genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  9  of  15  ( 1755 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246801--1246842	16	2.5	16	88	7	57	66	0	7	26	1.17
1246896--1247143	121	2.0	123	81	6	290	46	3	0	49	1.23
1251908--1251951	21	2.1	21	88	12	65	47	4	0	47	1.22
1253883--1253924	20	2.0	21	86	4	59	42	14	11	30	1.81
1253997--1254097	51	2.0	52	90	2	159	30	13	10	44	1.79
1253992--1254125	52	2.6	50	81	5	169	30	15	10	43	1.81
1261057--1261389	165	2.0	165	97	0	621	27	22	16	33	1.95
1262976--1263439	30	15.8	29	78	9	304	27	30	12	29	1.93
1262971--1263523	58	9.3	58	76	8	311	25	30	11	32	1.92
1263352--1263533	31	5.8	31	82	1	184	21	30	12	35	1.90
1263579--1263645	33	2.1	33	86	5	93	34	25	16	23	1.95
1263575--1263798	31	7.3	33	71	17	105	29	25	17	27	1.97
1263615--1263821	31	6.8	31	72	11	142	29	25	17	27	1.97
1263580--1263821	64	3.9	60	74	13	190	30	25	16	27	1.97
1263839--1263940	52	2.0	52	82	7	127	27	23	11	37	1.90
1263947--1264079	52	2.6	52	75	4	126	24	19	17	39	1.92
1264203--1264452	52	4.8	52	79	4	236	24	22	16	36	1.94
1264203--1264452	104	2.4	105	82	2	288	24	22	16	36	1.94
1265009--1265053	23	2.0	23	82	8	56	15	2	8	73	1.18
1265478--1265516	19	2.1	19	100	0	78	15	20	5	58	1.55
1270346--1270436	30	3.2	30	61	20	77	39	9	7	42	1.67
1270343--1270455	55	2.1	55	100	0	226	38	10	8	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1276596--1276621	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
1281078--1281138	6	10.2	6	81	12	56	1	16	1	80	0.88
1281074--1281125	15	3.6	14	82	12	61	0	15	1	82	0.75
1281080--1281125	15	3.1	15	87	6	67	0	13	2	84	0.71
1281078--1281138	13	4.5	13	75	16	54	1	16	1	80	0.88
1284957--1285196	56	4.3	56	82	3	178	24	21	14	40	1.90
1290623--1290688	30	2.2	32	81	8	84	57	4	1	36	1.28
1290624--1290682	16	3.8	16	68	6	50	61	5	1	32	1.28
1295121--1295169	20	2.5	20	86	0	62	32	16	14	36	1.89
1296746--1296789	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
1299969--1300015	22	2.1	23	84	4	60	42	12	19	25	1.86
1300431--1300455	10	2.5	10	100	0	50	28	8	48	16	1.74
1301917--1302802	28	30.4	29	75	9	311	23	18	30	28	1.97
1302003--1302538	85	6.0	98	80	8	357	23	18	30	28	1.97
1302101--1302808	28	24.8	28	81	5	742	23	17	30	28	1.97
1302097--1302808	143	5.0	143	84	4	800	23	17	30	28	1.97
1302101--1302805	171	4.1	172	84	4	865	23	17	30	28	1.97
1304011--1304079	15	4.5	15	77	16	63	2	2	11	82	0.88
1304011--1304078	32	2.2	31	84	12	86	2	2	10	83	0.85
1317941--1317994	20	2.7	20	80	8	65	35	12	16	35	1.87
1324913--1324948	16	2.2	16	90	0	54	13	16	11	58	1.63
1325815--1325865	20	2.5	20	90	0	75	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1326037--1326075	20	2.0	20	94	0	69	28	10	17	43	1.82
1328795--1328988	56	3.4	54	70	12	156	27	20	17	34	1.95
1332415--1332440	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1333553--1333585	13	2.5	13	90	0	57	36	15	15	33	1.88
1333630--1333675	20	2.3	20	85	3	58	36	17	13	32	1.88
1334836--1334933	36	3.0	34	81	11	116	28	26	13	31	1.94
1335427--1335457	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1335591--1335631	21	2.0	21	85	9	57	31	12	14	41	1.83
1336543--1336594	25	2.1	25	100	0	104	42	7	21	28	1.80
1337286--1337311	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
1338832--1338886	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
1338847--1338890	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1340444--1340534	32	2.8	33	75	14	98	30	26	13	29	1.94
1340465--1340536	36	2.0	35	89	2	108	26	30	11	31	1.91
1341665--1341742	21	3.7	21	89	3	113	34	12	17	34	1.88
1341779--1341883	19	5.8	19	81	13	114	36	10	16	37	1.83
1341799--1341861	32	2.0	32	90	0	99	36	11	15	36	1.84
1341780--1341880	51	2.0	51	88	0	148	35	10	16	36	1.84
1341923--1341948	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1341904--1341969	34	2.0	33	90	3	105	25	16	13	43	1.85
1344321--1344703	52	7.3	51	69	13	215	29	25	12	32	1.92
1344306--1344702	51	7.6	51	71	12	214	29	25	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1344423--1344498	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
1344483--1344703	105	2.1	103	83	5	266	29	25	11	33	1.91
1344686--1344759	28	2.6	28	89	8	107	25	31	17	25	1.97
1344312--1344813	264	1.9	263	90	2	810	28	26	13	32	1.93
1344637--1344836	107	1.9	107	82	5	251	27	27	15	30	1.96
1346988--1347012	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1357326--1357388	7	8.7	7	76	13	56	82	6	11	0	0.83
1357309--1357388	12	6.4	12	73	12	56	82	6	11	0	0.83
1357325--1357388	15	4.3	15	75	11	60	82	6	10	0	0.82
1358350--1359273	55	16.2	59	81	10	882	26	28	20	24	1.99
1358350--1359273	235	4.1	225	81	10	1069	26	28	20	24	1.99
1358373--1359273	295	3.2	283	84	7	1113	26	28	20	24	1.99
1359387--1359435	25	2.0	25	100	0	98	20	26	16	36	1.93
1360134--1360190	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
1360122--1360209	32	2.8	32	96	0	158	38	12	14	34	1.84
1360147--1360212	19	3.8	19	77	22	90	37	12	15	34	1.84
1360252--1360277	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1360232--1360298	34	2.0	33	88	2	98	25	17	13	43	1.86
1362556--1362942	52	7.4	51	71	10	237	30	25	12	32	1.92
1362545--1362941	51	7.6	51	72	11	248	30	25	12	31	1.92
1362662--1362737	27	2.8	27	86	6	100	25	31	21	22	1.98
1362925--1362999	28	2.7	28	87	8	100	25	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1362551--1363052	264	1.9	263	88	2	765	28	26	12	31	1.93
1364925--1364950	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1365059--1365108	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
1367509--1367691	52	3.5	51	78	8	181	34	9	23	32	1.88
1367510--1367729	51	4.3	51	80	4	208	33	11	23	31	1.90
1367712--1367785	27	2.7	27	87	6	96	22	20	33	22	1.97
1367771--1367893	51	2.4	51	86	6	158	32	11	23	32	1.90
1370254--1370332	33	2.4	33	97	0	149	45	15	13	25	1.83
1370286--1370312	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1370266--1370332	20	3.7	20	72	25	76	47	14	13	23	1.80
1370356--1370406	13	3.5	13	76	23	57	37	15	13	33	1.87
1370356--1370427	31	2.3	32	92	2	119	36	18	12	33	1.88
1371266--1371950	55	12.0	54	80	11	681	25	20	27	26	1.99
1371265--1371976	116	6.2	113	83	7	700	25	20	27	26	1.99
1371266--1371950	171	4.0	172	87	6	833	25	20	27	26	1.99
1371509--1371652	28	5.2	29	62	21	92	21	19	30	28	1.98
1372948--1372987	19	2.1	18	90	9	62	0	2	12	85	0.71
1383752--1383833	28	2.9	29	82	12	91	29	18	29	23	1.97
1383816--1383997	51	3.5	51	80	7	208	34	10	24	30	1.90
1383816--1384035	51	4.3	51	79	9	191	34	12	23	29	1.92
1383814--1384033	102	2.1	104	81	5	268	34	11	24	29	1.91
1384021--1384090	27	2.5	28	81	9	90	22	20	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1384077--1384199	51	2.4	51	84	5	158	33	11	23	31	1.90
1386549--1386574	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1386528--1386594	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1386618--1386690	32	2.3	32	92	0	119	35	17	12	34	1.88
1386626--1386688	19	3.7	18	70	24	55	36	17	12	33	1.88
1386749--1386823	21	3.6	21	89	3	107	36	17	12	34	1.87
1392153--1392178	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
1393208--1393232	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1393189--1393253	32	2.0	32	90	0	103	35	15	16	32	1.91
1395881--1395931	20	2.5	20	100	0	102	35	19	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15