genome.fa.s9344.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4287485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999190--1999252	28	2.3	28	97	2	119	12	9	33	44	1.75
2005686--2005751	21	3.1	21	70	8	62	27	25	24	22	2.00
2006347--2006384	20	1.9	20	84	10	51	63	2	5	28	1.30
2008217--2008707	229	2.1	228	95	0	883	44	8	7	40	1.63
2008986--2009032	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
2008774--2009246	181	2.6	182	90	1	698	42	14	16	26	1.86
2009167--2009213	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2009176--2009218	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2011395--2011459	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
2011493--2011558	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2013347--2013395	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2015075--2015166	6	15.3	6	75	4	60	38	7	33	20	1.81
2015090--2015170	3	27.0	3	73	0	63	37	6	33	23	1.80
2015078--2015157	39	2.1	37	88	6	117	36	8	33	21	1.84
2015086--2015170	12	7.1	12	82	0	80	36	7	32	23	1.82
2016643--2017128	183	2.7	182	95	1	857	34	14	16	33	1.90
2019603--2019667	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
2020014--2020073	23	2.6	23	86	0	84	36	5	18	40	1.72
2020014--2020086	23	3.2	22	79	11	67	35	4	19	41	1.70
2020514--2020550	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2020506--2020552	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
2020808--2020894	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021314--2021386	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2021532--2021598	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
2029574--2029617	24	1.9	22	86	9	61	63	2	2	31	1.19
2033535--2033578	18	2.2	20	88	11	65	63	0	0	36	0.95
2033546--2033586	21	2.0	20	85	4	55	58	0	4	36	1.20
2033655--2033987	162	2.1	162	97	0	623	47	19	10	22	1.80
2039195--2039629	55	8.0	54	87	3	606	28	28	14	28	1.95
2039195--2039629	108	4.0	108	92	1	701	28	28	14	28	1.95
2039195--2039673	163	2.9	164	86	4	650	27	28	15	29	1.96
2039601--2039883	51	5.5	50	86	7	320	24	24	19	32	1.98
2039601--2039883	102	2.7	100	85	6	363	24	24	19	32	1.98
2040253--2040440	35	5.3	35	84	3	205	21	19	23	36	1.95
2041618--2041993	124	3.0	124	87	1	504	25	24	16	33	1.96
2051626--2051663	19	2.1	18	90	9	60	65	2	0	31	1.06
2054750--2054795	23	2.0	24	86	4	67	17	19	19	43	1.88
2054850--2054922	37	2.0	37	91	2	121	36	27	10	24	1.89
2056502--2056719	106	2.1	106	92	3	359	34	11	10	44	1.74
2059004--2059049	23	2.0	23	95	0	83	43	10	0	45	1.39
2067597--2067630	17	1.9	18	88	5	52	55	2	0	41	1.15
2069527--2069567	20	2.1	20	90	4	66	58	14	14	12	1.63
2070057--2070095	12	2.9	14	85	14	55	23	2	0	74	0.94
2072631--2072680	23	2.2	23	81	0	55	52	10	20	18	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072647--2072705	20	2.8	21	82	7	66	45	15	18	20	1.85
2073764--2073842	35	2.3	35	86	4	106	56	5	2	35	1.35
2075926--2075991	22	3.0	22	88	0	87	27	19	22	30	1.98
2079092--2079148	23	2.4	23	83	11	71	35	0	10	54	1.35
2079546--2079617	23	3.1	23	82	7	92	22	16	26	34	1.95
2083211--2083240	13	2.3	13	94	0	51	80	3	13	3	0.97
2084347--2084412	30	2.2	30	83	5	80	60	6	1	31	1.30
2089402--2089444	7	6.1	7	94	0	77	53	0	0	46	1.00
2092400--2092449	20	2.5	20	80	6	57	44	0	2	54	1.11
2093960--2093988	14	2.1	14	100	0	58	20	17	0	62	1.33
2101342--2101388	16	3.1	15	79	8	51	23	2	6	68	1.24
2101374--2101436	23	2.6	24	80	7	74	36	0	9	53	1.33
2105792--2105829	17	2.3	17	90	4	60	57	5	0	36	1.21
2105807--2105852	24	1.9	24	86	8	67	65	4	0	30	1.12
2112610--2112647	18	2.1	19	90	5	60	63	5	7	23	1.42
2114674--2114702	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2120865--2121003	42	3.3	42	69	19	135	41	4	3	50	1.39
2120834--2121007	86	2.0	85	97	1	330	42	3	3	50	1.36
2127328--2127377	22	2.3	23	83	16	70	32	8	20	40	1.81
2135001--2135052	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
2139032--2139166	50	2.7	50	98	0	261	36	8	13	42	1.74
2140216--2140291	25	3.1	24	69	12	64	64	5	5	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142516--2142556	18	2.3	18	87	4	57	63	4	4	26	1.35
2142778--2142859	42	1.9	43	85	2	112	18	29	36	15	1.92
2144255--2144289	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2144700--2144727	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2151561--2151630	31	2.3	30	87	2	95	35	7	24	32	1.83
2152414--2152466	26	2.0	26	85	0	70	26	3	18	50	1.64
2152425--2152475	26	2.0	26	88	0	75	27	3	19	49	1.66
2152872--2152917	20	2.3	20	92	0	74	28	10	19	41	1.85
2152975--2153037	30	2.1	30	90	0	99	38	12	19	30	1.89
2162159--2162233	23	3.1	23	73	16	71	68	1	20	10	1.27
2168505--2168551	21	2.2	22	85	11	62	74	2	6	17	1.12
2194941--2194996	21	2.7	21	86	5	78	19	23	16	41	1.90
2195858--2195911	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2197977--2198043	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2197977--2198099	42	2.9	41	79	7	113	22	17	36	22	1.95
2198496--2198586	19	4.6	19	78	5	92	49	20	18	10	1.78
2198600--2198710	58	1.9	58	85	3	152	9	19	23	47	1.78
2198610--2198710	19	5.2	19	89	3	139	6	20	22	49	1.73
2198801--2199176	94	4.1	94	92	5	606	47	19	12	21	1.82
2199973--2200015	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2200862--2200924	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
2200860--2200981	33	3.5	33	85	7	154	46	19	22	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207263--2207320	23	2.7	21	75	19	57	74	8	15	1	1.14
2207901--2208406	100	5.0	102	88	5	717	34	25	17	22	1.95
2207901--2208406	205	2.5	205	91	2	794	34	25	17	22	1.95
2208934--2209055	34	3.7	33	73	12	117	43	10	14	31	1.80
2210775--2210829	19	2.9	19	77	20	53	30	1	3	63	1.22
2210889--2210934	23	2.0	23	95	0	83	36	30	10	21	1.88
2212200--2212288	14	6.0	14	72	17	65	23	3	0	73	0.99
2212200--2212348	8	20.0	8	72	19	53	21	6	0	71	1.11
2212235--2212288	3	18.7	3	82	17	62	27	3	0	68	1.06
2212202--2212349	23	6.7	21	77	17	97	21	6	0	71	1.12
2212311--2212352	12	3.6	12	87	3	59	23	9	0	66	1.21
2212513--2212538	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2216354--2216415	24	2.6	24	80	12	65	37	12	4	45	1.64
2217264--2217350	36	2.4	36	84	0	111	26	21	12	39	1.89
2217208--2217579	101	3.7	101	96	0	654	31	19	11	37	1.88
2217370--2217451	36	2.3	35	83	6	101	28	19	13	39	1.89
2217467--2217552	36	2.4	36	88	0	118	24	19	13	41	1.88
2217683--2217765	30	2.8	30	86	0	112	30	22	13	33	1.92
2217616--2217800	96	1.9	97	82	1	228	28	22	12	36	1.90
2219659--2219705	15	3.1	15	87	3	67	21	0	0	78	0.75
2219656--2219803	28	5.8	24	76	16	106	22	5	0	71	1.10
2219763--2219803	12	3.4	12	82	0	55	26	7	0	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219758--2219801	20	2.2	20	95	0	79	27	9	0	63	1.24
2219874--2219937	21	3.2	19	74	12	58	10	9	1	78	1.04
2219874--2219952	41	2.0	40	81	15	96	10	10	2	77	1.09
2223019--2223051	15	2.2	15	94	0	57	6	15	69	9	1.34
2224710--2224758	24	2.0	24	84	7	64	36	2	0	61	1.08
2226837--2226894	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
2230181--2230212	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2237519--2237631	7	15.6	7	72	17	88	78	0	20	0	0.80
2237519--2237631	22	4.4	29	72	21	53	78	0	20	0	0.80
2237533--2237623	22	4.2	21	78	18	98	78	1	20	0	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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