genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161367--161590	122	1.8	123	82	2	290	33	16	17	32	1.93
165041--165152	58	1.9	58	85	0	152	28	20	20	30	1.98
166385--166454	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
168882--168923	18	2.3	18	87	4	57	50	2	2	45	1.27
168894--168934	18	2.3	18	87	8	57	43	0	2	53	1.13
173370--173537	35	4.5	37	75	9	146	48	8	13	29	1.72
173437--173537	35	2.8	37	86	6	152	50	6	12	29	1.67
173590--173744	44	3.5	44	81	4	177	30	14	22	32	1.93
174288--174426	42	3.3	42	81	2	163	30	20	20	28	1.98
174251--174426	42	4.2	41	78	5	156	31	20	19	28	1.97
174251--174426	83	2.1	83	83	1	217	31	20	19	28	1.97
176177--176252	39	1.9	39	84	5	100	26	28	7	36	1.84
176216--176314	39	2.5	39	83	6	137	25	30	6	38	1.80
179241--179323	3	27.3	3	97	2	157	32	0	0	67	0.91
180523--180590	26	2.5	28	80	13	81	23	4	1	70	1.13
184136--184818	177	3.9	177	89	3	1060	32	17	20	29	1.96
184821--185418	123	4.9	123	85	2	781	38	14	20	26	1.91
185348--185411	17	3.3	19	67	20	51	45	12	18	23	1.84
186737--186858	62	2.0	62	80	9	142	26	6	2	64	1.30
195792--195847	19	2.8	20	74	15	62	46	7	25	21	1.76
195779--196114	116	2.9	115	82	1	395	36	12	24	27	1.92
195907--195971	20	3.3	20	66	12	53	40	6	24	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196123--196258	44	3.1	44	84	5	175	32	22	12	33	1.91
196531--196608	37	2.1	38	85	7	106	33	15	12	38	1.85
196652--196760	36	3.0	35	81	6	94	30	17	10	42	1.82
196708--196781	37	2.0	37	89	0	112	28	21	13	36	1.91
203400--203457	21	2.8	21	72	0	62	48	17	3	31	1.64
219540--219572	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
219643--219701	16	3.7	16	88	0	91	61	22	8	8	1.52
220775--220851	38	2.0	38	85	5	102	58	19	10	11	1.61
220776--220852	24	3.2	24	83	3	93	57	19	10	12	1.64
222428--222470	22	2.0	22	86	4	61	4	23	0	72	1.04
225222--225269	19	2.3	22	86	10	66	52	2	2	43	1.24
225806--226105	124	2.4	124	84	1	413	25	13	25	36	1.92
231887--231928	19	2.3	19	87	4	59	14	33	30	21	1.93
242243--242273	14	2.2	14	94	0	53	22	38	6	32	1.80
246106--246196	14	6.6	14	79	12	82	74	1	6	17	1.09
246144--246182	6	6.2	6	88	11	60	82	0	0	17	0.68
246122--246196	20	3.6	19	84	12	78	76	1	5	17	1.05
246233--246261	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
246389--246420	9	3.6	9	100	0	64	68	0	9	21	1.17
247794--247846	21	2.5	21	75	6	63	20	26	16	35	1.94
247864--247985	20	6.1	20	88	5	165	27	28	19	23	1.98
247853--247969	41	2.9	41	87	3	139	31	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247918--248003	40	2.2	40	86	0	118	27	26	19	25	1.99
248221--248272	20	2.6	20	90	0	77	44	23	19	13	1.86
248220--248278	20	2.9	19	85	5	73	40	23	20	15	1.90
248291--248355	19	3.7	19	82	13	86	13	20	18	47	1.82
249942--250033	42	2.2	42	88	1	141	20	15	42	21	1.89
249969--250029	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
250365--250403	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
250391--250443	20	2.7	20	96	0	97	35	24	24	15	1.94
250483--250566	19	4.6	19	74	15	79	14	22	19	44	1.86
251126--251173	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
252493--252551	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
253035--253189	20	7.7	20	89	4	204	21	17	28	32	1.96
253015--253189	40	4.3	39	84	6	206	21	17	27	33	1.96
253055--253169	61	1.9	61	92	0	194	20	17	28	33	1.96
253015--253192	81	2.2	81	90	0	275	21	16	26	34	1.95
253042--253210	81	2.1	81	86	2	232	21	17	27	33	1.96
253183--253250	21	3.3	21	91	2	102	22	22	16	39	1.92
253240--253292	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
253458--253524	2	35.5	2	85	11	97	52	1	0	46	1.09
253977--254021	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
254288--254347	31	1.9	31	82	3	75	56	0	1	41	1.09
254412--254441	15	2.0	15	100	0	60	53	6	6	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254935--254960	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
256111--256155	16	3.0	15	90	6	65	37	2	0	60	1.09
256111--256145	8	4.4	8	100	0	70	37	0	0	62	0.95
256547--256579	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
257557--257617	30	2.0	30	100	0	122	9	31	6	52	1.60
257903--257988	42	2.0	42	100	0	172	16	4	26	52	1.63
258895--259149	138	1.8	138	89	3	397	26	13	17	42	1.86
267099--267148	23	2.2	23	92	0	82	46	12	18	24	1.82
271728--271800	37	2.0	37	89	5	112	38	24	12	24	1.90
274868--274909	18	2.3	18	91	0	66	7	23	30	38	1.82
282138--282177	20	2.0	20	85	9	55	27	15	15	42	1.86
284315--284774	55	8.4	55	82	5	515	30	16	16	37	1.91
284309--284774	218	2.1	219	83	3	611	30	16	16	37	1.91
290611--290832	95	2.3	95	86	3	304	34	15	23	27	1.94
291155--291580	218	2.0	217	92	0	708	33	20	19	25	1.97
291155--291580	54	7.8	54	88	1	627	33	20	19	25	1.97
291741--291915	81	2.2	81	83	6	221	36	12	22	29	1.90
291911--292099	47	4.1	47	86	5	235	47	7	20	25	1.76
292159--292198	19	2.1	19	86	9	55	75	0	10	15	1.05
296135--296191	22	2.7	21	81	7	71	31	15	24	28	1.96
296061--296283	95	2.4	95	89	2	342	33	15	25	26	1.95
296606--296940	54	6.1	55	89	2	480	34	21	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296606--296940	163	2.0	164	89	1	512	34	21	18	25	1.96
296606--296940	109	3.1	109	89	1	494	34	21	18	25	1.96
297093--297251	81	2.0	78	82	8	194	37	13	22	27	1.91
297272--297385	47	2.5	45	78	2	111	44	8	21	25	1.80
298560--299121	55	10.3	55	87	1	691	30	17	17	33	1.94
302798--302865	29	2.4	29	85	7	86	16	10	10	63	1.52
302842--302874	12	2.8	12	86	13	50	15	0	6	78	0.93
302844--302876	13	2.6	13	85	4	50	15	0	6	78	0.93
302842--302898	24	2.3	25	82	14	66	21	0	5	73	1.02
307314--307371	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
309771--309808	2	19.5	2	83	5	51	47	0	0	52	1.00
309839--310206	37	9.6	36	76	15	292	44	2	6	46	1.44
309884--309991	49	2.2	49	94	0	189	45	4	7	42	1.53
310007--310031	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
310310--310351	18	2.3	18	100	0	84	33	40	21	4	1.74
311649--311719	33	2.1	33	82	7	81	19	1	4	74	1.06
311631--311691	15	4.4	15	70	19	51	16	3	4	75	1.11
311630--311733	37	2.7	37	81	8	102	18	2	4	74	1.13
311678--311740	30	2.1	29	88	2	90	20	1	4	73	1.11
311654--311740	15	6.0	14	76	10	77	18	2	5	73	1.14
314196--314459	95	2.7	95	83	6	325	32	17	17	32	1.93
315592--315992	84	4.8	83	83	4	479	31	24	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315597--316023	168	2.6	167	86	3	608	32	23	19	23	1.97
316180--316595	80	5.1	80	83	1	454	32	23	18	26	1.97
316179--316527	160	2.2	160	89	0	536	31	23	19	25	1.98
317027--317060	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
317094--317449	37	9.6	35	82	10	374	45	3	5	45	1.44
317094--317438	150	2.3	147	85	8	459	45	4	5	45	1.44
318919--318975	4	14.5	4	75	17	57	22	1	1	73	1.02
318915--318986	28	2.5	29	84	8	94	19	1	5	73	1.10
318926--319023	43	2.3	44	79	12	114	20	5	5	69	1.27
319087--319115	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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