genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12141--12190	18	2.7	19	81	6	75	36	0	62	2	1.07
12141--12187	6	7.7	6	85	4	67	36	0	61	2	1.08
16485--16516	15	2.0	17	88	11	50	28	25	12	34	1.92
16793--16844	21	2.5	21	96	0	95	32	21	3	42	1.71
18938--18989	19	2.7	19	88	5	70	38	0	1	59	1.08
26144--26189	23	2.0	23	83	4	58	45	13	0	41	1.43
26453--26508	3	19.0	3	96	3	105	66	0	0	33	0.92
33600--33643	18	2.4	18	92	0	70	45	9	34	11	1.72
35600--35642	20	2.3	18	80	11	52	25	0	18	55	1.42
35843--35892	20	2.5	20	83	6	66	32	12	26	30	1.92
37069--37130	8	7.6	8	76	20	58	70	0	0	29	0.87
37066--37127	3	20.3	3	81	15	58	70	0	0	29	0.87
37071--37127	11	5.2	11	78	16	64	70	0	0	29	0.88
37066--37130	25	2.6	26	81	13	75	70	0	0	29	0.87
37460--38486	84	12.4	84	75	6	765	26	18	23	31	1.97
37454--38487	165	6.2	164	77	6	784	26	19	23	31	1.98
37552--38488	249	3.8	248	88	1	1342	26	18	23	31	1.97
37473--38485	333	3.1	330	78	7	933	26	18	22	31	1.97
38733--38875	67	2.1	67	89	0	214	30	14	20	33	1.93
38798--39311	110	4.7	110	89	3	727	26	16	22	34	1.95
38798--39311	214	2.4	217	88	2	755	26	16	22	34	1.95
43439--43499	23	2.7	23	94	0	104	21	26	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43607--43644	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
43782--43819	12	2.8	13	88	11	51	55	0	7	36	1.29
48665--48725	23	2.7	23	97	0	113	19	26	27	26	1.99
48831--48860	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
48998--49035	12	2.8	13	88	11	51	55	0	7	36	1.29
50236--50326	39	2.5	35	84	15	105	26	39	23	10	1.87
50342--50372	5	6.2	5	100	0	62	22	58	19	0	1.40
51973--52043	8	8.6	8	71	22	58	70	0	1	28	0.96
51975--52040	3	21.7	3	82	11	57	69	0	1	28	0.97
51975--52040	11	5.4	12	73	19	57	69	0	1	28	0.97
55183--55259	36	2.1	37	85	4	102	46	1	5	46	1.33
59681--59719	2	18.5	2	89	5	51	46	7	0	46	1.31
62755--62808	27	2.0	27	92	0	90	40	0	14	44	1.46
71239--71280	21	2.0	21	95	0	75	30	23	21	23	1.99
71333--71381	19	2.6	19	90	0	71	40	14	4	40	1.64
72174--72237	24	2.7	24	85	2	85	21	23	26	28	1.99
74329--74385	20	2.8	20	100	0	114	24	21	15	38	1.92
77067--77118	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
80693--80750	30	1.9	30	85	3	80	44	12	5	37	1.64
80963--81024	29	2.2	29	94	2	108	40	6	12	40	1.69
87105--87147	23	1.9	21	81	13	50	37	13	18	30	1.90
88267--88301	16	2.2	16	89	0	52	2	14	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88290--88368	24	3.3	24	89	0	113	11	12	15	60	1.58
92193--92247	24	2.3	24	87	3	76	10	16	12	60	1.60
99564--99597	15	2.3	15	89	0	50	38	23	0	38	1.55
100192--100224	15	2.2	15	94	0	57	9	69	15	6	1.34
107984--108020	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
115972--115999	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
116296--116330	18	1.9	18	94	0	61	37	8	28	25	1.85
117117--117208	38	2.4	38	84	8	134	39	39	9	11	1.75
116992--117645	256	2.6	251	89	5	983	36	27	11	24	1.90
117371--117459	38	2.4	37	86	5	133	39	38	10	12	1.77
118510--118666	20	7.8	20	73	6	93	38	25	17	19	1.93
118510--118666	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	19	1.93
118653--118826	20	8.6	20	79	5	118	34	25	20	20	1.96
118633--118827	40	4.9	39	80	3	183	35	24	20	19	1.95
118633--118826	60	3.2	60	83	0	244	35	24	20	19	1.95
119209--119279	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
119359--119433	20	3.8	20	80	5	89	42	20	24	13	1.87
119371--119490	34	3.4	35	86	9	140	45	22	22	10	1.82
119417--119474	14	3.7	14	72	24	53	44	22	24	8	1.80
119400--119490	34	2.7	34	93	1	148	43	25	21	8	1.81
119486--119535	18	2.7	19	90	3	75	12	20	22	46	1.83
119648--119749	19	5.5	19	74	14	88	10	22	19	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121377--121751	93	4.1	93	98	1	718	21	12	18	46	1.83
121799--121927	19	7.3	19	74	17	98	46	25	17	10	1.79
121855--121911	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
121836--121927	33	2.8	33	91	0	148	46	23	19	9	1.80
121923--122057	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
121945--122001	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
121928--122020	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
126413--126459	18	2.8	17	83	6	60	36	10	27	25	1.89
127009--127094	38	2.3	38	88	6	122	37	37	12	12	1.82
127228--127320	38	2.5	38	84	8	136	39	38	9	11	1.75
127110--127748	248	2.6	248	88	7	920	36	27	11	24	1.90
129248--129360	59	1.9	60	85	1	156	29	12	18	39	1.87
133983--134098	9	12.6	9	72	18	53	73	1	8	16	1.16
133984--134027	18	2.5	17	82	7	61	77	0	9	13	0.99
134030--134066	17	2.2	17	90	0	56	72	2	0	24	0.97
134034--134098	21	3.0	22	83	14	82	73	1	6	18	1.11
133984--134203	102	2.1	110	80	11	264	73	1	7	17	1.16
134037--134203	27	6.0	28	70	23	88	73	1	7	17	1.15
134132--134359	6	36.5	6	66	17	63	71	3	7	17	1.22
134095--134170	24	3.2	24	72	17	59	72	2	6	18	1.18
134135--134174	19	2.2	18	86	4	53	77	2	0	20	0.88
133993--134247	48	5.2	48	71	17	127	72	2	7	17	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134374--134444	2	36.5	2	79	10	67	56	2	1	39	1.23
136275--137234	84	11.5	84	84	1	1072	24	18	22	34	1.96
136275--137234	251	3.8	252	85	2	1130	24	18	22	34	1.96
138367--138617	98	2.5	98	85	2	324	32	17	15	33	1.92
139854--140063	104	2.0	104	100	0	420	20	26	18	35	1.95
141206--141331	60	2.1	60	100	0	252	42	7	12	36	1.72
141439--141474	18	2.1	17	89	5	54	77	5	5	11	1.10
141512--141593	30	2.8	28	76	20	78	73	1	10	14	1.16
141514--141551	11	3.5	11	79	13	51	78	0	13	7	0.94
141447--141634	98	1.9	100	80	14	219	72	3	8	15	1.23
141546--141621	24	3.1	24	70	18	59	69	3	7	18	1.29
141754--141841	14	6.1	14	71	19	74	72	0	2	25	0.96
141757--141841	7	13.2	6	78	9	55	72	0	2	24	0.96
141756--141840	15	5.9	14	77	18	77	72	0	2	24	0.96
141709--141840	66	2.0	66	80	5	151	69	1	3	25	1.13
141876--141914	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
141942--142018	31	2.5	31	77	8	77	71	2	3	22	1.15
142632--142691	23	2.7	23	89	2	86	16	6	15	61	1.53
142650--142690	11	3.6	11	87	6	64	19	2	14	63	1.41
142651--142702	23	2.3	23	86	3	70	19	9	13	57	1.63
148141--148183	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
148226--148282	20	2.8	20	82	10	64	15	5	3	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149069--149116	19	2.6	19	87	9	57	27	22	18	31	1.97
149040--149259	64	3.4	64	78	10	200	34	19	16	29	1.94
149917--149980	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
153130--153351	64	3.5	64	76	14	217	33	19	18	28	1.95
154007--154070	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
154810--154838	15	1.9	15	100	0	58	13	0	3	82	0.79
154821--154965	65	2.2	65	82	11	174	22	6	2	68	1.24
154869--154977	32	3.4	31	66	16	80	26	6	0	66	1.22
156579--156622	21	2.1	21	82	0	52	52	0	2	45	1.13
160976--161032	17	3.4	17	92	4	80	19	24	7	49	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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