genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388456--2388485	13	2.3	13	94	0	51	46	10	3	40	1.54
2388496--2388594	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2388589--2388628	21	1.9	21	89	0	62	50	7	12	30	1.68
2391120--2391192	29	2.5	29	100	0	146	19	36	30	13	1.90
2392649--2392698	26	1.9	26	83	0	64	38	0	2	60	1.09
2392968--2393016	5	9.8	5	84	8	64	4	38	36	20	1.72
2392973--2393013	15	2.7	15	96	0	73	4	39	39	17	1.71
2393313--2393367	22	2.5	22	78	0	65	30	9	21	38	1.85
2398921--2398950	5	6.0	5	92	0	51	3	40	40	16	1.65
2398948--2398996	6	8.2	6	95	0	80	4	16	48	30	1.64
2399271--2399325	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2399959--2400031	6	12.2	6	85	0	92	6	16	45	31	1.74
2400306--2400360	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2400602--2400634	17	1.9	17	100	0	66	42	30	12	15	1.83
2405943--2406015	6	12.2	6	94	0	119	4	16	47	31	1.65
2406290--2406344	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2414401--2414446	20	2.3	20	96	0	83	43	6	19	30	1.76
2416369--2416404	18	2.0	18	89	10	56	11	13	2	72	1.23
2418518--2418563	21	2.2	21	88	0	65	63	8	19	8	1.49
2422196--2422259	29	2.1	31	91	5	105	35	17	17	29	1.92
2435400--2435436	13	2.8	13	95	0	65	21	10	29	37	1.88
2438731--2438779	20	2.6	19	83	6	64	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439150--2439249	29	3.4	29	84	1	128	39	10	2	49	1.48
2439228--2439265	18	2.2	18	85	4	51	42	2	0	55	1.14
2439243--2439344	29	3.6	27	80	10	114	36	0	0	61	1.09
2439379--2439480	43	2.4	41	81	12	143	51	0	3	44	1.19
2440082--2440129	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2440857--2440893	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2441097--2441161	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
2441513--2441566	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
2441528--2441590	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2441939--2441992	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
2441954--2442016	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2442162--2442228	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
2441099--2442542	427	3.4	428	98	0	2808	38	13	8	40	1.74
2442366--2442419	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
2442381--2442443	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2444997--2446036	184	5.7	184	99	0	2017	34	15	15	35	1.89
2447403--2447489	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
2447403--2447504	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
2447411--2447501	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
2448966--2450582	198	8.1	199	97	0	3028	32	15	14	37	1.88
2450664--2450708	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
2452504--2452569	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454677--2454729	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2454874--2454920	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
2457745--2457833	46	1.9	46	93	2	151	37	8	5	48	1.58
2459772--2459823	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2459812--2459905	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
2460462--2460503	19	2.2	19	86	0	57	50	28	16	4	1.66
2460499--2460662	19	9.1	19	74	14	150	10	21	20	47	1.80
2460504--2460638	33	3.9	33	82	9	171	10	20	21	47	1.80
2460499--2460662	33	4.6	35	77	11	147	10	21	20	47	1.80
2460498--2460662	71	2.3	72	87	3	244	11	21	20	47	1.81
2462115--2462245	63	2.1	63	98	0	253	19	18	38	23	1.93
2462815--2462978	42	3.9	42	75	3	134	23	34	17	23	1.96
2462815--2462978	84	2.0	84	87	4	242	23	34	17	23	1.96
2464335--2464371	14	2.6	14	86	0	56	32	0	21	45	1.52
2464478--2464544	19	3.8	19	73	18	72	44	19	22	13	1.85
2464553--2464679	33	3.9	32	85	8	184	15	22	18	42	1.89
2464553--2464678	66	1.9	66	96	0	234	15	23	19	42	1.89
2466971--2466995	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2467170--2467223	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2467968--2468018	20	2.5	20	100	0	102	29	19	31	19	1.97
2468319--2468364	19	2.4	19	100	0	92	15	19	17	47	1.82
2468291--2468329	14	2.8	14	100	0	78	7	20	20	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468370--2468408	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
2468491--2468527	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2470388--2470443	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
2470432--2470489	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2470416--2470494	32	2.4	33	95	2	142	46	22	18	11	1.81
2470501--2470564	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
2470549--2470603	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2472450--2472491	20	2.1	20	86	0	57	50	21	16	11	1.77
2472459--2472527	20	3.5	20	91	0	102	36	26	17	20	1.94
2472781--2472830	22	2.4	20	81	12	64	26	12	40	22	1.88
2472999--2473073	21	3.6	21	73	10	73	21	17	22	38	1.93
2478746--2478797	20	2.6	20	84	6	61	30	26	13	28	1.94
2481610--2481642	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2481708--2481766	16	3.7	16	100	0	118	57	23	11	6	1.58
2481718--2481772	10	6.3	10	69	30	54	56	23	12	7	1.61
2482496--2482570	24	3.1	24	88	0	96	56	20	10	13	1.66
2482539--2482571	14	2.4	14	94	0	57	54	27	12	6	1.60
2486611--2486690	3	26.7	3	89	0	124	61	1	1	36	1.12
2486819--2486912	27	3.5	27	95	0	170	39	17	15	27	1.90
2486796--2486912	54	2.3	51	82	11	148	39	17	16	26	1.91
2491567--2493126	224	7.0	224	86	2	1923	35	12	18	33	1.88
2491570--2493126	447	3.5	445	85	3	1969	36	12	18	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501133--2501188	22	2.6	22	97	2	105	42	5	21	30	1.75
2501776--2501853	21	3.9	21	81	6	90	26	19	29	24	1.98
2501758--2501852	21	4.9	19	80	7	77	24	20	31	24	1.98
2502097--2502158	18	3.4	18	75	0	70	41	6	22	29	1.78
2502103--2502179	36	2.1	36	85	4	102	38	3	24	32	1.74
2507380--2507441	18	3.4	18	75	0	70	40	6	22	30	1.79
2507382--2507462	36	2.2	36	86	4	110	37	3	24	34	1.73
2508163--2508282	30	3.9	30	80	8	125	34	20	18	27	1.95
2514131--2514173	22	1.9	22	85	4	59	30	13	2	53	1.53
2516710--2516846	42	3.3	41	81	6	150	35	18	18	26	1.95
2518544--2518739	95	2.1	94	86	3	277	33	18	17	31	1.94
2519906--2520523	84	7.4	84	81	4	633	32	24	19	24	1.97
2519906--2520519	249	2.5	247	83	3	755	32	24	19	24	1.98
2521054--2521096	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2521123--2521351	36	6.2	35	81	10	242	46	4	6	42	1.49
2521123--2521322	73	2.7	74	85	9	255	45	5	6	43	1.50
2521324--2521417	32	2.9	32	85	7	120	50	3	7	39	1.47
2521476--2521515	7	5.9	7	94	5	73	15	0	0	85	0.61
2521476--2521520	13	3.5	13	93	6	74	15	0	0	84	0.62
2521520--2521548	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2522594--2522644	18	2.8	19	77	19	63	13	3	3	78	1.03
2522766--2522815	19	2.7	17	80	17	55	36	0	2	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522760--2522865	44	2.4	45	80	11	116	30	4	0	64	1.20
2522863--2522900	16	2.3	16	86	13	51	7	10	5	76	1.15
2522917--2523052	75	1.9	74	82	13	176	15	10	2	72	1.22
2525466--2525641	40	4.5	39	85	2	246	29	27	19	23	1.98
2525482--2525636	79	2.0	79	89	2	240	30	27	19	22	1.98
2530164--2530230	20	3.4	20	76	13	68	28	16	13	41	1.86
2537547--2537584	19	2.0	20	84	5	51	28	5	10	55	1.56
2539155--2539327	75	2.3	75	83	1	213	29	4	15	50	1.62
2539512--2539659	43	3.4	43	75	7	138	22	16	25	36	1.94
2539869--2539921	28	1.9	27	81	11	63	52	28	0	18	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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