genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  5  of  18  ( 2121 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763502--763587	23	3.7	23	84	3	109	38	19	17	24	1.93
766066--766105	8	5.5	8	77	22	52	20	25	40	15	1.90
766059--766105	15	3.3	15	88	5	62	21	23	38	17	1.93
766066--766123	13	4.3	13	88	4	80	18	22	43	15	1.88
767484--767521	20	1.9	20	89	10	60	26	13	26	34	1.93
767551--767663	50	2.3	50	87	1	156	29	20	11	38	1.87
768140--768238	13	6.8	13	73	21	58	37	5	2	55	1.33
768158--768219	9	6.8	9	75	17	56	33	4	3	58	1.36
768138--768240	37	2.7	37	81	14	120	37	4	1	55	1.33
768214--768302	2	48.0	2	69	22	52	46	5	1	47	1.33
768154--768249	9	11.0	9	71	18	53	38	4	2	55	1.31
770442--770525	42	2.0	42	95	0	150	20	22	22	34	1.97
778644--778676	12	2.6	13	85	9	50	21	3	9	66	1.33
778917--778947	15	2.0	15	93	6	53	45	0	6	48	1.28
783299--783339	12	3.4	12	93	0	73	19	34	7	39	1.80
784992--785016	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
785119--785151	15	2.2	15	100	0	66	18	30	12	39	1.87
785971--786031	21	3.1	19	77	11	68	50	13	3	32	1.57
785959--786080	37	3.2	37	81	9	104	46	11	4	37	1.59
786070--786105	16	2.2	16	90	0	54	36	5	2	55	1.38
786077--786112	16	2.2	16	90	0	54	36	2	2	58	1.27
786131--786175	11	4.0	12	83	11	51	53	2	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786196--786239	15	2.9	15	80	13	54	43	2	0	54	1.12
788796--788838	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
796484--796524	20	2.0	20	90	9	66	29	14	21	34	1.93
796566--796613	20	2.4	20	82	6	53	33	22	6	37	1.80
796551--796662	50	2.3	50	88	1	163	29	21	10	38	1.87
796636--796674	19	2.1	19	100	0	78	41	20	5	33	1.74
796640--796682	19	2.3	19	91	0	68	41	20	4	32	1.73
797068--797170	21	4.8	20	72	20	66	37	5	1	54	1.36
797071--797150	37	2.1	39	84	9	103	36	6	2	55	1.39
799740--799822	42	2.0	42	95	0	148	21	22	20	34	1.96
801946--801977	15	2.1	16	88	11	50	68	6	0	25	1.12
803680--803755	31	2.4	31	84	2	98	27	30	26	15	1.96
807403--807432	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
808190--808227	13	2.9	14	84	11	53	26	0	0	73	0.83
808168--808218	17	2.8	17	76	21	50	25	3	0	70	1.04
811192--811221	11	2.7	11	89	0	51	36	6	46	10	1.64
812597--812688	16	5.9	16	83	12	86	88	0	8	3	0.63
812600--812714	17	6.8	17	80	9	65	86	0	9	3	0.67
812618--812720	12	7.9	13	85	8	115	89	0	8	1	0.56
812595--812720	37	3.2	37	82	6	144	86	0	10	3	0.68
812615--812720	11	8.6	13	85	12	81	87	0	9	2	0.63
812618--812720	16	6.0	17	82	9	113	89	0	8	1	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812618--812720	23	4.5	23	87	7	131	89	0	8	1	0.56
812599--812721	22	5.4	22	83	7	131	86	0	10	3	0.69
812571--812714	43	3.3	42	80	10	139	83	2	11	3	0.86
812634--812698	1	65.0	1	93	0	112	96	0	1	1	0.23
816151--816312	76	2.1	75	85	1	207	31	17	20	29	1.96
817093--817157	22	3.0	22	88	0	94	36	9	12	41	1.75
817828--818059	76	3.1	76	95	0	410	24	20	21	34	1.97
818057--818719	113	5.8	112	82	7	789	38	14	19	27	1.91
818056--818808	226	3.3	227	82	7	862	38	14	19	27	1.91
818055--818808	237	3.3	232	85	5	969	38	14	19	27	1.91
818394--818808	124	3.5	120	80	13	473	40	14	18	26	1.89
819081--819130	14	3.6	14	74	15	50	36	0	0	64	0.94
819084--819122	11	3.5	12	83	16	57	35	0	0	64	0.94
819084--819151	22	3.1	22	76	14	68	41	0	0	58	0.98
819078--819113	19	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
820525--820573	24	2.0	24	84	11	64	24	6	2	67	1.24
820572--820617	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
827795--827848	14	3.9	14	90	4	83	14	35	12	37	1.85
827795--827846	27	1.9	27	92	0	86	13	34	13	38	1.84
832703--832729	13	2.1	13	100	0	54	77	0	14	7	0.97
833606--833905	2	154.5	2	66	18	82	44	8	3	43	1.52
833927--833970	15	2.9	15	80	13	54	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844134--844174	20	2.0	20	90	9	66	29	14	21	34	1.93
844216--844263	20	2.4	20	85	0	60	35	22	4	37	1.74
844201--844311	50	2.2	50	85	1	143	30	19	10	38	1.86
844778--844889	31	3.8	30	78	13	108	37	7	1	53	1.39
844808--844867	9	6.6	9	75	17	52	33	5	3	58	1.36
844788--844889	37	2.7	38	78	15	113	37	5	1	54	1.36
847481--847564	42	2.0	41	93	2	141	20	23	20	35	1.96
854631--854683	25	2.0	25	85	10	70	56	3	5	33	1.41
854844--854875	15	2.1	16	88	11	50	68	6	0	25	1.12
856545--856630	31	2.8	31	75	12	88	24	26	27	20	1.99
860222--860342	40	3.0	40	96	0	224	22	15	27	34	1.94
860446--860558	46	2.4	47	83	5	140	41	7	19	30	1.80
860446--860566	48	2.6	46	81	8	145	41	7	20	30	1.80
862602--862641	13	3.1	13	100	0	80	15	22	47	15	1.82
863682--863713	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
867236--867266	16	2.0	15	93	6	53	48	0	6	45	1.28
871623--871651	12	2.4	12	100	0	58	17	37	6	37	1.76
873304--873330	13	2.1	13	100	0	54	77	0	14	7	0.97
873433--873465	15	2.2	15	100	0	66	18	30	12	39	1.87
874220--874435	2	109.5	2	68	16	67	44	9	3	42	1.55
874212--874294	43	2.0	41	83	4	103	40	10	4	43	1.61
874272--874342	15	4.6	15	74	15	65	49	8	4	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874268--874342	32	2.4	33	82	10	95	49	9	4	37	1.54
874275--874426	82	1.9	82	83	5	200	44	9	3	42	1.55
874316--874399	37	2.3	37	79	8	91	45	11	3	39	1.58
874457--874500	15	2.9	15	80	13	54	43	2	0	54	1.12
876982--877024	20	2.2	20	91	0	68	55	20	4	18	1.60
880771--880827	14	4.4	14	72	17	50	10	12	22	54	1.68
880772--880846	24	3.1	24	84	3	89	13	10	20	56	1.66
880771--880846	38	2.0	37	85	10	100	13	11	19	55	1.68
881833--881907	10	7.7	10	71	21	61	12	12	18	57	1.65
881839--881901	16	3.9	16	91	0	108	9	12	20	57	1.63
881838--881903	32	2.1	32	97	0	123	12	12	19	56	1.67
884490--884553	5	12.8	5	76	12	60	23	56	17	3	1.55
884491--884531	14	2.9	14	96	0	73	26	60	12	0	1.31
884490--884536	19	2.5	20	82	10	62	25	59	14	0	1.36
884524--884558	17	2.1	17	100	0	70	20	45	22	11	1.82
891736--891883	10	15.1	10	81	8	180	12	23	27	35	1.92
891736--891883	29	5.0	30	89	6	198	12	23	27	35	1.92
891740--891889	39	3.8	39	86	6	198	13	25	28	33	1.93
891886--891935	5	9.8	5	79	12	57	22	54	20	4	1.61
891908--891942	17	2.1	17	100	0	70	17	48	22	11	1.79
895823--895863	20	2.0	20	90	9	66	29	14	21	34	1.93
895890--895987	50	2.0	50	87	0	142	32	17	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896792--896876	42	2.0	42	95	0	152	20	22	23	34	1.97
899243--899274	15	2.1	16	88	11	50	68	6	0	25	1.12
900990--901065	31	2.4	31	80	2	89	27	31	26	14	1.95
907966--907995	13	2.3	13	94	0	51	46	10	23	20	1.80
909679--909709	15	2.0	15	93	6	53	45	0	6	48	1.28
911300--911325	8	3.2	8	100	0	52	61	11	0	26	1.30
915740--915766	13	2.1	13	100	0	54	77	0	14	7	0.97
915869--915901	15	2.2	15	100	0	66	18	30	12	39	1.87
916650--916780	43	3.1	42	79	7	131	44	11	4	39	1.61
916661--916780	13	8.5	14	67	16	61	46	11	4	37	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18