genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620078--620245	28	5.8	28	77	8	149	23	17	28	30	1.97
620068--620280	57	3.7	57	78	7	205	25	16	26	30	1.97
621653--621702	1	50.0	1	79	0	55	0	0	10	90	0.47
621656--621704	6	8.2	6	82	8	64	0	0	12	87	0.54
621653--621699	19	2.4	20	96	3	87	0	0	10	89	0.49
621656--621702	24	1.9	24	95	4	85	0	0	10	89	0.49
635544--635692	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
635681--635705	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
637239--637268	13	2.3	13	94	0	51	83	0	0	16	0.65
637683--637798	52	2.3	50	81	3	142	31	17	10	41	1.83
642196--642249	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
646283--646358	33	2.3	33	88	0	107	32	18	17	31	1.94
646792--646865	20	3.7	19	85	7	94	28	17	13	40	1.87
649171--649332	51	3.2	50	82	4	204	29	25	10	34	1.89
649275--649498	76	2.9	76	83	4	279	27	26	13	32	1.94
649479--649547	28	2.5	27	81	9	86	27	31	11	28	1.92
649504--649750	80	3.1	78	82	3	271	27	24	14	33	1.94
650691--650763	20	3.7	19	89	7	94	39	16	15	28	1.89
651319--651366	22	2.3	21	92	7	80	39	22	4	33	1.74
651319--651369	21	2.5	20	87	9	75	37	21	3	37	1.72
653214--653247	13	2.6	13	85	0	50	47	14	14	23	1.82
654655--654722	34	2.0	34	94	5	120	32	20	5	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656086--656111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
658326--658371	21	2.2	21	84	7	58	52	4	19	23	1.64
662215--662294	20	3.8	20	75	15	79	27	15	13	43	1.84
662280--662318	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
664854--664879	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
669194--669258	33	2.0	33	88	11	98	35	18	12	33	1.88
669193--669417	96	2.3	96	94	1	398	31	17	16	33	1.93
669384--669441	19	3.0	20	85	7	84	37	15	13	32	1.87
669402--669470	33	2.2	33	87	10	99	42	15	11	30	1.83
669573--669629	21	2.6	22	81	8	64	43	12	3	40	1.59
670885--670909	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
670937--670993	20	2.9	20	76	5	62	31	14	14	40	1.85
670938--670994	19	2.9	19	78	2	60	31	14	15	38	1.87
673982--674023	10	4.4	10	76	11	52	35	16	14	33	1.89
674988--675085	36	2.9	34	81	11	114	29	26	12	31	1.92
675523--675588	22	3.1	22	70	16	75	37	15	16	30	1.90
680443--680496	21	2.5	21	84	3	63	18	18	1	61	1.44
687749--687806	29	2.0	29	96	0	107	44	5	20	29	1.73
695654--695692	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
702907--702960	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
704623--704653	15	2.1	15	93	0	53	45	0	25	29	1.54
712220--712337	52	2.3	52	84	4	161	28	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712345--712402	13	4.9	13	69	30	58	36	13	17	32	1.89
712345--712422	33	2.4	33	93	6	140	35	12	17	33	1.88
712356--712425	20	3.8	20	70	29	75	35	11	17	35	1.85
713125--713179	19	2.9	19	71	10	58	34	23	1	40	1.66
714577--714631	20	2.8	20	85	0	74	32	10	14	41	1.81
724027--724175	52	2.9	51	85	4	217	31	16	18	32	1.94
724164--724222	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
724164--724243	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
724263--724329	33	2.0	33	85	0	89	40	16	11	31	1.85
724963--725018	19	2.9	19	69	12	51	35	23	1	39	1.65
726436--726489	19	2.8	20	85	2	74	33	11	12	42	1.79
728178--728209	3	10.7	3	93	0	55	37	0	31	31	1.58
730489--730513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
730469--730535	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
730616--730737	52	2.3	52	88	0	181	36	17	17	29	1.92
745959--746253	29	9.7	30	77	10	192	27	28	15	27	1.96
745959--746253	59	4.8	58	71	13	198	27	28	15	27	1.96
746115--746206	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
746180--746277	28	3.4	28	88	2	124	37	28	16	17	1.91
746323--746552	48	4.8	48	80	8	254	26	23	17	32	1.97
746420--746504	43	2.0	43	90	0	134	28	22	18	30	1.97
746331--746561	92	2.4	95	83	8	290	26	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746462--746599	52	2.6	52	82	3	159	26	23	15	35	1.94
747446--747470	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
747426--747492	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
747533--747557	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
758325--759345	43	22.1	43	79	12	962	30	18	25	24	1.98
758273--759396	92	12.0	92	85	7	1201	31	18	25	24	1.98
759004--759071	22	3.1	22	62	26	54	32	19	25	23	1.97
759256--759324	22	3.2	22	62	25	56	27	17	28	26	1.97
759259--759324	21	3.1	21	65	26	57	25	18	28	27	1.98
758211--759376	49	24.8	49	80	11	1203	31	18	25	24	1.98
759391--759653	33	8.0	33	92	0	418	19	17	31	31	1.95
759660--759898	27	8.0	27	69	21	122	30	12	35	21	1.91
759750--759877	34	4.0	34	76	13	144	32	11	36	19	1.88
759658--759898	61	3.9	61	91	4	387	30	12	35	21	1.91
759879--759960	30	2.7	31	90	1	121	26	18	28	26	1.98
759658--759929	122	2.2	122	88	5	358	30	13	34	21	1.91
760549--760614	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
760568--760627	13	5.1	13	71	22	60	28	16	15	40	1.89
760549--760646	33	3.0	33	95	1	171	28	17	14	39	1.88
760611--760666	19	2.9	19	86	2	76	35	16	10	37	1.83
762314--762350	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
766891--766942	3	17.3	3	100	0	104	32	32	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775328--775383	19	3.0	19	77	10	62	57	3	0	39	1.16
775715--775771	19	2.9	21	82	17	61	49	0	0	50	1.00
775733--775778	19	2.3	19	81	11	56	54	0	0	45	0.99
777049--777127	29	2.8	29	77	12	85	56	1	3	37	1.25
777061--777137	31	2.6	29	74	12	68	61	0	1	37	1.05
777385--777433	25	2.0	25	84	8	64	59	2	2	36	1.21
777505--777572	34	2.0	34	83	11	86	63	1	0	35	1.04
779104--779178	28	2.7	29	76	17	77	56	10	12	21	1.66
779474--779539	27	2.5	26	79	18	73	71	6	0	22	1.08
779474--779507	11	3.1	11	91	0	50	67	2	0	29	1.05
779479--779549	17	3.9	17	75	15	56	71	4	0	23	1.03
779868--779927	29	2.0	30	84	15	81	56	0	0	43	0.99
779904--779928	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
780102--780139	8	4.8	8	81	12	51	39	0	0	60	0.97
780087--780139	24	2.2	24	86	0	70	43	0	1	54	1.11
780101--780151	24	2.2	23	82	10	59	37	3	1	56	1.29
781393--781432	19	2.0	20	85	4	55	32	5	0	62	1.17
783390--783445	21	2.7	21	88	0	85	35	23	21	19	1.96
787004--787037	6	5.7	6	96	0	59	29	2	17	50	1.61
788763--788811	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
788763--788832	33	2.1	34	89	7	108	34	20	12	32	1.90
788861--788915	19	2.8	20	84	13	78	34	16	16	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789001--789032	16	2.1	15	94	5	55	37	15	12	34	1.85
791386--791412	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
791458--791488	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
791494--791612	52	2.3	52	100	0	238	36	16	15	31	1.90
797708--797735	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
800176--800248	20	3.7	20	72	18	64	31	12	17	38	1.87
800278--800330	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
801177--801930	376	2.0	376	97	0	1409	45	18	9	26	1.81
804081--804120	3	13.3	3	100	0	80	32	35	0	32	1.58
805712--805766	20	2.7	21	86	11	78	32	20	12	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15