genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725839--2725904	8	7.8	8	73	18	53	77	7	13	1	1.05
2725840--2725881	13	3.2	13	83	6	57	78	7	11	2	1.04
2725840--2725893	27	2.0	27	81	3	63	79	7	11	1	1.00
2725838--2725904	14	4.5	15	75	14	59	76	8	13	1	1.09
2727480--2728193	106	7.0	105	89	5	966	34	25	18	21	1.96
2727650--2728193	94	5.5	98	89	6	730	34	25	18	22	1.96
2727870--2728119	43	5.4	43	67	19	155	35	26	17	21	1.95
2732407--2732491	18	4.8	18	84	4	93	31	9	11	47	1.72
2732404--2732487	17	4.8	17	80	4	78	30	9	11	47	1.72
2732639--2732980	170	2.0	170	94	1	596	26	18	20	34	1.96
2739450--2739554	18	6.0	18	69	17	60	33	14	10	41	1.80
2739868--2739900	15	2.1	16	88	11	50	69	6	12	12	1.35
2751420--2751499	21	3.8	21	94	0	124	35	31	11	22	1.89
2753975--2754001	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2757717--2757772	23	2.5	23	85	8	71	44	8	12	33	1.73
2758325--2758374	18	2.8	18	96	0	91	24	30	16	30	1.96
2767670--2767736	30	2.2	31	81	7	84	53	4	1	40	1.30
2767695--2767787	15	6.4	15	79	7	102	55	1	2	40	1.19
2767670--2767777	45	2.5	43	86	4	137	53	3	2	39	1.33
2767688--2767750	30	2.1	30	90	0	99	53	0	3	42	1.16
2767870--2767912	16	2.7	16	77	0	50	53	0	0	46	1.00
2767933--2767984	19	2.7	19	74	14	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767947--2767994	15	2.8	17	81	12	55	39	0	0	60	0.97
2768071--2768173	22	4.9	20	75	11	57	49	0	0	48	1.14
2768118--2768181	27	2.3	28	76	17	71	59	0	0	40	0.97
2768114--2768185	23	3.0	22	71	24	58	56	0	0	43	0.99
2768118--2768275	27	6.0	25	66	23	69	53	0	0	44	1.09
2768115--2768253	50	2.7	50	80	15	158	53	0	0	44	1.10
2768115--2768276	50	3.1	51	77	18	138	53	0	0	45	1.09
2768465--2768576	42	2.7	42	92	0	188	47	16	16	18	1.83
2780376--2780404	14	2.1	14	93	6	51	24	13	0	62	1.32
2780840--2780891	18	2.9	18	88	0	86	30	32	19	17	1.95
2781340--2781380	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
2783336--2783370	6	5.7	6	89	3	52	14	5	0	80	0.89
2789451--2790190	368	2.0	370	98	1	1441	25	17	17	39	1.91
2794486--2794545	31	1.9	31	86	0	84	26	15	28	30	1.96
2798052--2798095	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2799640--2799770	36	3.6	36	100	0	262	41	0	11	46	1.40
2801126--2801408	139	2.0	139	97	0	530	39	6	25	29	1.79
2801417--2801601	22	8.4	22	89	1	262	17	24	28	29	1.97
2801417--2801601	89	2.1	88	89	1	280	17	24	28	29	1.97
2808420--2808577	22	7.4	22	85	3	198	16	22	29	31	1.96
2810122--2810162	14	2.8	15	82	14	50	48	2	4	43	1.37
2810193--2810349	24	6.4	24	73	17	126	43	10	2	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810189--2810277	35	2.5	35	82	14	101	40	5	3	50	1.42
2810193--2810277	11	6.9	13	73	16	83	41	5	3	49	1.44
2810227--2810391	76	2.2	75	84	7	203	43	10	3	43	1.54
2810316--2810347	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
2810285--2810364	27	3.0	25	76	13	72	46	13	1	38	1.52
2810279--2811019	371	2.0	373	88	3	1098	41	9	8	40	1.67
2811003--2811038	11	3.4	11	88	3	56	44	11	8	36	1.70
2810306--2811990	693	2.4	697	89	5	2507	41	9	8	40	1.68
2810984--2811767	372	2.1	375	90	1	1227	42	9	8	40	1.67
2812078--2812174	21	4.5	21	71	16	72	52	9	0	38	1.34
2812052--2812177	66	1.9	66	91	1	209	50	10	1	38	1.46
2815056--2815142	36	2.5	36	86	3	115	35	14	14	34	1.88
2819065--2819109	22	2.0	23	91	4	74	46	6	4	42	1.50
2820225--2820312	34	2.6	33	81	13	92	37	14	11	36	1.83
2824886--2825141	128	2.0	128	98	0	494	30	25	15	28	1.96
2828265--2828418	82	1.9	82	81	4	186	29	14	14	41	1.86
2830101--2830126	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2830489--2830577	29	3.0	29	63	18	74	35	10	17	35	1.84
2830726--2830811	42	2.0	42	95	0	154	25	18	17	38	1.92
2831331--2831361	13	2.5	13	94	5	55	58	0	35	6	1.24
2832223--2832275	24	2.2	23	83	12	63	13	18	0	67	1.22
2834087--2834127	19	2.2	19	86	8	57	34	4	17	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834141--2834181	20	2.1	19	86	9	55	36	2	34	26	1.70
2835008--2835857	453	1.9	453	91	0	1396	24	26	22	26	2.00
2835869--2835925	15	3.8	15	81	6	71	29	5	21	43	1.74
2836088--2836152	24	2.8	24	81	6	71	24	18	21	35	1.96
2837717--2837746	12	2.5	12	100	0	60	40	16	26	16	1.90
2841946--2841970	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
2842235--2842264	9	3.2	9	90	9	51	0	20	0	80	0.72
2842998--2843039	20	2.2	20	86	4	59	23	7	0	69	1.13
2843227--2843272	23	2.0	23	82	0	56	36	8	4	50	1.53
2845403--2845473	35	2.0	35	100	0	142	43	2	25	28	1.68
2867104--2867140	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2868396--2868515	43	2.8	43	94	0	213	30	30	18	20	1.96
2868805--2869048	80	3.0	79	87	3	308	31	23	19	24	1.98
2869063--2869297	83	2.8	83	89	3	341	31	22	20	24	1.98
2869063--2869345	83	3.4	83	84	5	340	34	22	19	23	1.96
2869494--2869554	26	2.3	26	94	5	106	44	18	19	18	1.87
2871045--2871072	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2876165--2876223	24	2.5	24	86	2	75	10	22	15	52	1.72
2877052--2877104	19	2.7	19	82	2	61	35	32	11	20	1.88
2877089--2877143	20	2.8	20	88	0	74	30	27	10	30	1.91
2877215--2877264	26	1.9	26	83	0	64	32	18	14	36	1.90
2877359--2877408	22	2.3	22	89	3	75	16	44	22	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877751--2877789	20	2.0	20	100	0	78	51	20	12	15	1.76
2879407--2879446	18	2.2	18	95	0	71	27	27	22	22	1.99
2879596--2879645	21	2.4	21	96	0	91	18	14	34	34	1.90
2879596--2879771	21	8.4	21	68	10	83	20	13	33	32	1.91
2880051--2880159	21	5.2	21	80	4	103	20	36	15	27	1.93
2889786--2889824	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
2892349--2892384	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2894368--2894396	9	3.2	9	100	0	58	0	20	0	79	0.74
2895547--2895714	20	8.5	20	71	10	89	36	12	22	28	1.90
2895547--2895741	40	4.9	39	78	12	150	37	12	22	28	1.90
2895565--2895735	80	2.1	80	83	4	211	35	12	22	29	1.91
2895578--2895743	20	8.2	20	72	12	90	36	13	22	28	1.92
2895586--2895753	40	4.2	40	81	6	171	36	13	23	27	1.92
2895675--2895755	20	4.0	20	76	7	83	35	13	23	27	1.92
2895593--2895753	80	2.0	80	81	3	191	37	13	22	27	1.91
2895802--2895910	20	5.4	20	74	8	78	31	11	27	30	1.91
2895802--2895913	40	2.8	41	79	1	136	30	10	26	32	1.90
2901653--2901711	21	2.8	20	82	5	73	6	28	40	23	1.80
2902477--2902559	40	2.1	40	95	0	148	31	8	20	39	1.82
2902729--2902762	11	3.1	11	100	0	68	17	26	0	55	1.42
2916391--2916461	35	2.0	35	86	0	97	36	5	23	33	1.79
2916492--2916516	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2916670--2917141	181	2.6	182	90	0	723	41	13	17	27	1.87
2918899--2918953	20	2.5	22	81	18	62	50	0	3	45	1.19
2919239--2919271	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
2919354--2919418	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2919452--2919517	33	2.0	33	90	0	105	28	0	46	24	1.52
2921312--2921360	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2921590--2922574	200	4.9	200	96	0	1769	36	14	18	31	1.91
2921590--2922574	399	2.5	400	94	1	1769	36	14	18	31	1.91
2924053--2924089	18	2.1	18	89	0	56	40	10	29	18	1.85
2924062--2924107	12	3.8	12	85	0	56	39	6	32	21	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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