genome.fa.s8912.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112215_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3753803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835034--2835092	9	7.2	8	74	22	52	74	3	0	22	0.96
2835010--2835093	24	3.4	24	79	9	89	69	2	0	28	1.01
2836603--2836659	22	2.8	20	83	5	69	17	15	19	47	1.83
2837350--2837463	20	5.7	20	80	2	93	33	23	17	25	1.96
2837350--2837477	61	2.1	61	82	0	148	35	23	16	25	1.95
2837957--2838015	20	3.0	20	84	0	64	18	16	22	42	1.89
2839335--2839379	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2839776--2839804	12	2.3	13	94	5	51	0	3	17	79	0.87
2839861--2839906	20	2.3	20	88	0	65	36	21	21	19	1.95
2839900--2839958	19	3.4	19	73	22	65	49	18	16	15	1.80
2839916--2839974	14	3.9	14	72	20	55	49	20	16	13	1.80
2839900--2839992	33	2.8	33	91	0	150	47	18	18	16	1.83
2840022--2840108	20	4.4	20	85	2	115	17	22	21	37	1.93
2840058--2840127	20	3.5	20	90	0	77	17	18	24	40	1.91
2840022--2840127	40	2.7	39	80	2	115	16	20	22	39	1.92
2840475--2840560	41	2.1	42	84	2	120	22	43	15	19	1.88
2841969--2842007	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2842134--2842187	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
2842211--2842286	20	3.8	20	71	10	66	18	19	19	42	1.90
2842199--2842302	40	2.9	34	73	15	91	17	22	20	40	1.91
2842500--2842549	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
2842580--2842627	20	2.3	20	85	3	60	22	20	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2842824--2842857	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2843406--2843452	24	2.0	24	86	0	67	29	19	14	36	1.92
2843639--2843663	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2845955--2846041	19	5.1	18	66	25	64	45	17	22	13	1.83
2845955--2846041	33	2.6	33	94	0	156	45	17	22	13	1.83
2846051--2846107	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2846045--2846125	33	2.5	33	95	0	144	12	23	19	44	1.85
2846065--2846125	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
2846234--2846268	14	2.5	14	90	0	61	45	22	0	31	1.53
2847624--2847690	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2847965--2848148	90	2.0	90	90	5	289	47	17	12	22	1.81
2849835--2850008	19	9.8	19	68	21	101	45	19	22	12	1.84
2849930--2850013	19	4.7	19	81	14	115	45	21	22	10	1.82
2849860--2849947	33	2.6	33	92	1	149	42	20	23	13	1.88
2849897--2850013	52	2.2	52	92	0	189	44	21	22	11	1.84
2850009--2850075	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2850594--2850647	20	2.7	19	88	5	72	22	18	22	37	1.95
2850612--2850665	20	2.7	20	88	2	72	20	20	18	40	1.91
2850662--2850717	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
2850737--2850809	21	3.5	21	92	1	112	21	23	16	38	1.93
2850736--2850824	41	2.1	42	79	2	99	25	21	17	34	1.96
2850799--2850851	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2853840--2853892	21	2.5	21	75	6	63	22	26	16	33	1.96
2853882--2853933	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2853925--2853998	20	3.7	20	72	13	62	33	25	17	22	1.96
2853919--2854056	41	3.4	41	76	7	156	36	23	15	24	1.94
2853964--2854030	20	3.3	20	87	0	98	28	29	13	28	1.94
2854223--2854266	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
2854510--2854567	20	2.9	20	86	0	71	15	17	22	44	1.86
2854705--2854759	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2855888--2855935	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2856470--2856535	20	3.3	20	80	2	71	39	24	21	15	1.91
2856509--2856591	19	4.6	19	82	14	122	46	19	19	14	1.83
2856603--2856661	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
2856598--2856677	33	2.4	33	97	0	151	11	18	22	47	1.80
2856650--2856736	20	4.4	20	86	1	104	17	18	25	39	1.92
2857084--2857144	21	3.0	20	73	7	68	22	42	13	21	1.87
2858582--2858620	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2858821--2858854	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2859407--2859462	24	2.3	24	90	0	85	26	14	19	39	1.90
2860900--2860979	42	1.9	42	84	0	106	23	17	37	21	1.94
2861201--2861385	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	22	1.82
2863099--2863192	33	2.8	33	91	1	152	40	23	24	11	1.88
2863071--2863197	20	7.1	19	66	20	67	44	20	22	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2863193--2863263	19	3.7	19	83	9	90	11	18	23	46	1.81
2863772--2863889	20	5.8	20	71	12	80	33	16	22	28	1.95
2863817--2863971	21	7.5	21	70	7	104	33	18	21	26	1.96
2863774--2863971	102	1.9	102	87	5	283	32	17	21	28	1.96
2865182--2865239	20	2.9	20	79	5	55	50	1	1	46	1.22
2865407--2865432	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2867273--2867315	8	5.2	8	78	15	52	34	0	0	65	0.93
2869651--2869700	26	2.0	25	92	4	82	34	10	4	52	1.54
2871764--2871973	76	2.8	77	86	2	273	24	32	22	20	1.98
2877786--2877825	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2880391--2880600	76	2.8	77	87	2	282	24	32	22	20	1.97
2882791--2882837	22	2.1	22	92	0	76	44	12	4	38	1.62
2890453--2890498	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
2890459--2890499	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
2892793--2892832	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2892827--2892924	33	3.0	33	92	2	155	32	7	15	44	1.73
2892910--2892964	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2893160--2893216	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
2893381--2893419	15	2.6	15	87	0	60	28	12	12	46	1.79
2898005--2898032	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2898025--2898160	28	4.6	29	76	12	134	38	6	1	52	1.36
2898023--2898160	59	2.3	59	78	2	161	39	6	1	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2898161--2898237	29	2.6	29	81	4	73	58	6	2	32	1.37
2898177--2898285	31	3.5	32	75	12	100	61	5	2	30	1.33
2904823--2904865	16	2.7	16	92	0	68	62	0	13	23	1.31
2913635--2913727	24	3.9	24	84	5	116	35	21	17	25	1.95
2916204--2916258	18	3.1	18	81	0	65	18	16	43	21	1.88
2918377--2918437	12	5.1	12	69	15	54	34	22	21	21	1.97
2918373--2918485	24	4.7	24	90	2	156	33	21	21	23	1.97
2920975--2921009	18	1.9	18	94	0	61	14	20	45	20	1.85
2922535--2922565	13	2.5	12	90	10	53	19	25	38	16	1.92
2930842--2930903	21	2.8	22	83	11	65	59	0	12	27	1.34
2934702--2934727	12	2.2	12	100	0	52	57	7	7	26	1.54
2936125--2936177	17	3.1	17	97	0	97	39	16	26	16	1.91
2938990--2939069	39	2.1	39	95	0	142	37	6	25	31	1.81
2939956--2940029	24	3.0	24	88	4	103	50	0	0	50	1.00
2941924--2942517	150	4.0	150	84	4	716	26	27	15	30	1.96
2943675--2943766	36	2.5	37	89	3	132	43	16	6	33	1.73
2951504--2951551	16	3.0	16	93	0	78	4	16	33	45	1.67
2951508--2951559	16	3.3	15	89	5	68	3	13	36	46	1.62
2951532--2951565	16	2.1	16	88	0	50	2	8	38	50	1.49
2951672--2951705	14	2.4	14	90	9	52	20	14	32	32	1.93
2957085--2957130	19	2.5	19	96	3	85	23	26	28	21	1.99
2964374--2964442	26	2.7	26	100	0	138	28	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964375--2964461	17	4.9	17	76	10	77	27	18	26	27	1.98
2964375--2964461	9	9.9	9	72	13	65	27	18	26	27	1.98
2964817--2964848	13	2.5	13	100	0	64	43	12	15	28	1.83
2966997--2967026	12	2.5	12	100	0	60	53	0	26	20	1.46
2967184--2967221	16	2.4	16	100	0	76	36	18	26	18	1.94
2974952--2975022	33	2.2	33	94	0	124	30	8	21	39	1.83
2975347--2975401	21	2.7	21	85	2	67	34	21	20	23	1.97
2978649--2978693	23	2.0	22	86	4	63	22	2	40	35	1.66
2979886--2979925	20	2.0	20	100	0	80	25	20	35	20	1.96
2981357--2981438	15	5.5	15	75	4	69	73	1	10	14	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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