genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150--211	31	2.0	32	87	9	92	32	16	16	35	1.91
2814--2874	25	2.5	25	78	5	72	22	24	8	44	1.80
6242--6295	21	2.6	21	91	2	83	29	14	12	42	1.83
6282--6318	13	2.8	13	100	0	74	29	16	16	37	1.90
8846--8878	12	2.5	13	85	14	50	33	15	30	21	1.94
15087--15154	33	2.1	32	86	2	91	36	10	14	38	1.81
15187--15239	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
15642--15697	20	2.8	19	84	10	76	33	12	17	35	1.88
24474--24500	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
24486--24541	19	2.9	19	89	5	85	33	12	17	35	1.88
24486--24540	20	2.8	20	91	2	85	32	12	18	36	1.88
24569--24638	33	2.1	33	86	7	97	35	12	17	34	1.88
26498--26537	21	2.0	21	95	5	73	50	5	0	45	1.23
26537--26600	8	8.0	8	73	13	51	46	1	0	51	1.10
26973--27027	13	4.2	13	75	17	51	43	0	0	56	0.99
26976--27027	12	4.1	13	75	12	54	44	0	0	55	0.99
26975--27027	25	2.0	27	82	13	67	43	0	0	56	0.99
27018--27055	10	3.8	10	86	6	51	42	2	0	55	1.14
26985--27040	12	4.6	12	78	17	53	44	0	0	55	0.99
28185--28243	14	4.1	14	72	20	50	49	0	0	50	1.00
28181--28255	29	2.6	28	83	10	82	46	0	0	53	1.00
29733--29776	21	2.1	21	87	8	63	52	2	2	43	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30896--30928	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
32051--32131	35	2.3	34	85	8	101	53	3	2	40	1.32
32574--32605	14	2.2	15	94	5	57	37	0	0	62	0.95
33439--33491	15	3.4	15	78	19	63	49	0	1	49	1.12
34023--34145	67	1.9	64	91	5	201	32	0	8	58	1.29
35637--35687	21	2.5	21	87	9	70	33	15	13	37	1.87
39156--39289	52	2.6	51	79	1	142	47	12	11	28	1.76
39349--39403	21	2.6	21	97	0	101	38	5	14	41	1.69
40080--40285	52	3.9	51	74	5	178	39	15	20	24	1.91
40123--40274	53	2.9	51	73	6	144	40	15	19	23	1.90
40406--40846	97	4.6	95	79	7	412	22	18	30	29	1.97
40404--41033	32	20.5	31	77	12	325	22	17	29	30	1.97
40801--42186	28	49.4	28	80	5	1386	25	15	28	30	1.96
40835--42192	530	2.6	528	92	2	2200	25	15	28	30	1.96
45439--45880	32	13.8	33	81	8	438	21	17	32	28	1.96
45439--45873	129	3.4	128	83	5	508	21	17	31	28	1.96
45832--46679	28	30.0	28	79	6	807	24	16	29	29	1.97
46636--46692	28	2.1	27	83	9	71	28	15	29	26	1.96
47086--47221	51	2.7	51	82	2	148	42	14	15	27	1.86
49280--49346	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
49300--49324	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49387--49411	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53218--53248	15	2.1	15	100	0	62	35	12	12	38	1.82
55405--55448	21	2.1	21	87	8	63	52	0	2	45	1.13
56569--56593	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58823--58878	28	2.1	28	93	6	98	32	10	14	42	1.80
59091--59143	15	3.4	15	82	10	70	50	1	0	47	1.12
59102--59137	17	2.1	18	94	5	65	55	0	0	44	0.99
59174--59207	14	2.4	14	90	5	50	44	0	0	55	0.99
59418--59461	13	3.5	13	81	6	54	65	0	0	34	0.93
59456--59497	18	2.3	18	80	11	50	52	0	0	47	1.00
63350--63376	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
64289--64326	20	1.9	20	94	0	67	57	0	2	39	1.12
64292--64335	20	2.2	20	84	8	54	59	0	2	38	1.10
66136--66203	31	2.2	31	86	5	93	32	20	16	30	1.94
70706--70804	31	3.2	31	92	2	164	33	22	16	28	1.95
70932--70973	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
73346--73433	32	2.6	32	80	16	97	35	21	13	29	1.92
73909--73949	10	4.1	10	83	0	55	41	4	26	26	1.76
74472--74510	20	2.0	20	94	0	69	28	10	17	43	1.82
74491--74541	13	4.4	13	72	27	60	31	11	17	39	1.86
74472--74541	33	2.1	33	92	5	115	30	11	18	40	1.86
76752--76801	21	2.4	21	80	9	59	58	6	12	24	1.56
82558--82599	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83189--83242	19	2.8	19	85	2	63	33	14	14	37	1.88
83271--83324	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
85653--85678	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
86256--86302	23	2.0	24	84	12	62	61	14	4	19	1.49
88005--88067	32	1.9	32	87	3	90	28	15	14	41	1.87
88134--88164	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
88118--88189	33	2.2	33	97	0	135	31	12	18	37	1.88
88152--88222	20	3.7	19	81	11	83	35	12	18	33	1.89
88134--88189	13	4.8	13	69	24	52	33	14	16	35	1.88
88118--88223	33	3.0	35	83	15	130	34	12	17	34	1.88
96971--97001	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
101582--101606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101658--101710	20	2.6	21	78	3	63	26	18	15	39	1.90
101698--101722	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
103734--103953	114	1.9	114	93	1	379	31	32	3	32	1.75
105648--105910	76	3.5	76	86	3	359	28	21	13	36	1.92
105884--105952	28	2.5	28	85	0	102	28	26	13	31	1.93
116358--117099	61	12.4	60	78	7	627	28	26	16	28	1.97
116420--116887	236	2.0	234	84	5	606	27	28	16	27	1.97
118522--118556	18	1.9	18	94	0	61	68	2	28	0	1.04
124856--125178	31	10.6	31	78	6	279	31	29	16	22	1.96
124856--125231	31	12.4	30	75	12	254	31	29	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125087--125691	57	10.5	56	75	9	400	29	28	17	25	1.97
125070--125691	28	21.6	28	77	8	414	29	28	17	25	1.97
125126--125659	86	6.3	87	77	9	287	29	28	17	25	1.97
125625--125782	32	5.0	31	85	7	194	29	30	17	22	1.97
125625--125782	63	2.5	63	87	4	212	29	30	17	22	1.97
125881--126252	61	6.1	61	72	8	256	23	24	13	38	1.91
126148--126288	61	2.3	61	81	7	153	25	24	13	36	1.92
131281--131336	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
131378--131514	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
131574--131614	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
137814--137849	10	3.7	10	88	7	56	30	44	0	25	1.54
137801--137903	47	2.2	47	83	10	122	36	39	0	23	1.55
140255--140308	20	2.7	21	80	5	58	37	16	11	35	1.84
140359--140423	33	2.0	33	84	6	87	36	16	16	29	1.92
142305--142358	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
144746--144799	19	2.8	20	85	2	74	29	16	14	38	1.89
144829--144893	33	2.0	33	84	6	87	36	16	16	29	1.92
147459--147614	79	2.0	79	84	2	206	42	10	16	30	1.82
151028--151128	53	1.9	53	91	4	168	39	12	20	26	1.89
151025--151147	52	2.3	52	82	9	160	34	13	23	27	1.93
151000--151291	133	2.2	132	81	6	331	35	14	22	27	1.93
151263--151333	28	2.5	28	79	0	88	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151210--151412	107	1.9	109	86	3	293	30	13	27	29	1.94
151357--151414	28	2.0	30	86	10	84	32	17	24	25	1.96
151321--151664	79	4.4	79	77	6	315	32	11	25	29	1.92
151322--151684	157	2.3	158	79	7	382	33	11	24	30	1.91
152468--152526	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
152808--152832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
152786--152850	32	2.0	34	87	6	98	29	12	15	43	1.83
152881--152954	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
154915--154957	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
155390--155428	13	3.0	13	96	0	69	30	15	17	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15