genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844605--844653	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
844657--844699	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
844659--844707	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
844713--844787	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
844764--844820	18	3.4	18	69	18	59	54	12	0	33	1.38
844756--844897	65	2.2	62	87	6	196	50	7	0	42	1.35
844756--844897	33	4.5	33	81	8	170	50	7	0	42	1.35
844857--844912	15	3.8	15	90	2	87	51	0	1	46	1.11
850615--850712	18	5.9	18	73	22	97	25	31	21	21	1.98
850631--850719	46	1.9	46	95	0	160	28	29	21	21	1.98
851128--851154	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
851164--851213	25	2.0	25	92	0	82	24	20	12	44	1.85
853022--853078	28	2.0	28	86	0	78	33	15	17	33	1.92
857230--857256	14	1.9	14	100	0	54	14	11	14	59	1.62
858320--858358	10	3.7	10	80	12	51	7	12	23	56	1.62
858363--858398	18	2.0	18	100	0	72	55	11	16	16	1.68
861388--861516	62	2.1	63	86	1	179	51	20	6	20	1.70
862116--862151	17	2.2	17	90	5	56	55	0	2	41	1.14
867732--867793	19	3.7	18	68	28	55	30	11	9	48	1.71
871303--871342	20	2.0	20	85	0	53	55	20	15	10	1.68
871339--871392	23	2.3	23	90	0	81	62	18	5	12	1.48
871369--871432	32	2.0	32	81	6	76	62	21	3	12	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872968--873057	20	4.5	20	95	0	153	15	26	26	31	1.96
873116--873207	24	3.7	24	81	14	114	46	1	0	52	1.07
873112--873180	14	5.3	14	68	18	51	42	0	0	57	0.98
873137--873232	28	3.5	28	78	15	119	42	1	1	55	1.13
873116--873232	53	2.2	53	92	4	193	44	0	0	53	1.12
873227--873272	19	2.6	17	81	15	58	41	2	0	56	1.11
875992--876628	315	2.0	315	88	0	961	21	21	16	40	1.91
884522--884558	18	2.1	18	100	0	74	43	10	24	21	1.84
884522--884566	18	2.5	18	92	0	63	42	11	24	22	1.86
885515--885566	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
885622--885812	20	9.6	20	79	7	201	35	25	19	19	1.96
885622--885812	60	3.2	60	80	3	233	35	25	19	19	1.96
885663--885808	78	1.9	79	86	4	215	32	25	19	21	1.97
885657--885812	58	2.6	59	81	7	165	33	25	19	21	1.97
885996--886037	23	1.9	21	85	9	57	45	7	2	45	1.44
886989--887066	22	3.8	21	69	14	56	30	1	6	61	1.29
889797--889854	23	2.5	23	85	2	71	36	22	18	22	1.95
889840--889918	21	3.8	21	81	3	97	36	26	15	21	1.93
916505--917139	316	2.0	319	92	2	1069	37	10	13	38	1.79
920804--920839	5	7.0	5	90	3	54	77	2	2	16	1.00
921398--921484	36	2.6	32	75	15	86	58	4	11	25	1.52
921398--921496	32	2.9	32	72	20	94	56	4	13	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922627--923130	208	2.5	201	85	5	646	23	15	27	33	1.94
922624--923479	403	2.1	399	80	8	953	24	15	26	33	1.95
923120--923479	198	1.8	198	85	3	510	25	15	25	33	1.95
924248--924432	83	2.2	83	82	3	210	29	16	20	33	1.95
924283--924475	83	2.3	83	83	5	237	26	18	21	33	1.96
926419--926484	2	33.0	2	96	0	123	50	1	0	48	1.10
928346--928469	63	2.0	63	91	0	203	38	16	20	23	1.93
930577--930619	19	2.3	19	84	8	52	34	0	0	65	0.93
931863--931921	25	2.4	25	72	16	59	44	0	0	55	0.99
937769--937833	9	6.9	9	75	7	58	1	32	0	66	1.01
937764--937821	27	2.1	28	90	3	91	1	32	0	65	1.03
937770--937829	27	2.2	27	85	5	77	1	33	0	65	1.03
943567--943691	64	2.0	64	95	0	223	44	11	11	33	1.76
943658--943705	23	2.1	23	88	0	69	41	10	10	37	1.74
945686--945729	20	2.2	20	100	0	88	20	18	13	47	1.82
945692--945738	20	2.3	20	92	0	76	23	14	8	53	1.69
946064--946117	27	2.0	27	85	0	72	42	11	3	42	1.58
946659--946888	20	11.5	20	86	1	246	37	25	17	19	1.94
947571--947617	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
947792--947816	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
950135--950304	53	3.2	53	97	0	324	13	23	17	45	1.84
950154--950304	19	8.4	19	81	16	196	13	22	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
950135--950286	33	4.4	34	74	19	145	13	23	17	45	1.84
950363--950524	33	4.7	33	75	16	159	45	17	22	14	1.85
950363--950530	19	9.6	19	76	18	177	44	17	22	15	1.87
950363--950530	52	3.2	52	95	0	300	44	17	22	15	1.87
950537--950636	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
950520--950636	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
950743--950779	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
952704--952824	19	6.6	19	81	10	135	45	23	19	11	1.83
952820--952948	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
952820--952911	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
952992--953465	93	5.1	93	98	0	912	45	18	12	22	1.83
954671--954900	20	11.5	20	86	1	237	19	17	24	37	1.93
956016--956064	23	2.1	23	100	0	98	46	4	18	30	1.67
961624--962106	131	3.7	131	91	1	788	32	13	13	40	1.84
962144--962196	20	2.7	20	96	0	97	49	15	5	30	1.67
963438--963952	196	2.6	195	85	3	691	30	16	12	40	1.85
963917--963997	20	4.1	20	80	6	101	24	17	16	41	1.89
963722--964362	237	2.7	236	87	1	944	30	14	13	40	1.85
964157--964229	20	3.7	20	69	10	60	31	13	10	43	1.79
964152--964230	40	2.0	41	85	7	108	30	15	12	41	1.84
965416--965487	36	2.0	36	89	5	110	19	31	29	19	1.96
965896--966000	46	2.3	46	93	1	176	43	6	17	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966162--966244	38	2.2	38	91	0	130	25	24	27	22	2.00
971498--971529	14	2.3	14	94	0	55	53	25	15	6	1.65
971478--971528	24	2.1	24	85	7	68	56	19	11	11	1.65
973039--973080	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
976855--976901	24	2.0	24	91	0	76	27	29	17	25	1.97
978756--978813	20	2.6	22	86	10	75	32	20	20	25	1.97
985522--985625	32	3.2	31	85	9	129	23	1	17	57	1.49
985576--985628	17	3.1	17	72	20	56	26	0	15	58	1.37
985687--985822	73	1.9	73	89	3	211	20	8	19	51	1.72
986981--987005	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
989325--989349	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
998444--998498	28	2.0	28	92	0	92	49	27	1	21	1.60
999101--999145	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
999102--999152	23	2.2	23	85	0	66	47	0	1	50	1.12
999101--999174	35	2.1	34	83	11	89	47	0	1	51	1.09
1001269--1001641	187	2.0	188	93	0	631	27	23	16	32	1.96
1002831--1002885	27	2.0	27	100	0	110	56	7	14	21	1.63
1003451--1003482	16	2.0	16	93	0	55	59	18	9	12	1.59
1006837--1006893	29	2.0	29	100	0	114	14	35	31	19	1.91
1006902--1006943	21	2.0	21	100	0	84	47	14	23	14	1.80
1006973--1007028	29	1.9	29	92	0	94	14	37	28	19	1.91
1007036--1007100	33	2.0	33	90	6	105	9	41	21	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007044--1007170	10	11.3	10	68	18	56	9	35	30	24	1.87
1007044--1007116	33	2.2	33	87	4	103	9	38	26	26	1.87
1007098--1007164	14	4.4	14	77	20	71	7	29	38	23	1.82
1007080--1007168	34	2.5	35	90	5	135	10	30	35	23	1.88
1014037--1014112	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
1015853--1015929	19	3.8	19	72	12	64	41	5	3	49	1.43
1015849--1015930	42	2.0	42	95	0	146	42	4	4	47	1.46
1015871--1015938	19	3.2	21	66	17	52	39	2	4	52	1.36
1019657--1019723	22	3.0	22	69	16	66	40	1	8	49	1.43
1021891--1021972	20	4.1	20	87	6	121	18	37	29	14	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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