genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  10  of  15  ( 1755 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1401235--1401269	13	2.7	13	90	0	52	40	17	11	31	1.85
1401219--1401285	33	2.0	33	85	0	89	35	19	11	32	1.88
1401314--1401369	19	2.9	19	91	2	94	35	14	19	30	1.91
1403773--1403846	20	3.8	19	87	8	96	31	14	17	36	1.90
1410604--1410636	16	2.1	16	94	5	59	54	3	0	42	1.15
1411546--1411642	20	4.8	20	93	0	158	30	16	9	43	1.79
1420112--1420185	20	3.7	20	78	3	94	35	12	20	32	1.89
1420130--1420205	21	3.7	21	80	3	100	40	10	18	30	1.84
1420112--1420205	41	2.3	41	98	0	179	38	11	19	30	1.87
1420244--1420269	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1420727--1420793	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1430266--1430317	20	2.6	20	93	0	86	34	15	5	44	1.70
1431467--1431686	112	2.0	112	99	0	431	44	18	11	25	1.83
1432074--1432113	21	1.9	21	85	10	55	32	5	0	62	1.17
1432757--1432881	59	2.1	58	80	10	130	43	16	10	30	1.81
1436681--1436746	31	2.1	31	97	0	123	42	10	22	24	1.85
1436735--1436809	20	3.8	20	85	3	98	41	12	13	33	1.81
1436702--1436871	51	3.5	51	74	19	184	42	10	18	28	1.84
1437777--1438591	28	28.4	29	75	10	475	21	18	31	28	1.97
1437787--1438284	88	5.7	88	74	12	350	20	18	30	29	1.97
1437753--1438335	146	4.0	146	81	6	531	21	18	30	29	1.97
1441826--1441870	21	2.1	21	100	0	90	35	11	13	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443847--1443890	20	2.2	20	88	12	63	43	25	15	15	1.87
1443880--1443930	19	2.6	19	87	3	66	29	15	13	41	1.86
1443880--1443948	20	3.5	20	82	4	77	31	14	15	37	1.88
1443916--1443953	20	1.9	20	88	0	58	39	10	18	31	1.85
1443981--1444005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1445688--1445715	10	2.8	10	100	0	56	32	21	0	46	1.52
1448288--1448346	20	2.9	19	80	14	64	38	11	10	38	1.76
1448368--1448419	19	2.6	19	84	6	68	30	13	13	42	1.83
1451851--1452028	85	2.1	88	80	7	195	48	15	10	26	1.76
1453008--1453064	29	2.0	29	82	6	71	71	5	5	17	1.23
1453263--1453298	10	3.7	10	88	3	56	0	11	5	83	0.80
1463332--1463379	20	2.4	20	92	0	78	37	8	31	22	1.84
1465593--1465631	19	2.1	19	95	0	69	30	30	10	28	1.90
1468548--1468610	33	1.9	33	87	3	92	25	17	17	39	1.91
1468761--1468807	20	2.3	20	96	0	85	36	8	14	40	1.77
1470419--1470460	20	2.2	20	86	4	59	54	9	9	26	1.63
1478023--1478047	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
1479218--1479271	20	2.7	20	91	0	81	35	12	16	35	1.87
1485420--1485455	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
1487888--1487914	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
1487900--1487953	19	2.8	20	88	2	74	31	14	14	38	1.87
1487977--1488041	33	2.0	33	87	0	94	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1489073--1489198	60	2.1	60	81	0	144	6	18	9	65	1.42
1489614--1489654	14	2.9	14	82	10	57	48	12	19	19	1.80
1489734--1489827	25	3.8	24	71	18	75	43	9	20	26	1.82
1489702--1489828	52	2.4	52	81	7	139	45	10	19	24	1.81
1489768--1489909	38	3.6	38	81	10	176	42	9	21	26	1.83
1489783--1489912	43	3.1	42	86	9	180	45	10	20	24	1.81
1489874--1489926	16	3.5	16	70	15	58	43	11	20	24	1.85
1489736--1489945	81	2.6	81	70	10	203	42	10	20	26	1.84
1489860--1489938	29	2.7	29	92	2	122	41	10	21	26	1.85
1490659--1492039	42	32.7	42	72	8	714	34	18	27	19	1.95
1490659--1492047	84	16.4	83	77	6	841	34	18	27	19	1.95
1490573--1490856	126	2.2	127	82	4	333	35	20	26	18	1.95
1490702--1492025	254	5.2	255	74	6	764	34	18	27	19	1.95
1490615--1492035	338	4.2	340	75	8	1019	35	18	27	18	1.95
1494429--1494479	20	2.6	19	81	12	59	31	15	13	39	1.87
1494532--1494596	33	2.0	32	87	3	94	41	13	13	30	1.84
1494707--1494761	21	2.6	21	85	8	67	43	14	5	36	1.69
1497095--1497119	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1503249--1503273	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1503229--1503293	33	2.0	33	81	6	78	33	13	10	41	1.80
1508369--1508394	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1509369--1509407	19	2.0	20	85	14	55	0	15	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1509871--1509903	10	3.4	10	87	4	50	45	12	21	21	1.84
1509858--1509894	15	2.6	14	91	8	58	45	13	21	18	1.84
1509958--1510044	25	3.4	24	75	17	77	43	9	22	24	1.82
1509938--1510191	43	5.8	43	75	14	223	44	9	19	25	1.81
1509952--1510053	29	3.7	28	70	16	79	43	9	22	24	1.83
1509932--1510067	52	2.5	52	82	5	164	43	10	21	25	1.84
1510008--1510177	81	2.1	81	86	0	232	45	10	17	26	1.80
1510118--1510186	18	3.4	18	70	24	57	43	10	20	26	1.83
1511585--1511849	134	2.0	133	93	0	458	33	13	18	33	1.90
1512754--1512824	20	3.5	20	80	14	81	32	16	11	39	1.84
1520882--1520954	28	2.7	27	80	4	74	35	6	8	49	1.59
1520907--1520962	28	2.0	28	89	0	85	32	8	10	48	1.69
1522815--1522873	29	2.1	27	81	12	66	22	10	3	64	1.39
1524238--1524302	26	2.5	27	73	16	64	40	9	13	36	1.77
1524368--1524420	21	2.5	20	82	8	61	35	0	24	39	1.56
1524383--1524426	21	2.1	21	83	8	54	34	2	20	43	1.64
1524383--1524426	22	2.0	21	83	12	54	34	2	20	43	1.64
1526079--1526126	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
1526649--1526679	16	1.9	16	93	0	53	54	6	3	35	1.42
1526995--1527029	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1528482--1528531	19	2.6	20	84	12	61	58	0	0	42	0.98
1530648--1530738	47	2.0	47	91	2	148	43	9	10	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1530661--1530755	46	2.1	46	84	5	122	44	12	8	34	1.73
1530975--1531029	9	5.8	9	75	25	51	47	0	0	52	1.00
1530977--1531037	27	2.1	30	82	14	76	50	1	0	47	1.10
1531386--1531422	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
1534252--1534292	14	2.9	14	85	0	64	58	9	2	29	1.43
1536114--1536197	30	2.5	33	77	16	93	53	10	9	26	1.66
1540326--1540365	17	2.4	17	95	0	71	42	5	37	15	1.68
1543776--1543839	19	3.7	18	70	23	57	39	14	12	34	1.83
1543768--1543853	32	2.7	32	87	3	129	40	15	11	32	1.83
1544605--1545148	49	11.1	49	85	5	583	32	18	25	23	1.97
1544601--1545087	150	3.3	151	89	4	679	33	18	25	22	1.97
1544605--1545044	202	2.2	202	91	0	700	33	18	24	22	1.97
1545020--1545088	22	3.2	22	62	25	56	30	17	28	23	1.97
1544998--1545130	43	3.1	43	93	0	212	29	19	27	24	1.98
1545023--1545093	24	3.2	24	61	19	62	28	19	28	23	1.99
1545460--1545484	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1545561--1545709	52	2.9	50	85	6	190	34	16	16	32	1.92
1548849--1548920	28	2.4	29	82	11	76	18	13	29	38	1.89
1548901--1549090	33	5.6	34	77	9	156	35	11	31	21	1.89
1548911--1548999	35	2.6	34	84	5	108	42	7	28	21	1.80
1548911--1548999	34	2.6	35	82	5	103	42	7	28	21	1.80
1548989--1549101	37	3.2	37	87	8	155	38	9	33	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1549078--1549219	31	4.6	30	83	6	169	28	15	30	24	1.96
1556802--1556862	13	5.2	13	75	22	71	40	14	14	29	1.86
1556804--1556992	32	5.9	32	75	10	145	35	15	15	32	1.89
1556934--1556958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1556914--1556978	19	3.7	19	73	23	70	36	18	12	32	1.88
1557424--1557474	20	2.5	21	83	3	68	31	15	13	39	1.87
1560255--1560303	21	2.4	21	86	3	64	40	12	10	36	1.77
1560359--1560401	21	2.0	21	95	0	77	41	18	11	27	1.85
1562972--1563039	29	2.4	29	82	2	84	38	17	13	30	1.88
1564651--1564934	151	1.9	152	82	5	360	39	19	16	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15