genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676748--676807	26	2.3	26	97	0	111	33	31	13	21	1.92
676796--676894	48	2.1	48	100	0	198	27	36	18	18	1.94
680994--681047	17	3.3	16	79	10	56	22	33	27	16	1.95
684303--684337	17	2.1	17	100	0	70	40	22	11	25	1.88
685255--685325	16	4.4	16	71	5	54	70	2	12	14	1.28
685435--685491	27	2.1	28	83	3	71	73	1	7	17	1.14
685451--685573	36	3.5	36	70	26	93	70	1	8	19	1.20
685438--685502	28	2.4	26	78	12	69	73	1	6	18	1.11
687331--687538	114	1.9	110	86	6	301	24	18	23	34	1.96
688629--688686	14	4.4	13	76	8	55	1	12	3	82	0.86
688635--688686	8	6.5	8	80	14	63	0	13	3	82	0.80
688630--688687	9	6.6	9	78	13	50	1	12	3	82	0.86
688635--688686	17	3.2	16	82	12	63	0	13	3	82	0.80
689171--689212	15	2.8	15	100	0	84	19	33	14	33	1.91
705340--705434	30	3.2	29	88	5	136	35	3	31	29	1.73
707663--707743	37	2.3	34	80	17	87	66	3	8	20	1.34
707720--707826	18	5.7	18	75	11	65	72	0	2	23	1.03
707725--707749	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
707789--707846	3	19.3	3	92	0	98	67	3	0	29	1.07
710358--710414	14	4.3	14	82	8	57	43	0	1	54	1.10
710373--710414	17	2.3	19	88	8	61	47	0	0	52	1.00
713522--713559	20	1.9	20	88	0	58	34	18	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715727--715757	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
717375--717425	11	4.4	12	80	14	63	47	0	0	52	1.00
717376--717428	21	2.6	20	83	13	72	47	0	0	52	1.00
717541--717579	19	2.1	19	100	0	78	64	5	0	30	1.15
720645--720682	20	1.9	20	88	0	58	44	0	2	52	1.14
726510--726534	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
732358--732400	21	2.0	21	100	0	86	48	9	9	32	1.67
737829--737881	24	2.2	24	86	6	72	37	0	5	56	1.23
737910--737934	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
743677--743800	62	2.0	62	96	0	230	38	24	12	25	1.89
746849--746972	54	2.3	54	82	0	149	29	20	17	32	1.96
746963--747042	20	3.9	21	72	19	71	28	27	13	30	1.94
748072--748145	21	3.3	22	81	12	80	48	1	0	50	1.09
748072--748162	21	4.3	21	76	19	75	48	1	0	50	1.08
748125--748161	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
748128--748163	17	2.1	17	100	0	72	47	0	0	52	1.00
754668--754736	18	3.8	17	81	11	84	27	33	17	21	1.96
754668--754736	36	1.9	36	90	0	111	27	33	17	21	1.96
755013--755043	2	15.5	2	93	0	53	0	3	51	45	1.17
761943--762098	79	2.0	79	100	0	312	19	14	33	33	1.91
765917--766005	28	3.1	29	78	12	85	55	17	1	25	1.50
765936--766005	28	2.5	27	83	6	86	54	20	0	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768410--768458	20	2.4	21	86	6	66	73	2	4	20	1.10
768509--768589	37	2.2	37	85	10	112	51	6	4	37	1.48
768691--768900	35	6.1	35	74	14	197	41	10	3	43	1.57
768782--768879	28	3.2	28	69	18	79	43	10	3	42	1.54
768695--768879	64	2.8	64	88	6	255	42	10	3	43	1.57
769917--769954	19	2.1	18	90	5	58	47	0	10	42	1.38
771475--771499	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
781763--781793	4	7.8	4	92	0	53	25	0	48	25	1.52
785600--785652	21	2.5	21	75	6	63	22	26	16	33	1.96
785627--785858	41	5.7	41	70	7	114	33	18	19	28	1.96
785642--785690	21	2.4	20	86	3	62	38	16	22	22	1.92
785703--785769	21	3.2	21	76	4	64	22	20	16	40	1.91
785765--785876	20	5.6	20	85	6	129	38	20	19	21	1.94
786431--786471	19	2.2	19	90	0	64	48	26	17	7	1.73
786467--786593	20	7.1	19	68	20	85	12	23	18	44	1.84
786489--786541	14	3.4	14	72	22	52	7	24	22	45	1.78
786472--786568	33	2.9	33	90	1	149	11	23	20	44	1.84
788685--788773	42	2.1	42	81	4	108	21	35	16	25	1.94
790154--790189	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
790292--790358	19	3.8	19	75	18	72	43	20	23	11	1.85
790363--790461	19	5.7	19	66	22	74	13	22	21	43	1.86
790367--790474	33	3.3	33	85	5	155	12	23	21	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790360--790493	66	2.0	67	88	1	198	15	22	21	40	1.91
792972--793018	24	2.0	24	91	0	76	36	21	19	23	1.95
793882--793931	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94
794145--794232	20	4.4	20	77	5	97	40	23	19	15	1.90
794304--794346	20	2.2	20	91	0	68	11	13	25	48	1.77
797805--797878	37	2.0	37	86	5	105	44	20	5	29	1.73
801656--801687	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
803538--803581	22	2.0	23	90	4	72	29	6	15	47	1.72
803567--803708	14	10.9	14	78	14	160	45	2	7	44	1.44
803567--803721	40	4.0	40	82	11	189	45	2	7	44	1.44
803586--803721	25	5.3	26	82	7	163	47	2	6	44	1.41
803842--804119	14	22.3	12	72	15	165	43	3	9	43	1.53
803874--804514	26	24.9	25	70	17	252	44	3	8	43	1.52
803877--804501	49	12.7	48	67	20	210	44	3	9	43	1.52
803828--804119	75	3.9	74	77	14	287	42	3	9	44	1.54
804240--804514	14	21.3	12	78	14	216	45	2	8	43	1.47
803575--804583	398	2.5	390	88	7	1450	44	4	9	42	1.56
804603--804730	38	3.5	37	71	15	104	41	3	8	46	1.53
804603--804663	14	4.7	14	75	17	51	40	1	6	50	1.38
804585--804705	59	2.1	56	86	4	161	39	3	8	48	1.49
804617--804661	24	1.9	24	86	4	65	40	0	6	53	1.27
804628--804669	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805657--805705	23	2.3	20	86	10	62	61	0	4	34	1.15
806993--807079	30	3.2	29	72	25	98	42	12	0	44	1.42
807001--807049	22	2.2	22	96	0	89	38	12	0	48	1.41
807023--807087	30	2.2	30	91	0	103	47	12	0	40	1.41
806993--807094	52	2.0	52	82	3	125	45	12	0	42	1.42
807265--807304	21	1.9	21	94	0	71	60	12	0	27	1.33
807401--807473	38	2.0	38	84	15	100	47	9	0	42	1.36
807498--807562	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
807644--807681	9	4.2	9	83	10	51	65	2	0	31	1.06
807702--807765	26	2.5	25	73	12	58	4	34	3	57	1.35
807873--807906	11	3.0	11	83	8	50	38	17	20	23	1.93
808053--808103	23	2.2	23	96	0	93	23	47	15	13	1.82
808480--808541	32	1.9	32	93	0	106	24	20	41	12	1.87
812087--812123	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
812996--813036	12	3.5	12	77	16	50	63	0	2	34	1.08
812994--813036	22	1.9	23	90	4	70	60	0	2	37	1.10
812993--813037	11	4.0	11	83	13	56	60	0	2	37	1.09
818754--819282	156	3.5	155	87	2	721	39	13	27	19	1.90
818754--819284	153	3.5	152	88	2	708	39	14	27	19	1.90
826040--826072	16	2.0	17	94	5	59	36	21	6	36	1.78
826687--826724	18	2.1	19	85	5	51	50	21	7	21	1.74
829080--829115	17	2.1	17	100	0	72	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829080--829139	28	2.1	28	84	6	77	33	1	1	63	1.14
844198--844256	31	1.9	31	89	0	91	42	6	10	40	1.65
844281--844323	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
844271--844849	54	10.7	54	74	12	454	51	12	0	34	1.43
844283--844331	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
844303--844844	32	19.7	30	67	27	236	52	13	0	34	1.43
844271--844844	80	7.0	83	83	12	517	52	12	0	34	1.43
844337--844411	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
844496--844640	76	1.9	76	98	0	281	52	10	0	37	1.36
844527--844591	22	3.0	22	90	0	112	50	10	0	38	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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