genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422701--2422737	3	12.3	3	94	0	65	37	32	0	29	1.58
2431605--2431637	13	2.5	13	95	0	57	15	21	48	15	1.81
2431647--2431696	20	2.5	20	86	3	64	40	20	20	20	1.92
2438799--2438847	13	4.0	13	82	15	68	14	20	48	16	1.80
2438850--2438904	9	5.6	10	77	10	60	34	25	21	18	1.96
2438857--2438905	10	4.8	11	73	16	52	36	22	20	20	1.95
2438852--2438905	19	2.8	19	86	10	74	33	24	22	20	1.97
2441165--2441241	31	2.5	31	78	2	82	27	27	27	18	1.98
2441118--2441241	63	2.0	63	80	6	144	26	26	27	19	1.99
2444097--2444165	18	4.1	18	80	17	85	13	20	47	18	1.81
2444097--2444161	31	2.1	31	94	0	112	13	21	46	18	1.84
2444107--2444143	13	2.8	13	100	0	74	10	24	48	16	1.77
2451219--2451270	22	2.4	22	93	3	88	19	42	23	15	1.89
2452565--2452603	12	3.1	12	85	7	51	33	10	10	46	1.72
2456548--2456623	23	3.4	23	76	5	68	22	32	21	23	1.98
2458490--2458519	13	2.2	14	94	5	53	46	13	0	40	1.43
2459449--2460170	360	2.0	359	98	0	1390	32	21	16	29	1.95
2473395--2473472	38	2.1	38	80	4	86	44	0	5	50	1.24
2473530--2473645	15	8.1	15	66	19	70	39	1	3	55	1.27
2473532--2473596	21	3.2	19	65	23	51	38	1	3	56	1.24
2473513--2473646	42	3.2	42	97	1	252	40	2	4	52	1.34
2473798--2473835	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2479684--2479753	20	3.5	20	86	1	88	32	8	21	37	1.84
2480157--2480227	34	2.1	34	84	2	90	32	15	28	23	1.95
2482850--2482916	34	2.0	34	84	0	89	32	14	26	25	1.95
2485105--2485154	20	2.5	20	87	3	66	34	4	22	40	1.72
2485187--2485234	20	2.4	20	92	0	78	27	18	29	25	1.98
2485578--2485642	34	1.9	34	87	0	94	27	15	29	27	1.96
2487280--2487346	34	2.0	34	87	0	98	31	16	28	23	1.96
2488631--2488686	23	2.5	21	82	11	58	26	8	3	60	1.43
2491950--2492078	67	1.9	67	93	0	222	25	13	20	41	1.88
2492189--2492217	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
2492147--2492198	26	2.0	26	100	0	104	15	19	7	57	1.62
2493108--2493177	31	2.3	31	85	5	97	31	7	10	51	1.62
2493330--2493417	26	3.3	26	83	10	101	53	0	3	43	1.17
2493328--2493417	24	3.5	24	83	9	90	53	0	3	43	1.17
2493344--2493417	24	3.0	26	80	9	91	52	0	4	43	1.20
2494167--2494225	2	30.0	2	96	3	111	50	0	0	49	1.00
2497890--2497929	18	2.2	19	90	4	64	45	12	10	32	1.75
2501292--2501369	23	3.4	23	75	5	86	37	8	25	28	1.86
2514697--2514726	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
2516108--2516618	91	5.7	91	86	4	643	24	22	15	37	1.93
2516551--2516891	135	2.5	136	90	2	533	25	23	17	34	1.96
2517395--2517513	37	3.2	37	72	2	105	34	12	22	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517407--2517529	36	3.4	37	72	6	108	39	13	20	26	1.90
2517573--2517952	66	5.7	66	76	8	331	36	14	20	28	1.92
2517643--2517905	36	7.6	36	73	14	205	37	14	19	28	1.91
2518073--2518180	42	2.6	41	85	4	137	28	23	21	26	1.99
2523399--2523449	21	2.4	21	96	0	93	43	15	15	25	1.86
2533165--2533207	17	2.5	17	92	0	77	53	11	18	16	1.72
2542970--2543018	24	2.0	24	84	0	62	34	20	24	20	1.96
2543028--2543088	23	2.7	22	84	5	86	34	22	29	13	1.92
2543166--2543297	45	3.0	45	87	1	176	35	19	9	35	1.84
2547705--2547784	36	2.2	36	100	0	160	37	23	11	27	1.89
2552110--2552136	13	2.1	13	100	0	54	14	7	0	77	0.97
2552119--2552172	29	1.9	28	85	7	74	27	5	5	61	1.41
2559451--2559512	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
2559453--2559538	21	4.1	20	74	14	66	22	34	26	16	1.95
2559897--2559924	9	3.1	9	100	0	56	42	10	0	46	1.38
2564085--2564142	29	2.0	29	86	0	80	48	6	29	15	1.71
2566139--2566256	20	5.8	20	77	8	85	39	20	18	21	1.92
2566203--2566416	20	10.6	20	82	5	216	36	24	19	19	1.95
2566203--2566417	60	3.6	60	81	0	241	36	24	19	19	1.94
2566798--2566868	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
2566954--2567057	21	5.4	20	71	15	87	45	19	25	10	1.82
2566952--2567030	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566953--2567030	41	1.9	41	94	0	138	44	16	26	11	1.82
2567006--2567075	33	2.1	33	94	0	122	48	20	24	7	1.74
2567028--2567086	19	3.4	18	75	22	63	47	25	18	8	1.77
2567012--2567086	33	2.3	33	90	0	114	48	24	21	6	1.74
2567082--2567184	19	5.9	19	74	19	100	10	24	21	43	1.84
2567082--2567187	52	2.0	52	94	0	185	10	24	20	44	1.83
2568890--2569264	185	2.0	185	99	0	741	21	12	19	46	1.83
2568890--2569264	93	4.1	93	98	1	727	21	12	19	46	1.83
2569312--2569440	19	7.3	19	74	17	116	44	28	17	8	1.78
2569348--2569440	33	2.8	32	90	4	141	45	27	19	7	1.77
2569436--2569570	19	7.6	19	76	16	137	10	19	24	45	1.81
2569458--2569514	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
2569441--2569533	33	2.8	33	98	0	177	9	20	22	47	1.79
2571495--2571530	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2571637--2571734	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2571637--2571753	34	3.4	33	90	8	171	44	17	23	13	1.85
2574069--2574093	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2574268--2574314	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2574997--2575246	20	12.5	20	86	1	268	20	17	24	37	1.93
2575239--2575294	21	2.7	21	74	0	67	28	14	23	33	1.94
2577759--2577801	21	2.0	21	90	0	68	25	0	25	48	1.51
2580361--2580407	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580149--2580621	181	2.6	182	88	1	680	41	14	16	26	1.87
2580528--2580588	20	3.0	20	81	6	70	54	11	14	19	1.71
2580551--2580593	20	2.3	18	88	11	61	48	11	16	23	1.78
2582653--2582683	9	3.4	9	95	0	53	25	9	58	6	1.54
2582807--2582871	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2582906--2582971	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2584762--2584810	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2584929--2587102	200	10.9	200	98	0	4142	36	15	17	31	1.91
2584929--2587102	399	5.4	400	97	0	4142	36	15	17	31	1.91
2588563--2588647	24	3.4	24	75	4	71	38	8	30	22	1.83
2588580--2588648	3	23.0	3	72	0	57	36	7	31	24	1.83
2588563--2588644	36	2.3	36	84	0	110	39	8	30	21	1.84
2588563--2588626	12	5.3	12	78	0	74	40	9	29	20	1.84
2588578--2588648	12	5.7	12	77	9	70	36	8	30	23	1.85
2590341--2590835	183	2.7	184	93	1	852	34	15	17	32	1.91
2593377--2593449	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2593807--2593879	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2594235--2594307	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2593172--2595081	430	4.4	430	98	0	3610	40	7	12	39	1.71
2594665--2594737	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2593172--2595081	858	2.2	859	97	0	3615	40	7	12	39	1.71
2595745--2595807	32	1.9	33	90	3	101	33	15	3	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598320--2598347	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
2598382--2598409	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2598697--2598738	22	2.0	22	90	4	68	47	9	0	42	1.36
2599524--2599555	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2609471--2609497	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2611016--2611096	42	1.9	42	82	0	99	20	22	20	35	1.96
2611077--2611133	24	2.4	24	87	0	87	17	24	22	35	1.95
2611268--2611303	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
2619502--2619555	16	3.4	17	78	14	62	31	5	20	42	1.75
2619649--2619715	23	2.9	24	76	8	77	22	20	22	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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