	30	1.84
2388414--2388499	41	2.1	42	88	2	129	41	22	9	26	1.83
2388308--2388605	149	2.0	146	90	1	470	39	21	10	28	1.86
2388038--2388645	202	2.9	205	86	6	775	40	19	9	29	1.84
2391486--2391512	14	1.9	14	100	0	54	62	22	0	14	1.31
2392780--2393086	110	2.8	108	83	8	347	32	24	15	28	1.95
2392783--2393086	55	5.6	54	85	6	287	31	24	15	28	1.96
2393099--2393208	37	3.0	37	83	2	132	21	20	19	39	1.93
2393105--2393210	36	2.9	36	81	2	122	21	20	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394506--2394696	7	26.4	7	67	23	69	9	17	0	72	1.10
2394564--2394626	24	2.5	26	76	19	62	11	17	0	71	1.14
2394587--2394694	17	6.5	16	71	22	71	10	15	0	74	1.08
2394594--2394696	7	14.9	7	71	20	74	9	15	0	74	1.06
2394604--2394675	10	7.2	10	71	20	53	8	15	0	76	1.01
2407742--2407806	12	5.2	12	72	20	53	7	13	0	78	0.95
2411682--2411725	4	11.0	4	87	7	54	72	4	0	22	1.02
2416097--2416139	20	2.3	19	88	11	70	23	30	9	37	1.86
2416102--2416139	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2419654--2419683	15	1.9	16	93	6	53	46	16	13	23	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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