genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805795--805849	19	2.8	20	78	13	69	36	16	14	32	1.89
805935--805966	16	2.1	15	94	5	55	37	15	12	34	1.85
807005--807029	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
811643--811721	41	2.0	41	82	9	101	54	3	1	40	1.26
812053--812106	19	2.8	20	91	2	83	29	14	18	37	1.91
812034--812106	20	3.7	19	85	3	83	31	15	16	36	1.90
812136--812200	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
817921--818218	79	3.8	80	77	4	275	30	15	25	27	1.96
818173--818246	28	2.6	28	82	4	78	24	20	28	27	1.99
818127--818322	104	1.9	105	88	5	297	32	16	23	27	1.96
818027--818399	183	2.0	183	83	4	464	30	17	25	26	1.97
818201--818535	78	4.2	77	83	8	381	30	17	26	26	1.97
818499--818613	51	2.3	50	81	1	140	36	8	25	29	1.86
821064--821115	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
821836--821982	41	3.5	42	80	10	131	38	15	25	20	1.92
821965--822259	61	4.9	59	88	3	410	28	19	26	25	1.99
821965--822259	121	2.4	121	87	5	425	28	19	26	25	1.99
822294--822897	55	10.5	55	82	9	578	25	19	28	26	1.99
822301--822890	165	3.4	167	84	6	697	24	19	28	27	1.99
823866--823936	1	71.0	1	77	0	52	0	1	12	85	0.65
823876--823935	8	7.9	8	78	10	72	0	0	15	85	0.61
823869--823936	15	4.6	14	83	10	82	0	1	13	85	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835935--836215	79	3.6	79	79	3	273	30	15	27	26	1.96
836173--836267	28	3.4	28	89	2	138	27	16	30	25	1.97
836093--836348	132	1.9	133	82	5	320	30	16	27	26	1.96
836228--836558	79	4.2	78	81	6	359	31	14	26	28	1.95
836228--836539	158	2.0	155	86	5	432	31	13	26	28	1.94
836494--836656	51	3.2	50	82	6	186	33	10	26	30	1.90
838890--838942	24	2.2	22	81	18	70	52	9	11	26	1.67
845086--845123	20	1.9	20	94	0	67	44	15	13	26	1.83
845156--845195	13	3.1	13	85	0	53	32	7	12	47	1.69
847717--847773	20	3.0	20	76	7	64	35	14	15	35	1.88
847803--847867	33	2.0	33	84	6	87	35	10	15	38	1.82
848684--848708	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
849256--849304	20	2.4	21	86	10	75	44	8	6	40	1.59
849762--849932	79	2.2	78	86	3	236	39	8	21	30	1.84
849787--849951	79	2.1	79	85	2	215	38	10	23	27	1.88
852592--852656	15	4.3	15	73	7	60	53	9	9	27	1.63
854455--854489	17	2.1	17	100	0	70	22	11	25	40	1.88
854425--854521	49	2.0	46	84	15	124	27	13	22	36	1.92
854474--854599	32	3.9	33	81	11	131	30	13	24	30	1.93
854474--854599	65	2.0	64	83	10	159	30	13	24	30	1.93
856193--856248	21	2.6	22	73	15	55	53	0	23	23	1.46
859518--859542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859497--859561	33	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
860081--860236	65	2.4	63	83	8	206	30	14	24	31	1.94
860081--860237	32	5.0	30	82	13	167	29	14	24	31	1.94
862361--862409	9	5.3	9	86	11	55	10	8	0	81	0.87
862361--862409	19	2.6	19	84	12	66	10	8	0	81	0.87
864456--864506	19	2.6	21	81	12	63	29	7	21	41	1.81
867858--867882	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
868603--868627	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
868583--868649	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
868690--868714	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
868723--868851	52	2.5	52	92	2	215	36	16	17	30	1.91
873518--873578	32	1.9	32	86	6	88	32	13	9	44	1.76
876884--877031	20	7.8	20	76	14	134	27	15	14	43	1.85
876963--876990	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
876942--877011	33	2.1	33	89	0	104	27	17	15	40	1.90
879318--879495	51	3.5	51	79	2	180	29	24	12	33	1.92
882641--882769	52	2.5	52	89	0	204	30	17	17	34	1.93
882778--882837	13	5.0	13	70	25	60	35	13	16	35	1.88
883138--883284	79	1.9	79	87	5	217	28	25	16	29	1.97
884945--884974	14	2.2	14	94	5	53	80	0	0	20	0.72
887695--887912	79	2.7	79	82	5	217	35	22	6	35	1.80
889093--889144	17	2.9	17	78	13	52	34	7	3	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889093--889132	17	2.3	17	82	4	53	35	10	2	52	1.48
889083--889167	43	2.0	43	81	4	100	34	7	3	55	1.44
890219--890671	168	2.7	164	80	8	524	32	8	8	49	1.65
890220--890770	163	3.4	161	76	9	490	33	8	8	49	1.65
896722--896776	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
896806--896854	19	2.6	19	93	3	82	36	18	10	34	1.85
897484--898527	52	21.9	51	73	14	629	31	18	25	24	1.97
897595--898526	87	10.0	95	88	3	920	30	18	25	24	1.98
898400--898477	39	2.0	39	87	0	111	26	21	23	28	1.99
898593--899098	33	15.8	33	79	10	427	35	13	30	20	1.91
898603--899095	67	7.7	68	76	13	302	36	12	30	21	1.90
898822--899201	28	13.0	27	77	12	267	32	13	29	23	1.93
898795--899124	60	5.4	61	75	18	206	34	13	30	22	1.92
898593--898975	94	3.9	97	80	12	426	36	12	30	20	1.90
898883--899208	55	5.6	54	75	15	190	32	13	29	24	1.94
898829--899177	149	2.3	150	88	1	506	32	14	29	23	1.93
898823--899429	28	20.1	31	75	13	235	32	14	30	23	1.94
899241--899424	92	2.0	94	86	4	257	29	14	29	26	1.95
899182--899430	31	7.9	32	79	10	196	30	14	30	24	1.95
900716--900837	9	12.3	10	69	23	55	3	4	13	78	1.02
900770--900831	1	62.0	1	73	0	52	0	0	12	87	0.55
900770--900830	17	3.5	17	86	13	88	0	0	13	86	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900770--900837	20	3.7	19	87	12	99	0	0	14	85	0.60
900770--900839	17	3.9	18	82	15	83	0	0	15	84	0.63
905637--905765	20	6.8	20	74	15	105	31	14	12	41	1.83
905641--905745	40	2.9	36	80	15	119	29	15	12	42	1.83
905667--905765	40	2.5	41	83	5	130	29	15	12	43	1.82
908045--908279	51	4.6	51	79	6	235	29	25	12	31	1.92
908045--908279	102	2.3	103	83	2	294	29	25	12	31	1.92
908289--908494	79	2.6	79	91	2	326	26	27	16	30	1.96
908450--908520	28	2.6	27	93	4	115	22	30	18	28	1.97
908370--908598	107	2.1	107	80	5	257	26	26	15	31	1.95
908476--908653	79	2.2	80	81	5	202	27	25	14	33	1.94
920965--921019	9	5.9	9	81	12	67	85	12	1	0	0.68
920966--921020	18	2.9	18	82	17	76	85	12	1	0	0.68
922006--922581	61	9.7	59	82	8	611	26	26	18	27	1.98
922006--922581	121	4.8	120	80	9	637	26	26	18	27	1.98
922419--922874	154	2.9	154	88	2	633	25	26	18	28	1.98
922737--922997	61	4.4	60	80	8	286	25	26	20	27	1.99
922737--922996	122	2.2	115	88	6	371	25	26	20	27	1.99
922975--923117	42	3.3	42	77	7	119	18	25	13	42	1.87
923834--923914	13	7.2	13	67	30	69	27	14	16	41	1.87
923844--923953	20	5.9	19	74	21	99	28	15	13	42	1.85
923864--923933	33	2.1	33	94	0	122	27	15	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923832--923953	53	2.3	52	84	8	167	29	14	13	41	1.85
926252--926470	51	4.3	51	82	7	248	29	25	13	31	1.93
926481--926774	79	3.7	78	81	6	324	27	25	14	32	1.95
926485--926818	79	4.2	79	81	4	316	26	25	15	32	1.95
927882--927938	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
927861--927941	32	2.5	32	95	0	144	37	12	14	35	1.84
927840--927925	19	4.7	19	71	19	67	33	12	15	38	1.85
927964--928013	24	2.1	24	85	7	66	30	18	6	46	1.73
930349--930484	52	2.6	52	79	6	159	30	26	9	33	1.88
930421--930617	107	1.8	108	83	5	265	27	28	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15