genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619721--2619777	24	2.4	24	85	5	71	21	22	19	36	1.95
2622960--2623040	21	3.8	21	79	7	74	23	34	24	17	1.96
2622958--2623018	20	2.9	20	87	7	77	22	32	26	18	1.97
2628024--2628078	21	2.6	21	79	0	65	29	14	27	29	1.95
2628753--2628803	25	2.0	25	84	0	75	45	3	19	31	1.69
2629054--2629167	42	2.6	44	78	10	126	24	20	18	36	1.94
2629054--2629175	46	2.7	45	76	9	126	25	19	18	36	1.95
2644225--2644250	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2647370--2647407	20	1.9	20	88	0	58	44	13	13	28	1.81
2651931--2651986	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
2651938--2652007	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
2652730--2652804	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
2652736--2652800	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
2652870--2652902	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2655182--2655215	17	2.1	17	88	5	52	64	2	0	32	1.08
2655323--2655430	39	2.8	39	85	1	128	48	2	11	37	1.53
2656905--2656980	24	3.2	24	83	3	73	46	18	14	21	1.84
2656922--2657037	24	4.8	24	88	6	164	40	18	17	23	1.91
2659584--2659632	21	2.4	20	83	6	62	22	20	38	18	1.93
2659590--2659648	21	2.8	21	84	2	64	15	18	45	20	1.85
2663306--2663496	85	2.2	85	82	5	217	31	19	19	28	1.97
2664994--2665066	2	36.0	2	97	2	137	49	0	1	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665066--2665090	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2670016--2670063	24	2.0	25	87	4	71	18	6	8	66	1.39
2690922--2690971	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2691929--2692017	39	2.3	39	84	5	119	43	0	15	40	1.47
2691929--2692029	39	2.6	39	79	14	111	44	0	16	38	1.48
2696818--2696861	21	2.1	21	87	8	63	25	0	22	52	1.48
2703901--2703961	29	2.1	29	84	0	77	14	18	18	49	1.80
2706293--2706335	18	2.4	18	80	0	50	48	2	16	32	1.58
2706559--2706628	27	2.6	27	79	6	70	51	20	5	22	1.68
2708775--2708830	29	1.9	29	96	0	103	53	17	12	16	1.73
2715583--2715612	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2716647--2716697	15	3.4	15	83	0	66	11	66	13	7	1.43
2723511--2723581	3	23.0	3	88	11	108	33	0	0	66	0.92
2723511--2723581	13	5.8	12	91	8	108	33	0	0	66	0.92
2725068--2725137	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
2728071--2728156	20	4.4	19	77	16	77	22	13	4	59	1.53
2728117--2728165	26	1.9	25	91	4	80	22	10	2	65	1.34
2728123--2728165	12	3.3	13	83	9	61	23	9	0	67	1.19
2730294--2730438	72	2.0	73	90	1	229	27	20	17	34	1.95
2733983--2734059	22	3.5	22	90	0	127	35	11	11	41	1.78
2734830--2734933	45	2.3	45	88	0	145	31	21	15	31	1.94
2734732--2735490	121	6.3	121	91	0	1218	28	20	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734956--2735054	45	2.2	44	89	3	144	29	20	19	31	1.97
2735072--2735185	45	2.5	45	88	2	156	27	22	19	30	1.98
2735117--2735259	76	1.9	74	86	2	205	26	20	19	32	1.97
2735193--2735306	45	2.5	45	86	2	147	29	21	19	28	1.98
2735314--2735417	45	2.3	45	86	0	136	28	21	18	31	1.96
2735711--2735768	3	19.0	3	87	10	82	36	0	0	63	0.94
2735712--2735769	20	2.9	20	89	7	91	37	0	0	62	0.96
2736499--2736534	15	2.4	15	100	0	72	11	27	55	5	1.57
2737322--2737360	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
2739406--2739449	13	3.4	12	81	12	52	47	2	0	50	1.13
2739406--2739449	14	3.4	13	82	17	56	47	2	0	50	1.13
2747632--2747783	48	3.2	48	95	1	261	21	7	19	51	1.71
2750467--2750517	2	26.0	2	84	4	68	49	1	3	45	1.32
2750453--2750517	18	3.6	18	87	10	80	46	4	4	44	1.44
2750780--2750881	4	26.0	4	68	14	52	20	8	2	67	1.31
2750808--2750832	10	2.5	10	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2763115--2763781	105	6.3	105	95	0	1190	33	24	17	23	1.96
2765520--2765545	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2765649--2765701	2	27.0	2	84	3	72	49	1	3	45	1.31
2765964--2766065	4	26.0	4	68	14	52	20	8	2	67	1.31
2765992--2766016	10	2.5	10	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2768855--2768896	19	2.3	20	84	15	56	35	4	4	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770265--2770324	30	2.0	30	93	0	102	23	23	5	48	1.70
2773171--2773253	44	1.9	43	82	7	105	30	13	9	46	1.75
2779350--2779420	6	11.8	6	98	0	124	36	0	50	12	1.41
2779338--2779378	18	2.3	18	86	0	55	46	0	48	4	1.23
2783677--2783769	23	4.1	23	84	1	125	18	20	25	35	1.95
2784832--2785073	104	2.3	103	82	2	297	26	15	22	35	1.94
2785788--2785856	36	1.9	36	85	11	97	36	11	17	34	1.86
2785781--2785865	36	2.3	36	78	11	93	37	11	17	32	1.86
2785884--2786331	67	6.9	67	81	6	506	37	13	18	30	1.90
2785985--2786162	30	5.5	30	65	22	92	36	12	18	32	1.89
2785827--2786331	133	3.9	133	83	5	568	37	13	18	30	1.90
2786205--2786318	58	2.0	58	87	0	165	37	11	18	32	1.86
2788730--2788771	9	4.9	8	86	13	57	4	14	0	80	0.86
2788730--2788771	17	2.4	18	88	8	68	4	14	0	80	0.86
2788745--2788785	20	2.0	20	86	9	57	2	14	2	80	0.92
2796910--2796943	17	2.0	17	100	0	68	35	5	5	52	1.50
2796946--2796976	14	2.2	14	94	0	53	67	0	3	29	1.06
2797294--2797366	31	2.4	31	92	0	128	36	10	10	41	1.76
2802292--2802450	53	3.0	53	96	0	282	30	18	7	43	1.78
2802332--2802415	25	3.2	25	65	21	64	29	19	8	42	1.80
2808316--2808355	18	2.2	18	90	0	62	37	7	10	45	1.66
2809830--2809866	14	2.6	15	83	12	51	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812784--2812840	15	3.7	14	77	13	51	28	33	26	12	1.92
2814495--2814607	34	3.3	34	73	9	95	34	18	13	33	1.90
2817964--2817994	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2819862--2819911	20	2.5	20	86	3	73	38	22	28	12	1.89
2820695--2820745	13	3.8	14	82	15	63	74	3	17	3	1.12
2820693--2820745	28	2.0	26	89	10	81	75	3	16	3	1.10
2821865--2821980	32	3.6	31	77	11	117	28	12	22	36	1.91
2823179--2823290	37	3.1	36	86	2	161	27	21	12	38	1.89
2823177--2823285	36	3.0	36	89	1	164	27	21	12	38	1.90
2823305--2823421	36	3.2	36	85	7	164	25	19	14	40	1.90
2823201--2823387	102	1.8	102	81	6	236	28	19	12	39	1.89
2823423--2823483	29	2.1	29	87	0	86	44	14	9	31	1.78
2823487--2823740	83	3.0	83	85	3	332	33	24	19	22	1.97
2824228--2824339	37	3.0	37	88	0	161	41	12	13	33	1.82
2824276--2824342	21	3.4	21	66	26	56	43	13	11	31	1.80
2824878--2825020	2	74.5	2	79	10	129	39	0	1	58	1.12
2824977--2825058	29	3.0	28	77	18	77	28	1	1	69	1.03
2824971--2825043	35	2.1	35	92	5	121	31	1	1	65	1.09
2824857--2825056	6	34.2	6	74	17	73	35	1	1	62	1.11
2824981--2825112	35	4.0	32	75	20	94	22	3	0	72	1.05
2825018--2825139	52	2.2	57	80	15	141	17	8	0	73	1.11
2825016--2825112	31	3.1	30	74	18	83	19	5	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825139--2825187	18	2.7	18	80	3	53	18	6	0	75	1.00
2825135--2825184	26	1.9	27	88	8	77	20	6	0	74	1.03
2827600--2827644	22	2.0	24	82	8	58	35	0	15	48	1.45
2827599--2827644	24	1.9	24	83	16	60	34	0	15	50	1.44
2829178--2829243	34	1.9	34	87	0	96	50	19	3	27	1.63
2829339--2829378	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2829937--2829969	15	2.1	17	88	11	52	66	0	0	33	0.92
2832547--2832636	40	2.2	41	80	11	96	34	1	4	60	1.24
2834999--2835048	26	1.9	26	88	8	75	56	0	0	44	0.99
2835034--2835086	10	6.2	9	76	24	53	73	3	0	22	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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